# TARGET T0287 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 2 S 0.007 0.012 0.012 0.281 0.004 0.058 0.626 3 N 0.004 0.004 0.033 0.373 0.158 0.195 0.232 4 N 0.005 0.006 0.034 0.491 0.110 0.180 0.175 5 M 0.005 0.003 0.028 0.784 0.029 0.067 0.084 6 R 0.007 0.002 0.027 0.866 0.021 0.035 0.043 7 K 0.010 0.002 0.025 0.899 0.015 0.026 0.023 8 L 0.011 0.002 0.016 0.932 0.007 0.020 0.012 9 F 0.014 0.003 0.013 0.926 0.007 0.024 0.013 10 S 0.020 0.001 0.026 0.883 0.008 0.043 0.017 11 M 0.021 0.002 0.037 0.834 0.020 0.060 0.025 12 I 0.035 0.008 0.043 0.774 0.031 0.060 0.049 13 A 0.026 0.007 0.044 0.622 0.063 0.154 0.085 14 D 0.014 0.006 0.039 0.391 0.116 0.244 0.190 15 S 0.007 0.005 0.048 0.335 0.152 0.166 0.287 16 K 0.005 0.004 0.054 0.408 0.149 0.224 0.156 17 D 0.004 0.004 0.056 0.415 0.139 0.203 0.178 18 K 0.005 0.006 0.051 0.504 0.103 0.130 0.201 19 K 0.008 0.004 0.033 0.655 0.044 0.104 0.151 20 E 0.012 0.003 0.031 0.759 0.037 0.067 0.091 21 K 0.020 0.004 0.028 0.805 0.024 0.048 0.070 22 L 0.023 0.006 0.026 0.801 0.027 0.035 0.082 23 I 0.021 0.004 0.027 0.850 0.017 0.035 0.045 24 E 0.019 0.002 0.028 0.833 0.016 0.069 0.034 25 S 0.012 0.003 0.024 0.798 0.026 0.093 0.044 26 L 0.014 0.004 0.022 0.727 0.066 0.072 0.094 27 Q 0.014 0.003 0.028 0.725 0.051 0.073 0.107 28 E 0.013 0.003 0.037 0.692 0.051 0.104 0.099 29 N 0.016 0.003 0.049 0.611 0.054 0.176 0.091 30 E 0.032 0.009 0.055 0.548 0.067 0.164 0.124 31 L 0.045 0.026 0.052 0.460 0.102 0.111 0.204 32 L 0.048 0.017 0.042 0.405 0.120 0.143 0.226 33 N 0.029 0.010 0.028 0.333 0.120 0.189 0.290 34 T 0.015 0.008 0.025 0.352 0.200 0.124 0.277 35 D 0.012 0.006 0.040 0.387 0.138 0.168 0.250 36 E 0.010 0.004 0.053 0.498 0.104 0.156 0.175 37 K 0.014 0.005 0.050 0.573 0.058 0.123 0.177 38 K 0.017 0.004 0.042 0.691 0.061 0.087 0.098 39 K 0.032 0.007 0.035 0.740 0.035 0.054 0.097 40 I 0.023 0.007 0.029 0.815 0.024 0.029 0.072 41 I 0.018 0.002 0.017 0.894 0.014 0.019 0.036 42 D 0.017 0.001 0.025 0.881 0.011 0.043 0.021 43 Q 0.009 0.001 0.022 0.882 0.013 0.054 0.019 44 I 0.010 0.002 0.013 0.901 0.014 0.036 0.024 45 K 0.008 0.001 0.015 0.885 0.022 0.046 0.022 46 T 0.008 0.003 0.016 0.846 0.022 0.068 0.036 47 M 0.003 0.002 0.019 0.910 0.012 0.032 0.023 48 H 0.003 0.001 0.020 0.919 0.012 0.030 0.015 49 D 0.004 0.001 0.024 0.903 0.011 0.041 0.017 50 F 0.005 0.001 0.020 0.895 0.015 0.042 0.022 51 F 