# TARGET T0287 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.452 0.212 0.141 0.111 0.059 0.022 0.003 2 S 0.502 0.241 0.130 0.076 0.036 0.014 0.002 3 N 0.613 0.242 0.085 0.038 0.015 0.005 0.001 4 N 0.257 0.266 0.229 0.153 0.070 0.021 0.003 5 M 0.116 0.107 0.158 0.256 0.242 0.108 0.012 6 R 0.175 0.282 0.277 0.184 0.065 0.016 0.002 7 K 0.201 0.285 0.258 0.172 0.067 0.017 0.002 8 L 0.141 0.086 0.105 0.176 0.257 0.211 0.025 9 F 0.122 0.108 0.150 0.260 0.235 0.116 0.009 10 S 0.167 0.274 0.256 0.181 0.083 0.035 0.005 11 M 0.124 0.132 0.171 0.246 0.218 0.098 0.011 12 I 0.115 0.118 0.169 0.230 0.226 0.128 0.015 13 A 0.300 0.256 0.198 0.149 0.074 0.021 0.002 14 D 0.525 0.269 0.127 0.056 0.019 0.004 0.001 15 S 0.469 0.304 0.144 0.062 0.018 0.003 0.001 16 K 0.602 0.271 0.086 0.031 0.008 0.001 0.001 17 D 0.773 0.158 0.044 0.018 0.006 0.001 0.001 18 K 0.581 0.268 0.104 0.039 0.008 0.001 0.001 19 K 0.488 0.270 0.137 0.081 0.021 0.003 0.001 20 E 0.529 0.292 0.128 0.041 0.009 0.001 0.001 21 K 0.459 0.371 0.131 0.032 0.006 0.001 0.001 22 L 0.124 0.119 0.195 0.334 0.195 0.033 0.001 23 I 0.131 0.156 0.241 0.276 0.159 0.036 0.001 24 E 0.445 0.351 0.146 0.047 0.009 0.001 0.001 25 S 0.435 0.285 0.164 0.086 0.025 0.005 0.001 26 L 0.199 0.165 0.221 0.229 0.145 0.039 0.002 27 Q 0.635 0.227 0.087 0.037 0.011 0.003 0.001 28 E 0.618 0.244 0.094 0.034 0.008 0.001 0.001 29 N 0.551 0.235 0.125 0.063 0.022 0.004 0.001 30 E 0.474 0.314 0.136 0.057 0.015 0.003 0.001 31 L 0.271 0.218 0.212 0.193 0.089 0.017 0.001 32 L 0.247 0.200 0.209 0.212 0.108 0.023 0.001 33 N 0.468 0.309 0.141 0.061 0.018 0.003 0.001 34 T 0.575 0.272 0.106 0.037 0.009 0.002 0.001 35 D 0.786 0.147 0.040 0.018 0.007 0.002 0.001 36 E 0.580 0.247 0.106 0.051 0.014 0.003 0.001 37 K 0.443 0.283 0.160 0.086 0.025 0.004 0.001 38 K 0.521 0.292 0.130 0.045 0.010 0.001 0.001 39 K 0.449 0.388 0.123 0.033 0.006 0.001 0.001 40 I 0.119 0.120 0.192 0.307 0.213 0.048 0.002 41 I 0.117 0.162 0.234 0.278 0.164 0.044 0.002 42 D 0.347 0.355 0.184 0.083 0.025 0.007 0.001 43 Q 0.183 0.259 0.254 0.197 0.082 0.023 0.002 44 I 0.063 0.074 0.128 0.232 0.305 0.182 0.016 45 K 0.363 0.314 0.184 0.092 0.034 0.012 0.002 46 T 0.335 0.299 0.187 0.113 0.049 0.016 0.002 47 M 0.149 0.124 0.157 0.221 0.219 0.115 0.015 48 H 0.254 0.249 0.214 0.163 0.080 0.034 0.005 49 D 0.368 0.330 0.172 0.086 0.033 0.010 0.002 50 F 0.139 0.128 