# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.009 0.072 0.876 2 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.012 0.077 0.872 3 V 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.112 0.016 0.010 0.008 0.009 0.006 0.008 0.155 0.043 0.084 0.490 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.013 0.082 0.860 5 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.118 0.056 0.034 0.506 0.044 0.023 0.182 6 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.185 0.031 0.067 0.709 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.891 0.031 0.008 0.058 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.365 0.085 0.051 0.470 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.029 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.638 0.052 0.028 0.194 10 Q 0.019 0.003 0.001 0.003 0.084 0.200 0.236 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.048 0.046 0.240 11 K 0.032 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.027 0.076 0.742 12 D 0.439 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.088 0.045 0.408 13 A 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.029 0.081 0.771 14 Q 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.016 0.089 0.851 15 N 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.063 0.134 0.628 16 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.182 0.011 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.140 0.083 0.096 0.449 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.066 0.013 0.121 0.062 0.023 0.007 0.275 0.077 0.057 0.294 18 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.015 0.303 0.024 0.026 0.481 0.069 0.009 0.046 19 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.069 0.007 0.708 0.053 0.025 0.117 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.850 0.053 0.010 0.042 21 I 0.013 0.001 0.001 0.007 0.004 0.004 0.017 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.511 0.052 0.066 0.311 22 G 0.057 0.005 0.002 0.004 0.005 0.014 0.056 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.326 0.106 0.095 0.301 23 G 0.030 0.004 0.002 0.003 0.003 0.003 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.048 0.120 0.672 24 G 0.137 0.007 0.002 0.002 0.007 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.130 0.086 0.571 25 A 0.097 0.001 0.001 0.002 0.025 0.002 0.001 0.001 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.042 0.089 0.650 26 Q 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.021 0.085 0.835 27 Y 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.009 0.004 0.040 0.006 0.004 0.001 0.030 0.033 0.111 0.713 28 C 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.003 0.008 0.003 0.008 0.002 0.003 0.060 0.030 0.158 0.696 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.023 0.003 0.008 0.009 0.007 0.002 0.229 0.044 0.104 0.560 30 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.013 0.004 0.060 0.005 0.037 0.006 0.008 0.336 0.063 0.068 0.367 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.006 0.039 0.006 0.718 0.037 0.029 0.149 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.045 0.049 0.085 0.637 0.057 0.010 0.068 33 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.651 0.055 0.037 0.244 34 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.753 0.028 0.031 0.177 35 Q 0.005 0.004 0.002 0.001 0.013 0.010 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.376 0.111 0.092 0.371 36 V 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.323 0.056 0.096 0.516 37 F 0.351 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.078 0.060 0.300 38 D 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.011 0.116 0.808 39 N 0.008 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.009 0.095 0.821 40 T 0.157 0.548 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.134 0.030 0.101 41 P 0.160 0.506 0.015 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.122 0.027 0.149 42 A 0.063 0.115 0.096 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.014 0.252 0.045 0.382 43 A 0.525 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.019 0.073 0.051 0.309 44 L 0.131 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.042 0.110 0.674 45 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.091 0.884 46 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.040 0.145 0.687 47 T 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.040 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.036 0.136 0.573 48 V 0.019 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.448 0.028 0.094 0.386 49 A 0.596 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.002 0.001 0.099 0.086 0.035 0.162 50 A 0.121 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.186 0.066 0.120 0.487 51 G 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.052 0.166 0.599 52 D 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.602 0.077 0.075 0.223 53 E 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.630 0.091 0.040 0.197 54 I 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.802 0.067 0.013 0.088 55 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.269 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.575 0.047 0.013 0.081 56 G 0.014 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.788 0.013 0.024 0.144 57 V 0.530 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.037 0.046 0.214 58 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.018 0.129 0.783 59 G 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.030 0.068 0.804 60 R 0.012 0.003 0.001 0.001 0.026 0.001 0.002 0.002 0.556 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.019 0.030 0.296 61 S 0.238 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.037 0.054 0.540 62 I 0.280 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.001 0.002 0.001 0.021 0.051 0.066 0.504 63 K 0.008 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.002 0.006 0.042 0.031 0.097 0.778 64 G 0.010 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.019 0.094 0.789 65 K 0.004 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.034 0.096 0.588 66 T 0.007 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.006 0.044 67 K 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.010 68 V 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.017 69 E 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.015 70 V 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.017 71 A 0.007 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.026 72 K 0.017 0.858 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.009 0.064 73 M 0.131 0.582 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.028 0.152 74 I 0.318 0.056 0.086 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.031 0.166 75 Q 0.114 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.100 0.743 76 E 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.053 0.920 77 V 0.140 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.051 0.152 0.631 78 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.184 0.783 79 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.236 0.042 0.099 0.622 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.429 0.060 0.085 0.418 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.846 0.029 0.022 0.100 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.886 0.051 0.006 0.053 83 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.021 0.007 0.037 84 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.054 0.005 0.030 85 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.612 0.038 0.043 0.287 86 N 0.012 0.004 0.001 0.002 0.007 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.664 0.060 0.044 0.188 87 K 0.071 0.023 0.002 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.059 0.091 0.591 88 L 0.100 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.077 0.066 0.665 89 Q 0.069 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.031 0.074 0.729 90 Y 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.013 0.060 0.885 91 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.016 0.080 0.837 92 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.011 0.067 0.880 93 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.022 0.014 0.079 0.862