0.009 0.003 0.022 0.871 0.015 0.048 0.032 52 K 0.008 0.002 0.035 0.815 0.020 0.093 0.026 53 Q 0.010 0.003 0.043 0.739 0.030 0.140 0.035 54 M 0.014 0.010 0.047 0.625 0.065 0.145 0.094 55 H 0.018 0.016 0.043 0.465 0.105 0.192 0.161 56 T 0.014 0.008 0.040 0.339 0.173 0.196 0.230 57 N 0.009 0.006 0.032 0.261 0.171 0.194 0.326 58 K 0.005 0.004 0.040 0.411 0.147 0.233 0.160 59 G 0.004 0.004 0.042 0.483 0.121 0.225 0.121 60 A 0.005 0.008 0.040 0.670 0.068 0.077 0.132 61 L 0.004 0.003 0.023 0.846 0.021 0.033 0.069 62 D 0.003 0.001 0.011 0.918 0.016 0.021 0.030 63 K 0.004 0.001 0.009 0.941 0.011 0.018 0.017 64 V 0.002 0.002 0.009 0.948 0.008 0.019 0.012 65 L 0.002 0.001 0.008 0.945 0.005 0.029 0.011 66 R 0.001 0.001 0.010 0.924 0.006 0.052 0.007 67 N 0.001 0.001 0.013 0.873 0.013 0.081 0.017 68 Y 0.002 0.002 0.021 0.857 0.015 0.070 0.033 69 M 0.002 0.003 0.029 0.823 0.026 0.070 0.047 70 K 0.002 0.001 0.041 0.813 0.021 0.099 0.023 71 D 0.003 0.001 0.024 0.815 0.027 0.098 0.031 72 Y 0.004 0.003 0.015 0.881 0.020 0.043 0.035 73 R 0.007 0.001 0.014 0.909 0.011 0.036 0.022 74 A 0.014 0.001 0.024 0.888 0.013 0.039 0.020 75 V 0.019 0.002 0.021 0.890 0.013 0.036 0.018 76 I 0.035 0.003 0.021 0.859 0.016 0.037 0.029 77 K 0.036 0.002 0.037 0.801 0.024 0.066 0.034 78 S 0.036 0.004 0.045 0.694 0.048 0.116 0.056 79 I 0.040 0.007 0.052 0.512 0.075 0.215 0.099 80 G 0.035 0.013 0.035 0.297 0.105 0.298 0.217 81 V 0.021 0.007 0.040 0.417 0.111 0.087 0.317 82 D 0.030 0.006 0.062 0.497 0.082 0.119 0.203 83 K 0.031 0.006 0.058 0.592 0.067 0.122 0.124 84 F 0.033 0.006 0.037 0.700 0.041 0.072 0.111 85 K 0.041 0.003 0.032 0.766 0.040 0.048 0.069 86 K 0.055 0.004 0.027 0.795 0.028 0.041 0.051 87 V 0.038 0.004 0.022 0.862 0.014 0.027 0.032 88 Y 0.048 0.004 0.022 0.849 0.015 0.030 0.032 89 R 0.059 0.003 0.030 0.806 0.019 0.051 0.033 90 L 0.043 0.005 0.039 0.758 0.029 0.088 0.039 91 L 0.039 0.006 0.029 0.703 0.055 0.084 0.085 92 E 0.027 0.004 0.025 0.652 0.065 0.091 0.137 93 S 0.011 0.002 0.030 0.740 0.055 0.091 0.070 94 E 0.014 0.003 0.035 0.763 0.038 0.085 0.063 95 T 0.022 0.005 0.025 0.793 0.030 0.055 0.071 96 M 0.018 0.003 0.014 0.871 0.022 0.029 0.043 97 E 0.024 0.001 0.015 0.882 0.015 0.029 0.032 98 L 0.024 0.003 0.017 0.885 0.014 0.029 0.029 99 L 0.027 0.002 0.015 0.898 0.013 0.023 0.022 100 H 0.021 0.001 0.028 0.888 0.011 0.033 0.018 101 A 0.012 0.001 0.027 