# TARGET T0287 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.067 0.044 0.076 0.077 0.101 0.177 0.137 0.117 0.088 0.063 2 S 0.208 0.162 0.087 0.159 0.128 0.096 0.077 0.039 0.025 0.012 0.006 3 N 0.340 0.143 0.158 0.147 0.085 0.054 0.034 0.017 0.013 0.006 0.003 4 N 0.114 0.131 0.081 0.162 0.146 0.129 0.120 0.060 0.033 0.016 0.008 5 M 0.026 0.035 0.032 0.057 0.058 0.085 0.171 0.151 0.171 0.126 0.088 6 R 0.064 0.063 0.134 0.169 0.150 0.137 0.129 0.061 0.046 0.030 0.017 7 K 0.053 0.082 0.224 0.231 0.150 0.111 0.083 0.034 0.019 0.010 0.004 8 L 0.006 0.011 0.023 0.040 0.047 0.077 0.189 0.172 0.172 0.157 0.106 9 F 0.010 0.012 0.020 0.032 0.045 0.079 0.180 0.179 0.188 0.151 0.103 10 S 0.055 0.069 0.210 0.208 0.148 0.108 0.091 0.046 0.035 0.021 0.010 11 M 0.025 0.034 0.075 0.105 0.104 0.123 0.203 0.117 0.095 0.073 0.046 12 I 0.036 0.032 0.033 0.064 0.067 0.081 0.184 0.145 0.155 0.120 0.084 13 A 0.116 0.094 0.091 0.145 0.108 0.101 0.137 0.078 0.062 0.042 0.026 14 D 0.188 0.186 0.145 0.186 0.124 0.076 0.052 0.022 0.012 0.006 0.002 15 S 0.250 0.126 0.079 0.108 0.091 0.087 0.108 0.062 0.048 0.027 0.014 16 K 0.417 0.178 0.068 0.129 0.087 0.053 0.038 0.016 0.009 0.003 0.002 17 D 0.426 0.174 0.132 0.109 0.061 0.040 0.029 0.014 0.009 0.004 0.002 18 K 0.120 0.187 0.096 0.156 0.126 0.110 0.107 0.052 0.026 0.013 0.007 19 K 0.167 0.175 0.132 0.159 0.119 0.100 0.078 0.037 0.022 0.009 0.003 20 E 0.257 0.096 0.197 0.183 0.115 0.073 0.046 0.017 0.010 0.005 0.002 21 K 0.155 0.112 0.198 0.205 0.127 0.096 0.066 0.024 0.010 0.004 0.001 22 L 0.007 0.018 0.040 0.043 0.041 0.066 0.174 0.182 0.190 0.149 0.090 23 I 0.009 0.017 0.054 0.053 0.087 0.155 0.242 0.161 0.105 0.074 0.042 24 E 0.066 0.084 0.478 0.203 0.089 0.046 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 25 S 0.063 0.063 0.150 0.179 0.147 0.152 0.148 0.059 0.025 0.011 0.003 26 L 0.016 0.012 0.019 0.019 0.022 0.043 0.143 0.161 0.221 0.194 0.151 27 Q 0.061 0.131 0.157 0.212 0.149 0.118 0.102 0.038 0.019 0.010 0.004 28 E 0.053 0.101 0.309 0.197 0.121 0.087 0.068 0.031 0.018 0.011 0.004 29 N 0.124 0.068 0.119 0.136 0.128 0.138 0.150 0.063 0.042 0.022 0.011 30 E 0.231 0.111 0.134 0.188 0.111 0.083 0.077 0.031 0.021 0.009 0.003 31 L 0.037 0.033 0.080 0.089 0.081 0.097 0.185 0.131 0.113 0.094 0.059 32 L 0.029 0.045 0.075 0.075 0.081 0.112 0.206 0.141 0.107 0.073 0.055 33 N 0.104 0.153 0.225 0.201 0.117 0.078 0.061 0.030 