# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.424 0.209 0.156 0.092 0.058 0.028 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 M 0.129 0.101 0.119 0.154 0.174 0.131 0.085 0.056 0.028 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 3 V 0.098 0.107 0.130 0.166 0.181 0.118 0.082 0.057 0.027 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 4 P 0.071 0.080 0.091 0.132 0.148 0.139 0.116 0.084 0.058 0.045 0.020 0.009 0.004 0.002 5 G 0.027 0.024 0.039 0.077 0.106 0.118 0.131 0.115 0.116 0.114 0.075 0.034 0.014 0.009 6 K 0.006 0.012 0.022 0.049 0.087 0.096 0.115 0.176 0.132 0.121 0.095 0.049 0.023 0.015 7 V 0.004 0.001 0.002 0.004 0.007 0.021 0.036 0.076 0.115 0.188 0.194 0.198 0.116 0.038 8 T 0.004 0.008 0.017 0.046 0.069 0.069 0.117 0.207 0.161 0.128 0.080 0.054 0.024 0.016 9 L 0.003 0.002 0.003 0.007 0.013 0.037 0.047 0.119 0.136 0.221 0.204 0.128 0.062 0.017 10 Q 0.019 0.036 0.065 0.130 0.169 0.145 0.132 0.122 0.092 0.049 0.021 0.012 0.004 0.003 11 K 0.054 0.067 0.081 0.158 0.177 0.132 0.091 0.079 0.076 0.050 0.024 0.008 0.002 0.002 12 D 0.149 0.186 0.182 0.189 0.129 0.075 0.035 0.023 0.023 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 13 A 0.281 0.305 0.159 0.131 0.058 0.030 0.015 0.009 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.311 0.336 0.186 0.080 0.044 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 N 0.210 0.223 0.211 0.113 0.094 0.069 0.040 0.018 0.009 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 16 L 0.042 0.057 0.074 0.103 0.187 0.157 0.146 0.094 0.065 0.032 0.026 0.008 0.004 0.003 17 I 0.004 0.005 0.009 0.021 0.043 0.066 0.100 0.193 0.155 0.152 0.125 0.074 0.042 0.013 18 G 0.002 0.004 0.006 0.016 0.028 0.041 0.075 0.169 0.161 0.158 0.127 0.128 0.054 0.030 19 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.011 0.023 0.064 0.114 0.202 0.227 0.212 0.092 0.043 20 S 0.002 0.003 0.006 0.013 0.027 0.041 0.062 0.111 0.161 0.175 0.147 0.130 0.061 0.061 21 I 0.002 0.001 0.002 0.004 0.009 0.022 0.037 0.067 0.115 0.180 0.220 0.188 0.097 0.053 22 G 0.009 0.017 0.031 0.062 0.091 0.122 0.152 0.171 0.132 0.089 0.059 0.033 0.017 0.013 23 G 0.028 0.045 0.053 0.097 0.127 0.137 0.126 0.116 0.097 0.074 0.054 0.026 0.010 0.008 24 G 0.045 0.069 0.089 0.134 0.161 0.143 0.120 0.095 0.081 0.035 0.016 0.006 0.002 0.001 25 A 0.093 0.131 0.127 0.168 0.135 0.111 0.084 0.067 0.043 0.022 0.013 0.004 0.002 0.001 26 Q 0.204 0.204 0.190 0.125 0.087 0.070 0.051 0.034 0.020 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 27 Y 0.084 0.094 0.122 0.116 0.149 0.139 0.107 0.095 0.044 0.026 0.015 0.004 0.003 0.001 28 C 0.043 0.068 0.081 0.113 0.157 0.143 0.134 0.115 0.064 0.042 0.022 0.009 0.006 0.003 29 P 0.017 0.026 0.045 0.073 0.124 0.132 0.148 0.114 0.109 0.091 0.057 0.032 0.016 0.014 30 C 0.005 0.006 0.010 0.021 0.042 0.067 0.099 0.103 0.148 0.170 0.143 0.097 0.053 0.038 31 L 0.003 0.002 0.004 0.009 0.013 0.030 0.057 0.077 0.127 0.147 0.223 0.154 0.090 0.064 32 Y 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.022 0.038 0.081 0.133 0.168 0.219 0.159 0.094 0.064 33 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.014 0.034 0.094 0.145 0.157 0.193 0.190 0.116 0.042 34 V 0.005 0.011 0.014 0.032 0.040 0.060 0.097 0.213 0.146 0.144 0.127 0.053 0.039 0.018 35 Q 0.015 0.037 0.053 0.079 0.127 0.126 0.129 0.124 0.116 0.082 0.060 0.031 0.009 0.011 36 V 0.008 0.011 0.021 0.048 0.088 0.137 0.176 0.195 0.134 0.105 0.047 0.021 0.007 0.003 37 F 0.026 0.062 0.110 0.139 0.174 0.183 0.128 0.082 0.060 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 38 D 0.160 0.136 0.142 0.146 0.168 0.094 0.059 0.050 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 39 N 0.187 0.223 0.189 0.143 0.119 0.055 0.036 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 40 T 0.211 0.140 0.131 0.146 0.141 0.107 0.054 0.032 0.020 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 41 P 0.150 0.123 0.134 0.161 0.183 0.116 0.064 0.030 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 42 A 0.201 0.090 0.093 0.151 0.138 0.134 0.091 0.036 0.027 0.018 0.013 0.004 0.002 0.001 43 A 0.353 0.275 0.152 0.093 0.053 0.032 0.022 0.010 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 44 L 0.172 0.101 0.139 0.130 0.160 0.123 0.070 0.048 0.027 0.014 0.010 0.003 0.002 0.001 45 D 0.248 0.157 0.157 0.146 0.132 0.065 0.044 0.024 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 46 G 0.359 0.134 0.109 0.106 0.099 0.076 0.042 0.031 0.020 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 47 T 0.115 0.109 0.132 0.202 0.199 