0.158 0.233 0.221 0.107 0.014 51 F 0.116 0.092 0.129 0.231 0.252 0.159 0.022 52 K 0.266 0.352 0.220 0.110 0.039 0.012 0.002 53 Q 0.220 0.278 0.235 0.170 0.075 0.019 0.002 54 M 0.098 0.126 0.166 0.244 0.239 0.113 0.014 55 H 0.259 0.243 0.211 0.167 0.084 0.032 0.004 56 T 0.522 0.264 0.112 0.065 0.027 0.008 0.001 57 N 0.408 0.266 0.166 0.103 0.042 0.013 0.002 58 K 0.411 0.283 0.165 0.091 0.037 0.012 0.002 59 G 0.479 0.268 0.132 0.072 0.034 0.012 0.002 60 A 0.214 0.212 0.205 0.190 0.120 0.050 0.008 61 L 0.121 0.113 0.153 0.243 0.232 0.123 0.015 62 D 0.207 0.295 0.255 0.161 0.061 0.019 0.002 63 K 0.292 0.329 0.206 0.111 0.046 0.015 0.002 64 V 0.070 0.101 0.149 0.232 0.253 0.172 0.023 65 L 0.044 0.057 0.103 0.220 0.311 0.235 0.030 66 R 0.182 0.293 0.272 0.168 0.063 0.019 0.002 67 N 0.279 0.332 0.198 0.119 0.051 0.018 0.002 68 Y 0.079 0.106 0.157 0.236 0.250 0.155 0.018 69 M 0.089 0.111 0.176 0.256 0.241 0.118 0.010 70 K 0.471 0.307 0.139 0.059 0.019 0.004 0.001 71 D 0.363 0.297 0.182 0.105 0.039 0.013 0.002 72 Y 0.099 0.097 0.141 0.230 0.266 0.152 0.015 73 R 0.236 0.305 0.244 0.143 0.053 0.016 0.002 74 A 0.251 0.218 0.179 0.170 0.122 0.053 0.007 75 V 0.131 0.155 0.197 0.228 0.181 0.093 0.013 76 I 0.137 0.096 0.125 0.229 0.248 0.148 0.017 77 K 0.237 0.304 0.231 0.144 0.060 0.021 0.003 78 S 0.286 0.256 0.180 0.141 0.091 0.041 0.005 79 I 0.140 0.147 0.182 0.223 0.192 0.099 0.016 80 G 0.231 0.261 0.211 0.163 0.088 0.040 0.006 81 V 0.181 0.191 0.209 0.219 0.144 0.051 0.006 82 D 0.413 0.307 0.158 0.079 0.031 0.010 0.002 83 K 0.309 0.319 0.198 0.114 0.045 0.014 0.002 84 F 0.081 0.078 0.136 0.288 0.295 0.115 0.008 85 K 0.303 0.366 0.216 0.085 0.023 0.005 0.001 86 K 0.266 0.307 0.226 0.140 0.048 0.012 0.001 87 V 0.089 0.092 0.129 0.228 0.284 0.164 0.012 88 Y 0.096 0.118 0.191 0.271 0.225 0.092 0.007 89 R 0.204 0.334 0.246 0.141 0.053 0.020 0.002 90 L 0.095 0.123 0.171 0.250 0.228 0.120 0.014 91 L 0.099 0.118 0.155 0.216 0.234 0.160 0.019 92 E 0.317 0.318 0.189 0.107 0.048 0.018 0.003 93 S 0.534 0.256 0.126 0.058 0.020 0.005 0.001 94 E 0.338 0.271 0.194 0.120 0.056 0.020 0.002 95 T 0.288 0.227 0.164 0.149 0.107 0.057 0.008 96 M 0.146 0.163 0.221 0.250 0.162 0.052 0.005 97 E 0.298 0.323 0.198 0.115 0.048 0.016 0.002 98 L 0.114 0.114 0.143 0.230 0.218 0.157 0.024 99 L 0.079 0.081 0.111 0.211 0.278 0.208 0.030 100 H 0.169 0.249 0.242 0.193 0.097 0.042 0.007 