# TARGET T0287 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.683 0.197 0.078 0.034 0.007 0.001 0.001 2 S 0.637 0.209 0.092 0.045 0.014 0.003 0.001 3 N 0.711 0.173 0.063 0.033 0.015 0.005 0.001 4 N 0.585 0.233 0.094 0.050 0.026 0.011 0.002 5 M 0.339 0.162 0.168 0.181 0.104 0.040 0.006 6 R 0.455 0.251 0.137 0.094 0.045 0.016 0.003 7 K 0.364 0.296 0.184 0.100 0.043 0.012 0.001 8 L 0.229 0.156 0.155 0.201 0.169 0.083 0.007 9 F 0.194 0.152 0.164 0.221 0.178 0.083 0.007 10 S 0.329 0.260 0.178 0.133 0.071 0.026 0.003 11 M 0.272 0.208 0.176 0.169 0.124 0.048 0.004 12 I 0.214 0.160 0.170 0.210 0.165 0.075 0.006 13 A 0.296 0.205 0.180 0.174 0.108 0.035 0.002 14 D 0.516 0.276 0.124 0.059 0.020 0.005 0.001 15 S 0.482 0.260 0.141 0.080 0.029 0.008 0.001 16 K 0.641 0.215 0.085 0.042 0.014 0.003 0.001 17 D 0.631 0.218 0.090 0.042 0.015 0.004 0.001 18 K 0.553 0.257 0.114 0.056 0.017 0.003 0.001 19 K 0.448 0.282 0.153 0.083 0.027 0.005 0.001 20 E 0.470 0.290 0.144 0.071 0.021 0.004 0.001 21 K 0.363 0.339 0.180 0.084 0.027 0.006 0.001 22 L 0.084 0.133 0.190 0.281 0.234 0.073 0.004 23 I 0.107 0.140 0.205 0.270 0.200 0.072 0.005 24 E 0.375 0.334 0.157 0.087 0.034 0.011 0.001 25 S 0.231 0.288 0.231 0.160 0.069 0.020 0.002 26 L 0.105 0.126 0.182 0.272 0.229 0.081 0.005 27 Q 0.337 0.264 0.182 0.131 0.064 0.020 0.002 28 E 0.482 0.264 0.131 0.077 0.034 0.011 0.001 29 N 0.404 0.265 0.174 0.101 0.041 0.013 0.001 30 E 0.342 0.285 0.178 0.117 0.058 0.019 0.002 31 L 0.142 0.158 0.194 0.237 0.192 0.072 0.005 32 L 0.141 0.150 0.211 0.258 0.183 0.055 0.002 33 N 0.382 0.318 0.171 0.091 0.030 0.007 0.001 34 T 0.382 0.285 0.175 0.110 0.039 0.008 0.001 35 D 0.611 0.215 0.095 0.052 0.020 0.006 0.001 36 E 0.501 0.255 0.136 0.075 0.027 0.006 0.001 37 K 0.442 0.274 0.151 0.088 0.036 0.009 0.001 38 K 0.436 0.293 0.157 0.082 0.026 0.006 0.001 39 K 0.425 0.331 0.155 0.066 0.018 0.004 0.001 40 I 0.079 0.138 0.176 0.275 0.242 0.084 0.006 41 I 0.060 0.118 0.213 0.301 0.227 0.075 0.005 42 D 0.269 0.334 0.202 0.122 0.053 0.018 0.002 43 Q 0.151 0.209 0.225 0.218 0.137 0.054 0.006 44 I 0.054 0.069 0.108 0.221 0.306 0.215 0.028 45 K 0.183 0.261 0.235 0.178 0.095 0.041 0.007 46 T 0.212 0.243 0.195 0.169 0.113 0.058 0.010 47 M 0.070 0.087 0.102 0.168 0.245 0.269 0.059 48 H 0.116 0.161 0.204 0.237 0.180 0.090 0.012 49 D 0.176 0.269 0.235 0.172 0.098 0.045 0.006 50 F 0.065 0.077 