0.017 0.009 0.004 34 T 0.249 0.134 0.120 0.140 0.116 0.089 0.074 0.039 0.022 0.011 0.005 35 D 0.592 0.162 0.057 0.077 0.046 0.029 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 36 E 0.194 0.223 0.063 0.140 0.109 0.091 0.085 0.045 0.030 0.013 0.007 37 K 0.151 0.159 0.119 0.159 0.132 0.106 0.090 0.041 0.026 0.012 0.005 38 K 0.211 0.092 0.206 0.200 0.121 0.079 0.054 0.019 0.011 0.005 0.002 39 K 0.114 0.105 0.241 0.223 0.129 0.094 0.061 0.021 0.008 0.003 0.001 40 I 0.005 0.015 0.036 0.034 0.033 0.056 0.162 0.198 0.197 0.164 0.101 41 I 0.008 0.013 0.029 0.041 0.081 0.154 0.253 0.186 0.115 0.076 0.044 42 D 0.120 0.104 0.495 0.175 0.062 0.026 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 43 Q 0.033 0.059 0.082 0.161 0.166 0.185 0.184 0.077 0.033 0.014 0.005 44 I 0.007 0.005 0.008 0.009 0.013 0.029 0.116 0.144 0.249 0.229 0.190 45 K 0.101 0.099 0.191 0.276 0.150 0.089 0.061 0.017 0.009 0.005 0.002 46 T 0.041 0.096 0.360 0.185 0.111 0.086 0.065 0.030 0.015 0.008 0.003 47 M 0.015 0.027 0.038 0.048 0.054 0.101 0.231 0.178 0.145 0.096 0.067 48 H 0.136 0.092 0.082 0.139 0.136 0.145 0.136 0.066 0.040 0.019 0.008 49 D 0.184 0.121 0.316 0.194 0.092 0.046 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 50 F 0.020 0.035 0.047 0.076 0.088 0.126 0.231 0.154 0.112 0.069 0.042 51 F 0.009 0.012 0.020 0.026 0.035 0.066 0.159 0.163 0.208 0.175 0.128 52 K 0.044 0.068 0.260 0.251 0.161 0.100 0.069 0.022 0.014 0.008 0.004 53 Q 0.034 0.050 0.186 0.180 0.134 0.137 0.148 0.064 0.037 0.023 0.009 54 M 0.012 0.012 0.023 0.037 0.038 0.063 0.193 0.162 0.184 0.162 0.114 55 H 0.084 0.073 0.097 0.122 0.105 0.116 0.162 0.096 0.070 0.049 0.027 56 T 0.084 0.135 0.203 0.198 0.126 0.091 0.076 0.037 0.025 0.016 0.009 57 N 0.151 0.147 0.090 0.127 0.114 0.111 0.121 0.064 0.040 0.022 0.011 58 K 0.307 0.123 0.045 0.126 0.104 0.087 0.086 0.051 0.038 0.021 0.011 59 G 0.503 0.149 0.096 0.098 0.062 0.040 0.024 0.013 0.010 0.004 0.002 60 A 0.072 0.108 0.056 0.147 0.122 0.117 0.151 0.091 0.064 0.041 0.030 61 L 0.019 0.037 0.026 0.047 0.060 0.093 0.176 0.161 0.160 0.122 0.100 62 D 0.106 0.099 0.139 0.230 0.154 0.107 0.082 0.037 0.025 0.014 0.007 63 K 0.168 0.103 0.177 0.215 0.138 0.092 0.059 0.026 0.014 0.007 0.002 64 V 0.011 0.016 0.018 0.036 0.043 0.070 0.163 0.168 0.207 0.160 0.107 65 L 0.009 0.019 0.025 0.046 0.055 0.090 0.200 0.168 0.170 0.128 0.092 66 R 0.042 0.053 0.246 0.198 0.158 0.117 