# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.006 0.001 0.001 0.008 0.015 0.032 0.093 0.001 0.001 0.017 0.826 2 M 0.011 0.001 0.001 0.008 0.024 0.028 0.093 0.001 0.001 0.022 0.811 3 V 0.088 0.001 0.001 0.013 0.088 0.048 0.162 0.014 0.001 0.086 0.498 4 P 0.013 0.001 0.001 0.019 0.008 0.017 0.154 0.001 0.001 0.032 0.754 5 G 0.002 0.001 0.001 0.101 0.102 0.248 0.099 0.002 0.001 0.056 0.389 6 K 0.002 0.001 0.001 0.158 0.120 0.263 0.066 0.001 0.001 0.067 0.323 7 V 0.001 0.001 0.001 0.230 0.268 0.252 0.022 0.001 0.001 0.031 0.194 8 T 0.002 0.001 0.001 0.209 0.278 0.327 0.021 0.001 0.001 0.044 0.117 9 L 0.003 0.001 0.001 0.105 0.235 0.248 0.037 0.001 0.001 0.027 0.344 10 Q 0.011 0.005 0.001 0.150 0.202 0.270 0.067 0.001 0.001 0.041 0.251 11 K 0.020 0.002 0.008 0.045 0.057 0.113 0.085 0.002 0.008 0.028 0.632 12 D 0.321 0.007 0.004 0.012 0.032 0.039 0.052 0.013 0.006 0.048 0.466 13 A 0.277 0.006 0.002 0.005 0.008 0.012 0.061 0.005 0.001 0.064 0.557 14 Q 0.013 0.001 0.003 0.013 0.010 0.035 0.097 0.001 0.001 0.037 0.789 15 N 0.003 0.001 0.001 0.017 0.164 0.305 0.071 0.001 0.001 0.060 0.378 16 L 0.006 0.001 0.001 0.021 0.156 0.155 0.087 0.001 0.001 0.068 0.506 17 I 0.001 0.001 0.001 0.054 0.300 0.357 0.047 0.001 0.001 0.042 0.198 18 G 0.001 0.001 0.001 0.061 0.222 0.502 0.025 0.001 0.001 0.076 0.113 19 I 0.001 0.001 0.001 0.188 0.310 0.297 0.020 0.001 0.001 0.054 0.129 20 S 0.003 0.001 0.001 0.258 0.275 0.317 0.021 0.001 0.001 0.055 0.071 21 I 0.012 0.001 0.001 0.108 0.255 0.345 0.031 0.001 0.001 0.071 0.177 22 G 0.026 0.003 0.001 0.138 0.103 0.180 0.088 0.001 0.002 0.042 0.417 23 G 0.027 0.003 0.003 0.053 0.051 0.138 0.146 0.009 0.003 0.038 0.527 24 G 0.321 0.011 0.002 0.016 0.026 0.030 0.079 0.008 0.003 0.066 0.438 25 A 0.158 0.002 0.002 0.011 0.024 0.032 0.108 0.004 0.001 0.044 0.615 26 Q 0.016 0.001 0.001 0.013 0.014 0.031 0.099 0.001 0.001 0.019 0.805 27 Y 0.042 0.002 0.001 0.016 0.046 0.056 0.166 0.003 0.001 0.045 0.623 28 C 0.018 0.001 0.001 0.011 0.036 0.028 0.191 0.004 0.001 0.036 0.676 29 P 0.002 0.001 0.001 0.076 0.101 0.162 0.166 0.001 0.001 0.033 0.457 30 C 0.001 0.001 0.001 0.234 0.112 0.339 0.048 0.001 0.001 0.076 0.189 31 L 0.001 0.001 0.001 0.392 0.187 0.249 0.018 0.001 0.001 0.055 0.098 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.432 0.247 0.200 0.011 0.001 0.001 0.040 0.068 33 I 0.002 0.001 0.001 0.346 0.226 0.227 0.018 0.001 0.001 0.049 0.131 34 V 0.006 0.001 0.001 0.362 0.118 0.181 0.048 0.001 0.001 0.061 0.223 35 Q 0.006 0.001 0.001 0.240 0.118 0.205 0.113 0.001 0.001 0.062 0.253 36 V 0.008 0.001 0.001 0.140 0.061 0.131 0.139 0.003 0.001 0.034 0.481 37 F 0.715 0.007 0.001 0.021 0.016 0.011 0.043 0.003 0.001 0.046 0.135 38 D 0.022 0.007 0.001 0.015 0.004 0.007 0.122 0.001 0.001 0.032 0.788 39 N 0.008 0.028 0.001 0.005 0.003 0.007 0.094 0.003 0.001 0.007 0.844 40 T 0.162 0.279 0.002 0.008 0.043 0.050 0.081 0.035 0.001 0.072 0.268 41 P 0.075 0.350 0.009 0.009 0.013 0.024 0.071 0.005 0.004 0.136 0.302 42 A 0.144 0.151 0.083 0.007 0.033 0.057 0.064 0.009 0.027 0.096 0.330 43 A 0.481 0.022 0.004 0.004 0.013 0.019 0.053 0.012 0.003 0.056 0.333 44 L 0.356 0.028 0.001 0.006 0.008 0.015 0.058 0.010 0.001 0.041 0.475 45 D 0.026 0.026 0.001 0.008 0.005 0.019 0.086 0.002 0.001 0.011 0.816 46 G 0.008 0.005 0.001 0.009 0.093 0.168 0.085 0.005 0.001 0.022 0.604 47 T 