# TARGET T0287 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.004 0.022 0.192 0.056 0.073 0.637 2 S 0.021 0.012 0.025 0.402 0.036 0.107 0.396 3 N 0.011 0.005 0.035 0.576 0.086 0.181 0.108 4 N 0.018 0.005 0.034 0.536 0.068 0.148 0.192 5 M 0.016 0.004 0.028 0.832 0.016 0.033 0.070 6 R 0.013 0.002 0.024 0.893 0.016 0.017 0.034 7 K 0.014 0.002 0.022 0.917 0.009 0.016 0.019 8 L 0.008 0.001 0.010 0.954 0.003 0.013 0.010 9 F 0.025 0.002 0.013 0.921 0.007 0.018 0.014 10 S 0.029 0.001 0.014 0.916 0.006 0.018 0.015 11 M 0.030 0.001 0.026 0.883 0.009 0.035 0.016 12 I 0.047 0.008 0.028 0.803 0.019 0.064 0.030 13 A 0.042 0.009 0.042 0.677 0.033 0.113 0.083 14 D 0.029 0.005 0.037 0.477 0.091 0.174 0.188 15 S 0.013 0.004 0.035 0.450 0.110 0.116 0.273 16 K 0.005 0.003 0.045 0.579 0.092 0.180 0.096 17 D 0.006 0.004 0.052 0.552 0.076 0.195 0.115 18 K 0.010 0.007 0.044 0.681 0.049 0.082 0.126 19 K 0.009 0.002 0.020 0.859 0.013 0.030 0.066 20 E 0.009 0.001 0.016 0.924 0.010 0.014 0.026 21 K 0.012 0.002 0.017 0.929 0.007 0.015 0.018 22 L 0.014 0.002 0.013 0.932 0.006 0.019 0.014 23 I 0.010 0.002 0.021 0.933 0.005 0.017 0.011 24 E 0.009 0.001 0.026 0.904 0.009 0.038 0.013 25 S 0.007 0.001 0.020 0.871 0.011 0.065 0.024 26 L 0.009 0.005 0.018 0.775 0.044 0.058 0.090 27 Q 0.013 0.006 0.032 0.558 0.043 0.107 0.242 28 E 0.008 0.003 0.059 0.647 0.038 0.177 0.070 29 N 0.014 0.003 0.138 0.395 0.058 0.260 0.133 30 E 0.032 0.009 0.189 0.314 0.090 0.167 0.199 31 L 0.064 0.021 0.145 0.383 0.063 0.145 0.180 32 L 0.057 0.023 0.086 0.428 0.088 0.143 0.175 33 N 0.048 0.011 0.042 0.344 0.072 0.173 0.310 34 T 0.026 0.007 0.026 0.391 0.192 0.096 0.262 35 D 0.011 0.004 0.036 0.648 0.097 0.088 0.117 36 E 0.008 0.003 0.051 0.740 0.031 0.119 0.049 37 K 0.009 0.002 0.030 0.849 0.013 0.052 0.046 38 K 0.014 0.003 0.015 0.889 0.019 0.015 0.045 39 K 0.019 0.005 0.013 0.894 0.013 0.016 0.041 40 I 0.014 0.002 0.008 0.939 0.006 0.016 0.017 41 I 0.010 0.001 0.008 0.961 0.004 0.008 0.007 42 D 0.008 0.001 0.012 0.956 0.004 0.013 0.007 43 Q 0.005 0.001 0.015 0.943 0.005 0.025 0.007 44 I 0.005 0.002 0.010 0.942 0.007 0.023 0.011 45 K 0.005 0.001 0.012 0.924 0.010 0.032 0.015 46 T 0.008 0.002 0.017 0.884 0.014 0.047 0.029 47 M 0.002 0.001 0.011 0.938 0.004 0.024 0.019 48 H 0.001 0.001 0.015 0.956 0.005 0.012 0.010 49 D 0.001 0.001 0.015 0.959 0.004 0.014 0.008 50 F 0.001 0.001 0.011 0.964 