0.097 0.038 0.027 0.017 0.007 67 N 0.082 0.078 0.271 0.208 0.124 0.101 0.079 0.030 0.015 0.008 0.003 68 Y 0.019 0.035 0.036 0.060 0.059 0.097 0.224 0.177 0.152 0.092 0.047 69 M 0.023 0.028 0.036 0.054 0.068 0.103 0.214 0.161 0.134 0.107 0.073 70 K 0.162 0.136 0.294 0.208 0.102 0.052 0.027 0.010 0.005 0.003 0.001 71 D 0.096 0.134 0.192 0.198 0.151 0.110 0.068 0.028 0.015 0.006 0.002 72 Y 0.013 0.013 0.016 0.024 0.031 0.068 0.187 0.160 0.200 0.165 0.123 73 R 0.067 0.076 0.106 0.213 0.185 0.145 0.119 0.045 0.026 0.013 0.005 74 A 0.029 0.038 0.206 0.147 0.110 0.112 0.143 0.090 0.058 0.044 0.021 75 V 0.016 0.031 0.063 0.093 0.083 0.099 0.190 0.153 0.121 0.088 0.063 76 I 0.007 0.008 0.016 0.017 0.027 0.053 0.137 0.155 0.212 0.209 0.157 77 K 0.068 0.112 0.181 0.271 0.167 0.089 0.063 0.022 0.014 0.009 0.004 78 S 0.149 0.103 0.117 0.165 0.129 0.113 0.107 0.056 0.035 0.019 0.007 79 I 0.068 0.039 0.021 0.048 0.054 0.083 0.162 0.158 0.156 0.118 0.092 80 G 0.159 0.263 0.079 0.149 0.102 0.084 0.069 0.046 0.030 0.013 0.007 81 V 0.049 0.044 0.041 0.096 0.114 0.127 0.181 0.115 0.098 0.077 0.057 82 D 0.472 0.150 0.120 0.120 0.061 0.034 0.022 0.010 0.007 0.003 0.002 83 K 0.076 0.150 0.056 0.218 0.158 0.126 0.116 0.052 0.030 0.013 0.005 84 F 0.012 0.017 0.016 0.021 0.028 0.051 0.132 0.154 0.203 0.197 0.168 85 K 0.096 0.101 0.109 0.251 0.187 0.123 0.081 0.027 0.014 0.007 0.003 86 K 0.097 0.126 0.324 0.221 0.116 0.065 0.030 0.013 0.006 0.002 0.001 87 V 0.005 0.007 0.017 0.026 0.032 0.063 0.182 0.177 0.199 0.169 0.122 88 Y 0.011 0.013 0.027 0.038 0.060 0.118 0.241 0.174 0.158 0.102 0.057 89 R 0.023 0.046 0.375 0.243 0.126 0.076 0.060 0.024 0.015 0.009 0.004 90 L 0.011 0.017 0.085 0.073 0.075 0.118 0.250 0.145 0.100 0.079 0.047 91 L 0.019 0.025 0.040 0.044 0.045 0.073 0.175 0.163 0.183 0.141 0.093 92 E 0.075 0.127 0.143 0.209 0.145 0.116 0.106 0.040 0.023 0.011 0.005 93 S 0.229 0.128 0.217 0.153 0.101 0.072 0.052 0.023 0.014 0.008 0.003 94 E 0.228 0.176 0.092 0.155 0.106 0.092 0.085 0.036 0.020 0.008 0.003 95 T 0.135 0.177 0.105 0.144 0.110 0.104 0.100 0.061 0.039 0.018 0.007 96 M 0.039 0.033 0.059 0.080 0.101 0.146 0.207 0.123 0.097 0.070 0.045 97 E 0.117 0.127 0.288 0.241 0.120 0.062 0.029 0.010 0.004 0.002 0.001 98 L 0.005 0.011 0.044 0.061 0.061 0.093 0.213 0.161 0.146 0.131 0.075 99 L 0.004 0.006 0.024 0.022 0.033 0.065 0.171 0.163 0.198 0.181 0.133 100 H 0.023 0.036 0.178 