# TARGET T0287 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.017 0.064 0.181 0.271 0.421 2 S 0.037 0.010 0.097 0.286 0.306 0.264 3 N 0.020 0.006 0.116 0.394 0.292 0.172 4 N 0.019 0.007 0.062 0.528 0.194 0.190 5 M 0.029 0.005 0.034 0.801 0.060 0.070 6 R 0.040 0.002 0.021 0.852 0.044 0.041 7 K 0.062 0.003 0.015 0.861 0.033 0.026 8 L 0.066 0.003 0.013 0.885 0.018 0.016 9 F 0.050 0.001 0.013 0.908 0.014 0.014 10 S 0.033 0.001 0.021 0.905 0.020 0.021 11 M 0.060 0.003 0.028 0.846 0.027 0.036 12 I 0.081 0.007 0.024 0.753 0.054 0.081 13 A 0.069 0.009 0.053 0.541 0.133 0.195 14 D 0.033 0.009 0.035 0.333 0.295 0.294 15 S 0.012 0.006 0.089 0.327 0.371 0.196 16 K 0.006 0.004 0.096 0.352 0.341 0.202 17 D 0.004 0.004 0.061 0.476 0.291 0.163 18 K 0.002 0.002 0.029 0.880 0.056 0.031 19 K 0.005 0.002 0.011 0.921 0.027 0.033 20 E 0.006 0.001 0.008 0.952 0.020 0.013 21 K 0.012 0.001 0.008 0.954 0.014 0.011 22 L 0.014 0.001 0.007 0.956 0.011 0.010 23 I 0.008 0.001 0.006 0.971 0.007 0.008 24 E 0.004 0.001 0.008 0.974 0.006 0.007 25 S 0.006 0.001 0.010 0.957 0.010 0.017 26 L 0.006 0.001 0.016 0.879 0.036 0.061 27 Q 0.011 0.004 0.023 0.828 0.056 0.078 28 E 0.011 0.002 0.038 0.835 0.059 0.056 29 N 0.023 0.002 0.079 0.622 0.134 0.139 30 E 0.050 0.005 0.125 0.429 0.198 0.193 31 L 0.101 0.016 0.097 0.412 0.189 0.185 32 L 0.062 0.014 0.057 0.407 0.190 0.269 33 N 0.045 0.013 0.024 0.217 0.254 0.448 34 T 0.015 0.006 0.017 0.278 0.215 0.469 35 D 0.010 0.004 0.019 0.464 0.203 0.300 36 E 0.003 0.001 0.027 0.868 0.068 0.032 37 K 0.010 0.002 0.019 0.875 0.055 0.039 38 K 0.011 0.002 0.014 0.905 0.039 0.030 39 K 0.022 0.003 0.010 0.906 0.024 0.035 40 I 0.014 0.002 0.007 0.952 0.010 0.016 41 I 0.007 0.001 0.006 0.969 0.008 0.009 42 D 0.004 0.001 0.008 0.972 0.008 0.008 43 Q 0.005 0.001 0.009 0.968 0.008 0.009 44 I 0.005 0.001 0.011 0.955 0.012 0.016 45 K 0.005 0.001 0.014 0.936 0.021 0.023 46 T 0.006 0.001 0.010 0.924 0.017 0.041 47 M 0.003 0.001 0.006 0.953 0.011 0.027 48 H 0.003 0.001 0.007 0.943 0.017 0.030 49 D 0.002 0.001 0.005 0.974 0.010 0.008 50 F 0.003 0.001 0.006 0.973 0.010 0.007 51 F 0.002 0.001 0.005 0.980 0.007 0.005 52 K 0.002 0.001 0.007 0.977 0.008 0.005 53 Q 0.002 0.001 0.006 0.976 0.009 0.007 54 M 0.005 0.001 0.010 0.938 0.020 0.026 55 H 0.008 0.004 0.015 0.740 0.092 0.140 56 T 0.006 0.005 0.016 0.609 0.160 0.204 57 N 0.006 0.005 0.011 0.400 0.231 0.347 58 K 0.002 0.002 0.016 0.699 0.155 0.127 59 G 0.005 0.003 0.018 0.656 0.170 0.148 60 A 0.006 0.004 0.023 0.856 0.058 0.054 61 L 0.009 0.003 0.009 0.914 0.027 0.038 62 D 0.007 0.001 0.005 0.940 0.018 0.030 63 K 0.002 0.001 0.003 0.987 0.004 0.003 64 V 0.002 0.001 0.003 0.987 0.005 0.003 65 L 0.002 0.001 0.003 0.987 0.004 0.004 66 R 0.002 0.001 0.006 0.981 0.006 0.005 67 N 0.002 0.001 