# TARGET T0287 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.120 0.079 0.038 0.117 0.025 0.037 0.232 0.108 0.122 0.041 2 S 0.046 0.161 0.084 0.040 0.101 0.035 0.043 0.281 0.103 0.083 0.024 3 N 0.034 0.072 0.050 0.044 0.058 0.050 0.061 0.368 0.124 0.104 0.035 4 N 0.061 0.070 0.046 0.020 0.068 0.010 0.021 0.377 0.121 0.154 0.051 5 M 0.040 0.046 0.016 0.005 0.051 0.004 0.010 0.533 0.194 0.081 0.019 6 R 0.016 0.055 0.015 0.008 0.035 0.010 0.028 0.670 0.138 0.019 0.006 7 K 0.032 0.039 0.014 0.006 0.053 0.006 0.033 0.676 0.097 0.033 0.012 8 L 0.022 0.018 0.009 0.007 0.027 0.013 0.033 0.668 0.135 0.058 0.011 9 F 0.033 0.033 0.011 0.008 0.053 0.007 0.016 0.589 0.179 0.053 0.018 10 S 0.022 0.037 0.014 0.009 0.044 0.012 0.031 0.643 0.152 0.027 0.010 11 M 0.025 0.032 0.015 0.008 0.050 0.014 0.042 0.610 0.131 0.062 0.012 12 I 0.071 0.052 0.019 0.010 0.098 0.012 0.034 0.469 0.122 0.078 0.034 13 A 0.034 0.137 0.058 0.028 0.088 0.026 0.039 0.365 0.127 0.079 0.018 14 D 0.044 0.158 0.079 0.030 0.098 0.025 0.042 0.254 0.103 0.132 0.034 15 S 0.062 0.127 0.069 0.021 0.115 0.014 0.029 0.275 0.130 0.124 0.036 16 K 0.024 0.098 0.047 0.020 0.055 0.027 0.054 0.417 0.149 0.089 0.021 17 D 0.047 0.096 0.041 0.017 0.084 0.017 0.032 0.374 0.107 0.138 0.048 18 K 0.038 0.092 0.035 0.010 0.060 0.010 0.024 0.490 0.127 0.091 0.024 19 K 0.024 0.051 0.020 0.006 0.042 0.008 0.019 0.620 0.142 0.057 0.012 20 E 0.021 0.052 0.019 0.007 0.042 0.007 0.018 0.672 0.124 0.027 0.010 21 K 0.020 0.032 0.013 0.005 0.034 0.006 0.020 0.743 0.088 0.030 0.010 22 L 0.021 0.025 0.010 0.003 0.027 0.004 0.010 0.755 0.105 0.032 0.008 23 I 0.012 0.015 0.006 0.004 0.021 0.006 0.010 0.744 0.147 0.028 0.006 24 E 0.010 0.025 0.013 0.008 0.020 0.010 0.021 0.765 0.111 0.014 0.005 25 S 0.016 0.025 0.014 0.005 0.031 0.005 0.018 0.693 0.107 0.076 0.008 26 L 0.030 0.055 0.020 0.007 0.050 0.008 0.021 0.614 0.121 0.060 0.015 27 Q 0.026 0.074 0.035 0.014 0.044 0.014 0.027 0.582 0.125 0.047 0.012 28 E 0.015 0.068 0.030 0.022 0.037 0.027 0.072 0.561 0.112 0.048 0.009 29 N 0.044 0.087 0.059 0.030 0.075 0.020 0.028 0.297 0.120 0.178 0.062 30 E 0.052 0.081 0.031 0.012 0.083 0.012 0.028 0.412 0.135 0.103 0.049 31 L 0.091 0.080 0.023 0.008 0.158 0.012 0.027 0.374 0.104 0.088 0.034 32 L 0.038 0.164 0.049 0.032 0.118 0.041 0.079 0.313 0.085 0.063 0.018 33 N 0.123 0.145 0.072 0.022 0.177 0.013 0.023 0.160 0.064 