0.196 0.154 0.139 0.136 0.061 0.041 0.025 0.010 101 A 0.019 0.037 0.179 0.139 0.121 0.134 0.163 0.092 0.058 0.040 0.019 102 I 0.011 0.014 0.023 0.035 0.037 0.062 0.185 0.170 0.197 0.154 0.112 103 A 0.070 0.057 0.079 0.098 0.100 0.112 0.169 0.109 0.092 0.069 0.044 104 E 0.126 0.168 0.201 0.226 0.121 0.070 0.048 0.019 0.011 0.006 0.003 105 N 0.114 0.120 0.078 0.130 0.124 0.122 0.138 0.078 0.051 0.029 0.015 106 P 0.129 0.083 0.038 0.094 0.093 0.110 0.156 0.107 0.094 0.060 0.037 107 N 0.273 0.157 0.130 0.189 0.120 0.066 0.034 0.016 0.010 0.004 0.002 108 F 0.027 0.023 0.038 0.059 0.075 0.109 0.195 0.149 0.135 0.111 0.079 109 L 0.028 0.059 0.052 0.110 0.095 0.100 0.163 0.137 0.113 0.079 0.062 110 F 0.011 0.016 0.032 0.046 0.055 0.080 0.160 0.149 0.170 0.159 0.122 111 S 0.119 0.108 0.177 0.193 0.140 0.097 0.076 0.037 0.027 0.017 0.009 112 K 0.118 0.110 0.080 0.184 0.139 0.122 0.115 0.059 0.042 0.022 0.009 113 F 0.037 0.035 0.020 0.042 0.050 0.078 0.162 0.152 0.171 0.144 0.108 114 D 0.120 0.145 0.073 0.183 0.137 0.112 0.108 0.054 0.036 0.021 0.012 115 R 0.123 0.094 0.139 0.163 0.124 0.107 0.100 0.053 0.045 0.033 0.019 116 S 0.123 0.112 0.094 0.168 0.136 0.116 0.115 0.058 0.041 0.024 0.014 117 I 0.024 0.030 0.022 0.060 0.067 0.095 0.181 0.151 0.151 0.126 0.092 118 L 0.026 0.032 0.034 0.072 0.081 0.101 0.161 0.138 0.142 0.120 0.095 119 G 0.077 0.078 0.111 0.179 0.148 0.121 0.109 0.067 0.055 0.034 0.021 120 I 0.015 0.019 0.024 0.054 0.063 0.082 0.158 0.136 0.161 0.157 0.130 121 F 0.024 0.032 0.023 0.063 0.071 0.084 0.155 0.149 0.165 0.133 0.103 122 L 0.020 0.021 0.024 0.057 0.065 0.085 0.160 0.135 0.162 0.147 0.124 123 P 0.127 0.106 0.119 0.183 0.145 0.107 0.094 0.047 0.037 0.022 0.013 124 F 0.052 0.051 0.040 0.098 0.087 0.093 0.163 0.118 0.122 0.102 0.074 125 F 0.059 0.063 0.025 0.069 0.078 0.098 0.176 0.143 0.126 0.092 0.071 126 S 0.145 0.162 0.086 0.177 0.122 0.091 0.086 0.050 0.039 0.025 0.017 127 K 0.184 0.156 0.090 0.167 0.139 0.107 0.078 0.036 0.025 0.013 0.006 128 P 0.203 0.109 0.069 0.144 0.126 0.101 0.096 0.059 0.051 0.027 0.014 129 I 0.052 0.040 0.025 0.079 0.086 0.115 0.208 0.153 0.116 0.078 0.049 130 M 0.042 0.072 0.106 0.151 0.120 0.104 0.124 0.092 0.086 0.061 0.042 131 F 0.011 0.022 0.054 0.058 0.063 0.094 0.182 0.138 0.148 0.136 0.095 132 K 0.055 0.093 0.115 0.218 0.198 0.141 0.098 0.043 0.023 0.012 0.004 133 M 0.050 0.037 0.055 0.079 0.071 0.108 0.180 