0.891 0.015 0.035 0.019 102 I 0.013 0.003 0.033 0.866 0.016 0.049 0.020 103 A 0.015 0.002 0.030 0.756 0.034 0.132 0.031 104 E 0.010 0.004 0.024 0.639 0.070 0.193 0.060 105 N 0.012 0.005 0.015 0.163 0.239 0.060 0.506 106 P 0.006 0.003 0.103 0.246 0.077 0.478 0.089 107 N 0.014 0.005 0.161 0.194 0.083 0.466 0.077 108 F 0.055 0.016 0.197 0.280 0.100 0.120 0.232 109 L 0.154 0.037 0.090 0.358 0.043 0.100 0.218 110 F 0.120 0.016 0.124 0.418 0.049 0.105 0.167 111 S 0.077 0.008 0.121 0.462 0.077 0.111 0.145 112 K 0.048 0.007 0.097 0.509 0.078 0.157 0.103 113 F 0.050 0.012 0.058 0.481 0.114 0.125 0.159 114 D 0.044 0.008 0.052 0.446 0.074 0.132 0.244 115 R 0.025 0.004 0.083 0.621 0.063 0.140 0.064 116 S 0.032 0.004 0.080 0.645 0.051 0.131 0.057 117 I 0.043 0.009 0.095 0.658 0.037 0.094 0.063 118 L 0.079 0.006 0.059 0.647 0.037 0.096 0.076 119 G 0.116 0.004 0.082 0.562 0.040 0.124 0.072 120 I 0.147 0.008 0.074 0.567 0.045 0.085 0.074 121 F 0.199 0.020 0.054 0.538 0.034 0.063 0.093 122 L 0.158 0.013 0.081 0.478 0.059 0.065 0.146 123 P 0.147 0.008 0.108 0.344 0.081 0.147 0.164 124 F 0.120 0.012 0.140 0.258 0.083 0.240 0.147 125 F 0.124 0.022 0.083 0.218 0.139 0.221 0.193 126 S 0.100 0.013 0.051 0.150 0.227 0.154 0.305 127 K 0.089 0.008 0.043 0.183 0.309 0.100 0.268 128 P 0.192 0.011 0.049 0.190 0.112 0.110 0.337 129 I 0.330 0.023 0.050 0.222 0.058 0.059 0.257 130 M 0.530 0.016 0.035 0.181 0.039 0.041 0.158 131 F 0.565 0.013 0.036 0.157 0.036 0.035 0.158 132 K 0.582 0.008 0.033 0.151 0.050 0.035 0.141 133 M 0.542 0.012 0.047 0.145 0.048 0.037 0.169 134 S 0.483 0.019 0.046 0.150 0.059 0.043 0.199 135 I 0.381 0.011 0.066 0.245 0.061 0.049 0.187 136 R 0.289 0.011 0.073 0.283 0.075 0.084 0.185 137 E 0.207 0.009 0.060 0.290 0.108 0.122 0.204 138 M 0.163 0.011 0.057 0.287 0.097 0.139 0.245 139 D 0.122 0.007 0.080 0.287 0.139 0.171 0.196 140 S 0.171 0.007 0.073 0.331 0.135 0.118 0.165 141 Q 0.226 0.011 0.056 0.354 0.072 0.099 0.182 142 I 0.411 0.020 0.033 0.278 0.040 0.038 0.182 143 E 0.458 0.022 0.033 0.273 0.035 0.037 0.143 144 L 0.332 0.015 0.050 0.308 0.060 0.091 0.144 145 Y 0.150 0.007 0.054 0.276 0.098 0.277 0.138 146 G 0.077 0.009 0.060 0.175 0.158 0.322 0.198 147 T 0.080 0.009 0.045 0.141 0.209 0.264 0.252 148 N 0.097 0.010 0.027 0.085 0.240 0.236 0.304 149 L 0.116 0.015 0.017 0.124 0.192 0.036 0.499 150 P 0.201 0.022 0.025 0.157 0.069 0.066 