# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.985 2 M 0.068 0.019 0.004 0.002 0.015 0.021 0.871 3 V 0.176 0.025 0.005 0.001 0.117 0.018 0.658 4 P 0.199 0.003 0.010 0.001 0.089 0.030 0.669 5 G 0.560 0.001 0.006 0.001 0.267 0.032 0.133 6 K 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 7 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 8 T 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 9 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 10 Q 0.912 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.074 11 K 0.643 0.025 0.001 0.001 0.035 0.007 0.289 12 D 0.120 0.006 0.002 0.001 0.163 0.058 0.652 13 A 0.017 0.003 0.017 0.001 0.155 0.763 0.044 14 Q 0.010 0.002 0.026 0.001 0.201 0.708 0.053 15 N 0.055 0.012 0.030 0.001 0.322 0.147 0.435 16 L 0.292 0.053 0.012 0.001 0.095 0.036 0.511 17 I 0.730 0.014 0.006 0.001 0.069 0.016 0.164 18 G 0.922 0.005 0.003 0.001 0.010 0.006 0.055 19 I 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 20 S 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 21 I 0.940 0.004 0.001 0.002 0.004 0.004 0.046 22 G 0.699 0.009 0.003 0.003 0.073 0.050 0.162 23 G 0.316 0.015 0.011 0.004 0.235 0.184 0.236 24 G 0.111 0.011 0.035 0.004 0.287 0.216 0.336 25 A 0.097 0.025 0.128 0.009 0.231 0.263 0.246 26 Q 0.111 0.018 0.120 0.008 0.209 0.358 0.176 27 Y 0.134 0.022 0.082 0.004 0.253 0.225 0.280 28 C 0.166 0.019 0.022 0.002 0.215 0.038 0.539 29 P 0.220 0.011 0.018 0.002 0.144 0.069 0.536 30 C 0.617 0.012 0.009 0.001 0.051 0.038 0.271 31 L 0.901 0.004 0.001 0.001 0.009 0.003 0.081 32 Y 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 33 I 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 34 V 0.952 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.028 35 Q 0.931 0.001 0.001 0.003 0.016 0.002 0.047 36 V 0.858 0.016 0.001 0.003 0.027 0.002 0.093 37 F 0.496 0.010 0.001 0.004 0.040 0.003 0.446 38 D 0.026 0.002 0.011 0.024 0.054 0.844 0.040 39 N 0.005 0.001 0.005 0.009 0.146 0.779 0.054 40 T 0.015 0.032 0.003 0.037 0.274 0.036 0.604 41 P 0.007 0.006 0.015 0.837 0.018 0.084 0.035 42 A 0.017 0.004 0.070 0.736 0.035 0.107 0.032 43 A 0.033 0.008 0.121 0.688 0.020 0.049 0.081 44 L 0.045 0.028 0.100 0.573 0.058 0.154 0.042 45 D 0.022 0.010 0.030 0.091 0.032 0.775 0.040 46 G 0.029 0.001 0.012 0.017 0.200 0.498 0.243 47 T 0.188 0.035 0.006 0.005 0.113 0.022 0.630 48 V 0.194 0.316 0.001 0.001 0.043 0.003 0.442 49 A 0.054 0.003 0.001 0.001 0.025 0.002 0.914 50 A 0.003 0.001 0.012 0.005 0.109 0.860 0.009 51 G 0.018 0.001 0.009 0.001 0.031 0.918 0.022 52 D 0.157 0.004 0.004 0.001 0.051 0.006 0.778 53 E 0.914 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.078 54 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 55 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 56 G 0.938 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.053 57 V 0.858 0.011 0.002 0.001 0.009 0.013 0.107 58 N 0.536 0.008 0.004 0.003 0.044 0.285 0.120 59 G 0.134 0.002 0.007 0.001 0.255 0.500 0.101 60 R 0.430 0.021 0.014 0.004 0.231 0.095 0.205 61 S 0.612 0.066 0.010 0.006 0.053 0.046 0.208 62 I 0.338 0.036 0.044 0.011 0.082 0.067 0.422 63 K 0.157 0.012 0.063 0.025 0.123 0.347 0.273 64 G 0.046 0.005 0.042 0.028 0.261 0.426 0.193 65 K 0.059 0.012 0.007 0.035 0.235 0.034 0.619 66 T 0.063 0.040 0.003 0.074 0.082 0.015 0.722 67 K 0.003 0.001 0.004 0.954 0.006 0.008 0.024 68 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.002 69 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.002 70 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 74 I 0.001 0.001 0.004 0.975 0.001 0.015 0.002 75 Q 0.002 0.001 0.018 0.892 0.003 0.081 0.003 76 E 0.002 0.001 0.035 0.621 0.009 0.321 0.012 77 V 0.019 0.006 0.043 0.090 0.304 0.272 0.266 78 K 0.007 0.001 0.022 0.003 0.292 0.521 0.154 79 G 0.082 0.001 0.010 0.001 0.494 0.235 0.178 80 E 0.673 0.006 0.002 0.001 0.055 0.007 0.257 81 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 82 T 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 83 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 84 H 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 85 Y 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 86 N 0.828 0.003 0.001 0.002 0.028 0.004 0.135 87 K 0.620 0.006 0.002 0.005 0.052 0.016 0.298 88 L 0.312 0.006 0.032 0.018 0.134 0.077 0.421 89 Q 0.254 0.007 0.072 0.037 0.195 0.133 0.301 90 Y 0.183 0.009 0.092 0.032 0.256 0.118 0.309 91 Y 0.169 0.025 0.041 0.023 0.135 0.144 0.463 92 K 0.040 0.009 0.005 0.004 0.015 0.024 0.903 93 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993