# TARGET T0287 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.456 0.142 0.128 0.165 0.021 0.037 0.018 0.005 0.024 0.004 0.001 2 S 0.498 0.134 0.151 0.109 0.028 0.024 0.023 0.005 0.015 0.012 0.001 3 N 0.512 0.028 0.058 0.175 0.027 0.022 0.139 0.021 0.008 0.009 0.001 4 N 0.401 0.027 0.070 0.223 0.016 0.082 0.122 0.014 0.039 0.004 0.001 5 M 0.896 0.014 0.020 0.054 0.001 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 6 R 0.936 0.010 0.016 0.027 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.901 0.026 0.025 0.029 0.005 0.004 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 8 L 0.914 0.018 0.021 0.040 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.879 0.037 0.027 0.038 0.005 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 10 S 0.899 0.025 0.024 0.035 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.831 0.042 0.036 0.067 0.007 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 12 I 0.680 0.079 0.079 0.130 0.004 0.013 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 13 A 0.559 0.086 0.222 0.057 0.029 0.021 0.010 0.003 0.008 0.006 0.001 14 D 0.356 0.049 0.148 0.299 0.027 0.053 0.033 0.009 0.024 0.003 0.001 15 S 0.402 0.076 0.215 0.208 0.023 0.033 0.013 0.006 0.020 0.004 0.001 16 K 0.758 0.029 0.061 0.106 0.010 0.007 0.013 0.005 0.004 0.007 0.001 17 D 0.489 0.018 0.095 0.220 0.011 0.049 0.084 0.012 0.017 0.004 0.001 18 K 0.732 0.018 0.040 0.149 0.005 0.015 0.026 0.005 0.008 0.001 0.001 19 K 0.846 0.016 0.043 0.076 0.002 0.007 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 20 E 0.878 0.020 0.043 0.039 0.004 0.005 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 21 K 0.883 0.019 0.043 0.029 0.006 0.004 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 22 L 0.952 0.006 0.014 0.020 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.948 0.012 0.013 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.962 0.007 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 S 0.905 0.008 0.015 0.060 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 26 L 0.766 0.024 0.052 0.125 0.004 0.013 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 27 Q 0.788 0.048 0.058 0.057 0.006 0.014 0.014 0.002 0.009 0.002 0.001 28 E 0.796 0.028 0.062 0.085 0.006 0.007 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 29 N 0.452 0.021 0.054 0.312 0.009 0.029 0.089 0.016 0.016 0.001 0.001 30 E 0.580 0.112 0.143 0.056 0.017 0.029 0.033 0.003 0.027 0.001 0.001 31 L 0.653 0.062 0.166 0.071 0.003 0.031 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 32 L 0.521 0.096 0.148 0.182 0.012 0.027 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 33 N 0.143 0.109 0.196 0.201 0.044 0.150 0.054 0.005 0.092 0.005 0.001 34 T 0.648 0.063 0.094 0.152 0.013 0.014 0.004 0.002 0.007 0.002 0.001 35 D 0.591 0.015 0.068 0.232 0.008 0.032 0.031 0.009 0.011 0.002 0.001 36 E 0.785 0.017 0.032 0.133 0.004 0.008 0.010 0.003 0.008 0.001 0.001 37 K 0.822 0.019 0.054 0.080 0.002 0.007 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 38 K 0.814 0.028 0.058 0.061 0.007 0.009 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 39 K 0.744 0.064 0.095 0.045 0.013 0.011 0.016 0.005 0.007 0.001 0.001 40 I 0.881 0.026 0.036 0.039 0.001 0.010 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 41 I 0.913 0.024 0.032 0.013 0.002 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 42 D 0.956 0.002 0.004 0.028 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 43 Q 0.850 0.013 0.007 0.114 0.004 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 44 I 0.803 0.044 0.046 0.087 0.003 0.010 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 45 K 0.933 0.008 0.013 0.019 0.003 0.007 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 46 T 0.787 0.048 0.031 0.092 0.024 0.008 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 47 M 0.863 0.010 0.010 0.102 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 48 H 0.924 0.014 0.017 0.022 0.004 0.004 0.007 0.002 0.004 0.002 0.001 49 D 0.927 0.003 