# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.068 0.009 0.003 0.017 0.025 0.039 0.028 0.004 0.001 0.002 0.804 2 M 0.103 0.007 0.007 0.034 0.041 0.060 0.057 0.004 0.001 0.006 0.680 3 V 0.082 0.003 0.005 0.054 0.099 0.092 0.138 0.001 0.001 0.005 0.521 4 P 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.968 5 G 0.011 0.001 0.001 0.181 0.172 0.264 0.119 0.001 0.001 0.004 0.247 6 K 0.080 0.001 0.001 0.092 0.046 0.076 0.073 0.001 0.001 0.010 0.620 7 V 0.010 0.001 0.002 0.260 0.222 0.256 0.031 0.001 0.001 0.002 0.216 8 T 0.002 0.001 0.001 0.275 0.211 0.327 0.040 0.001 0.001 0.001 0.144 9 L 0.005 0.001 0.001 0.174 0.184 0.279 0.028 0.001 0.001 0.002 0.326 10 Q 0.003 0.001 0.001 0.090 0.311 0.417 0.026 0.001 0.001 0.002 0.150 11 K 0.004 0.001 0.001 0.036 0.158 0.311 0.054 0.001 0.001 0.003 0.433 12 D 0.010 0.001 0.001 0.052 0.175 0.221 0.155 0.001 0.001 0.008 0.376 13 A 0.028 0.002 0.001 0.014 0.039 0.045 0.140 0.001 0.001 0.014 0.717 14 Q 0.070 0.004 0.001 0.008 0.023 0.022 0.375 0.001 0.001 0.034 0.463 15 N 0.329 0.007 0.003 0.007 0.016 0.015 0.261 0.001 0.001 0.055 0.307 16 L 0.232 0.015 0.013 0.011 0.027 0.035 0.220 0.001 0.001 0.030 0.416 17 I 0.032 0.005 0.014 0.033 0.183 0.196 0.167 0.001 0.001 0.010 0.360 18 G 0.011 0.001 0.003 0.040 0.175 0.323 0.086 0.001 0.001 0.003 0.357 19 I 0.004 0.001 0.001 0.061 0.347 0.467 0.019 0.001 0.001 0.001 0.100 20 S 0.001 0.001 0.001 0.089 0.311 0.482 0.029 0.001 0.001 0.001 0.087 21 I 0.002 0.001 0.001 0.182 0.214 0.385 0.031 0.001 0.001 0.001 0.182 22 G 0.004 0.002 0.001 0.354 0.168 0.338 0.049 0.001 0.001 0.003 0.081 23 G 0.008 0.003 0.001 0.084 0.066 0.120 0.115 0.001 0.001 0.006 0.597 24 G 0.047 0.004 0.002 0.113 0.084 0.100 0.128 0.001 0.001 0.016 0.505 25 A 0.052 0.004 0.005 0.035 0.048 0.072 0.142 0.001 0.001 0.012 0.629 26 Q 0.027 0.005 0.002 0.035 0.068 0.089 0.116 0.001 0.001 0.005 0.652 27 Y 0.069 0.007 0.003 0.029 0.055 0.108 0.073 0.001 0.001 0.009 0.646 28 C 0.090 0.007 0.003 0.042 0.116 0.160 0.110 0.002 0.001 0.006 0.463 29 P 0.005 0.001 0.002 0.007 0.013 0.016 0.012 0.001 0.001 0.001 0.945 30 C 0.013 0.001 0.001 0.088 0.095 0.181 0.105 0.001 0.001 0.004 0.512 31 L 0.066 0.001 0.003 0.130 0.093 0.149 0.061 0.001 0.001 0.010 0.487 32 Y 0.010 0.001 0.001 0.337 0.228 0.247 0.049 0.001 0.001 0.002 0.124 33 I 0.003 0.001 0.001 0.297 0.152 0.265 0.044 0.001 0.001 0.001 0.236 34 V 0.003 0.001 0.001 0.448 0.195 0.259 0.023 0.001 0.001 0.001 0.070 35 Q 0.004 0.002 0.001 0.166 0.144 0.233 0.057 0.001 0.001 0.002 0.391 36 V 0.010 0.003 0.001 0.220 0.149 0.226 0.062 0.001 0.001 0.004 0.325 37 F 0.013 0.003 0.001 0.094 0.084 0.180 0.160 0.001 0.001 0.006 0.459 38 D 0.005 0.001 0.001 0.018 0.010 0.037 0.031 0.001 0.001 0.002 0.896 39 N 0.037 0.004 0.001 0.024 0.031 0.064 0.093 0.001 0.001 0.009 0.735 40 T 0.341 0.012 0.003 0.007 0.009 0.021 0.094 0.001 0.001 0.012 0.500 41 P 0.010 0.008 0.001 0.002 0.007 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.959 42 A 0.070 0.049 0.001 0.021 0.061 0.150 0.229 0.001 0.001 0.009 0.410 43 A 0.091 0.170 0.001 0.038 0.104 0.193 0.118 0.004 0.001 0.008 0.272 44 L 0.132 0.439 0.002 0.015 0.055 0.062 0.054 0.006 0.001 0.004 0.231 45 D 0.192 0.267 0.006 0.012 0.038 0.077 0.126 0.014 0.001 0.014 0.253 46 G 0.385 0.075 0.022 0.027 0.042 0.043 0.108 0.041 0.001 0.038 0.218 47 T 