0.003 0.014 0.006 51 F 0.002 0.001 0.010 0.961 0.003 0.018 0.005 52 K 0.003 0.001 0.014 0.942 0.004 0.029 0.007 53 Q 0.003 0.001 0.017 0.912 0.007 0.049 0.012 54 M 0.008 0.004 0.017 0.840 0.016 0.074 0.042 55 H 0.012 0.009 0.022 0.704 0.028 0.148 0.077 56 T 0.017 0.005 0.034 0.483 0.089 0.194 0.178 57 N 0.014 0.004 0.025 0.393 0.205 0.158 0.201 58 K 0.007 0.004 0.034 0.514 0.080 0.273 0.088 59 G 0.007 0.005 0.030 0.516 0.110 0.230 0.101 60 A 0.013 0.012 0.026 0.716 0.033 0.050 0.150 61 L 0.007 0.003 0.013 0.906 0.010 0.016 0.046 62 D 0.005 0.001 0.009 0.944 0.007 0.011 0.023 63 K 0.002 0.001 0.009 0.973 0.003 0.008 0.005 64 V 0.002 0.001 0.008 0.972 0.002 0.010 0.005 65 L 0.002 0.001 0.007 0.972 0.002 0.012 0.004 66 R 0.001 0.001 0.007 0.973 0.002 0.015 0.002 67 N 0.001 0.001 0.010 0.937 0.002 0.046 0.004 68 Y 0.001 0.001 0.013 0.907 0.008 0.052 0.019 69 M 0.002 0.001 0.015 0.914 0.011 0.034 0.023 70 K 0.001 0.001 0.016 0.926 0.009 0.039 0.008 71 D 0.002 0.001 0.014 0.918 0.009 0.043 0.014 72 Y 0.003 0.001 0.008 0.944 0.004 0.023 0.018 73 R 0.007 0.001 0.008 0.958 0.005 0.011 0.011 74 A 0.014 0.001 0.007 0.960 0.004 0.006 0.007 75 V 0.018 0.001 0.007 0.955 0.004 0.009 0.005 76 I 0.029 0.003 0.012 0.923 0.006 0.017 0.009 77 K 0.040 0.001 0.015 0.883 0.008 0.040 0.011 78 S 0.029 0.001 0.019 0.823 0.021 0.079 0.027 79 I 0.025 0.010 0.020 0.561 0.048 0.243 0.094 80 G 0.027 0.008 0.019 0.188 0.088 0.317 0.353 81 V 0.040 0.010 0.047 0.371 0.081 0.070 0.381 82 D 0.038 0.007 0.075 0.567 0.078 0.082 0.153 83 K 0.021 0.004 0.063 0.744 0.036 0.071 0.062 84 F 0.017 0.002 0.021 0.885 0.012 0.022 0.042 85 K 0.012 0.001 0.010 0.941 0.009 0.010 0.017 86 K 0.019 0.001 0.006 0.952 0.006 0.007 0.009 87 V 0.016 0.001 0.004 0.964 0.002 0.007 0.006 88 Y 0.020 0.001 0.006 0.955 0.003 0.010 0.004 89 R 0.022 0.001 0.006 0.948 0.004 0.014 0.005 90 L 0.013 0.001 0.009 0.931 0.006 0.031 0.010 91 L 0.017 0.005 0.011 0.852 0.017 0.061 0.037 92 E 0.018 0.004 0.017 0.707 0.043 0.104 0.106 93 S 0.008 0.001 0.022 0.755 0.054 0.107 0.053 94 E 0.012 0.004 0.016 0.729 0.060 0.106 0.073 95 T 0.015 0.003 0.013 0.798 0.024 0.071 0.076 96 M 0.016 0.002 0.009 0.918 0.013 0.012 0.029 97 E 0.027 0.002 0.010 0.916 0.012 0.009 0.025 98 L 0.015 0.001 0.007 0.957 0.003 0.010 0.007 99 L 0.014 0.002 0.005 0.960 0.003 0.009 0.007 100 H 0.011 0.001 0.009 0.959 0.003 0.010 0.007 101 A 0.014 