0.006 0.972 0.009 0.010 68 Y 0.003 0.001 0.011 0.940 0.016 0.030 69 M 0.004 0.001 0.011 0.931 0.024 0.030 70 K 0.006 0.001 0.018 0.926 0.026 0.024 71 D 0.012 0.001 0.018 0.899 0.031 0.039 72 Y 0.014 0.001 0.015 0.918 0.024 0.029 73 R 0.033 0.001 0.015 0.830 0.053 0.067 74 A 0.066 0.001 0.017 0.834 0.044 0.038 75 V 0.153 0.002 0.010 0.767 0.037 0.031 76 I 0.159 0.002 0.009 0.773 0.026 0.032 77 K 0.130 0.002 0.009 0.802 0.020 0.036 78 S 0.113 0.003 0.012 0.704 0.045 0.123 79 I 0.056 0.006 0.011 0.565 0.078 0.284 80 G 0.065 0.011 0.008 0.077 0.150 0.688 81 V 0.046 0.008 0.033 0.356 0.178 0.378 82 D 0.038 0.007 0.055 0.495 0.157 0.248 83 K 0.023 0.003 0.090 0.745 0.081 0.058 84 F 0.032 0.003 0.030 0.830 0.055 0.050 85 K 0.067 0.002 0.024 0.796 0.066 0.045 86 K 0.095 0.002 0.013 0.831 0.035 0.023 87 V 0.060 0.001 0.006 0.905 0.015 0.012 88 Y 0.033 0.001 0.007 0.942 0.009 0.009 89 R 0.023 0.001 0.008 0.953 0.008 0.008 90 L 0.028 0.001 0.009 0.920 0.016 0.026 91 L 0.029 0.004 0.013 0.813 0.043 0.097 92 E 0.035 0.005 0.019 0.664 0.093 0.184 93 S 0.019 0.003 0.020 0.718 0.091 0.149 94 E 0.015 0.003 0.017 0.827 0.064 0.073 95 T 0.022 0.003 0.013 0.827 0.056 0.079 96 M 0.010 0.001 0.007 0.943 0.020 0.018 97 E 0.012 0.001 0.005 0.965 0.008 0.009 98 L 0.009 0.001 0.005 0.974 0.006 0.006 99 L 0.005 0.001 0.004 0.984 0.003 0.005 100 H 0.002 0.001 0.005 0.987 0.003 0.003 101 A 0.002 0.001 0.009 0.979 0.005 0.005 102 I 0.003 0.001 0.018 0.937 0.023 0.018 103 A 0.007 0.003 0.018 0.845 0.073 0.054 104 E 0.006 0.006 0.015 0.744 0.112 0.117 105 N 0.007 0.009 0.011 0.098 0.619 0.255 106 P 0.002 0.001 0.155 0.126 0.627 0.089 107 N 0.008 0.002 0.248 0.080 0.607 0.056 108 F 0.046 0.014 0.293 0.128 0.469 0.049 109 L 0.132 0.042 0.113 0.276 0.221 0.217 110 F 0.229 0.043 0.102 0.224 0.216 0.185 111 S 0.176 0.014 0.081 0.215 0.295 0.220 112 K 0.077 0.010 0.109 0.288 0.312 0.204 113 F 0.069 0.018 0.082 0.248 0.360 0.222 114 D 0.061 0.011 0.072 0.242 0.324 0.291 115 R 0.066 0.007 0.101 0.461 0.229 0.135 116 S 0.157 0.017 0.086 0.394 0.202 0.143 117 I 0.208 0.017 0.099 0.395 0.176 0.104 118 L 0.219 0.010 0.077 0.388 0.163 0.144 119 G 0.329 0.009 0.078 0.302 0.141 0.141 120 I 0.416 0.017 0.041 0.267 0.122 0.137 121 F 0.353 0.030 0.033 0.243 0.132 0.209 122 L 0.239 0.024 0.048 0.137 0.222 0.330 123 P 0.161 0.010 0.128 0.137 0.308 0.255 124 F 0.123 0.012 0.228 0.103 0.333 0.201 125 F 0.158 0.029 0.105 0.099 0.371 0.238 126 S 0.157 0.027 0.037 0.119 0.296 0.363 127 K 0.107 0.010 0.023 0.094 0.314 0.453 128 P 0.167 0.005 0.049 0.197 0.301 0.281 129 I 0.382 0.012 0.044 0.217 0.184 0.161 130 M 0.594 0.010 0.025 0.191 0.114 0.067 131 F 0.682 0.006 0.012 0.170 0.063 0.068 132 K 0.609 0.004 0.007 0.137 0.092 0.152 133 M 0.563 0.013 0.004 0.079 0.086 0.255 134 