0.147 0.055 34 T 0.040 0.155 0.079 0.024 0.096 0.017 0.030 0.319 0.137 0.078 0.025 35 D 0.052 0.093 0.059 0.021 0.091 0.022 0.038 0.372 0.112 0.096 0.043 36 E 0.039 0.072 0.031 0.013 0.061 0.012 0.027 0.482 0.144 0.096 0.024 37 K 0.036 0.063 0.022 0.007 0.062 0.009 0.021 0.557 0.136 0.070 0.017 38 K 0.020 0.059 0.021 0.010 0.045 0.010 0.020 0.608 0.157 0.039 0.011 39 K 0.026 0.048 0.020 0.004 0.048 0.004 0.022 0.697 0.088 0.030 0.012 40 I 0.025 0.024 0.009 0.004 0.028 0.005 0.014 0.741 0.103 0.038 0.010 41 I 0.009 0.015 0.007 0.007 0.020 0.011 0.018 0.751 0.138 0.019 0.005 42 D 0.009 0.018 0.011 0.008 0.015 0.008 0.020 0.779 0.112 0.015 0.005 43 Q 0.008 0.008 0.005 0.003 0.011 0.004 0.013 0.757 0.128 0.058 0.005 44 I 0.019 0.023 0.005 0.002 0.031 0.004 0.009 0.725 0.147 0.026 0.008 45 K 0.007 0.017 0.008 0.007 0.014 0.011 0.027 0.761 0.127 0.016 0.005 46 T 0.014 0.024 0.013 0.006 0.019 0.006 0.029 0.706 0.102 0.070 0.010 47 M 0.019 0.032 0.015 0.007 0.027 0.007 0.017 0.620 0.168 0.075 0.012 48 H 0.011 0.050 0.014 0.007 0.028 0.009 0.022 0.678 0.146 0.027 0.007 49 D 0.013 0.015 0.007 0.005 0.024 0.007 0.035 0.734 0.116 0.035 0.009 50 F 0.006 0.007 0.005 0.003 0.008 0.007 0.027 0.748 0.135 0.049 0.004 51 F 0.016 0.016 0.004 0.003 0.022 0.004 0.012 0.679 0.187 0.047 0.011 52 K 0.007 0.019 0.007 0.007 0.015 0.010 0.039 0.704 0.165 0.024 0.004 53 Q 0.016 0.017 0.009 0.006 0.028 0.011 0.074 0.631 0.124 0.077 0.009 54 M 0.040 0.087 0.028 0.011 0.098 0.018 0.050 0.448 0.129 0.070 0.020 55 H 0.097 0.063 0.025 0.017 0.114 0.015 0.037 0.300 0.117 0.161 0.055 56 T 0.038 0.140 0.072 0.034 0.081 0.035 0.083 0.309 0.110 0.077 0.021 57 N 0.071 0.134 0.094 0.041 0.127 0.025 0.037 0.200 0.070 0.152 0.047 58 K 0.040 0.153 0.066 0.047 0.080 0.041 0.052 0.285 0.125 0.082 0.029 59 G 0.021 0.061 0.092 0.082 0.036 0.041 0.029 0.321 0.091 0.170 0.056 60 A 0.040 0.086 0.034 0.007 0.062 0.006 0.019 0.539 0.121 0.066 0.020 61 L 0.015 0.035 0.017 0.005 0.024 0.006 0.009 0.702 0.137 0.042 0.008 62 D 0.008 0.024 0.010 0.005 0.017 0.005 0.013 0.787 0.112 0.015 0.004 63 K 0.006 0.010 0.006 0.003 0.011 0.003 0.013 0.822 0.098 0.023 0.005 64 V 0.007 0.011 0.004 0.002 0.009 0.002 0.015 0.851 0.077 0.018 0.003 65 L 0.007 0.009 0.003 0.002 0.011 0.003 0.010 0.787 0.131 0.031 0.004 66 R 0.003 0.016 0.006 0.006 0.007 0.011 0.031 0.802 0.103 0.011 0.003 67 N 0.014 0.014 0.009 