# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.124 0.109 0.164 0.150 0.034 0.014 0.202 0.010 0.007 0.002 0.005 0.011 0.006 0.005 0.003 0.022 0.020 0.031 0.037 0.008 0.015 0.018 2 M 0.075 0.202 0.155 0.097 0.021 0.016 0.155 0.002 0.005 0.003 0.004 0.006 0.003 0.008 0.006 0.011 0.012 0.022 0.052 0.008 0.017 0.119 3 V 0.002 0.425 0.041 0.300 0.007 0.005 0.005 0.001 0.006 0.004 0.003 0.008 0.006 0.003 0.001 0.028 0.027 0.018 0.075 0.008 0.019 0.005 4 P 0.006 0.063 0.066 0.629 0.012 0.012 0.009 0.001 0.007 0.005 0.004 0.003 0.011 0.005 0.021 0.010 0.025 0.003 0.008 0.002 0.005 0.093 5 G 0.012 0.059 0.024 0.036 0.005 0.003 0.054 0.003 0.032 0.037 0.029 0.070 0.024 0.017 0.011 0.080 0.297 0.009 0.024 0.052 0.110 0.011 6 K 0.014 0.043 0.007 0.022 0.001 0.003 0.012 0.002 0.033 0.012 0.026 0.017 0.053 0.023 0.127 0.117 0.159 0.002 0.037 0.018 0.021 0.253 7 V 0.001 0.025 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.065 0.064 0.050 0.020 0.029 0.015 0.109 0.191 0.011 0.012 0.174 0.182 0.030 8 T 0.003 0.021 0.003 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.051 0.042 0.079 0.039 0.058 0.040 0.052 0.104 0.203 0.011 0.018 0.041 0.085 0.131 9 L 0.001 0.033 0.005 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 0.069 0.032 0.028 0.035 0.024 0.063 0.115 0.042 0.071 0.004 0.143 0.150 0.137 10 Q 0.002 0.031 0.007 0.013 0.002 0.002 0.003 0.001 0.015 0.013 0.023 0.020 0.021 0.011 0.011 0.058 0.033 0.464 0.002 0.158 0.068 0.044 11 K 0.004 0.107 0.033 0.083 0.005 0.009 0.007 0.001 0.015 0.017 0.020 0.023 0.014 0.014 0.013 0.084 0.038 0.044 0.003 0.228 0.096 0.143 12 D 0.003 0.172 0.033 0.134 0.026 0.007 0.004 0.004 0.004 0.008 0.007 0.008 0.005 0.004 0.004 0.013 0.013 0.479 0.002 0.019 0.030 0.022 13 A 0.009 0.021 0.685 0.070 0.010 0.075 0.014 0.010 0.003 0.001 0.004 0.006 0.003 0.002 0.001 0.010 0.008 0.028 0.001 0.012 0.010 0.017 14 Q 0.055 0.028 0.062 0.019 0.008 0.008 0.747 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.014 0.002 0.005 0.008 0.013 15 N 0.211 0.124 0.061 0.072 0.053 0.030 0.144 0.012 0.006 0.002 0.003 0.005 0.002 0.006 0.001 0.034 0.025 0.012 0.135 0.012 0.040 0.012 16 L 0.024 0.192 0.093 0.166 0.008 0.015 0.038 0.009 0.012 0.005 0.007 0.004 0.010 0.005 0.010 0.052 0.047 0.005 0.115 0.009 0.026 0.147 17 I 0.008 0.117 0.055 0.064 0.003 0.004 0.023 0.003 0.019 0.014 0.013 0.017 0.016 0.016 0.007 0.111 0.170 0.007 0.155 0.032 0.095 0.050 18 G 0.031 0.026 0.011 0.015 0.011 0.003 0.022 0.003 0.023 0.012 0.017 0.015 0.019 0.018 0.016 0.112 0.137 0.004 0.264 0.031 0.070 0.140 19 I 0.001 0.032 0.005 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.019 0.031 0.034 0.019 0.020 0.026 0.024 0.110 0.168 0.029 0.134 0.123 0.105 0.105 20 S 0.002 0.010 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.025 0.024 0.031 0.067 0.044 0.028 0.014 0.093 0.099 0.035 0.011 0.285 0.112 0.104 21 I 0.003 0.019 0.006 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 0.024 0.036 0.025 0.018 0.020 0.059 0.105 0.047 0.067 0.005 