# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.003 0.888 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.049 0.017 0.012 0.021 2 M 0.001 0.027 0.784 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.082 0.021 0.008 0.062 3 V 0.001 0.014 0.484 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.233 0.009 0.219 0.018 4 P 0.001 0.004 0.631 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.070 0.021 0.002 0.231 5 G 0.037 0.004 0.283 0.038 0.002 0.001 0.020 0.002 0.064 0.077 0.010 0.424 0.038 6 K 0.240 0.003 0.043 0.001 0.001 0.001 0.056 0.002 0.034 0.004 0.001 0.054 0.563 7 V 0.529 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.084 0.004 0.026 0.002 0.001 0.266 0.068 8 T 0.520 0.001 0.027 0.007 0.001 0.001 0.097 0.004 0.027 0.001 0.001 0.088 0.228 9 L 0.399 0.002 0.045 0.009 0.001 0.001 0.074 0.002 0.037 0.003 0.001 0.200 0.227 10 Q 0.325 0.003 0.123 0.017 0.001 0.001 0.039 0.001 0.046 0.016 0.004 0.192 0.234 11 K 0.134 0.029 0.193 0.006 0.002 0.001 0.017 0.001 0.034 0.058 0.014 0.126 0.387 12 D 0.008 0.012 0.586 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.009 0.120 0.068 0.068 0.113 13 A 0.002 0.004 0.118 0.006 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.166 0.630 0.013 0.023 14 Q 0.002 0.003 0.090 0.002 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.197 0.639 0.012 0.014 15 N 0.008 0.010 0.260 0.009 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.418 0.160 0.058 0.035 16 L 0.036 0.024 0.322 0.010 0.023 0.002 0.003 0.001 0.001 0.174 0.107 0.050 0.249 17 I 0.182 0.011 0.196 0.082 0.007 0.001 0.008 0.001 0.002 0.080 0.040 0.128 0.262 18 G 0.471 0.003 0.071 0.021 0.002 0.001 0.016 0.001 0.002 0.018 0.007 0.213 0.175 19 I 0.596 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.027 0.001 0.004 0.005 0.001 0.141 0.206 20 S 0.634 0.002 0.015 0.004 0.001 0.001 0.028 0.003 0.008 0.002 0.001 0.206 0.095 21 I 0.523 0.003 0.032 0.007 0.003 0.002 0.043 0.004 0.013 0.006 0.007 0.062 0.294 22 G 0.402 0.005 0.054 0.052 0.005 0.002 0.033 0.004 0.011 0.036 0.049 0.240 0.107 23 G 0.119 0.008 0.116 0.020 0.008 0.001 0.009 0.002 0.010 0.204 0.161 0.140 0.202 24 G 0.034 0.014 0.235 0.012 0.020 0.002 0.004 0.001 0.009 0.271 0.159 0.075 0.163 25 A 0.020 0.039 0.215 0.015 0.063 0.006 0.004 0.001 0.008 0.204 0.233 0.077 0.114 26 Q 0.012 0.020 0.207 0.013 0.066 0.008 0.003 0.001 0.005 0.242 0.306 0.042 0.074 27 Y 0.009 0.038 0.264 0.033 0.044 0.005 0.003 0.001 0.004 0.342 0.197 0.015 0.045 28 C 0.003 0.017 0.405 0.009 0.022 0.002 0.001 0.001 0.003 0.393 0.064 0.045 0.036 29 P 0.005 0.007 0.331 0.052 0.032 0.003 0.001 0.001 0.002 0.278 0.222 0.006 0.062 30 C 0.065 0.010 0.239 0.030 0.026 0.003 0.010 0.001 0.010 0.209 0.096 0.228 0.072 31 L 0.291 0.008 0.101 0.010 0.003 0.001 0.058 0.006 0.020 0.026 0.004 0.041 0.432 32 Y 0.448 0.005 0.022 0.002 0.001 0.001 0.084 0.012 0.019 0.001 0.001 0.357 0.048 33 I 0.251 0.003 0.064 0.018 0.007 0.006 0.084 0.011 0.034 0.004 0.003 0.039 0.477 34 V 0.101 0.001 0.037 0.672 0.003 0.001 0.032 0.005 0.028 0.012 0.003 0.068 0.036 35 Q 0.170 0.002 0.070 0.015 0.004 0.001 0.048 0.007 0.101 0.019 0.004 0.326 0.234 36 V 0.060 0.017 0.080 0.005 0.003 0.002 0.028 0.015 0.132 0.008 0.002 0.030 0.618 37 F 0.010 0.018 0.410 0.149 0.007 0.005 0.006 0.002 0.074 0.031 0.005 0.215 0.068 38 D 0.001 0.003 0.060 0.021 0.036 0.019 0.001 0.001 0.006 0.164 0.645 0.006 0.037 39 N 0.001 0.001 0.111 0.015 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.154 0.683 0.004 0.004 40 T 0.001 0.045 0.560 0.002 0.011 0.013 0.001 0.001 0.003 0.296 0.025 0.025 0.019 41 P 0.001 0.020 0.373 0.002 0.083 0.151 0.001 0.001 0.004 0.070 0.252 0.002 0.040 42 A 0.007 0.033 0.163 0.030 0.186 0.168 0.002 0.006 0.007 0.112 0.254 0.018 0.013 43 A 0.011 0.033 0.245 