# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.172 0.009 0.031 0.012 0.013 0.081 0.259 0.423 2 A 0.084 0.011 0.013 0.020 0.025 0.142 0.057 0.649 3 S 0.009 0.002 0.006 0.002 0.007 0.062 0.030 0.882 4 K 0.006 0.003 0.101 0.051 0.081 0.266 0.055 0.437 5 T 0.008 0.003 0.387 0.042 0.099 0.077 0.109 0.275 6 I 0.006 0.002 0.296 0.081 0.056 0.069 0.056 0.433 7 K 0.001 0.001 0.889 0.026 0.027 0.011 0.023 0.024 8 I 0.004 0.002 0.543 0.038 0.055 0.058 0.097 0.202 9 M 0.008 0.001 0.825 0.029 0.021 0.029 0.023 0.064 10 P 0.088 0.010 0.368 0.023 0.037 0.123 0.145 0.206 11 V 0.027 0.019 0.170 0.012 0.030 0.209 0.098 0.436 12 G 0.029 0.013 0.087 0.014 0.037 0.200 0.111 0.509 13 D 0.034 0.030 0.101 0.021 0.039 0.132 0.460 0.184 14 S 0.034 0.054 0.157 0.030 0.064 0.158 0.177 0.326 15 C 0.148 0.033 0.160 0.056 0.083 0.129 0.095 0.295 16 T 0.075 0.022 0.075 0.044 0.078 0.136 0.118 0.453 17 E 0.036 0.014 0.068 0.032 0.102 0.189 0.056 0.502 18 G 0.058 0.012 0.041 0.034 0.069 0.202 0.058 0.526 19 M 0.058 0.011 0.032 0.051 0.045 0.174 0.040 0.589 20 G 0.064 0.021 0.030 0.022 0.051 0.128 0.058 0.625 21 G 0.083 0.029 0.024 0.030 0.054 0.130 0.076 0.575 22 G 0.212 0.026 0.017 0.026 0.031 0.112 0.058 0.518 23 E 0.134 0.041 0.013 0.027 0.039 0.119 0.069 0.559 24 M 0.031 0.040 0.016 0.017 0.062 0.134 0.035 0.664 25 G 0.026 0.045 0.030 0.063 0.167 0.103 0.115 0.451 26 S 0.013 0.117 0.035 0.118 0.133 0.094 0.094 0.396 27 Y 0.020 0.599 0.018 0.061 0.073 0.032 0.042 0.155 28 R 0.012 0.885 0.007 0.010 0.012 0.009 0.014 0.051 29 T 0.006 0.943 0.004 0.006 0.005 0.004 0.011 0.021 30 E 0.005 0.969 0.004 0.002 0.002 0.002 0.010 0.007 31 L 0.018 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 32 Y 0.012 0.112 0.006 0.002 0.001 0.002 0.857 0.008 33 R 0.008 0.776 0.006 0.005 0.004 0.007 0.142 0.053 34 L 0.101 0.659 0.012 0.003 0.006 0.022 0.033 0.163 35 L 0.072 0.059 0.124 0.051 0.016 0.063 0.336 0.280 36 T 0.602 0.021 0.004 0.002 0.004 0.028 0.033 0.306 37 Q 0.411 0.003 0.002 0.001 0.001 0.028 0.025 0.530 38 A 0.010 0.003 0.015 0.004 0.008 0.219 0.014 0.725 39 G 0.005 0.001 0.008 0.001 0.006 0.061 0.012 0.904 40 L 0.011 0.007 0.065 0.052 0.022 0.155 0.027 0.662 41 S 0.031 0.029 0.299 0.033 0.044 0.081 0.085 0.397 42 I 0.047 0.030 0.128 0.057 0.056 0.090 0.086 0.506 43 D 0.029 0.012 0.440 0.068 0.070 0.061 0.078 0.241 44 F 0.031 0.018 0.243 0.049 0.059 0.070 0.212 0.319 45 V 0.054 0.020 0.235 0.058 0.083 0.110 0.070 0.370 46 G 0.155 0.011 0.098 0.049 0.090 0.098 0.098 