0.114 0.222 0.286 0.208 0.027 51 F 0.057 0.068 0.110 0.219 0.288 0.223 0.035 52 K 0.216 0.276 0.209 0.157 0.091 0.043 0.007 53 Q 0.227 0.257 0.208 0.165 0.098 0.039 0.005 54 M 0.128 0.127 0.149 0.229 0.214 0.135 0.018 55 H 0.216 0.196 0.184 0.188 0.141 0.068 0.008 56 T 0.329 0.246 0.179 0.135 0.078 0.029 0.004 57 N 0.433 0.245 0.142 0.106 0.051 0.019 0.003 58 K 0.458 0.265 0.145 0.081 0.035 0.013 0.002 59 G 0.531 0.239 0.114 0.066 0.034 0.014 0.002 60 A 0.224 0.229 0.195 0.180 0.118 0.046 0.008 61 L 0.154 0.144 0.172 0.230 0.196 0.092 0.011 62 D 0.255 0.289 0.208 0.147 0.072 0.027 0.003 63 K 0.309 0.305 0.194 0.114 0.053 0.022 0.003 64 V 0.082 0.128 0.170 0.257 0.234 0.116 0.015 65 L 0.064 0.079 0.129 0.224 0.284 0.197 0.023 66 R 0.203 0.296 0.217 0.166 0.083 0.031 0.004 67 N 0.238 0.309 0.208 0.137 0.072 0.032 0.004 68 Y 0.060 0.096 0.158 0.263 0.262 0.144 0.017 69 M 0.077 0.106 0.156 0.234 0.257 0.153 0.017 70 K 0.313 0.311 0.183 0.116 0.053 0.021 0.003 71 D 0.223 0.287 0.221 0.156 0.079 0.031 0.004 72 Y 0.046 0.076 0.124 0.235 0.297 0.196 0.027 73 R 0.126 0.219 0.246 0.215 0.131 0.057 0.006 74 A 0.133 0.183 0.194 0.227 0.174 0.080 0.008 75 V 0.078 0.105 0.140 0.225 0.264 0.172 0.017 76 I 0.061 0.076 0.122 0.235 0.288 0.193 0.026 77 K 0.187 0.276 0.226 0.171 0.090 0.042 0.007 78 S 0.208 0.232 0.192 0.176 0.123 0.061 0.009 79 I 0.108 0.132 0.166 0.232 0.215 0.129 0.019 80 G 0.202 0.263 0.207 0.171 0.105 0.047 0.006 81 V 0.161 0.188 0.211 0.225 0.150 0.058 0.007 82 D 0.443 0.310 0.134 0.071 0.030 0.011 0.001 83 K 0.246 0.317 0.233 0.134 0.053 0.015 0.002 84 F 0.069 0.097 0.157 0.283 0.277 0.108 0.010 85 K 0.213 0.326 0.245 0.143 0.056 0.016 0.002 86 K 0.258 0.329 0.219 0.123 0.052 0.018 0.002 87 V 0.042 0.072 0.115 0.233 0.308 0.208 0.023 88 Y 0.043 0.078 0.158 0.274 0.283 0.149 0.014 89 R 0.153 0.263 0.235 0.186 0.105 0.049 0.008 90 L 0.091 0.116 0.149 0.214 0.238 0.167 0.024 91 L 0.064 0.082 0.128 0.242 0.278 0.181 0.024 92 E 0.240 0.257 0.199 0.160 0.095 0.043 0.007 93 S 0.346 0.256 0.171 0.123 0.067 0.030 0.006 94 E 0.337 0.243 0.166 0.130 0.077 0.039 0.009 95 T 0.192 0.199 0.177 0.175 0.146 0.092 0.020 96 M 0.140 0.150 0.185 0.229 0.188 0.093 0.016 97 E 0.271 0.291 0.195 0.131 0.071 0.034 0.006 98 L 0.114 0.123 0.149 0.211 0.222 0.155 0.026 99 L 0.081 0.066 0.093 0.184 0.275 0.257 0.045 100 H 0.145 0.194 0.201 0.203 0.148 0.090 0.017 