0.001 0.021 0.933 0.004 0.019 0.008 102 I 0.021 0.002 0.033 0.874 0.008 0.050 0.011 103 A 0.022 0.006 0.037 0.780 0.022 0.093 0.040 104 E 0.018 0.008 0.024 0.627 0.066 0.189 0.068 105 N 0.011 0.005 0.006 0.044 0.281 0.026 0.626 106 P 0.003 0.002 0.082 0.206 0.058 0.583 0.066 107 N 0.008 0.003 0.119 0.121 0.068 0.635 0.046 108 F 0.076 0.032 0.188 0.178 0.137 0.189 0.201 109 L 0.176 0.048 0.060 0.233 0.082 0.100 0.301 110 F 0.173 0.026 0.104 0.275 0.084 0.070 0.268 111 S 0.136 0.019 0.100 0.326 0.103 0.132 0.184 112 K 0.047 0.006 0.090 0.482 0.090 0.136 0.148 113 F 0.062 0.014 0.059 0.353 0.166 0.089 0.257 114 D 0.045 0.010 0.050 0.401 0.065 0.107 0.322 115 R 0.027 0.004 0.066 0.593 0.093 0.131 0.085 116 S 0.090 0.012 0.055 0.505 0.074 0.105 0.160 117 I 0.084 0.009 0.056 0.725 0.021 0.057 0.048 118 L 0.128 0.008 0.046 0.671 0.028 0.074 0.045 119 G 0.192 0.008 0.082 0.467 0.059 0.126 0.067 120 I 0.360 0.018 0.061 0.298 0.065 0.107 0.091 121 F 0.393 0.066 0.033 0.234 0.063 0.080 0.131 122 L 0.175 0.015 0.088 0.288 0.116 0.041 0.278 123 P 0.080 0.005 0.175 0.235 0.095 0.231 0.178 124 F 0.051 0.024 0.244 0.086 0.073 0.352 0.169 125 F 0.070 0.028 0.078 0.045 0.163 0.214 0.402 126 S 0.035 0.006 0.048 0.035 0.339 0.143 0.393 127 K 0.071 0.005 0.009 0.023 0.668 0.027 0.198 128 P 0.218 0.009 0.022 0.070 0.077 0.065 0.539 129 I 0.711 0.024 0.015 0.043 0.051 0.025 0.131 130 M 0.826 0.015 0.006 0.030 0.019 0.016 0.088 131 F 0.801 0.004 0.011 0.037 0.028 0.036 0.084 132 K 0.831 0.007 0.006 0.028 0.031 0.045 0.051 133 M 0.782 0.008 0.002 0.013 0.028 0.012 0.155 134 S 0.775 0.011 0.003 0.011 0.028 0.009 0.163 135 I 0.591 0.009 0.049 0.130 0.032 0.048 0.141 136 R 0.371 0.011 0.123 0.226 0.077 0.078 0.114 137 E 0.302 0.012 0.174 0.209 0.048 0.075 0.181 138 M 0.239 0.020 0.099 0.257 0.083 0.064 0.238 139 D 0.122 0.006 0.113 0.308 0.116 0.106 0.229 140 S 0.111 0.005 0.108 0.299 0.139 0.209 0.129 141 Q 0.213 0.009 0.086 0.346 0.056 0.188 0.103 142 I 0.517 0.023 0.033 0.216 0.056 0.066 0.089 143 E 0.499 0.012 0.023 0.239 0.031 0.051 0.145 144 L 0.407 0.022 0.030 0.302 0.045 0.093 0.100 145 Y 0.178 0.018 0.021 0.207 0.049 0.418 0.108 146 G 0.075 0.005 0.035 0.038 0.159 0.482 0.206 147 T 0.111 0.015 0.026 0.027 0.252 0.263 0.307 148 N 0.176 0.051 0.037 0.045 0.188 0.161 0.343 149 L 0.121 0.012 0.038 0.155 0.195 0.024 0.457 150 P 0.144 0.011 0.111 0.162 0.075 0.075 