101 A 0.155 0.188 0.196 0.226 0.155 0.070 0.009 102 I 0.101 0.108 0.142 0.204 0.246 0.169 0.031 103 A 0.229 0.218 0.200 0.191 0.113 0.044 0.006 104 E 0.496 0.296 0.125 0.055 0.020 0.006 0.001 105 N 0.355 0.285 0.180 0.113 0.049 0.016 0.002 106 P 0.224 0.194 0.193 0.192 0.128 0.061 0.009 107 N 0.283 0.303 0.201 0.122 0.061 0.026 0.006 108 F 0.099 0.107 0.155 0.231 0.237 0.145 0.027 109 L 0.057 0.094 0.132 0.212 0.246 0.213 0.047 110 F 0.047 0.068 0.109 0.196 0.268 0.250 0.061 111 S 0.154 0.225 0.226 0.197 0.123 0.060 0.014 112 K 0.152 0.237 0.221 0.191 0.120 0.063 0.016 113 F 0.066 0.075 0.118 0.207 0.265 0.223 0.046 114 D 0.222 0.248 0.200 0.157 0.103 0.057 0.013 115 R 0.150 0.210 0.236 0.208 0.123 0.060 0.013 116 S 0.185 0.183 0.169 0.177 0.150 0.110 0.027 117 I 0.091 0.083 0.101 0.146 0.209 0.265 0.104 118 L 0.084 0.089 0.112 0.174 0.202 0.241 0.097 119 G 0.123 0.150 0.177 0.194 0.158 0.134 0.064 120 I 0.080 0.066 0.081 0.140 0.208 0.284 0.141 121 F 0.073 0.062 0.072 0.111 0.181 0.310 0.191 122 L 0.090 0.089 0.107 0.154 0.196 0.239 0.124 123 P 0.120 0.162 0.172 0.196 0.165 0.130 0.053 124 F 0.092 0.092 0.111 0.177 0.229 0.228 0.071 125 F 0.127 0.114 0.124 0.188 0.221 0.181 0.045 126 S 0.262 0.233 0.187 0.153 0.096 0.054 0.015 127 K 0.268 0.251 0.203 0.153 0.078 0.036 0.011 128 P 0.266 0.260 0.181 0.138 0.090 0.050 0.014 129 I 0.121 0.113 0.147 0.209 0.219 0.155 0.036 130 M 0.113 0.159 0.172 0.185 0.169 0.155 0.047 131 F 0.090 0.072 0.099 0.190 0.268 0.231 0.051 132 K 0.139 0.252 0.250 0.201 0.102 0.046 0.009 133 M 0.115 0.128 0.163 0.226 0.220 0.127 0.020 134 S 0.154 0.244 0.232 0.187 0.117 0.058 0.009 135 I 0.089 0.101 0.156 0.250 0.256 0.133 0.015 136 R 0.348 0.323 0.188 0.095 0.035 0.010 0.001 137 E 0.374 0.330 0.168 0.085 0.032 0.010 0.001 138 M 0.225 0.183 0.200 0.212 0.133 0.044 0.004 139 D 0.409 0.282 0.165 0.091 0.039 0.013 0.002 140 S 0.450 0.278 0.151 0.080 0.031 0.008 0.001 141 Q 0.288 0.310 0.206 0.126 0.051 0.017 0.002 142 I 0.104 0.102 0.148 0.245 0.255 0.131 0.015 143 E 0.160 0.280 0.262 0.177 0.081 0.034 0.006 144 L 0.128 0.132 0.152 0.211 0.222 0.134 0.021 145 Y 0.126 0.167 0.200 0.227 0.176 0.091 0.014 146 G 0.227 0.210 0.203 0.182 0.116 0.053 0.009 147 T 0.258 0.236 0.197 0.164 0.095 0.042 0.008 148 N 0.238 0.242 0.178 0.147 0.113 0.067 0.016 149 L 0.056 0.082 0.151 0.258 0.267 0.160 0.025 150 P 0.179 0.247 0.232 