0.206 0.132 0.195 22 G 0.005 0.030 0.023 0.015 0.004 0.003 0.005 0.002 0.021 0.029 0.044 0.047 0.031 0.018 0.009 0.092 0.055 0.223 0.004 0.190 0.112 0.036 23 G 0.055 0.073 0.049 0.077 0.054 0.010 0.041 0.004 0.013 0.014 0.031 0.020 0.013 0.018 0.015 0.061 0.023 0.115 0.009 0.149 0.081 0.074 24 G 0.071 0.119 0.104 0.073 0.119 0.044 0.062 0.011 0.008 0.010 0.015 0.016 0.011 0.016 0.006 0.030 0.019 0.096 0.027 0.041 0.052 0.050 25 A 0.011 0.107 0.356 0.122 0.011 0.036 0.038 0.021 0.006 0.003 0.007 0.010 0.006 0.005 0.002 0.026 0.026 0.052 0.030 0.034 0.032 0.058 26 Q 0.073 0.097 0.221 0.086 0.015 0.012 0.206 0.020 0.003 0.002 0.003 0.006 0.003 0.003 0.002 0.018 0.015 0.072 0.016 0.019 0.023 0.085 27 Y 0.115 0.155 0.128 0.071 0.020 0.019 0.234 0.004 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.002 0.025 0.013 0.016 0.100 0.012 0.036 0.035 28 C 0.020 0.254 0.073 0.191 0.035 0.016 0.040 0.002 0.005 0.003 0.003 0.005 0.004 0.005 0.002 0.025 0.017 0.016 0.200 0.021 0.036 0.028 29 P 0.006 0.086 0.062 0.476 0.014 0.007 0.019 0.003 0.014 0.007 0.004 0.009 0.011 0.006 0.005 0.045 0.073 0.005 0.062 0.022 0.032 0.033 30 C 0.020 0.069 0.016 0.066 0.006 0.005 0.043 0.004 0.032 0.012 0.008 0.014 0.037 0.020 0.040 0.115 0.137 0.004 0.033 0.028 0.065 0.229 31 L 0.001 0.032 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.046 0.026 0.025 0.036 0.020 0.018 0.168 0.214 0.004 0.054 0.099 0.199 0.025 32 Y 0.001 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.059 0.050 0.049 0.057 0.056 0.023 0.143 0.147 0.002 0.013 0.128 0.119 0.102 33 I 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.136 0.080 0.037 0.056 0.031 0.046 0.149 0.121 0.006 0.003 0.076 0.185 0.024 34 V 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.079 0.071 0.048 0.112 0.070 0.051 0.135 0.052 0.025 0.002 0.102 0.116 0.061 35 Q 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.091 0.094 0.058 0.048 0.038 0.014 0.073 0.019 0.052 0.001 0.315 0.136 0.016 36 V 0.002 0.050 0.017 0.012 0.001 0.004 0.003 0.001 0.065 0.098 0.071 0.029 0.091 0.081 0.072 0.106 0.054 0.011 0.003 0.030 0.055 0.144 37 F 0.002 0.216 0.034 0.064 0.006 0.005 0.003 0.004 0.027 0.073 0.048 0.057 0.052 0.032 0.013 0.066 0.016 0.095 0.004 0.057 0.111 0.013 38 D 0.025 0.097 0.182 0.373 0.026 0.033 0.032 0.008 0.011 0.018 0.032 0.008 0.020 0.016 0.024 0.022 0.007 0.018 0.002 0.007 0.017 0.021 39 N 0.106 0.126 0.146 0.054 0.036 0.015 0.366 0.004 0.004 0.010 0.006 0.016 0.004 0.015 0.003 0.016 0.004 0.001 0.009 0.013 0.039 0.007 40 T 0.004 0.571 0.016 0.288 0.017 0.028 0.005 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.032 0.003 0.006 0.002 41 P 0.003 0.024 0.408 0.146 0.011 0.335 0.003 0.032 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 42 A 0.003 0.026 0.065 0.018 0.001 0.042 0.250 0.553 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.004 0.001 0.002 0.008 43 A 0.003 0.049 0.060 0.037 0.001 0.024 0.162 0.579 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.008 0.009 0.017 0.005 