0.005 0.020 0.007 0.031 0.715 0.109 0.061 0.015 68 Y 0.007 0.013 0.009 0.004 0.011 0.006 0.020 0.710 0.147 0.065 0.007 69 M 0.018 0.025 0.007 0.003 0.029 0.004 0.014 0.661 0.181 0.050 0.008 70 K 0.003 0.021 0.008 0.009 0.010 0.020 0.069 0.725 0.113 0.019 0.002 71 D 0.025 0.018 0.010 0.006 0.028 0.008 0.048 0.668 0.095 0.081 0.012 72 Y 0.026 0.040 0.014 0.003 0.037 0.003 0.010 0.588 0.184 0.079 0.016 73 R 0.018 0.022 0.008 0.004 0.028 0.005 0.016 0.716 0.145 0.030 0.009 74 A 0.021 0.049 0.016 0.006 0.054 0.006 0.025 0.706 0.086 0.024 0.006 75 V 0.018 0.013 0.005 0.003 0.036 0.009 0.034 0.755 0.098 0.024 0.005 76 I 0.055 0.021 0.006 0.007 0.061 0.009 0.022 0.594 0.152 0.052 0.021 77 K 0.016 0.046 0.021 0.016 0.043 0.023 0.062 0.603 0.129 0.032 0.008 78 S 0.064 0.042 0.015 0.010 0.078 0.016 0.075 0.413 0.115 0.143 0.029 79 I 0.030 0.362 0.183 0.039 0.142 0.023 0.034 0.097 0.044 0.035 0.011 80 G 0.129 0.130 0.103 0.059 0.107 0.018 0.011 0.085 0.040 0.191 0.127 81 V 0.078 0.131 0.035 0.010 0.153 0.016 0.022 0.304 0.171 0.047 0.032 82 D 0.032 0.052 0.034 0.022 0.060 0.022 0.032 0.523 0.153 0.042 0.027 83 K 0.020 0.035 0.019 0.007 0.029 0.006 0.022 0.528 0.190 0.129 0.015 84 F 0.027 0.034 0.010 0.004 0.038 0.005 0.014 0.589 0.181 0.085 0.013 85 K 0.010 0.051 0.017 0.011 0.026 0.011 0.037 0.684 0.126 0.021 0.006 86 K 0.025 0.025 0.010 0.003 0.041 0.005 0.038 0.698 0.095 0.048 0.012 87 V 0.020 0.015 0.006 0.004 0.021 0.006 0.021 0.722 0.130 0.044 0.011 88 Y 0.014 0.021 0.006 0.003 0.028 0.006 0.015 0.728 0.148 0.023 0.007 89 R 0.010 0.023 0.010 0.004 0.022 0.006 0.021 0.750 0.128 0.019 0.006 90 L 0.014 0.013 0.007 0.005 0.020 0.011 0.042 0.743 0.101 0.037 0.007 91 L 0.026 0.053 0.021 0.010 0.046 0.010 0.027 0.573 0.140 0.080 0.015 92 E 0.027 0.072 0.031 0.014 0.044 0.016 0.026 0.544 0.145 0.067 0.014 93 S 0.014 0.095 0.039 0.017 0.041 0.021 0.038 0.541 0.117 0.065 0.013 94 E 0.026 0.039 0.019 0.006 0.045 0.009 0.040 0.619 0.120 0.060 0.016 95 T 0.021 0.030 0.013 0.004 0.021 0.004 0.011 0.676 0.141 0.064 0.014 96 M 0.007 0.015 0.005 0.003 0.016 0.003 0.007 0.786 0.135 0.019 0.004 97 E 0.006 0.014 0.005 0.002 0.012 0.002 0.012 0.860 0.079 0.006 0.003 98 L 0.006 0.004 0.002 0.001 0.008 0.002 0.012 0.867 0.082 0.014 0.002 99 L 0.005 0.007 0.002 0.002 0.010 0.004 0.013 0.798 0.138 0.018 0.003 100 H 0.011 0.014 0.007 0.004 0.015 0.004 0.015 0.748 0.156 