# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.198 0.248 0.223 0.119 0.099 0.029 0.033 0.018 0.018 0.013 0.001 2 M 0.125 0.288 0.358 0.101 0.057 0.027 0.013 0.004 0.021 0.005 0.001 3 V 0.013 0.419 0.265 0.001 0.025 0.019 0.011 0.001 0.245 0.001 0.001 4 P 0.064 0.003 0.796 0.010 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 5 G 0.051 0.100 0.129 0.056 0.275 0.011 0.078 0.219 0.009 0.071 0.001 6 K 0.018 0.621 0.232 0.018 0.078 0.016 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 7 V 0.002 0.724 0.182 0.004 0.028 0.026 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 8 T 0.003 0.828 0.112 0.003 0.009 0.024 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 9 L 0.008 0.621 0.271 0.003 0.017 0.059 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 10 Q 0.009 0.559 0.281 0.007 0.015 0.068 0.002 0.001 0.059 0.001 0.001 11 K 0.067 0.412 0.335 0.040 0.053 0.055 0.004 0.001 0.029 0.002 0.001 12 D 0.041 0.169 0.425 0.031 0.132 0.076 0.022 0.006 0.071 0.026 0.001 13 A 0.635 0.019 0.085 0.183 0.015 0.015 0.013 0.014 0.006 0.011 0.004 14 Q 0.321 0.030 0.072 0.434 0.018 0.012 0.054 0.036 0.008 0.013 0.002 15 N 0.102 0.081 0.138 0.183 0.082 0.020 0.270 0.075 0.031 0.016 0.001 16 L 0.138 0.204 0.355 0.073 0.049 0.054 0.075 0.008 0.030 0.008 0.005 17 I 0.069 0.376 0.258 0.192 0.040 0.032 0.009 0.002 0.020 0.001 0.002 18 G 0.018 0.196 0.152 0.024 0.457 0.013 0.026 0.042 0.011 0.061 0.001 19 I 0.004 0.815 0.078 0.003 0.085 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 20 S 0.006 0.768 0.124 0.004 0.046 0.024 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 21 I 0.027 0.639 0.231 0.015 0.032 0.037 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 22 G 0.039 0.420 0.172 0.024 0.237 0.020 0.017 0.008 0.033 0.030 0.001 23 G 0.045 0.064 0.174 0.059 0.236 0.008 0.084 0.071 0.015 0.243 0.002 24 G 0.073 0.023 0.293 0.025 0.153 0.008 0.023 0.145 0.004 0.246 0.007 25 A 0.510 0.095 0.137 0.191 0.022 0.016 0.009 0.007 0.007 0.005 0.001 26 Q 0.291 0.132 0.137 0.233 0.061 0.022 0.078 0.018 0.015 0.010 0.002 27 Y 0.204 0.184 0.167 0.222 0.093 0.028 0.037 0.023 0.031 0.010 0.001 28 C 0.033 0.225 0.387 0.003 0.047 0.018 0.051 0.001 0.231 0.003 0.002 29 P 0.207 0.004 0.435 0.040 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 30 C 0.084 0.286 0.398 0.042 0.095 0.033 0.022 0.014 0.018 0.008 0.001 31 L 0.034 0.541 0.340 0.013 0.030 0.020 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 32 Y 0.007 0.675 0.240 0.003 0.017 0.039 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 33 I 0.003 0.449 0.420 0.001 0.006 0.106 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 34 V 0.638 0.081 0.010 0.256 0.008 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 35 Q 0.004 0.655 0.044 0.002 0.272 0.007 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 36 V 0.017 0.761 0.161 0.007 0.013 0.015 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 37 F 0.014 0.655 0.169 0.005 0.038 0.020 0.001 0.001 0.097 0.001 0.001 38 D 0.063 0.024 0.822 0.021 0.003 0.028 0.019 0.001 0.005 0.013 0.001 39 N 0.033 0.004 0.017 0.227 0.010 0.017 0.196 0.483 0.009 0.003 0.001 40 T 0.005 0.158 0.762 0.002 0.035 0.008 0.006 0.001 0.022 0.002 0.001 41 P 0.191 0.029 0.671 0.025 0.002 0.044 0.002 0.001 0.004 0.001 0.031 42 A 0.212 0.252 0.380 0.056 0.043 0.030 0.004 0.003 0.014 0.005 0.001 43 A 0.216 0.259 0.342 0.057 0.063 0.032 0.004 0.003 