0.012 0.013 0.002 0.019 0.167 0.135 0.134 0.001 0.001 0.043 0.475 48 V 0.007 0.005 0.003 0.053 0.069 0.070 0.087 0.002 0.001 0.020 0.682 49 A 0.639 0.023 0.002 0.016 0.025 0.035 0.047 0.010 0.002 0.073 0.129 50 A 0.133 0.033 0.003 0.031 0.003 0.009 0.097 0.004 0.001 0.040 0.646 51 G 0.020 0.017 0.003 0.040 0.010 0.036 0.105 0.003 0.001 0.055 0.711 52 D 0.010 0.030 0.002 0.079 0.135 0.184 0.100 0.003 0.001 0.116 0.340 53 E 0.016 0.013 0.001 0.067 0.188 0.287 0.064 0.004 0.001 0.102 0.256 54 I 0.010 0.005 0.002 0.124 0.271 0.208 0.043 0.001 0.001 0.054 0.282 55 T 0.007 0.002 0.002 0.116 0.196 0.311 0.072 0.001 0.001 0.079 0.214 56 G 0.038 0.002 0.002 0.128 0.105 0.215 0.080 0.004 0.002 0.111 0.313 57 V 0.179 0.003 0.001 0.081 0.047 0.065 0.118 0.005 0.002 0.068 0.431 58 N 0.028 0.004 0.001 0.062 0.041 0.083 0.138 0.004 0.001 0.057 0.582 59 G 0.013 0.001 0.001 0.049 0.029 0.058 0.129 0.003 0.001 0.047 0.670 60 R 0.015 0.001 0.001 0.112 0.149 0.133 0.150 0.005 0.001 0.062 0.371 61 S 0.051 0.004 0.002 0.158 0.032 0.062 0.110 0.003 0.001 0.083 0.494 62 I 0.151 0.005 0.001 0.090 0.027 0.035 0.112 0.003 0.001 0.106 0.469 63 K 0.018 0.006 0.001 0.029 0.009 0.019 0.165 0.003 0.001 0.034 0.716 64 G 0.053 0.050 0.001 0.015 0.008 0.015 0.142 0.003 0.001 0.035 0.679 65 K 0.014 0.052 0.001 0.024 0.017 0.026 0.171 0.008 0.001 0.106 0.580 66 T 0.024 0.692 0.001 0.003 0.003 0.004 0.031 0.002 0.001 0.113 0.127 67 K 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.015 68 V 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 69 E 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 70 V 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 71 A 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.005 72 K 0.010 0.753 0.012 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.168 0.037 73 M 0.085 0.570 0.019 0.002 0.001 0.001 0.027 0.011 0.008 0.185 0.092 74 I 0.067 0.123 0.220 0.005 0.001 0.002 0.038 0.023 0.185 0.187 0.149 75 Q 0.294 0.017 0.013 0.002 0.001 0.003 0.069 0.005 0.015 0.042 0.541 76 E 0.047 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.051 0.001 0.001 0.023 0.869 77 V 0.066 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.122 0.003 0.001 0.041 0.757 78 K 0.017 0.001 0.002 0.015 0.001 0.004 0.112 0.001 0.001 0.032 0.816 79 G 0.002 0.001 0.001 0.027 0.030 0.051 0.125 0.001 0.001 0.039 0.722 80 E 0.003 0.001 0.001 0.128 0.050 0.113 0.111 0.001 0.001 0.089 0.504 81 V 0.001 0.001 0.001 0.353 0.140 0.204 0.034 0.001 0.001 0.053 0.214 82 T 0.001 0.001 0.001 0.292 0.214 0.347 0.012 0.001 0.001 0.072 0.062 83 I 0.001 0.001 0.001 0.351 0.266 0.209 0.011 0.001 0.001 0.024 0.137 84 H 0.001 0.001 0.001 0.216 0.322 0.373 0.011 0.001 0.001 0.021 0.054 85 Y 0.008 0.002 0.001 0.088 0.305 0.363 0.025 0.001 0.001 0.028 0.178 86 N 0.069 0.008 0.003 0.050 0.233 0.298 0.043 0.004 0.004 0.041 0.247 87 K 0.179 0.023 0.008 0.023 0.053 0.100 0.073 0.017 0.007 0.051 0.467 88 L 0.149 0.008 0.003 0.012 0.029 0.053 0.059 0.005 0.002 0.025 0.654 89 Q 0.046 0.003 0.002 0.013 0.079 0.104 0.054 0.003 0.001 0.032 0.664 90 Y 0.012 0.002 0.001 0.008 0.017 0.024 0.056 0.001 0.001 0.014 0.865 91 Y 0.036 0.002 0.001 0.007 0.083 0.040 0.076 0.006 0.001 0.029 0.722 92 K 0.029 0.003 0.001 0.005 0.019 0.014 0.103 0.002 0.001 0.017 0.807 93 V 0.013 0.002 0.001 0.006 0.018 0.023 0.104 0.008 0.001 0.014 0.813