S 0.412 0.012 0.005 0.052 0.077 0.442 135 I 0.185 0.004 0.122 0.454 0.103 0.131 136 R 0.237 0.004 0.181 0.382 0.116 0.080 137 E 0.246 0.008 0.151 0.389 0.144 0.062 138 M 0.197 0.013 0.063 0.401 0.167 0.158 139 D 0.110 0.005 0.047 0.407 0.264 0.166 140 S 0.083 0.003 0.067 0.484 0.259 0.105 141 Q 0.196 0.008 0.046 0.404 0.203 0.143 142 I 0.423 0.015 0.052 0.304 0.110 0.097 143 E 0.505 0.017 0.032 0.269 0.081 0.097 144 L 0.421 0.021 0.034 0.247 0.146 0.132 145 Y 0.175 0.015 0.024 0.229 0.291 0.266 146 G 0.053 0.010 0.024 0.067 0.552 0.294 147 T 0.038 0.016 0.022 0.079 0.528 0.316 148 N 0.044 0.020 0.017 0.041 0.368 0.511 149 L 0.062 0.018 0.013 0.035 0.434 0.438 150 P 0.062 0.010 0.037 0.066 0.368 0.457 151 L 0.216 0.023 0.134 0.139 0.280 0.208 152 L 0.530 0.012 0.084 0.114 0.154 0.107 153 K 0.653 0.004 0.042 0.105 0.092 0.103 154 L 0.751 0.003 0.023 0.092 0.049 0.081 155 F 0.820 0.004 0.012 0.071 0.036 0.057 156 V 0.861 0.005 0.005 0.037 0.029 0.063 157 M 0.741 0.011 0.005 0.036 0.089 0.118 158 T 0.444 0.013 0.004 0.041 0.200 0.297 159 D 0.083 0.005 0.019 0.068 0.411 0.415 160 E 0.114 0.009 0.091 0.256 0.413 0.117 161 E 0.280 0.010 0.096 0.232 0.277 0.105 162 V 0.342 0.010 0.058 0.303 0.180 0.107 163 N 0.433 0.009 0.028 0.240 0.121 0.169 164 F 0.456 0.011 0.040 0.294 0.084 0.116 165 Y 0.460 0.009 0.030 0.256 0.138 0.106 166 A 0.346 0.011 0.045 0.268 0.179 0.150 167 N 0.269 0.010 0.046 0.238 0.183 0.254 168 L 0.268 0.008 0.049 0.332 0.167 0.175 169 K 0.215 0.008 0.024 0.485 0.105 0.162 170 T 0.150 0.008 0.024 0.675 0.057 0.086 171 I 0.085 0.003 0.039 0.797 0.035 0.042 172 E 0.062 0.002 0.070 0.787 0.041 0.038 173 Q 0.061 0.004 0.068 0.756 0.059 0.052 174 Y 0.035 0.006 0.026 0.755 0.066 0.112 175 N 0.020 0.003 0.012 0.577 0.102 0.285 176 D 0.004 0.001 0.013 0.905 0.040 0.037 177 Y 0.008 0.001 0.010 0.939 0.024 0.017 178 V 0.006 0.001 0.007 0.967 0.012 0.008 179 R 0.007 0.001 0.007 0.965 0.011 0.010 180 D 0.006 0.001 0.008 0.967 0.010 0.008 181 L 0.006 0.001 0.008 0.966 0.010 0.008 182 L 0.009 0.001 0.010 0.943 0.018 0.018 183 M 0.014 0.001 0.011 0.907 0.027 0.039 184 K 0.035 0.003 0.015 0.754 0.051 0.142 185 F 0.035 0.007 0.009 0.304 0.108 0.537 186 D 0.016 0.006 0.004 0.109 0.071 0.794 187 L 0.001 0.001 0.009 0.971 0.007 0.012 188 E 0.002 0.001 0.006 0.982 0.005 0.005 189 K 0.002 0.001 0.008 0.979 0.008 0.003 190 Y 0.003 0.001 0.007 0.979 0.007 0.004 191 M 0.002 0.001 0.005 0.978 0.009 0.005 192 K 0.002 0.001 0.009 0.971 0.009 0.009 193 E 0.001 0.001 0.008 0.962 0.010 0.018 194 K 0.001 0.001 0.008 0.928 0.017 0.044 195 G 0.007 0.002 0.010 0.050 0.133 0.797 196 V 0.059 0.022 0.028 0.058 0.192 0.640 197 Q 0.106 0.033 0.029 0.059 0.175 0.598 198 N 0.071 0.017 0.011 0.049 0.134 0.716 199 A 0.019 0.002 0.004 0.024 0.073 0.878