# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.441 0.190 0.051 0.116 0.086 0.052 0.033 0.016 0.010 0.004 0.002 2 M 0.305 0.138 0.056 0.096 0.083 0.068 0.077 0.059 0.054 0.036 0.027 3 V 0.166 0.204 0.044 0.160 0.125 0.098 0.095 0.053 0.030 0.015 0.009 4 P 0.184 0.161 0.112 0.172 0.128 0.082 0.059 0.041 0.031 0.019 0.011 5 G 0.101 0.078 0.046 0.117 0.122 0.129 0.154 0.101 0.072 0.051 0.030 6 K 0.133 0.168 0.067 0.226 0.189 0.104 0.048 0.035 0.019 0.008 0.003 7 V 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.018 0.066 0.128 0.232 0.285 0.257 8 T 0.066 0.126 0.070 0.280 0.216 0.113 0.063 0.037 0.016 0.008 0.004 9 L 0.003 0.003 0.008 0.009 0.012 0.024 0.079 0.107 0.223 0.286 0.245 10 Q 0.109 0.133 0.083 0.220 0.164 0.102 0.090 0.045 0.026 0.016 0.012 11 K 0.070 0.067 0.033 0.088 0.080 0.103 0.178 0.120 0.123 0.088 0.051 12 D 0.322 0.256 0.072 0.146 0.087 0.048 0.033 0.017 0.010 0.006 0.003 13 A 0.381 0.215 0.031 0.113 0.080 0.061 0.056 0.031 0.018 0.008 0.004 14 Q 0.531 0.181 0.052 0.082 0.062 0.036 0.021 0.014 0.012 0.006 0.003 15 N 0.311 0.186 0.057 0.152 0.115 0.078 0.052 0.023 0.016 0.007 0.004 16 L 0.076 0.077 0.053 0.134 0.141 0.133 0.133 0.095 0.075 0.051 0.032 17 I 0.007 0.012 0.013 0.034 0.049 0.079 0.168 0.176 0.173 0.157 0.133 18 G 0.017 0.035 0.052 0.139 0.136 0.130 0.135 0.130 0.102 0.072 0.052 19 I 0.001 0.002 0.005 0.007 0.012 0.024 0.069 0.112 0.215 0.281 0.272 20 S 0.017 0.033 0.028 0.117 0.137 0.123 0.156 0.139 0.110 0.078 0.061 21 I 0.002 0.002 0.003 0.007 0.010 0.018 0.060 0.100 0.224 0.285 0.291 22 G 0.065 0.068 0.041 0.118 0.131 0.122 0.141 0.112 0.090 0.063 0.050 23 G 0.065 0.076 0.037 0.109 0.095 0.100 0.145 0.107 0.115 0.086 0.064 24 G 0.156 0.126 0.036 0.116 0.116 0.107 0.120 0.080 0.068 0.045 0.032 25 A 0.213 0.115 0.033 0.111 0.091 0.086 0.113 0.072 0.073 0.052 0.040 26 Q 0.229 0.186 0.070 0.176 0.121 0.078 0.063 0.030 0.023 0.014 0.009 27 Y 0.115 0.100 0.046 0.126 0.108 0.106 0.139 0.091 0.076 0.057 0.038 28 C 0.075 0.074 0.038 0.113 0.109 0.119 0.151 0.102 0.090 0.071 0.057 29 P 0.069 0.110 0.074 0.163 0.146 0.129 0.119 0.071 0.061 0.038 0.021 30 C 0.025 0.027 0.026 0.087 0.103 0.125 0.171 0.136 0.129 0.103 0.069 31 L 0.013 0.011 0.011 0.029 0.044 0.072 0.151 0.181 0.193 0.163 0.131 32 Y 0.006 0.028 0.021 0.096 0.104 0.098 0.157 0.161 0.137 0.105 0.087 33 I 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.012 0.043 0.074 0.198 0.293 0.361 34 V 0.038 0.029 0.054 0.136 0.174 0.146 0.179 0.091 0.076 0.049 0.028 35 Q 0.036 0.057 0.097 0.224 0.158 0.125 0.144 0.068 0.049 0.029 0.014 36 V 0.003 0.005 0.006 0.011 0.015 0.029 0.113 0.150 0.212 0.237 0.218 37 F 0.054 0.066 0.035 0.087 0.099 0.113 0.180 0.146 0.098 0.071 0.051 38 D 0.175 0.196 0.174 0.192 0.117 0.067 0.039 0.018 0.013 0.007 0.003 39 N 0.323 0.155 0.065 0.127 0.129 0.095 0.055 0.027 0.015 0.006 0.003 40 T 0.124 0.049 0.014 0.044 0.056 0.080 0.140 0.146 0.170 0.106 0.072 41 P 0.114 0.109 0.061 0.179 0.144 0.114 0.115 0.067 0.050 0.027 0.020 42 A 0.028 0.028 0.073 0.074 0.063 0.069 0.137 0.109 0.143 0.145 0.131 43 A 0.040 0.068 0.103 0.167 0.143 0.126 0.150 0.077 0.055 0.041 0.031 44 L 0.027 0.063 0.052 0.112 0.096 0.117 0.189 0.125 0.103 0.073 0.041 45 D 0.118 0.103 0.066 0.165 0.152 0.131 0.114 0.069 0.044 0.026 0.013 46 G 0.281 0.096 0.074 0.111 0.096 0.092 0.093 0.060 0.054 0.029 0.013 47 T 0.144 0.137 0.095 0.196 0.153 0.100 0.076 0.044 0.031 0.016 0.008 48 V 