# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.027 0.004 0.010 0.020 0.034 0.057 0.005 0.843 2 M 0.033 0.008 0.019 0.039 0.063 0.043 0.014 0.781 3 V 0.077 0.003 0.028 0.091 0.092 0.101 0.011 0.597 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 G 0.011 0.001 0.053 0.228 0.380 0.080 0.005 0.244 6 K 0.486 0.001 0.027 0.046 0.136 0.083 0.004 0.218 7 V 0.023 0.001 0.073 0.498 0.338 0.015 0.001 0.051 8 T 0.006 0.001 0.042 0.362 0.433 0.013 0.001 0.145 9 L 0.001 0.001 0.075 0.375 0.464 0.006 0.001 0.079 10 Q 0.001 0.001 0.060 0.310 0.556 0.017 0.001 0.055 11 K 0.003 0.001 0.047 0.292 0.478 0.031 0.001 0.148 12 D 0.005 0.002 0.035 0.102 0.365 0.087 0.002 0.402 13 A 0.021 0.002 0.016 0.028 0.086 0.116 0.007 0.722 14 Q 0.046 0.003 0.009 0.015 0.019 0.407 0.023 0.480 15 N 0.317 0.006 0.013 0.022 0.016 0.162 0.086 0.376 16 L 0.150 0.011 0.074 0.030 0.039 0.207 0.016 0.473 17 I 0.034 0.006 0.081 0.114 0.184 0.172 0.006 0.402 18 G 0.043 0.004 0.105 0.198 0.401 0.082 0.004 0.164 19 I 0.024 0.004 0.155 0.271 0.393 0.028 0.002 0.124 20 S 0.004 0.003 0.210 0.321 0.352 0.016 0.002 0.093 21 I 0.006 0.003 0.106 0.186 0.406 0.028 0.002 0.263 22 G 0.007 0.004 0.191 0.205 0.368 0.074 0.004 0.147 23 G 0.026 0.004 0.066 0.082 0.144 0.128 0.012 0.538 24 G 0.072 0.005 0.065 0.038 0.067 0.123 0.013 0.617 25 A 0.046 0.003 0.038 0.028 0.042 0.165 0.006 0.671 26 Q 0.039 0.005 0.023 0.044 0.065 0.214 0.015 0.595 27 Y 0.133 0.007 0.029 0.035 0.068 0.131 0.025 0.572 28 C 0.052 0.008 0.053 0.064 0.071 0.128 0.010 0.614 29 P 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.008 0.001 0.978 30 C 0.025 0.001 0.058 0.095 0.172 0.094 0.006 0.549 31 L 0.070 0.001 0.181 0.230 0.249 0.049 0.005 0.215 32 Y 0.009 0.001 0.210 0.275 0.329 0.030 0.001 0.146 33 I 0.003 0.001 0.157 0.247 0.423 0.019 0.001 0.151 34 V 0.001 0.001 0.172 0.363 0.422 0.008 0.001 0.033 35 Q 0.003 0.001 0.149 0.265 0.367 0.021 0.002 0.192 36 V 0.006 0.001 0.297 0.188 0.296 0.028 0.003 0.179 37 F 0.008 0.005 0.126 0.199 0.292 0.083 0.002 0.285 38 D 0.002 0.001 0.010 0.009 0.035 0.032 0.002 0.909 39 N 0.053 0.010 0.022 0.024 0.037 0.090 0.057 0.707 40 T 0.606 0.002 0.007 0.009 0.008 0.132 0.014 0.222 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 A 0.010 0.008 0.015 0.096 0.390 0.113 0.002 0.365 43 A 0.265 0.028 0.027 0.087 0.217 0.095 0.008 0.274 44 L 0.177 0.120 0.019 0.097 0.167 0.076 0.013 0.332 45 D 0.218 0.142 0.042 0.068 0.072 0.063 0.028 0.367 46 G 0.481 0.046 0.023 0.074 0.027 0.016 0.124 0.209 47 T 0.465 0.007 0.053 0.033 0.072 0.154 0.020 0.197 48 V 0.019 0.006 0.042 0.116 0.167 0.051 0.005 0.595 49 A 0.023 0.010 0.031 0.147 0.315 0.283 0.004 0.187 50 A 0.004 0.003 0.012 0.033 0.032 0.030 0.002 0.884 51 G 0.014 0.021 0.078 0.191 0.241 0.100 0.012 0.342 52 D 0.443 0.004 0.027 0.059 0.097 0.175 0.020 0.175 53 E 0.060 0.009 0.220 0.262 0.242 0.104 0.006 0.097 54 I 0.014 0.006 0.051 0.303 0.567 0.030 0.002 0.029 55 T 0.007 0.005 0.207 0.328 0.406 0.011 0.002 0.035 56 G 0.004 0.005 0.131 0.357 0.393 0.015 0.003 0.091 57 V 0.005 0.005 0.207 0.225 0.353 0.032 0.004 0.168 58 N 0.004 0.005 0.081 0.125 0.243 0.099 0.005 0.438 59 G 0.020 0.007 0.077 0.090 0.178 0.087 0.016 0.524 60 R 0.209 0.004 0.066 0.052 0.097 0.246 0.010 0.316 61 S 0.013 0.004 0.030 0.038 0.044 0.092 0.004 0.775 62 I 0.055 0.029 0.078 0.124 0.211 0.077 0.008 0.418 63 K 0.044 0.018 0.070 0.058 0.088 0.312 0.013 0.397 64 G 0.208 0.017 0.020 0.032 0.054 0.112 0.022 0.535 65 K 0.195 0.030 0.063 0.030 0.046 0.197 0.007 0.432 66 T 0.015 0.029 0.014 0.019 0.027 0.300 0.005 0.592 67 K 0.027 0.046 0.014 0.009 0.041 0.069 0.004 0.791 68 V 0.012 0.068 0.004 0.003 0.011 0.230 0.002 0.669 69 E 0.020 0.157 0.001 0.002 0.003 0.427 0.003 0.386 70 V 0.005 0.938 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.048 71 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 72 K 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 73 M 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 I 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 75 Q 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 76 E 0.049 0.902 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.017 77 V 0.186 0.646 0.012 0.005 0.004 0.004 0.092 0.051 78 K 0.090 0.323 0.031 0.020 0.012 0.024 0.147 0.353 79 G 0.070 0.055 0.079 0.051 0.023 0.042 0.155 0.525 80 E 0.233 0.004 0.092 0.042 0.046 0.145 0.027 0.411 81 V 0.042 0.002 0.175 0.215 0.205 0.105 0.004 0.250 82 T 0.006 0.001 0.173 0.349 0.404 0.024 0.001 0.044 83 I 0.001 0.001 0.193 0.464 0.296 0.004 0.001 0.042 84 H 0.001 0.001 0.218 0.324 0.431 0.003 0.001 0.024 85 Y 0.001 0.001 0.257 0.276 0.426 0.006 0.001 0.035 86 N 0.001 0.001 0.233 0.229 0.474 0.016 0.001 0.047 87 K 0.002 0.001 0.107 0.144 0.415 0.054 0.001 0.276 88 L 0.010 0.002 0.070 0.053 0.193 0.128 0.003 0.540 89 Q 0.037 0.003 0.018 0.033 0.058 0.204 0.011 0.636 90 Y 0.101 0.008 0.014 0.019 0.029 0.103 0.015 0.711 91 Y 0.143 0.029 0.033 0.051 0.062 0.126 0.022 0.532 92 K 0.030 0.012 0.013 0.018 0.023 0.056 0.007 0.841 93 V 0.013 0.010 0.012 0.015 0.026 0.030 0.003 0.890