0.149 0.127 0.096 0.050 134 S 0.092 0.158 0.082 0.193 0.145 0.117 0.099 0.059 0.033 0.014 0.006 135 I 0.017 0.015 0.026 0.032 0.041 0.073 0.169 0.141 0.191 0.173 0.121 136 R 0.136 0.111 0.186 0.245 0.145 0.081 0.060 0.017 0.010 0.006 0.003 137 E 0.073 0.112 0.185 0.235 0.125 0.100 0.098 0.035 0.021 0.012 0.004 138 M 0.021 0.036 0.038 0.049 0.050 0.086 0.211 0.176 0.142 0.116 0.075 139 D 0.150 0.160 0.106 0.179 0.147 0.112 0.079 0.037 0.018 0.009 0.004 140 S 0.267 0.144 0.210 0.147 0.090 0.059 0.036 0.022 0.014 0.007 0.002 141 Q 0.163 0.144 0.095 0.176 0.159 0.115 0.078 0.038 0.021 0.008 0.003 142 I 0.009 0.006 0.009 0.014 0.020 0.044 0.136 0.130 0.221 0.217 0.193 143 E 0.054 0.094 0.186 0.294 0.175 0.092 0.063 0.021 0.011 0.006 0.003 144 L 0.008 0.017 0.067 0.063 0.060 0.092 0.196 0.155 0.130 0.130 0.083 145 Y 0.032 0.047 0.048 0.087 0.086 0.107 0.182 0.155 0.113 0.083 0.061 146 G 0.229 0.128 0.092 0.137 0.105 0.090 0.080 0.056 0.045 0.026 0.012 147 T 0.202 0.156 0.093 0.147 0.124 0.093 0.073 0.041 0.036 0.022 0.014 148 N 0.181 0.185 0.046 0.139 0.119 0.104 0.102 0.056 0.040 0.018 0.010 149 L 0.058 0.038 0.020 0.063 0.071 0.095 0.162 0.138 0.139 0.118 0.097 150 P 0.173 0.178 0.122 0.201 0.132 0.083 0.054 0.028 0.016 0.008 0.004 151 L 0.017 0.033 0.038 0.093 0.089 0.098 0.159 0.135 0.137 0.118 0.083 152 L 0.008 0.010 0.012 0.022 0.037 0.063 0.136 0.148 0.197 0.196 0.171 153 K 0.039 0.072 0.088 0.243 0.191 0.139 0.110 0.054 0.037 0.019 0.008 154 L 0.008 0.012 0.033 0.059 0.071 0.103 0.189 0.151 0.150 0.136 0.086 155 F 0.012 0.011 0.024 0.041 0.046 0.064 0.162 0.151 0.193 0.168 0.130 156 V 0.022 0.027 0.054 0.087 0.080 0.093 0.186 0.141 0.134 0.107 0.068 157 M 0.023 0.043 0.080 0.083 0.090 0.107 0.174 0.130 0.109 0.091 0.072 158 T 0.097 0.161 0.071 0.163 0.126 0.114 0.127 0.068 0.041 0.020 0.011 159 D 0.381 0.167 0.076 0.128 0.091 0.060 0.044 0.023 0.017 0.009 0.004 160 E 0.440 0.178 0.065 0.120 0.080 0.051 0.035 0.015 0.010 0.004 0.002 161 E 0.195 0.163 0.077 0.172 0.136 0.100 0.080 0.039 0.024 0.010 0.004 162 V 0.026 0.021 0.032 0.043 0.054 0.093 0.192 0.161 0.157 0.129 0.092 163 N 0.062 0.111 0.228 0.242 0.155 0.100 0.059 0.023 0.012 0.006 0.003 164 F 0.010 0.019 0.077 0.073 0.067 0.097 0.194 0.142 0.134 0.118 0.069 165 Y 0.040 0.035 0.069 0.102 0.108 0.124 0.194 0.127 0.094 0.067 0.041 166 A 0.068 0.073 0.120 0.140 0.102 0.112 0.142 0.090 0.080 0.048 0.025 