0.008 0.039 0.001 0.005 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 50 F 0.953 0.002 0.003 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 F 0.937 0.008 0.011 0.038 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 K 0.971 0.005 0.008 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Q 0.915 0.008 0.013 0.056 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 54 M 0.665 0.023 0.030 0.267 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 55 H 0.440 0.089 0.093 0.153 0.018 0.058 0.089 0.010 0.045 0.005 0.001 56 T 0.444 0.108 0.129 0.238 0.030 0.015 0.015 0.003 0.007 0.011 0.001 57 N 0.228 0.047 0.129 0.247 0.029 0.117 0.129 0.013 0.052 0.008 0.001 58 K 0.602 0.028 0.077 0.252 0.008 0.008 0.016 0.003 0.005 0.001 0.001 59 G 0.304 0.003 0.033 0.022 0.019 0.001 0.025 0.383 0.001 0.209 0.001 60 A 0.814 0.017 0.063 0.072 0.007 0.013 0.003 0.002 0.006 0.004 0.001 61 L 0.919 0.010 0.020 0.038 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 62 D 0.974 0.002 0.008 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 K 0.977 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 V 0.978 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.952 0.006 0.007 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.976 0.003 0.005 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 N 0.884 0.002 0.004 0.096 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.838 0.004 0.006 0.141 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 69 M 0.817 0.021 0.039 0.092 0.002 0.013 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 70 K 0.900 0.010 0.028 0.040 0.004 0.004 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 71 D 0.653 0.015 0.039 0.222 0.009 0.023 0.020 0.005 0.012 0.001 0.001 72 Y 0.721 0.045 0.056 0.145 0.004 0.014 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 73 R 0.882 0.028 0.041 0.027 0.004 0.004 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 74 A 0.886 0.030 0.040 0.024 0.009 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 75 V 0.860 0.057 0.026 0.045 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 76 I 0.707 0.108 0.109 0.031 0.005 0.022 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 77 K 0.839 0.056 0.047 0.035 0.006 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 78 S 0.716 0.088 0.077 0.055 0.024 0.014 0.013 0.003 0.008 0.002 0.001 79 I 0.380 0.136 0.080 0.359 0.018 0.006 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 80 G 0.097 0.017 0.059 0.036 0.072 0.010 0.118 0.284 0.006 0.302 0.001 81 V 0.536 0.140 0.189 0.056 0.021 0.034 0.002 0.001 0.016 0.004 0.001 82 D 0.786 0.012 0.037 0.118 0.006 0.020 0.010 0.003 0.004 0.003 0.001 83 K 0.864 0.017 0.010 0.082 0.006 0.006 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 84 F 0.792 0.039 0.057 0.086 0.003 0.012 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 85 K 0.911 0.019 0.024 0.015 0.004 0.006 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 86 K 0.909 0.029 0.023 0.021 0.007 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 87 V 0.911 0.026 0.014 0.042 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 Y 0.898 0.034 0.021 0.028 0.005 0.004 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 89 R 0.902 0.026 0.033 0.017 0.003 0.008 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 90 L 0.894 0.014 0.036 0.044 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 L 0.690 0.042 0.091 0.141 0.005 0.016 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 92 E 0.576 0.061 0.208 0.070 0.017 0.028 0.018 0.004 0.012 0.006 0.001 93 S 0.798 0.022 0.067 0.067 0.016 0.006 0.008 0.008 0.002 0.006 0.001 94 E 0.877 0.010 0.030 0.053 0.007 0.005 0.007 0.005 0.002 0.003 0.001 95 T 0.886 0.015 0.019 0.066 0.004 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 96 M 0.958 0.007 0.012 0.013 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.977 0.004 0.007 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.985 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.978 