0.006 0.006 0.025 44 L 0.009 0.124 0.248 0.114 0.001 0.008 0.096 0.295 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.002 0.008 0.015 0.025 0.003 0.011 0.009 0.015 45 D 0.049 0.083 0.152 0.155 0.005 0.010 0.466 0.012 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.006 0.007 0.007 0.005 0.016 0.006 46 G 0.493 0.011 0.016 0.010 0.236 0.003 0.162 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.004 0.001 0.032 0.002 0.009 0.003 47 T 0.007 0.079 0.028 0.099 0.001 0.008 0.010 0.008 0.003 0.002 0.006 0.004 0.004 0.005 0.009 0.006 0.006 0.006 0.659 0.007 0.007 0.033 48 V 0.007 0.249 0.066 0.140 0.003 0.010 0.010 0.008 0.015 0.010 0.012 0.056 0.032 0.028 0.005 0.027 0.042 0.015 0.024 0.021 0.039 0.182 49 A 0.006 0.331 0.069 0.189 0.005 0.009 0.009 0.005 0.018 0.007 0.008 0.008 0.011 0.010 0.021 0.031 0.012 0.025 0.128 0.008 0.025 0.066 50 A 0.005 0.156 0.092 0.435 0.007 0.023 0.012 0.005 0.016 0.014 0.013 0.018 0.030 0.013 0.011 0.026 0.016 0.029 0.019 0.009 0.030 0.021 51 G 0.038 0.055 0.075 0.122 0.102 0.022 0.127 0.017 0.017 0.008 0.015 0.078 0.030 0.021 0.008 0.027 0.023 0.008 0.005 0.122 0.045 0.035 52 D 0.008 0.129 0.073 0.131 0.003 0.029 0.051 0.025 0.042 0.022 0.020 0.016 0.035 0.017 0.014 0.107 0.122 0.003 0.017 0.039 0.058 0.037 53 E 0.007 0.042 0.048 0.028 0.004 0.007 0.034 0.024 0.026 0.017 0.013 0.016 0.029 0.022 0.012 0.097 0.423 0.003 0.007 0.028 0.063 0.050 54 I 0.004 0.038 0.019 0.008 0.001 0.005 0.023 0.017 0.029 0.019 0.032 0.029 0.031 0.018 0.023 0.171 0.175 0.043 0.019 0.082 0.125 0.089 55 T 0.003 0.018 0.014 0.007 0.001 0.006 0.010 0.011 0.015 0.031 0.039 0.030 0.033 0.043 0.016 0.100 0.057 0.221 0.017 0.057 0.096 0.177 56 G 0.003 0.017 0.006 0.003 0.002 0.002 0.007 0.010 0.018 0.025 0.027 0.060 0.016 0.030 0.007 0.079 0.065 0.093 0.012 0.232 0.174 0.113 57 V 0.003 0.125 0.025 0.032 0.001 0.004 0.002 0.006 0.020 0.051 0.023 0.009 0.021 0.011 0.079 0.038 0.029 0.408 0.004 0.014 0.040 0.056 58 N 0.046 0.038 0.153 0.123 0.018 0.014 0.063 0.006 0.023 0.035 0.052 0.054 0.058 0.020 0.015 0.054 0.040 0.076 0.002 0.049 0.046 0.015 59 G 0.557 0.010 0.005 0.003 0.166 0.005 0.191 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.005 0.003 0.005 0.004 0.009 0.006 0.003 0.008 0.005 60 R 0.007 0.109 0.038 0.065 0.004 0.015 0.010 0.005 0.003 0.007 0.009 0.008 0.007 0.006 0.003 0.011 0.014 0.016 0.628 0.007 0.011 0.017 61 S 0.008 0.310 0.057 0.236 0.007 0.010 0.010 0.016 0.003 0.003 0.006 0.013 0.013 0.005 0.005 0.011 0.013 0.037 0.020 0.007 0.013 0.197 62 I 0.024 0.112 0.451 0.073 0.007 0.056 0.026 0.023 0.003 0.002 0.009 0.008 0.005 0.005 0.010 0.011 0.024 0.014 0.073 0.005 0.010 0.052 63 K 0.033 0.110 0.183 0.161 0.007 0.010 0.309 0.035 0.002 0.001 0.003 0.011 0.004 0.003 0.002 0.008 0.003 0.006 0.086 0.005 0.009 0.008 64 G 0.345 0.064 0.033 0.043 0.082 0.047 0.290 0.018 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.005 0.004 0.001 0.003 0.028 0.012 0.005 0.009 65 K 0.018 0.219 0.199 0.196 0.007 0.108 0.040 0.032 