167 N 0.053 0.131 0.130 0.181 0.148 0.125 0.111 0.061 0.036 0.018 0.008 168 L 0.036 0.029 0.030 0.053 0.065 0.101 0.201 0.155 0.145 0.112 0.074 169 K 0.266 0.163 0.146 0.193 0.106 0.061 0.037 0.015 0.008 0.004 0.001 170 T 0.068 0.137 0.136 0.179 0.138 0.119 0.103 0.061 0.038 0.017 0.006 171 I 0.008 0.008 0.015 0.022 0.038 0.079 0.198 0.162 0.187 0.156 0.127 172 E 0.124 0.095 0.251 0.239 0.123 0.075 0.055 0.018 0.011 0.006 0.002 173 Q 0.022 0.058 0.209 0.244 0.142 0.121 0.123 0.044 0.020 0.011 0.004 174 Y 0.003 0.007 0.019 0.013 0.017 0.041 0.150 0.169 0.206 0.208 0.168 175 N 0.065 0.074 0.097 0.189 0.185 0.166 0.135 0.049 0.025 0.012 0.004 176 D 0.210 0.094 0.454 0.133 0.055 0.028 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 177 Y 0.031 0.045 0.041 0.092 0.107 0.157 0.269 0.131 0.072 0.035 0.021 178 V 0.014 0.021 0.021 0.025 0.028 0.052 0.146 0.164 0.209 0.176 0.143 179 R 0.044 0.071 0.165 0.232 0.183 0.131 0.098 0.036 0.022 0.012 0.006 180 D 0.104 0.090 0.355 0.190 0.120 0.073 0.039 0.015 0.008 0.003 0.001 181 L 0.011 0.011 0.017 0.045 0.048 0.080 0.232 0.184 0.166 0.127 0.080 182 L 0.019 0.023 0.047 0.051 0.056 0.080 0.170 0.153 0.173 0.134 0.093 183 M 0.013 0.039 0.177 0.132 0.109 0.118 0.161 0.090 0.074 0.056 0.030 184 K 0.047 0.089 0.218 0.210 0.183 0.132 0.077 0.028 0.011 0.005 0.001 185 F 0.055 0.024 0.039 0.044 0.045 0.082 0.170 0.178 0.168 0.127 0.069 186 D 0.130 0.232 0.094 0.208 0.132 0.092 0.064 0.028 0.013 0.004 0.002 187 L 0.013 0.023 0.035 0.038 0.041 0.072 0.168 0.146 0.183 0.167 0.115 188 E 0.108 0.106 0.162 0.217 0.186 0.114 0.070 0.019 0.011 0.006 0.002 189 K 0.148 0.115 0.258 0.253 0.103 0.062 0.039 0.013 0.007 0.003 0.001 190 Y 0.020 0.019 0.046 0.060 0.061 0.094 0.235 0.172 0.131 0.103 0.058 191 M 0.024 0.033 0.057 0.052 0.057 0.095 0.207 0.162 0.140 0.103 0.070 192 K 0.049 0.127 0.326 0.233 0.130 0.070 0.040 0.014 0.007 0.004 0.001 193 E 0.139 0.104 0.227 0.161 0.121 0.099 0.082 0.034 0.018 0.010 0.004 194 K 0.300 0.115 0.072 0.133 0.097 0.090 0.097 0.047 0.029 0.013 0.006 195 G 0.293 0.166 0.109 0.132 0.089 0.071 0.062 0.038 0.025 0.011 0.004 196 V 0.048 0.044 0.054 0.067 0.079 0.105 0.175 0.138 0.117 0.094 0.078 197 Q 0.157 0.188 0.150 0.186 0.117 0.080 0.062 0.029 0.017 0.009 0.005 198 N 0.159 0.140 0.126 0.189 0.123 0.089 0.080 0.042 0.028 0.016 0.008 199 A 0.238 0.127 0.069 0.114 0.102 0.094 0.099 0.064 0.048 0.028 0.016