0.102 0.062 0.035 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 48 V 0.055 0.036 0.054 0.106 0.137 0.181 0.160 0.106 0.070 0.057 0.022 0.010 0.005 0.002 49 A 0.077 0.107 0.121 0.164 0.160 0.133 0.099 0.067 0.038 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 50 A 0.059 0.050 0.078 0.106 0.135 0.148 0.117 0.108 0.072 0.059 0.041 0.017 0.007 0.003 51 G 0.040 0.049 0.061 0.107 0.158 0.140 0.117 0.101 0.089 0.065 0.036 0.022 0.008 0.005 52 D 0.028 0.025 0.038 0.067 0.074 0.096 0.132 0.171 0.144 0.104 0.059 0.035 0.018 0.009 53 E 0.014 0.017 0.031 0.061 0.099 0.123 0.125 0.194 0.133 0.102 0.049 0.027 0.015 0.010 54 I 0.010 0.007 0.010 0.018 0.040 0.065 0.074 0.097 0.143 0.161 0.144 0.119 0.079 0.033 55 T 0.024 0.023 0.037 0.089 0.090 0.110 0.161 0.099 0.110 0.097 0.075 0.047 0.022 0.017 56 G 0.045 0.052 0.074 0.102 0.114 0.133 0.139 0.095 0.097 0.047 0.061 0.022 0.008 0.009 57 V 0.022 0.016 0.025 0.042 0.079 0.130 0.132 0.174 0.136 0.095 0.077 0.039 0.027 0.007 58 N 0.064 0.091 0.094 0.148 0.154 0.124 0.119 0.098 0.050 0.030 0.017 0.008 0.003 0.002 59 G 0.097 0.096 0.126 0.140 0.188 0.119 0.089 0.052 0.045 0.026 0.013 0.006 0.002 0.001 60 R 0.132 0.105 0.121 0.158 0.147 0.123 0.081 0.051 0.039 0.022 0.013 0.004 0.002 0.001 61 S 0.205 0.155 0.137 0.139 0.127 0.095 0.063 0.036 0.024 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 62 I 0.063 0.039 0.055 0.098 0.156 0.184 0.142 0.109 0.075 0.047 0.021 0.007 0.004 0.001 63 K 0.202 0.160 0.157 0.175 0.134 0.083 0.046 0.021 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 64 G 0.448 0.174 0.138 0.086 0.067 0.038 0.023 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 65 K 0.274 0.171 0.143 0.156 0.118 0.062 0.038 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 66 T 0.256 0.186 0.165 0.124 0.094 0.079 0.048 0.027 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 67 K 0.079 0.073 0.122 0.149 0.207 0.164 0.099 0.056 0.033 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 68 V 0.390 0.245 0.153 0.093 0.064 0.031 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.167 0.279 0.213 0.157 0.105 0.046 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.007 0.008 0.016 0.058 0.120 0.190 0.247 0.244 0.089 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 71 A 0.014 0.038 0.097 0.203 0.231 0.191 0.136 0.053 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 72 K 0.544 0.326 0.101 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.011 0.032 0.084 0.191 0.245 0.212 0.141 0.065 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.004 0.007 0.021 0.086 0.200 0.209 0.223 0.128 0.095 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.241 0.295 0.196 0.152 0.070 0.029 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.364 0.256 0.183 0.102 0.053 0.024 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.017 0.026 0.063 0.176 0.243 0.214 0.142 0.079 0.024 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 78 K 0.128 0.188 0.209 0.153 0.141 0.083 0.055 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 79 G 0.217 0.127 0.131 0.151 0.153 0.095 0.059 0.028 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 80 E 0.039 0.062 0.085 0.171 0.221 0.158 0.115 0.049 0.045 0.029 0.016 0.007 0.003 0.002 81 V 0.013 0.006 0.013 0.026 0.048 0.094 0.124 0.139 0.157 0.153 0.112 0.068 0.036 0.014 82 T 0.017 0.025 0.038 0.093 0.124 0.116 0.141 0.177 0.108 0.064 0.046 0.028 0.013 0.009 83 I 0.010 0.004 0.005 0.010 0.016 0.040 0.046 0.093 0.128 0.198 0.188 0.156 0.088 0.018 84 H 0.020 0.024 0.036 0.087 0.124 0.105 0.139 0.147 0.137 0.093 0.042 0.030 0.010 0.006 85 Y 0.029 0.029 0.039 0.070 0.096 0.126 0.121 0.135 0.114 0.112 0.081 0.032 0.012 0.005 86 N 0.152 0.124 0.142 0.132 0.142 0.113 0.073 0.045 0.038 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 87 K 0.145 0.126 0.127 0.156 0.156 0.089 0.068 0.051 0.041 0.027 0.010 0.003 0.001 0.001 88 L 0.126 0.100 0.118 0.147 0.162 0.134 0.087 0.060 0.035 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 89 Q 0.329 0.172 0.156 0.114 0.092 0.056 0.036 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.214 0.104 0.119 0.136 0.156 0.096 0.068 0.054 0.027 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 91 Y 0.202 0.108 0.105 0.140 0.151 0.112 0.070 0.053 0.027 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 92 K 0.287 0.150 0.134 0.135 0.116 0.067 0.043 0.030 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 93 V 0.230 0.104 0.109 0.130 0.124 0.108 0.075 0.049 0.032 0.023 0.010 0.004 0.001 0.001