0.019 0.006 101 A 0.008 0.013 0.009 0.005 0.015 0.009 0.036 0.710 0.144 0.046 0.005 102 I 0.019 0.027 0.009 0.007 0.039 0.010 0.044 0.576 0.200 0.057 0.011 103 A 0.021 0.052 0.019 0.010 0.050 0.012 0.069 0.536 0.163 0.061 0.008 104 E 0.018 0.070 0.033 0.019 0.052 0.065 0.181 0.276 0.116 0.153 0.016 105 N 0.245 0.124 0.056 0.012 0.299 0.005 0.007 0.052 0.036 0.073 0.091 106 P 0.027 0.083 0.023 0.010 0.070 0.016 0.044 0.349 0.299 0.062 0.016 107 N 0.045 0.046 0.021 0.011 0.069 0.015 0.037 0.286 0.204 0.231 0.036 108 F 0.113 0.157 0.037 0.007 0.218 0.010 0.023 0.200 0.104 0.085 0.046 109 L 0.118 0.108 0.035 0.012 0.172 0.017 0.037 0.274 0.096 0.083 0.050 110 F 0.089 0.073 0.030 0.022 0.125 0.013 0.016 0.274 0.185 0.133 0.042 111 S 0.028 0.127 0.053 0.024 0.085 0.018 0.042 0.429 0.147 0.034 0.011 112 K 0.045 0.047 0.024 0.014 0.060 0.015 0.053 0.395 0.154 0.164 0.030 113 F 0.075 0.119 0.060 0.019 0.120 0.018 0.038 0.296 0.102 0.109 0.043 114 D 0.067 0.125 0.047 0.026 0.110 0.020 0.033 0.306 0.131 0.096 0.038 115 R 0.029 0.057 0.023 0.015 0.058 0.013 0.034 0.442 0.228 0.083 0.019 116 S 0.028 0.079 0.037 0.012 0.060 0.012 0.058 0.516 0.139 0.048 0.012 117 I 0.078 0.033 0.010 0.009 0.075 0.016 0.056 0.414 0.143 0.127 0.039 118 L 0.048 0.124 0.050 0.051 0.094 0.038 0.066 0.316 0.117 0.072 0.025 119 G 0.054 0.088 0.067 0.048 0.088 0.023 0.026 0.258 0.161 0.138 0.050 120 I 0.079 0.119 0.044 0.009 0.184 0.011 0.042 0.324 0.112 0.051 0.025 121 F 0.115 0.095 0.045 0.022 0.141 0.016 0.031 0.183 0.109 0.177 0.065 122 L 0.058 0.268 0.106 0.028 0.208 0.013 0.019 0.153 0.094 0.037 0.018 123 P 0.048 0.084 0.037 0.014 0.084 0.015 0.054 0.393 0.201 0.049 0.021 124 F 0.052 0.058 0.029 0.015 0.083 0.027 0.104 0.269 0.152 0.179 0.031 125 F 0.100 0.128 0.036 0.018 0.181 0.016 0.042 0.212 0.107 0.113 0.045 126 S 0.050 0.089 0.074 0.064 0.074 0.046 0.072 0.193 0.128 0.173 0.035 127 K 0.031 0.245 0.199 0.047 0.103 0.019 0.035 0.180 0.076 0.050 0.015 128 P 0.112 0.163 0.046 0.009 0.185 0.012 0.037 0.238 0.103 0.054 0.039 129 I 0.116 0.128 0.032 0.010 0.252 0.013 0.036 0.226 0.090 0.060 0.038 130 M 0.220 0.087 0.021 0.011 0.252 0.016 0.026 0.170 0.067 0.063 0.067 131 F 0.107 0.195 0.057 0.025 0.267 0.024 0.024 0.179 0.056 0.041 0.025 132 K 0.211 0.069 0.021 0.009 0.245 0.010 0.022 0.171 0.073 0.086 0.083 133 M 0.116 0.200 0.074 0.034 0.238 0.029 0.028 0.146 0.056 0.042 