# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.028 0.935 2 M 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.036 0.920 3 V 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.002 0.090 0.807 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 G 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.596 0.003 0.044 0.320 6 K 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.329 0.004 0.107 0.488 7 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.883 0.001 0.013 0.094 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.001 0.020 0.079 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.027 0.791 0.001 0.018 0.125 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.067 0.180 0.293 0.037 0.350 0.001 0.017 0.053 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.013 0.014 0.012 0.006 0.002 0.466 0.003 0.073 0.398 12 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.242 0.123 0.018 0.014 0.003 0.002 0.001 0.181 0.005 0.068 0.287 13 A 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.008 0.079 0.793 14 Q 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.008 0.361 0.559 15 N 0.577 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.071 0.089 0.242 16 L 0.079 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.018 0.237 0.572 17 I 0.027 0.003 0.035 0.005 0.083 0.019 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.294 0.013 0.175 0.336 18 G 0.014 0.001 0.001 0.001 0.027 0.264 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.349 0.004 0.091 0.229 19 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.082 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.751 0.001 0.026 0.096 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.881 0.001 0.016 0.077 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.009 0.846 0.002 0.017 0.108 22 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.005 0.016 0.022 0.011 0.022 0.705 0.004 0.053 0.154 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.012 0.008 0.020 0.020 0.005 0.005 0.276 0.007 0.107 0.529 24 G 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.003 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.199 0.013 0.127 0.608 25 A 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.002 0.003 0.011 0.017 0.007 0.001 0.001 0.087 0.006 0.125 0.642 26 Q 0.104 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.004 0.078 0.722 27 Y 0.210 0.013 0.002 0.003 0.008 0.007 0.003 0.001 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.009 0.069 0.585 28 C 0.180 0.016 0.008 0.004 0.010 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.008 0.100 0.585 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 30 C 0.023 0.002 0.001 0.002 0.041 0.050 0.038 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.300 0.006 0.070 0.451 31 L 0.025 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.618 0.002 0.052 0.272 32 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.844 0.001 0.023 0.101 33 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.745 0.002 0.032 0.202 34 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.936 0.001 0.012 0.043 35 Q 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.004 0.005 0.004 0.005 0.541 0.005 0.066 0.355 36 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.756 0.005 0.031 0.179 37 F 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.014 0.002 0.004 0.003 0.002 0.481 0.005 0.084 0.379 38 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.016 0.952 39 N 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.149 0.004 0.231 0.599 40 T 0.210 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.016 0.125 0.603 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 A 0.014 0.002 0.001 0.001 0.012 0.014 0.015 0.006 0.001 0.002 0.006 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 0.125 0.003 0.261 0.521 43 A 0.230 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.005 0.154 0.527 44 L 0.288 0.174 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.006 0.024 0.435 45 D 0.127 0.177 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.023 0.051 0.519 46 G 0.239 0.054 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.039 0.040 0.520 47 T 0.163 0.016 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.029 0.163 0.558 48 V 0.054 0.007 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.227 0.003 0.098 0.562 49 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.108 0.001 0.723 0.147 50 A 0.021 0.010 0.001 0.001 0.011 0.007 0.002 0.001 0.075 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.003 0.092 0.566 51 G 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.857 0.002 0.016 0.110 52 D 0.867 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.004 0.100 53 E 0.139 0.057 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.443 0.012 0.106 0.229 54 I 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.001 0.014 0.037 55 T 0.001 0.012 0.001 0.001 0.017 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.176 0.054 0.003 0.001 0.656 0.001 0.021 0.046 56 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.921 0.001 0.009 0.036 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.772 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.167 0.001 0.007 0.039 58 N 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.005 0.013 0.583 0.016 0.050 0.305 59 G 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.086 0.022 0.113 0.742 60 R 0.297 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.038 0.011 0.003 0.001 0.038 0.009 0.265 0.326 61 S 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.003 0.114 0.785 62 I 0.004 0.002 0.001 0.003 0.659 0.011 0.005 0.002 0.088 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.019 0.162 63 K 0.019 0.011 0.002 0.001 0.007 0.046 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 0.335 0.522 64 G 0.077 0.008 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.028 0.109 0.717 65 K 0.632 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.013 0.063 0.236 66 T 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.449 0.508 67 K 0.018 0.008 0.009 0.002 0.054 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.006 0.050 0.766 68 V 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.122 0.820 69 E 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.696 0.280 70 V 0.003 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 71 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 72 K 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 73 M 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 74 I 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 75 Q 0.018 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.023 76 E 0.090 0.782 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.001 0.059 77 V 0.189 0.614 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.001 0.076 78 K 0.183 0.277 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.046 0.016 0.450 79 G 0.009 0.013 0.267 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.006 0.100 0.568 80 E 0.223 0.003 0.012 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.009 0.108 0.520 81 V 0.021 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.697 0.002 0.057 0.214 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.811 0.001 0.037 0.097 83 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.001 0.014 0.076 84 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.001 0.008 0.028 85 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.840 0.001 0.015 0.136 86 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.907 0.002 0.017 0.067 87 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.367 0.005 0.091 0.529 88 L 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.447 0.008 0.091 0.432 89 Q 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.210 0.007 0.096 0.645 90 Y 0.075 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.006 0.049 0.734 91 Y 0.095 0.024 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.003 0.004 0.003 0.233 0.008 0.052 0.555 92 K 0.024 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.006 0.068 0.832 93 V 0.032 0.011 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.005 0.052 0.809