0.460 151 L 0.340 0.016 0.085 0.264 0.056 0.079 0.161 152 L 0.474 0.012 0.094 0.215 0.044 0.034 0.126 153 K 0.502 0.005 0.084 0.238 0.045 0.024 0.103 154 L 0.642 0.005 0.043 0.201 0.028 0.023 0.059 155 F 0.654 0.014 0.027 0.200 0.023 0.022 0.060 156 V 0.663 0.011 0.016 0.164 0.036 0.035 0.076 157 M 0.479 0.011 0.012 0.188 0.079 0.072 0.159 158 T 0.268 0.011 0.010 0.139 0.143 0.087 0.343 159 D 0.083 0.006 0.040 0.252 0.180 0.162 0.276 160 E 0.075 0.008 0.078 0.373 0.158 0.189 0.119 161 E 0.113 0.009 0.086 0.407 0.102 0.149 0.133 162 V 0.166 0.012 0.055 0.448 0.071 0.065 0.182 163 N 0.233 0.016 0.047 0.403 0.054 0.073 0.175 164 F 0.217 0.011 0.072 0.435 0.061 0.063 0.140 165 Y 0.194 0.011 0.072 0.457 0.056 0.062 0.148 166 A 0.148 0.009 0.083 0.434 0.070 0.129 0.127 167 N 0.110 0.008 0.060 0.369 0.079 0.176 0.198 168 L 0.057 0.009 0.053 0.557 0.075 0.087 0.161 169 K 0.064 0.008 0.073 0.584 0.064 0.094 0.113 170 T 0.065 0.009 0.081 0.585 0.054 0.087 0.119 171 I 0.035 0.008 0.078 0.719 0.034 0.053 0.072 172 E 0.031 0.003 0.057 0.751 0.037 0.065 0.057 173 Q 0.023 0.005 0.052 0.724 0.036 0.096 0.064 174 Y 0.013 0.004 0.033 0.753 0.044 0.072 0.080 175 N 0.011 0.002 0.024 0.789 0.037 0.069 0.068 176 D 0.006 0.001 0.021 0.855 0.025 0.062 0.029 177 Y 0.005 0.002 0.017 0.885 0.017 0.051 0.023 178 V 0.005 0.002 0.012 0.920 0.011 0.030 0.020 179 R 0.006 0.001 0.015 0.919 0.013 0.027 0.019 180 D 0.007 0.001 0.017 0.916 0.011 0.034 0.014 181 L 0.006 0.001 0.020 0.916 0.008 0.034 0.014 182 L 0.017 0.004 0.026 0.868 0.014 0.050 0.022 183 M 0.024 0.002 0.043 0.773 0.019 0.105 0.035 184 K 0.032 0.003 0.034 0.740 0.034 0.107 0.050 185 F 0.043 0.008 0.030 0.632 0.087 0.065 0.136 186 D 0.040 0.014 0.020 0.525 0.070 0.079 0.251 187 L 0.012 0.003 0.033 0.762 0.030 0.056 0.103 188 E 0.008 0.001 0.041 0.806 0.024 0.054 0.065 189 K 0.008 0.001 0.039 0.818 0.025 0.066 0.042 190 Y 0.009 0.004 0.021 0.832 0.037 0.045 0.052 191 M 0.012 0.006 0.019 0.773 0.045 0.060 0.085 192 K 0.010 0.005 0.022 0.755 0.030 0.099 0.078 193 E 0.008 0.003 0.029 0.659 0.058 0.141 0.102 194 K 0.009 0.005 0.035 0.429 0.072 0.347 0.103 195 G 0.018 0.008 0.034 0.227 0.119 0.326 0.268 196 V 0.033 0.019 0.037 0.152 0.173 0.093 0.493 197 Q 0.054 0.017 0.031 0.145 0.169 0.129 0.456 198 N 0.024 0.010 0.012 0.065 0.007 0.102 0.779 199 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998