0.003 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 H 0.976 0.004 0.003 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.979 0.003 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 I 0.895 0.007 0.006 0.088 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.886 0.025 0.034 0.036 0.008 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 104 E 0.489 0.029 0.034 0.423 0.007 0.009 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 105 N 0.018 0.097 0.234 0.008 0.017 0.038 0.015 0.001 0.570 0.001 0.001 106 P 0.916 0.002 0.045 0.025 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 107 N 0.461 0.015 0.027 0.422 0.007 0.017 0.034 0.010 0.005 0.001 0.001 108 F 0.375 0.163 0.178 0.185 0.039 0.020 0.010 0.005 0.024 0.001 0.001 109 L 0.436 0.203 0.197 0.092 0.011 0.038 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 110 F 0.299 0.283 0.189 0.099 0.044 0.043 0.010 0.003 0.028 0.003 0.001 111 S 0.372 0.196 0.199 0.075 0.104 0.020 0.010 0.006 0.008 0.008 0.001 112 K 0.491 0.153 0.091 0.141 0.036 0.028 0.026 0.006 0.025 0.003 0.001 113 F 0.337 0.186 0.213 0.138 0.040 0.033 0.019 0.004 0.026 0.003 0.001 114 D 0.391 0.068 0.144 0.129 0.023 0.119 0.080 0.007 0.033 0.004 0.002 115 R 0.619 0.107 0.062 0.141 0.027 0.016 0.012 0.004 0.009 0.002 0.001 116 S 0.615 0.112 0.116 0.087 0.024 0.015 0.011 0.006 0.010 0.003 0.001 117 I 0.537 0.211 0.092 0.074 0.016 0.030 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 118 L 0.401 0.164 0.241 0.116 0.015 0.023 0.020 0.002 0.016 0.001 0.001 119 G 0.358 0.047 0.092 0.045 0.143 0.009 0.062 0.161 0.004 0.079 0.001 120 I 0.446 0.295 0.124 0.073 0.036 0.015 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 121 F 0.279 0.261 0.204 0.097 0.018 0.067 0.020 0.002 0.048 0.002 0.001 122 L 0.156 0.318 0.316 0.007 0.027 0.030 0.013 0.001 0.130 0.002 0.001 123 P 0.437 0.011 0.478 0.013 0.001 0.031 0.002 0.001 0.002 0.001 0.025 124 F 0.474 0.089 0.091 0.247 0.020 0.031 0.021 0.008 0.016 0.001 0.001 125 F 0.266 0.199 0.235 0.160 0.047 0.045 0.021 0.004 0.018 0.003 0.001 126 S 0.278 0.095 0.170 0.308 0.037 0.030 0.043 0.012 0.017 0.008 0.001 127 K 0.056 0.400 0.335 0.005 0.073 0.014 0.015 0.001 0.098 0.003 0.001 128 P 0.138 0.019 0.738 0.006 0.001 0.037 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 129 I 0.199 0.402 0.236 0.042 0.036 0.045 0.007 0.002 0.029 0.001 0.001 130 M 0.149 0.482 0.215 0.034 0.034 0.050 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 131 F 0.143 0.477 0.180 0.057 0.073 0.029 0.009 0.002 0.026 0.002 0.001 132 K 0.154 0.429 0.245 0.034 0.043 0.055 0.013 0.002 0.024 0.001 0.001 133 M 0.130 0.465 0.219 0.040 0.078 0.027 0.014 0.002 0.024 0.001 0.001 134 S 0.155 0.291 0.359 0.028 0.059 0.061 0.013 0.004 0.023 0.006 0.001 135 I 0.540 0.239 0.115 0.036 0.027 0.026 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 136 R 0.821 0.060 0.040 0.048 0.011 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 137 E 0.586 0.107 0.118 0.107 0.024 0.025 0.009 0.002 0.020 0.001 0.001 138 M 0.556 0.113 0.115 0.133 0.016 0.028 0.014 0.002 0.021 0.002 0.001 139 D 0.642 0.053 0.118 0.091 0.021 0.022 0.034 0.006 0.009 0.005 0.001 140 S 0.716 0.052 0.076 0.090 0.034 0.005 0.009 0.011 0.002 0.004 0.001 141 Q 0.648 0.074 0.082 0.145 0.016 0.015 0.008 0.003 0.008 0.001 0.001 142 I 0.374 0.314 0.199 0.033 0.019 0.026 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 143 E 0.551 0.205 0.153 0.023 0.013 0.033 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 144 L 0.631 0.130 0.131 0.050 0.005 0.034 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 145 Y 0.272 0.108 0.114 0.373 0.028 0.015 0.049 0.005 0.032 0.003 0.001 146 G 0.105 0.014 0.061 0.029 0.069 0.007 0.146 0.367 0.004 0.197 0.001 147 T 0.446 0.146 0.195 0.154 0.036 0.010 0.003 0.001 0.003 0.006 0.001 148 N 0.167 0.029 0.091 0.357 0.014 0.110 0.165 0.026 0.033 0.008 0.001 149 L 0.110 0.266 0.345 0.009 0.022 0.037 0.012 0.001 0.197 0.001 0.001 150 P 0.283 0.011 0.564 