0.003 0.005 0.005 0.009 0.015 0.036 0.119 0.146 0.210 0.226 0.227 49 A 0.066 0.114 0.134 0.254 0.156 0.105 0.085 0.040 0.022 0.014 0.010 50 A 0.025 0.059 0.095 0.146 0.135 0.138 0.158 0.094 0.068 0.055 0.028 51 G 0.033 0.047 0.032 0.093 0.115 0.148 0.162 0.131 0.124 0.074 0.043 52 D 0.008 0.007 0.006 0.029 0.040 0.079 0.187 0.156 0.203 0.157 0.127 53 E 0.006 0.021 0.024 0.128 0.175 0.147 0.209 0.138 0.072 0.050 0.029 54 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.027 0.058 0.178 0.299 0.423 55 T 0.001 0.001 0.008 0.007 0.015 0.026 0.082 0.140 0.240 0.262 0.219 56 G 0.003 0.013 0.045 0.114 0.160 0.148 0.196 0.146 0.092 0.055 0.029 57 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.021 0.071 0.124 0.225 0.253 0.287 58 N 0.033 0.049 0.026 0.095 0.104 0.114 0.182 0.159 0.118 0.073 0.048 59 G 0.105 0.083 0.068 0.121 0.111 0.108 0.126 0.088 0.089 0.062 0.039 60 R 0.114 0.071 0.035 0.104 0.125 0.145 0.171 0.087 0.071 0.043 0.033 61 S 0.173 0.158 0.051 0.178 0.115 0.083 0.097 0.056 0.047 0.027 0.016 62 I 0.025 0.021 0.016 0.032 0.038 0.057 0.137 0.134 0.168 0.186 0.186 63 K 0.135 0.174 0.089 0.189 0.143 0.105 0.081 0.038 0.025 0.012 0.008 64 G 0.163 0.113 0.111 0.171 0.116 0.094 0.096 0.051 0.044 0.028 0.014 65 K 0.232 0.115 0.065 0.154 0.106 0.095 0.105 0.055 0.036 0.023 0.015 66 T 0.061 0.185 0.055 0.106 0.105 0.115 0.124 0.101 0.087 0.042 0.019 67 K 0.020 0.042 0.034 0.112 0.118 0.169 0.213 0.116 0.088 0.053 0.037 68 V 0.220 0.079 0.197 0.186 0.117 0.080 0.062 0.028 0.018 0.011 0.004 69 E 0.014 0.040 0.051 0.243 0.211 0.176 0.170 0.064 0.020 0.008 0.002 70 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.019 0.060 0.231 0.344 0.338 71 A 0.001 0.002 0.011 0.027 0.099 0.219 0.327 0.150 0.088 0.057 0.021 72 K 0.008 0.021 0.617 0.190 0.088 0.042 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 73 M 0.001 0.001 0.008 0.021 0.031 0.082 0.339 0.248 0.141 0.089 0.042 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.054 0.211 0.347 0.367 75 Q 0.006 0.016 0.260 0.192 0.193 0.140 0.140 0.026 0.014 0.009 0.003 76 E 0.012 0.051 0.548 0.182 0.092 0.058 0.038 0.013 0.005 0.002 0.001 77 V 0.006 0.008 0.006 0.011 0.017 0.052 0.248 0.271 0.186 0.119 0.076 78 K 0.431 0.265 0.055 0.111 0.065 0.035 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 79 G 0.436 0.150 0.116 0.103 0.077 0.047 0.030 0.017 0.014 0.007 0.003 80 E 0.329 0.224 0.058 0.173 0.131 0.053 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 81 V 0.002 0.002 0.001 0.003 0.007 0.023 0.089 0.164 0.264 0.246 0.200 82 T 0.034 0.124 0.077 0.331 0.220 0.107 0.050 0.032 0.014 0.007 0.004 83 I 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.020 0.067 0.113 0.222 0.301 0.259 84 H 0.028 0.077 0.050 0.253 0.219 0.141 0.106 0.068 0.031 0.017 0.010 85 Y 0.002 0.002 0.003 0.007 0.009 0.020 0.074 0.114 0.244 0.286 0.240 86 N 0.053 0.081 0.066 0.174 0.158 0.119 0.129 0.077 0.062 0.048 0.033 87 K 0.086 0.100 0.079 0.189 0.133 0.115 0.137 0.066 0.052 0.031 0.012 88 L 0.114 0.064 0.068 0.113 0.109 0.113 0.151 0.087 0.079 0.062 0.040 89 Q 0.215 0.187 0.083 0.183 0.100 0.078 0.085 0.033 0.021 0.010 0.006 90 Y 0.143 0.131 0.085 0.139 0.109 0.091 0.122 0.076 0.050 0.036 0.019 91 Y 0.275 0.154 0.069 0.108 0.097 0.084 0.088 0.056 0.034 0.020 0.014 92 K 0.521 0.232 0.075 0.094 0.047 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 93 V 0.334 0.130 0.058 0.095 0.093 0.081 0.078 0.052 0.042 0.024 0.013