0.010 0.229 0.140 0.003 0.010 0.009 0.074 0.187 0.011 0.038 44 L 0.017 0.029 0.233 0.003 0.128 0.194 0.007 0.005 0.011 0.104 0.187 0.046 0.035 45 D 0.002 0.013 0.160 0.015 0.027 0.078 0.001 0.001 0.003 0.071 0.616 0.005 0.009 46 G 0.001 0.001 0.044 0.006 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.196 0.736 0.004 0.002 47 T 0.006 0.036 0.538 0.007 0.001 0.002 0.004 0.004 0.022 0.236 0.056 0.030 0.059 48 V 0.009 0.240 0.413 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.069 0.084 0.005 0.080 0.085 49 A 0.001 0.024 0.856 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.035 0.002 0.015 0.036 50 A 0.001 0.007 0.038 0.026 0.036 0.012 0.001 0.001 0.001 0.057 0.816 0.002 0.005 51 G 0.001 0.001 0.033 0.027 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.877 0.001 0.001 52 D 0.007 0.003 0.643 0.014 0.017 0.003 0.002 0.001 0.004 0.175 0.029 0.022 0.080 53 E 0.199 0.076 0.175 0.006 0.012 0.009 0.025 0.003 0.014 0.042 0.026 0.183 0.230 54 I 0.199 0.039 0.060 0.012 0.006 0.021 0.045 0.023 0.034 0.014 0.010 0.126 0.411 55 T 0.162 0.002 0.068 0.553 0.003 0.008 0.015 0.008 0.013 0.012 0.010 0.056 0.092 56 G 0.690 0.001 0.018 0.005 0.005 0.012 0.046 0.008 0.011 0.006 0.023 0.062 0.112 57 V 0.569 0.005 0.012 0.001 0.004 0.008 0.028 0.002 0.007 0.003 0.005 0.166 0.188 58 N 0.018 0.002 0.015 0.162 0.010 0.019 0.001 0.001 0.002 0.034 0.655 0.064 0.017 59 G 0.009 0.001 0.010 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.856 0.001 0.016 60 R 0.067 0.014 0.136 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.015 0.001 0.690 0.052 61 S 0.022 0.057 0.113 0.006 0.001 0.001 0.015 0.001 0.024 0.005 0.002 0.011 0.743 62 I 0.035 0.021 0.395 0.105 0.038 0.018 0.027 0.011 0.019 0.037 0.096 0.141 0.057 63 K 0.004 0.011 0.064 0.011 0.044 0.017 0.004 0.004 0.005 0.118 0.685 0.009 0.024 64 G 0.001 0.001 0.124 0.010 0.018 0.005 0.001 0.001 0.002 0.233 0.589 0.005 0.010 65 K 0.005 0.033 0.657 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.182 0.018 0.053 0.038 66 T 0.004 0.095 0.641 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.006 0.050 0.007 0.013 0.161 67 K 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.960 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.720 0.001 0.001 0.001 0.012 0.251 0.001 0.001 77 V 0.001 0.005 0.309 0.001 0.034 0.316 0.001 0.001 0.001 0.136 0.197 0.001 0.001 78 K 0.001 0.006 0.184 0.007 0.053 0.021 0.001 0.001 0.001 0.189 0.538 0.001 0.002 79 G 0.001 0.002 0.244 0.024 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.476 0.226 0.007 0.005 80 E 0.013 0.007 0.651 0.029 0.005 0.001 0.005 0.001 0.019 0.108 0.038 0.026 0.099 81 V 0.200 0.010 0.159 0.004 0.001 0.001 0.080 0.008 0.063 0.022 0.001 0.234 0.219 82 T 0.391 0.002 0.046 0.015 0.001 0.001 0.110 0.015 0.034 0.005 0.001 0.250 0.132 83 I 0.670 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.130 0.019 0.013 0.002 0.001 0.046 0.104 84 H 0.724 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.116 0.009 0.009 0.001 0.001 0.097 0.038 85 Y 0.657 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.079 0.003 0.009 0.002 0.001 0.051 0.178 86 N 0.461 0.002 0.086 0.022 0.001 0.001 0.034 0.001 0.015 0.018 0.006 0.228 0.125 87 K 0.142 0.008 0.181 0.007 0.005 0.001 0.009 0.001 0.018 0.086 0.032 0.109 0.401 88 L 0.045 0.008 0.261 0.016 0.040 0.004 0.006 0.001 0.013 0.193 0.158 0.102 0.154 89 Q 0.041 0.020 0.232 0.010 0.055 0.010 0.006 0.001 0.009 0.203 0.156 0.136 0.120 90 Y 0.023 0.018 0.425 0.010 0.034 0.011 0.005 0.001 0.005 0.175 0.081 0.034 0.179 91 Y 0.010 0.022 0.594 0.004 0.012 0.009 0.003 0.001 0.003 0.139 0.044 0.092 0.068 92 K 0.002 0.017 0.822 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.047 0.016 0.012 0.071 93 V 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.008