0.190 0.037 0.295 0.025 0.032 0.025 0.190 0.008 0.001 0.013 0.185 48 V 0.024 0.019 0.038 0.091 0.080 0.092 0.112 0.004 0.001 0.006 0.534 49 A 0.027 0.012 0.004 0.119 0.151 0.205 0.172 0.001 0.001 0.006 0.304 50 A 0.011 0.005 0.001 0.012 0.019 0.024 0.056 0.001 0.001 0.003 0.870 51 G 0.069 0.017 0.003 0.087 0.061 0.181 0.173 0.003 0.001 0.035 0.372 52 D 0.254 0.010 0.012 0.075 0.086 0.086 0.162 0.003 0.001 0.057 0.255 53 E 0.040 0.013 0.008 0.241 0.137 0.151 0.145 0.001 0.001 0.011 0.254 54 I 0.013 0.008 0.005 0.200 0.234 0.367 0.048 0.001 0.001 0.003 0.121 55 T 0.002 0.006 0.001 0.409 0.226 0.321 0.016 0.001 0.001 0.001 0.018 56 G 0.002 0.017 0.001 0.234 0.172 0.260 0.030 0.001 0.001 0.001 0.284 57 V 0.015 0.013 0.002 0.225 0.252 0.424 0.023 0.001 0.001 0.003 0.042 58 N 0.006 0.011 0.001 0.063 0.090 0.253 0.166 0.002 0.001 0.004 0.405 59 G 0.038 0.003 0.002 0.060 0.054 0.071 0.102 0.006 0.001 0.029 0.634 60 R 0.181 0.005 0.206 0.040 0.028 0.047 0.189 0.001 0.001 0.043 0.261 61 S 0.015 0.007 0.002 0.067 0.063 0.046 0.240 0.001 0.001 0.004 0.554 62 I 0.024 0.008 0.004 0.063 0.043 0.058 0.065 0.001 0.001 0.006 0.727 63 K 0.032 0.032 0.001 0.073 0.051 0.125 0.324 0.001 0.001 0.008 0.352 64 G 0.183 0.017 0.002 0.016 0.007 0.014 0.204 0.007 0.001 0.024 0.526 65 K 0.533 0.051 0.057 0.049 0.007 0.015 0.081 0.003 0.001 0.019 0.186 66 T 0.027 0.022 0.004 0.018 0.011 0.009 0.330 0.002 0.001 0.002 0.575 67 K 0.007 0.011 0.002 0.008 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.938 68 V 0.005 0.038 0.001 0.005 0.002 0.004 0.210 0.001 0.001 0.002 0.733 69 E 0.021 0.067 0.001 0.001 0.001 0.002 0.748 0.001 0.001 0.008 0.149 70 V 0.030 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.070 71 A 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 72 K 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 73 M 0.014 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 74 I 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 75 Q 0.036 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.011 76 E 0.070 0.828 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 0.051 77 V 0.220 0.554 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.067 0.001 0.001 0.147 78 K 0.168 0.275 0.023 0.007 0.005 0.005 0.016 0.039 0.001 0.002 0.460 79 G 0.074 0.035 0.079 0.016 0.009 0.011 0.055 0.017 0.001 0.004 0.700 80 E 0.247 0.012 0.062 0.063 0.020 0.024 0.085 0.004 0.001 0.007 0.475 81 V 0.059 0.006 0.038 0.327 0.113 0.109 0.092 0.001 0.001 0.005 0.251 82 T 0.004 0.002 0.005 0.404 0.153 0.243 0.047 0.001 0.001 0.001 0.142 83 I 0.001 0.001 0.001 0.508 0.206 0.253 0.009 0.001 0.001 0.001 0.023 84 H 0.001 0.003 0.001 0.424 0.168 0.281 0.024 0.001 0.001 0.001 0.098 85 Y 0.002 0.003 0.001 0.367 0.211 0.339 0.017 0.001 0.001 0.001 0.059 86 N 0.003 0.005 0.001 0.287 0.192 0.385 0.039 0.001 0.001 0.002 0.087 87 K 0.009 0.005 0.001 0.094 0.143 0.282 0.068 0.001 0.001 0.005 0.391 88 L 0.021 0.008 0.003 0.070 0.107 0.216 0.085 0.001 0.001 0.007 0.480 89 Q 0.036 0.012 0.003 0.028 0.056 0.105 0.109 0.002 0.001 0.007 0.642 90 Y 0.101 0.020 0.006 0.019 0.036 0.059 0.077 0.003 0.001 0.008 0.671 91 Y 0.104 0.029 0.005 0.020 0.041 0.069 0.071 0.003 0.001 0.005 0.653 92 K 0.075 0.018 0.004 0.015 0.035 0.049 0.060 0.002 0.001 0.003 0.740 93 V 0.031 0.012 0.005 0.015 0.027 0.049 0.038 0.001 0.001 0.002 0.821