0.037 134 S 0.133 0.249 0.064 0.011 0.258 0.007 0.015 0.130 0.038 0.047 0.045 135 I 0.169 0.058 0.016 0.009 0.165 0.012 0.017 0.261 0.154 0.081 0.059 136 R 0.031 0.129 0.056 0.041 0.080 0.041 0.060 0.399 0.122 0.028 0.013 137 E 0.096 0.081 0.039 0.014 0.110 0.013 0.040 0.323 0.101 0.136 0.047 138 M 0.060 0.142 0.062 0.025 0.106 0.027 0.040 0.298 0.116 0.094 0.030 139 D 0.061 0.074 0.032 0.036 0.090 0.026 0.037 0.360 0.148 0.092 0.043 140 S 0.040 0.090 0.054 0.026 0.079 0.025 0.042 0.390 0.129 0.102 0.023 141 Q 0.093 0.081 0.024 0.009 0.135 0.011 0.032 0.367 0.120 0.093 0.035 142 I 0.157 0.135 0.021 0.010 0.264 0.010 0.016 0.215 0.088 0.042 0.043 143 E 0.108 0.156 0.053 0.014 0.226 0.012 0.037 0.259 0.076 0.031 0.030 144 L 0.148 0.056 0.024 0.017 0.143 0.039 0.082 0.274 0.091 0.081 0.045 145 Y 0.045 0.186 0.105 0.113 0.122 0.049 0.073 0.151 0.067 0.065 0.025 146 G 0.063 0.085 0.073 0.089 0.066 0.043 0.024 0.114 0.116 0.253 0.074 147 T 0.036 0.183 0.087 0.035 0.108 0.038 0.076 0.236 0.132 0.054 0.015 148 N 0.111 0.063 0.033 0.022 0.086 0.017 0.033 0.081 0.099 0.346 0.107 149 L 0.090 0.325 0.148 0.026 0.221 0.009 0.011 0.054 0.048 0.040 0.029 150 P 0.073 0.274 0.113 0.014 0.181 0.012 0.031 0.182 0.066 0.033 0.021 151 L 0.135 0.075 0.022 0.009 0.167 0.009 0.027 0.249 0.150 0.112 0.045 152 L 0.118 0.123 0.035 0.024 0.192 0.027 0.031 0.253 0.097 0.063 0.036 153 K 0.123 0.092 0.028 0.016 0.249 0.022 0.046 0.264 0.073 0.052 0.034 154 L 0.229 0.078 0.013 0.008 0.350 0.011 0.016 0.155 0.051 0.040 0.048 155 F 0.172 0.116 0.018 0.008 0.438 0.012 0.016 0.114 0.036 0.031 0.038 156 V 0.220 0.112 0.017 0.003 0.374 0.006 0.017 0.108 0.033 0.047 0.062 157 M 0.167 0.160 0.061 0.024 0.243 0.021 0.037 0.116 0.041 0.070 0.059 158 T 0.054 0.286 0.183 0.072 0.133 0.025 0.025 0.107 0.045 0.047 0.023 159 D 0.057 0.091 0.060 0.037 0.097 0.021 0.031 0.302 0.185 0.084 0.035 160 E 0.017 0.069 0.040 0.020 0.039 0.020 0.048 0.481 0.188 0.063 0.014 161 E 0.085 0.078 0.021 0.007 0.131 0.012 0.039 0.373 0.118 0.100 0.035 162 V 0.111 0.138 0.022 0.010 0.200 0.016 0.027 0.297 0.098 0.048 0.032 163 N 0.138 0.067 0.030 0.018 0.168 0.016 0.036 0.331 0.088 0.054 0.054 164 F 0.063 0.078 0.027 0.013 0.094 0.013 0.026 0.458 0.143 0.062 0.025 165 Y 0.075 0.050 0.021 0.016 0.099 0.016 0.033 0.412 0.159 0.081 0.038 166 A 0.033 0.099 0.042 0.028 0.072 0.037 0.064 0.441 0.140 0.034 