0.185 0.102 0.045 0.010 151 L 0.086 0.084 0.110 0.173 0.232 0.251 0.063 152 L 0.046 0.047 0.073 0.162 0.272 0.327 0.075 153 K 0.065 0.174 0.247 0.237 0.163 0.094 0.020 154 L 0.034 0.056 0.099 0.191 0.276 0.276 0.068 155 F 0.015 0.031 0.051 0.117 0.264 0.426 0.096 156 V 0.027 0.064 0.110 0.200 0.268 0.275 0.057 157 M 0.049 0.096 0.172 0.279 0.258 0.131 0.016 158 T 0.238 0.324 0.239 0.129 0.054 0.014 0.002 159 D 0.472 0.311 0.138 0.059 0.016 0.003 0.001 160 E 0.534 0.300 0.113 0.039 0.011 0.002 0.001 161 E 0.290 0.309 0.218 0.124 0.046 0.011 0.001 162 V 0.139 0.140 0.188 0.267 0.197 0.064 0.004 163 N 0.238 0.340 0.234 0.124 0.047 0.015 0.002 164 F 0.103 0.102 0.142 0.256 0.246 0.138 0.014 165 Y 0.123 0.159 0.194 0.223 0.179 0.110 0.013 166 A 0.174 0.175 0.196 0.210 0.158 0.076 0.011 167 N 0.187 0.238 0.230 0.176 0.105 0.054 0.009 168 L 0.122 0.114 0.170 0.234 0.241 0.111 0.008 169 K 0.383 0.315 0.170 0.086 0.033 0.011 0.001 170 T 0.300 0.285 0.193 0.137 0.063 0.020 0.002 171 I 0.134 0.130 0.181 0.259 0.216 0.074 0.006 172 E 0.425 0.328 0.146 0.070 0.024 0.007 0.001 173 Q 0.303 0.333 0.203 0.110 0.038 0.012 0.002 174 Y 0.115 0.121 0.177 0.265 0.232 0.084 0.006 175 N 0.258 0.280 0.227 0.152 0.063 0.018 0.002 176 D 0.391 0.339 0.162 0.073 0.025 0.008 0.001 177 Y 0.130 0.140 0.199 0.246 0.197 0.081 0.007 178 V 0.106 0.082 0.111 0.202 0.261 0.212 0.026 179 R 0.205 0.258 0.239 0.181 0.082 0.031 0.004 180 D 0.272 0.289 0.215 0.134 0.063 0.023 0.003 181 L 0.121 0.101 0.130 0.219 0.254 0.158 0.017 182 L 0.163 0.167 0.179 0.188 0.168 0.118 0.017 183 M 0.182 0.167 0.170 0.208 0.174 0.088 0.011 184 K 0.245 0.281 0.219 0.147 0.073 0.029 0.006 185 F 0.148 0.154 0.189 0.238 0.186 0.077 0.008 186 D 0.356 0.351 0.175 0.077 0.029 0.010 0.002 187 L 0.100 0.089 0.153 0.276 0.273 0.101 0.007 188 E 0.360 0.299 0.196 0.102 0.035 0.007 0.001 189 K 0.452 0.361 0.128 0.046 0.011 0.002 0.001 190 Y 0.230 0.202 0.222 0.226 0.102 0.018 0.001 191 M 0.173 0.213 0.246 0.239 0.108 0.020 0.001 192 K 0.579 0.284 0.098 0.031 0.007 0.001 0.001 193 E 0.676 0.216 0.072 0.028 0.007 0.001 0.001 194 K 0.623 0.226 0.094 0.040 0.013 0.003 0.001 195 G 0.549 0.232 0.112 0.071 0.027 0.007 0.001 196 V 0.368 0.203 0.181 0.152 0.078 0.017 0.001 197 Q 0.527 0.276 0.127 0.052 0.015 0.003 0.001 198 N 0.646 0.220 0.083 0.037 0.011 0.002 0.001 199 A 0.616 0.187 0.112 0.058 0.022 0.004 0.001