101 A 0.161 0.172 0.175 0.198 0.169 0.107 0.018 102 I 0.109 0.109 0.127 0.197 0.232 0.189 0.037 103 A 0.177 0.156 0.174 0.213 0.165 0.095 0.019 104 E 0.387 0.281 0.152 0.097 0.055 0.024 0.004 105 N 0.317 0.262 0.192 0.135 0.066 0.025 0.004 106 P 0.291 0.219 0.165 0.161 0.102 0.052 0.010 107 N 0.268 0.250 0.185 0.141 0.094 0.052 0.009 108 F 0.097 0.101 0.141 0.225 0.234 0.169 0.034 109 L 0.076 0.081 0.107 0.182 0.247 0.251 0.057 110 F 0.072 0.075 0.113 0.197 0.253 0.232 0.058 111 S 0.178 0.210 0.186 0.188 0.141 0.080 0.017 112 K 0.190 0.252 0.218 0.176 0.103 0.050 0.011 113 F 0.080 0.095 0.133 0.232 0.261 0.169 0.031 114 D 0.225 0.242 0.198 0.170 0.105 0.052 0.009 115 R 0.280 0.223 0.171 0.145 0.107 0.062 0.013 116 S 0.247 0.213 0.175 0.168 0.113 0.066 0.016 117 I 0.126 0.096 0.114 0.169 0.215 0.216 0.064 118 L 0.125 0.097 0.111 0.163 0.201 0.217 0.086 119 G 0.164 0.130 0.132 0.156 0.163 0.178 0.076 120 I 0.091 0.070 0.081 0.133 0.193 0.270 0.163 121 F 0.084 0.073 0.084 0.135 0.188 0.272 0.164 122 L 0.088 0.075 0.090 0.144 0.198 0.257 0.148 123 P 0.160 0.140 0.141 0.163 0.167 0.161 0.068 124 F 0.131 0.105 0.117 0.168 0.200 0.210 0.070 125 F 0.154 0.115 0.125 0.189 0.206 0.169 0.043 126 S 0.256 0.198 0.154 0.151 0.127 0.090 0.023 127 K 0.310 0.231 0.167 0.143 0.089 0.049 0.012 128 P 0.302 0.212 0.159 0.139 0.103 0.069 0.016 129 I 0.169 0.121 0.131 0.182 0.195 0.166 0.035 130 M 0.167 0.126 0.138 0.178 0.186 0.167 0.038 131 F 0.138 0.102 0.107 0.163 0.215 0.222 0.053 132 K 0.169 0.193 0.197 0.198 0.141 0.084 0.017 133 M 0.164 0.155 0.155 0.182 0.182 0.131 0.030 134 S 0.209 0.216 0.183 0.174 0.124 0.078 0.015 135 I 0.127 0.118 0.142 0.211 0.222 0.153 0.026 136 R 0.337 0.272 0.176 0.119 0.062 0.029 0.005 137 E 0.335 0.281 0.173 0.115 0.062 0.030 0.005 138 M 0.162 0.138 0.162 0.228 0.201 0.097 0.011 139 D 0.276 0.249 0.199 0.153 0.085 0.034 0.004 140 S 0.373 0.264 0.154 0.109 0.065 0.031 0.004 141 Q 0.220 0.237 0.208 0.185 0.101 0.043 0.006 142 I 0.107 0.111 0.148 0.228 0.247 0.142 0.017 143 E 0.259 0.278 0.210 0.147 0.074 0.028 0.004 144 L 0.172 0.140 0.151 0.209 0.199 0.115 0.014 145 Y 0.196 0.189 0.192 0.208 0.144 0.064 0.007 146 G 0.289 0.222 0.174 0.154 0.103 0.051 0.007 147 T 0.295 0.240 0.169 0.151 0.096 0.042 0.007 148 N 0.299 0.275 0.184 0.132 0.072 0.032 0.005 149 L 0.125 0.128 0.157 0.226 0.220 0.123 0.021 150 P 0.164 0.207 0.213 