# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.986 2 M 0.076 0.023 0.004 0.003 0.014 0.022 0.859 3 V 0.173 0.031 0.006 0.001 0.103 0.020 0.667 4 P 0.174 0.003 0.014 0.001 0.100 0.046 0.662 5 G 0.434 0.001 0.008 0.001 0.362 0.050 0.144 6 K 0.948 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.042 7 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 8 T 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 9 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 10 Q 0.904 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.082 11 K 0.623 0.024 0.001 0.001 0.041 0.008 0.303 12 D 0.118 0.006 0.002 0.001 0.158 0.052 0.664 13 A 0.018 0.004 0.019 0.001 0.158 0.752 0.049 14 Q 0.010 0.002 0.028 0.001 0.195 0.711 0.054 15 N 0.055 0.011 0.032 0.001 0.323 0.151 0.428 16 L 0.283 0.050 0.014 0.001 0.100 0.040 0.513 17 I 0.715 0.015 0.007 0.001 0.069 0.017 0.177 18 G 0.917 0.005 0.003 0.001 0.010 0.006 0.058 19 I 0.970 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 20 S 0.976 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 21 I 0.930 0.005 0.001 0.002 0.005 0.004 0.054 22 G 0.660 0.009 0.004 0.003 0.086 0.066 0.172 23 G 0.274 0.015 0.012 0.004 0.258 0.213 0.225 24 G 0.109 0.012 0.037 0.004 0.286 0.211 0.341 25 A 0.097 0.025 0.132 0.010 0.227 0.260 0.249 26 Q 0.121 0.020 0.124 0.009 0.205 0.333 0.188 27 Y 0.146 0.024 0.083 0.005 0.252 0.215 0.276 28 C 0.164 0.018 0.021 0.002 0.222 0.040 0.533 29 P 0.219 0.011 0.018 0.002 0.150 0.072 0.529 30 C 0.611 0.012 0.009 0.001 0.054 0.039 0.274 31 L 0.903 0.004 0.001 0.001 0.010 0.003 0.078 32 Y 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 33 I 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 34 V 0.953 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.027 35 Q 0.933 0.001 0.001 0.003 0.015 0.002 0.046 36 V 0.858 0.016 0.001 0.003 0.027 0.002 0.093 37 F 0.489 0.009 0.001 0.004 0.041 0.003 0.451 38 D 0.027 0.002 0.011 0.026 0.058 0.837 0.040 39 N 0.005 0.001 0.005 0.010 0.148 0.776 0.054 40 T 0.016 0.032 0.004 0.038 0.281 0.037 0.593 41 P 0.007 0.006 0.016 0.829 0.019 0.087 0.036 42 A 0.018 0.004 0.073 0.724 0.036 0.112 0.033 43 A 0.035 0.008 0.127 0.671 0.021 0.052 0.085 44 L 0.049 0.028 0.105 0.556 0.060 0.157 0.044 45 D 0.024 0.011 0.033 0.088 0.033 0.767 0.044 46 G 0.031 0.001 0.013 0.017 0.204 0.489 0.245 47 T 0.202 0.036 0.007 0.006 0.113 0.023 0.614 48 V 0.205 0.319 0.001 0.002 0.043 0.002 0.428 49 A 0.056 0.003 0.001 0.001 0.025 0.002 0.912 50 A 0.003 0.001 0.013 0.007 0.109 0.857 0.010 51 G 0.018 0.001 0.010 0.001 0.031 0.915 0.023 52 D 0.157 0.004 0.004 0.001 0.054 0.006 0.773 53 E 0.915 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.077 54 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 55 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 56 G 0.938 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.053 57 V 0.864 0.011 0.002 0.001 0.009 0.013 0.101 58 N 0.555 0.008 0.004 0.003 0.042 0.266 0.122 59 G 0.135 0.002 0.007 0.001 0.254 0.498 0.104 60 R 0.440 0.021 0.014 0.004 0.225 0.092 0.204 61 S 0.621 0.065 0.010 0.006 0.051 0.044 0.203 62 I 0.341 0.035 0.042 0.010 0.080 0.064 0.427 63 K 0.157 0.012 0.059 0.024 0.123 0.352 0.272 64 G 0.045 0.005 0.039 0.026 0.261 0.428 0.196 65 K 0.059 0.012 0.006 0.033 0.232 0.033 0.625 66 T 0.065 0.041 0.003 0.070 0.081 0.015 0.725 67 K 0.003 0.002 0.005 0.951 0.006 0.008 0.026 68 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.003 69 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.002 70 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 74 I 0.002 0.001 0.005 0.973 0.001 0.016 0.002 75 Q 0.002 0.001 0.018 0.889 0.003 0.084 0.003 76 E 0.003 0.001 0.034 0.597 0.010 0.343 0.013 77 V 0.019 0.007 0.041 0.087 0.283 0.231 0.331 78 K 0.009 0.001 0.024 0.004 0.318 0.488 0.157 79 G 0.090 0.001 0.015 0.001 0.462 0.243 0.188 80 E 0.740 0.011 0.005 0.001 0.042 0.010 0.192 81 V 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 82 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 83 I 0.953 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 84 H 0.643 0.004 0.001 0.001 0.018 0.006 0.328 85 Y 0.153 0.005 0.004 0.004 0.109 0.071 0.653 86 N 0.132 0.007 0.018 0.013 0.163 0.203 0.463 87 K 0.154 0.012 0.069 0.060 0.124 0.192 0.387 88 L 0.335 0.011 0.079 0.095 0.078 0.110 0.292 89 Q 0.446 0.009 0.069 0.136 0.066 0.055 0.219 90 Y 0.498 0.014 0.062 0.129 0.075 0.055 0.166 91 Y 0.451 0.026 0.037 0.084 0.085 0.089 0.228 92 K 0.139 0.019 0.008 0.024 0.010 0.036 0.764 93 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993