0.011 167 N 0.111 0.070 0.030 0.009 0.118 0.007 0.021 0.268 0.111 0.191 0.064 168 L 0.096 0.083 0.019 0.007 0.139 0.009 0.011 0.314 0.190 0.088 0.043 169 K 0.026 0.054 0.026 0.012 0.055 0.018 0.044 0.587 0.137 0.029 0.011 170 T 0.055 0.063 0.024 0.009 0.075 0.006 0.017 0.483 0.133 0.113 0.023 171 I 0.042 0.040 0.013 0.010 0.073 0.012 0.020 0.542 0.171 0.059 0.018 172 E 0.021 0.051 0.022 0.014 0.043 0.017 0.039 0.609 0.144 0.026 0.014 173 Q 0.044 0.044 0.022 0.010 0.058 0.011 0.049 0.502 0.112 0.115 0.033 174 Y 0.037 0.096 0.050 0.028 0.066 0.033 0.047 0.379 0.128 0.114 0.021 175 N 0.038 0.109 0.045 0.025 0.077 0.016 0.025 0.425 0.146 0.070 0.023 176 D 0.019 0.034 0.019 0.014 0.034 0.015 0.040 0.579 0.148 0.080 0.019 177 Y 0.019 0.045 0.021 0.006 0.032 0.007 0.029 0.651 0.110 0.068 0.012 178 V 0.035 0.026 0.006 0.002 0.034 0.003 0.009 0.686 0.134 0.047 0.016 179 R 0.005 0.022 0.009 0.007 0.013 0.011 0.025 0.780 0.111 0.013 0.003 180 D 0.013 0.017 0.009 0.006 0.022 0.006 0.021 0.758 0.106 0.034 0.008 181 L 0.009 0.012 0.006 0.003 0.018 0.005 0.016 0.769 0.128 0.028 0.005 182 L 0.019 0.013 0.004 0.003 0.023 0.006 0.017 0.688 0.164 0.051 0.012 183 M 0.014 0.046 0.014 0.008 0.039 0.009 0.027 0.640 0.153 0.043 0.007 184 K 0.044 0.041 0.014 0.006 0.064 0.008 0.050 0.512 0.123 0.115 0.021 185 F 0.046 0.244 0.084 0.020 0.176 0.031 0.038 0.226 0.066 0.047 0.022 186 D 0.191 0.127 0.040 0.008 0.178 0.004 0.012 0.249 0.052 0.060 0.081 187 L 0.016 0.021 0.009 0.003 0.023 0.006 0.008 0.588 0.258 0.060 0.009 188 E 0.007 0.020 0.007 0.005 0.017 0.006 0.020 0.756 0.145 0.014 0.003 189 K 0.013 0.022 0.010 0.004 0.027 0.007 0.033 0.727 0.116 0.036 0.005 190 Y 0.010 0.014 0.008 0.005 0.020 0.009 0.026 0.695 0.125 0.080 0.009 191 M 0.043 0.044 0.013 0.008 0.056 0.006 0.016 0.575 0.144 0.070 0.024 192 K 0.016 0.055 0.035 0.012 0.031 0.015 0.051 0.563 0.160 0.052 0.009 193 E 0.030 0.084 0.045 0.020 0.058 0.021 0.092 0.481 0.105 0.050 0.014 194 K 0.030 0.319 0.188 0.049 0.092 0.020 0.034 0.122 0.061 0.065 0.020 195 G 0.069 0.053 0.043 0.052 0.061 0.028 0.030 0.141 0.082 0.306 0.135 196 V 0.125 0.162 0.059 0.016 0.224 0.018 0.028 0.169 0.086 0.068 0.045 197 Q 0.057 0.147 0.063 0.043 0.135 0.050 0.078 0.222 0.102 0.070 0.033 198 N 0.117 0.118 0.078 0.032 0.170 0.018 0.025 0.119 0.088 0.157 0.077 199 A 0.063 0.145 0.096 0.038 0.134 0.024 0.040 0.185 0.118 0.119 0.038