0.422 151 L 0.258 0.026 0.177 0.253 0.067 0.091 0.128 152 L 0.481 0.015 0.094 0.180 0.035 0.036 0.159 153 K 0.632 0.007 0.042 0.201 0.034 0.024 0.060 154 L 0.714 0.003 0.022 0.179 0.014 0.032 0.035 155 F 0.799 0.006 0.009 0.116 0.008 0.030 0.032 156 V 0.811 0.015 0.006 0.086 0.011 0.021 0.050 157 M 0.634 0.012 0.005 0.037 0.036 0.050 0.227 158 T 0.328 0.014 0.003 0.030 0.154 0.047 0.425 159 D 0.072 0.008 0.051 0.355 0.209 0.102 0.203 160 E 0.034 0.003 0.130 0.415 0.104 0.249 0.066 161 E 0.051 0.006 0.148 0.500 0.036 0.177 0.082 162 V 0.230 0.036 0.060 0.410 0.061 0.048 0.154 163 N 0.291 0.015 0.035 0.338 0.061 0.075 0.186 164 F 0.248 0.006 0.050 0.465 0.047 0.111 0.073 165 Y 0.236 0.015 0.069 0.478 0.040 0.090 0.073 166 A 0.257 0.017 0.099 0.265 0.103 0.130 0.128 167 N 0.213 0.011 0.088 0.204 0.102 0.176 0.206 168 L 0.131 0.016 0.039 0.365 0.084 0.034 0.331 169 K 0.148 0.014 0.049 0.341 0.072 0.056 0.320 170 T 0.164 0.030 0.045 0.447 0.091 0.046 0.177 171 I 0.031 0.003 0.042 0.848 0.012 0.024 0.040 172 E 0.014 0.002 0.047 0.880 0.012 0.023 0.022 173 Q 0.007 0.002 0.043 0.870 0.009 0.029 0.039 174 Y 0.005 0.001 0.031 0.878 0.012 0.028 0.045 175 N 0.004 0.001 0.016 0.921 0.010 0.030 0.017 176 D 0.002 0.001 0.013 0.930 0.008 0.038 0.009 177 Y 0.003 0.001 0.009 0.947 0.006 0.022 0.012 178 V 0.002 0.001 0.004 0.975 0.002 0.011 0.005 179 R 0.002 0.001 0.005 0.974 0.003 0.011 0.005 180 D 0.001 0.001 0.006 0.973 0.003 0.012 0.005 181 L 0.002 0.001 0.006 0.965 0.003 0.019 0.005 182 L 0.010 0.003 0.015 0.900 0.008 0.053 0.011 183 M 0.026 0.002 0.021 0.801 0.018 0.103 0.028 184 K 0.037 0.003 0.014 0.672 0.034 0.173 0.067 185 F 0.042 0.022 0.006 0.420 0.130 0.066 0.313 186 D 0.023 0.015 0.010 0.244 0.045 0.048 0.614 187 L 0.003 0.001 0.035 0.908 0.003 0.025 0.025 188 E 0.003 0.001 0.026 0.954 0.003 0.009 0.006 189 K 0.002 0.001 0.018 0.970 0.002 0.004 0.004 190 Y 0.002 0.001 0.006 0.982 0.001 0.004 0.004 191 M 0.004 0.001 0.005 0.977 0.002 0.008 0.003 192 K 0.004 0.001 0.006 0.971 0.002 0.015 0.002 193 E 0.004 0.001 0.007 0.937 0.006 0.039 0.006 194 K 0.003 0.001 0.011 0.612 0.015 0.338 0.021 195 G 0.007 0.001 0.009 0.216 0.043 0.644 0.080 196 V 0.061 0.019 0.020 0.142 0.087 0.068 0.604 197 Q 0.151 0.025 0.033 0.066 0.184 0.098 0.444 198 N 0.065 0.015 0.008 0.023 0.039 0.027 0.823 199 A 0.007 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.982