0.020 0.003 0.001 44 L 0.338 0.295 0.164 0.108 0.027 0.028 0.008 0.002 0.026 0.003 0.001 45 D 0.105 0.057 0.237 0.282 0.026 0.033 0.193 0.008 0.048 0.011 0.001 46 G 0.011 0.004 0.019 0.010 0.040 0.002 0.099 0.723 0.001 0.092 0.001 47 T 0.063 0.439 0.329 0.073 0.035 0.034 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 48 V 0.025 0.387 0.530 0.005 0.013 0.025 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 49 A 0.029 0.531 0.367 0.005 0.021 0.018 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 50 A 0.053 0.007 0.928 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.037 0.001 0.007 0.013 0.004 0.001 0.026 0.858 0.001 0.052 0.001 52 D 0.060 0.089 0.697 0.048 0.013 0.058 0.020 0.002 0.013 0.001 0.001 53 E 0.035 0.636 0.230 0.028 0.027 0.025 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 54 I 0.012 0.515 0.411 0.001 0.009 0.044 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 55 T 0.580 0.111 0.011 0.279 0.004 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 56 G 0.011 0.422 0.077 0.004 0.469 0.006 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 57 V 0.063 0.776 0.038 0.027 0.027 0.014 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 58 N 0.050 0.097 0.169 0.184 0.045 0.070 0.282 0.003 0.089 0.011 0.001 59 G 0.014 0.003 0.017 0.013 0.037 0.003 0.126 0.706 0.001 0.079 0.001 60 R 0.127 0.448 0.319 0.032 0.037 0.015 0.002 0.001 0.017 0.003 0.001 61 S 0.095 0.139 0.663 0.009 0.009 0.057 0.008 0.001 0.011 0.004 0.003 62 I 0.311 0.272 0.101 0.228 0.024 0.035 0.007 0.002 0.020 0.001 0.001 63 K 0.145 0.179 0.444 0.121 0.025 0.020 0.033 0.002 0.028 0.003 0.001 64 G 0.015 0.002 0.007 0.063 0.010 0.003 0.244 0.627 0.003 0.026 0.001 65 K 0.006 0.275 0.649 0.006 0.015 0.027 0.010 0.001 0.011 0.001 0.001 66 T 0.005 0.097 0.861 0.001 0.012 0.019 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 67 K 0.992 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.973 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.978 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.604 0.003 0.008 0.373 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 77 V 0.265 0.076 0.361 0.197 0.005 0.044 0.009 0.001 0.041 0.001 0.001 78 K 0.304 0.022 0.122 0.308 0.017 0.021 0.138 0.031 0.012 0.024 0.001 79 G 0.048 0.042 0.128 0.038 0.232 0.004 0.081 0.250 0.003 0.175 0.001 80 E 0.038 0.369 0.453 0.032 0.057 0.030 0.002 0.001 0.014 0.001 0.003 81 V 0.005 0.681 0.210 0.008 0.031 0.032 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 82 T 0.010 0.792 0.114 0.006 0.020 0.033 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 83 I 0.019 0.574 0.288 0.012 0.021 0.060 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 84 H 0.019 0.595 0.154 0.021 0.083 0.039 0.013 0.001 0.073 0.002 0.001 85 Y 0.087 0.336 0.352 0.037 0.110 0.031 0.008 0.003 0.020 0.013 0.001 86 N 0.064 0.169 0.449 0.045 0.081 0.097 0.029 0.006 0.047 0.012 0.002 87 K 0.536 0.137 0.140 0.108 0.021 0.026 0.009 0.004 0.013 0.002 0.002 88 L 0.400 0.195 0.234 0.077 0.027 0.031 0.010 0.003 0.019 0.003 0.001 89 Q 0.340 0.244 0.190 0.109 0.038 0.033 0.012 0.003 0.027 0.002 0.001 90 Y 0.283 0.276 0.204 0.090 0.057 0.033 0.019 0.004 0.028 0.003 0.002 91 Y 0.240 0.297 0.233 0.087 0.058 0.035 0.014 0.004 0.026 0.004 0.001 92 K 0.192 0.278 0.289 0.082 0.037 0.055 0.023 0.004 0.036 0.003 0.002 93 V 0.223 0.281 0.286 0.059 0.056 0.032 0.018 0.005 0.029 0.009 0.001