0.206 0.129 0.067 0.013 151 L 0.054 0.071 0.108 0.199 0.262 0.249 0.057 152 L 0.041 0.051 0.081 0.160 0.278 0.310 0.080 153 K 0.050 0.109 0.164 0.221 0.209 0.189 0.058 154 L 0.024 0.031 0.058 0.130 0.233 0.385 0.139 155 F 0.019 0.032 0.053 0.117 0.231 0.405 0.144 156 V 0.028 0.055 0.098 0.186 0.272 0.292 0.069 157 M 0.050 0.100 0.139 0.211 0.275 0.193 0.031 158 T 0.148 0.217 0.226 0.232 0.124 0.047 0.006 159 D 0.346 0.276 0.163 0.120 0.064 0.027 0.004 160 E 0.472 0.286 0.137 0.067 0.026 0.009 0.002 161 E 0.393 0.271 0.161 0.102 0.050 0.020 0.003 162 V 0.171 0.148 0.184 0.215 0.185 0.089 0.008 163 N 0.203 0.259 0.221 0.178 0.095 0.040 0.005 164 F 0.095 0.107 0.135 0.213 0.243 0.180 0.027 165 Y 0.083 0.113 0.165 0.224 0.226 0.164 0.025 166 A 0.118 0.168 0.185 0.224 0.191 0.100 0.014 167 N 0.156 0.240 0.224 0.194 0.120 0.058 0.008 168 L 0.090 0.106 0.154 0.243 0.248 0.142 0.016 169 K 0.258 0.327 0.205 0.124 0.059 0.024 0.004 170 T 0.179 0.239 0.214 0.195 0.121 0.048 0.005 171 I 0.087 0.105 0.156 0.261 0.251 0.128 0.012 172 E 0.309 0.304 0.184 0.119 0.059 0.023 0.003 173 Q 0.309 0.283 0.191 0.127 0.064 0.023 0.004 174 Y 0.116 0.135 0.171 0.229 0.221 0.116 0.014 175 N 0.227 0.252 0.211 0.176 0.093 0.036 0.005 176 D 0.296 0.320 0.188 0.111 0.057 0.024 0.004 177 Y 0.090 0.137 0.196 0.264 0.212 0.092 0.011 178 V 0.071 0.083 0.115 0.197 0.270 0.224 0.039 179 R 0.191 0.228 0.199 0.190 0.122 0.061 0.010 180 D 0.201 0.245 0.219 0.178 0.103 0.048 0.007 181 L 0.062 0.072 0.107 0.204 0.280 0.238 0.036 182 L 0.063 0.080 0.116 0.186 0.252 0.254 0.050 183 M 0.116 0.153 0.167 0.210 0.199 0.135 0.021 184 K 0.132 0.243 0.246 0.199 0.116 0.055 0.007 185 F 0.091 0.124 0.171 0.248 0.230 0.120 0.016 186 D 0.251 0.301 0.204 0.137 0.071 0.031 0.005 187 L 0.118 0.130 0.172 0.249 0.227 0.094 0.009 188 E 0.349 0.309 0.178 0.107 0.042 0.013 0.001 189 K 0.438 0.309 0.145 0.070 0.028 0.008 0.001 190 Y 0.197 0.198 0.226 0.229 0.120 0.028 0.002 191 M 0.233 0.196 0.211 0.207 0.121 0.031 0.002 192 K 0.536 0.284 0.119 0.047 0.012 0.002 0.001 193 E 0.617 0.204 0.100 0.054 0.021 0.004 0.001 194 K 0.593 0.225 0.111 0.051 0.017 0.004 0.001 195 G 0.599 0.226 0.099 0.053 0.020 0.004 0.001 196 V 0.502 0.228 0.137 0.089 0.036 0.008 0.001 197 Q 0.654 0.210 0.080 0.040 0.013 0.003 0.001 198 N 0.705 0.181 0.066 0.035 0.011 0.002 0.001 199 A 0.720 0.163 0.064 0.034 0.014 0.004 0.001