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.001 0.008 0.002 0.001 0.117 0.017 0.012 0.008 66 T 0.006 0.365 0.020 0.471 0.009 0.032 0.010 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.004 0.006 0.004 67 K 0.002 0.003 0.037 0.007 0.001 0.912 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.048 0.007 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 0.002 0.018 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.006 0.004 0.129 0.002 0.001 0.005 0.131 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 76 E 0.006 0.011 0.384 0.006 0.001 0.009 0.304 0.248 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.016 77 V 0.023 0.245 0.380 0.173 0.002 0.012 0.065 0.039 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.034 0.004 0.001 0.004 0.004 78 K 0.157 0.073 0.322 0.245 0.021 0.024 0.104 0.007 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.004 0.007 0.008 0.001 0.004 0.005 79 G 0.156 0.054 0.055 0.063 0.059 0.010 0.425 0.005 0.006 0.004 0.006 0.008 0.008 0.011 0.003 0.023 0.020 0.005 0.054 0.002 0.015 0.006 80 E 0.011 0.134 0.024 0.080 0.003 0.010 0.033 0.004 0.034 0.022 0.032 0.034 0.073 0.038 0.036 0.058 0.097 0.003 0.170 0.005 0.021 0.075 81 V 0.001 0.073 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.144 0.071 0.069 0.090 0.036 0.029 0.083 0.196 0.006 0.018 0.008 0.070 0.037 82 T 0.002 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.041 0.058 0.052 0.173 0.064 0.078 0.152 0.104 0.002 0.038 0.006 0.027 0.100 83 I 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.137 0.145 0.073 0.093 0.063 0.054 0.093 0.123 0.016 0.012 0.032 0.081 0.027 84 H 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.074 0.075 0.123 0.131 0.061 0.030 0.099 0.079 0.009 0.003 0.106 0.067 0.074 85 Y 0.001 0.019 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.174 0.075 0.031 0.064 0.039 0.058 0.104 0.063 0.064 0.002 0.083 0.106 0.067 86 N 0.003 0.022 0.013 0.013 0.004 0.003 0.002 0.002 0.044 0.060 0.045 0.049 0.070 0.037 0.015 0.112 0.082 0.058 0.002 0.153 0.148 0.065 87 K 0.010 0.106 0.027 0.058 0.008 0.009 0.015 0.004 0.021 0.046 0.039 0.022 0.030 0.022 0.028 0.091 0.071 0.057 0.004 0.134 0.119 0.080 88 L 0.014 0.135 0.102 0.131 0.013 0.022 0.021 0.010 0.017 0.035 0.024 0.020 0.024 0.019 0.012 0.055 0.065 0.051 0.011 0.067 0.092 0.061 89 Q 0.029 0.185 0.106 0.173 0.019 0.015 0.077 0.023 0.010 0.011 0.016 0.015 0.011 0.012 0.008 0.044 0.049 0.023 0.013 0.043 0.063 0.055 90 Y 0.030 0.275 0.124 0.150 0.010 0.025 0.083 0.014 0.007 0.008 0.008 0.008 0.008 0.009 0.014 0.032 0.021 0.019 0.023 0.021 0.041 0.073 91 Y 0.017 0.283 0.120 0.224 0.013 0.018 0.047 0.012 0.007 0.007 0.009 0.012 0.006 0.010 0.005 0.031 0.023 0.018 0.040 0.027 0.050 0.022 92 K 0.029 0.236 0.090 0.317 0.028 0.022 0.056 0.014 0.007 0.004 0.006 0.009 0.007 0.008 0.011 0.018 0.013 0.010 0.026 0.016 0.023 0.051 93 V 0.011 0.295 0.126 0.259 0.010 0.042 0.034 0.017 0.009 0.006 0.007 0.011 0.008 0.009 0.008 0.024 0.016 0.014 0.026 0.018 0.028 0.022