0.015 0.001 0.070 0.002 0.001 0.003 0.001 0.051 151 L 0.438 0.191 0.180 0.075 0.021 0.050 0.013 0.004 0.023 0.001 0.003 152 L 0.231 0.396 0.213 0.072 0.048 0.022 0.005 0.002 0.010 0.001 0.001 153 K 0.244 0.320 0.246 0.030 0.070 0.038 0.026 0.003 0.021 0.002 0.001 154 L 0.253 0.408 0.210 0.045 0.030 0.033 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 155 F 0.209 0.469 0.149 0.055 0.048 0.032 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 156 V 0.166 0.550 0.158 0.035 0.023 0.033 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 157 M 0.154 0.315 0.280 0.107 0.033 0.068 0.009 0.001 0.030 0.002 0.001 158 T 0.146 0.297 0.258 0.094 0.102 0.035 0.017 0.003 0.033 0.015 0.001 159 D 0.398 0.068 0.168 0.118 0.078 0.059 0.055 0.016 0.026 0.010 0.003 160 E 0.775 0.048 0.051 0.084 0.016 0.007 0.007 0.004 0.005 0.002 0.001 161 E 0.660 0.086 0.102 0.103 0.008 0.019 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 162 V 0.370 0.275 0.153 0.088 0.028 0.042 0.009 0.001 0.031 0.001 0.001 163 N 0.459 0.136 0.099 0.085 0.038 0.072 0.064 0.004 0.041 0.002 0.001 164 F 0.614 0.151 0.056 0.107 0.038 0.016 0.005 0.002 0.009 0.002 0.001 165 Y 0.570 0.156 0.072 0.131 0.017 0.023 0.008 0.002 0.020 0.001 0.001 166 A 0.556 0.132 0.149 0.054 0.051 0.013 0.023 0.004 0.010 0.007 0.001 167 N 0.295 0.036 0.091 0.219 0.016 0.121 0.165 0.009 0.045 0.003 0.001 168 L 0.597 0.082 0.191 0.086 0.008 0.023 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 169 K 0.855 0.028 0.037 0.056 0.004 0.006 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 170 T 0.721 0.111 0.075 0.052 0.015 0.011 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 171 I 0.839 0.065 0.037 0.035 0.006 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 172 E 0.927 0.021 0.023 0.014 0.005 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 173 Q 0.802 0.029 0.025 0.119 0.006 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 174 Y 0.602 0.053 0.048 0.236 0.008 0.017 0.015 0.002 0.016 0.003 0.001 175 N 0.544 0.056 0.073 0.075 0.029 0.045 0.134 0.010 0.024 0.010 0.001 176 D 0.738 0.020 0.042 0.119 0.014 0.028 0.029 0.005 0.005 0.001 0.001 177 Y 0.860 0.015 0.018 0.084 0.005 0.009 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 178 V 0.932 0.009 0.007 0.043 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 179 R 0.962 0.006 0.008 0.017 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 180 D 0.928 0.004 0.008 0.041 0.002 0.005 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 181 L 0.940 0.007 0.009 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.894 0.016 0.018 0.058 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 183 M 0.803 0.056 0.045 0.068 0.010 0.006 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 184 K 0.639 0.061 0.072 0.178 0.009 0.017 0.013 0.002 0.008 0.001 0.001 185 F 0.265 0.248 0.214 0.146 0.053 0.029 0.015 0.003 0.025 0.002 0.001 186 D 0.083 0.060 0.310 0.025 0.021 0.338 0.058 0.002 0.099 0.004 0.001 187 L 0.912 0.008 0.011 0.055 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 188 E 0.959 0.004 0.009 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 K 0.948 0.005 0.009 0.029 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 190 Y 0.934 0.005 0.011 0.042 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 191 M 0.911 0.013 0.024 0.037 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 192 K 0.901 0.026 0.033 0.026 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 193 E 0.836 0.035 0.065 0.041 0.005 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 194 K 0.451 0.051 0.087 0.370 0.015 0.003 0.012 0.003 0.007 0.001 0.001 195 G 0.105 0.006 0.042 0.014 0.044 0.003 0.092 0.493 0.003 0.199 0.001 196 V 0.367 0.206 0.261 0.093 0.021 0.036 0.002 0.001 0.009 0.002 0.002 197 Q 0.338 0.215 0.220 0.125 0.026 0.043 0.009 0.001 0.020 0.002 0.001 198 N 0.110 0.110 0.258 0.172 0.046 0.121 0.071 0.006 0.102 0.002 0.002 199 A 0.464 0.093 0.203 0.093 0.040 0.020 0.032 0.026 0.013 0.013 0.001