0.402 47 S 0.022 0.006 0.038 0.026 0.048 0.129 0.054 0.677 48 Q 0.034 0.006 0.066 0.031 0.066 0.189 0.055 0.554 49 R 0.026 0.004 0.037 0.037 0.060 0.193 0.085 0.558 50 S 0.032 0.006 0.038 0.027 0.041 0.133 0.069 0.654 51 G 0.112 0.018 0.047 0.043 0.078 0.148 0.100 0.455 52 P 0.069 0.015 0.026 0.024 0.038 0.152 0.046 0.631 53 S 0.021 0.018 0.045 0.036 0.057 0.140 0.046 0.637 54 S 0.054 0.042 0.017 0.012 0.021 0.143 0.038 0.673 55 L 0.318 0.124 0.021 0.023 0.020 0.117 0.089 0.289 56 P 0.079 0.114 0.016 0.012 0.017 0.113 0.055 0.594 57 D 0.318 0.151 0.012 0.008 0.017 0.076 0.072 0.345 58 K 0.132 0.065 0.021 0.028 0.033 0.137 0.088 0.496 59 D 0.068 0.027 0.012 0.016 0.033 0.113 0.038 0.693 60 H 0.140 0.022 0.018 0.020 0.035 0.131 0.096 0.538 61 E 0.028 0.012 0.023 0.028 0.043 0.190 0.049 0.627 62 G 0.108 0.009 0.014 0.010 0.026 0.099 0.034 0.701 63 H 0.142 0.011 0.014 0.025 0.024 0.115 0.080 0.589 64 S 0.043 0.017 0.032 0.020 0.053 0.126 0.058 0.651 65 G 0.031 0.018 0.026 0.019 0.052 0.113 0.044 0.696 66 W 0.008 0.021 0.056 0.099 0.078 0.141 0.028 0.568 67 T 0.027 0.212 0.035 0.029 0.042 0.075 0.031 0.549 68 I 0.103 0.690 0.015 0.014 0.013 0.022 0.043 0.100 69 P 0.068 0.416 0.045 0.015 0.014 0.042 0.183 0.217 70 Q 0.037 0.339 0.030 0.012 0.010 0.030 0.420 0.122 71 I 0.143 0.654 0.013 0.004 0.005 0.022 0.069 0.090 72 A 0.176 0.298 0.024 0.009 0.013 0.049 0.178 0.254 73 S 0.022 0.125 0.020 0.009 0.013 0.081 0.154 0.576 74 N 0.091 0.243 0.018 0.008 0.011 0.092 0.080 0.458 75 I 0.168 0.205 0.018 0.011 0.011 0.105 0.053 0.430 76 N 0.091 0.067 0.023 0.007 0.014 0.100 0.134 0.564 77 N 0.055 0.041 0.023 0.013 0.018 0.101 0.291 0.459 78 W 0.063 0.038 0.043 0.023 0.027 0.119 0.178 0.510 79 L 0.104 0.012 0.031 0.026 0.032 0.097 0.086 0.611 80 N 0.089 0.008 0.017 0.020 0.033 0.105 0.060 0.669 81 T 0.008 0.002 0.025 0.008 0.016 0.140 0.059 0.743 82 H 0.042 0.004 0.036 0.013 0.018 0.189 0.044 0.654 83 N 0.150 0.008 0.031 0.014 0.015 0.190 0.132 0.460 84 P 0.003 0.003 0.079 0.010 0.021 0.234 0.051 0.599 85 D 0.001 0.001 0.750 0.017 0.069 0.045 0.068 0.050 86 V 0.001 0.002 0.589 0.046 0.053 0.029 0.145 0.135 87 V 0.001 0.001 0.962 0.013 0.007 0.002 0.012 0.004 88 F 0.001 0.001 0.908 0.009 0.017 0.008 0.040 0.015 89 L 0.003 0.001 0.905 0.014 0.017 0.013 0.034 0.013 90 W 0.015 0.007 0.684 0.015 0.034 0.060 0.117 0.067 91 I 0.033 0.040 0.398 0.016 0.046 0.198 0.108 0.160 92 G 0.064 0.186 0.150 0.016 0.045 0.194 0.066 0.279 93 G 0.036 0.347 0.134 0.009 0.025 0.114 0.123 0.212 94 N 0.079 0.568 0.046 0.010 0.020 0.072 0.076 0.128 95 D 0.136 0.131 0.108 0.018 0.023 0.068 0.394 0.121 96 L 0.175 0.143 0.054 0.023 0.029 0.108 0.198 0.270 97 L 0.337 0.037 0.036 0.012 0.022 0.068 0.093 0.395 98 L 0.054 0.019 0.007 0.008 0.013 0.105 0.029 0.764 99 N 0.018 0.022 0.008 0.007 0.015 0.082 0.041 0.807 100 G 0.063 0.070 0.008 0.009 0.013 0.130 0.043 0.664 101 N 0.113 0.143 0.017 0.020 0.017 0.118 0.173 0.401 102 L 0.044 0.322 0.015 0.008 0.008 0.077 0.078 0.448 103 N 0.101 0.687 0.005 0.002 0.004 0.024 0.055 0.123 104 A 0.061 0.202 0.010 0.003 0.003 0.029 0.558 0.133 105 T 0.004 0.096 0.006 0.002 0.003 0.020 0.813 0.057 106 G 0.010 0.902 0.002 0.001 0.001 0.008 0.043 0.033 107 L 0.012 0.928 0.002 0.001 0.001 0.006 0.027 0.023 108 S 0.009 0.847 0.006 0.001 0.002 0.008 0.094 0.032 109 N 0.006 0.919 0.003 0.001 0.001 0.008 0.045 0.018 110 L 0.006 0.973 0.004 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 111 I 0.025 0.916 0.008 0.001 0.001 0.005 0.032 0.013 112 D 0.011 0.125 0.032 0.002 0.002 0.014 0.766 0.049 113 Q 0.015 0.257 0.041 0.002 0.002 0.021 0.596 0.065 114 I 0.238 0.291 0.079 0.011 0.013 0.049 0.120 0.199 115 F 0.233 0.041 0.017 0.014 0.016 0.084 0.045 0.549 116 T 0.005 0.003 0.020 0.006 0.009 0.062 0.079 0.817 117 V 0.070 0.004 0.017 0.006 0.010 0.149 0.065 0.680 118 K 0.593 0.002 0.011 0.004 0.003 0.064 0.100 0.224 119 P 0.020 0.001 0.015 0.002 0.004 0.164 0.009 0.785 120 N 0.002 0.001 0.099 0.003 0.027 0.135 0.027 0.707 121 V 0.001 0.002 0.384 0.080 0.097 0.110 0.069 0.258 122 T 0.001 0.001 0.829 0.049 0.045 0.008 0.042 0.027 123 L 0.001 0.001 0.757 0.073 0.051 0.008 0.055 0.054 124 F 0.001 0.001 0.934 0.024 0.019 0.002 0.011 0.008 125 V 0.011 0.002 0.748 0.051 0.068 0.018 0.048 0.055 126 A 0.036 0.004 0.402 0.066 0.089 0.075 0.063 0.265 127 D 0.044 0.007 0.094 0.028 0.069 0.146 0.057 0.555 128 Y 0.045 0.010 0.036 0.011 0.022 0.173 0.069 0.633 129 Y 0.026 0.020 0.033 0.022 0.023 0.188 0.047 0.642 130 P 0.034 0.067 0.010 0.006 0.007 0.098 0.028 0.751 131 W 0.206 0.568 0.005 0.003 0.003 0.027 0.064 0.126 132 P 0.145 0.745 0.002 0.001 0.001 0.014 0.024 0.069 133 E 0.042 0.710 0.009 0.002 0.002 0.023 0.049 0.163 134 A 0.035 0.835 0.004 0.001 0.001 0.015 0.028 0.080 135 I 0.090 0.520 0.016 0.002 0.002 0.019 0.294 0.057 136 K 0.049 0.688 0.009 0.002 0.002 0.025 0.100 0.125 137 Q 0.069 0.526 0.018 0.002 0.003 0.029 0.113 0.240 138 Y 0.055 0.592 0.010 0.003 0.003 0.034 0.123 0.180 139 N 0.125 0.368 0.020 0.003 0.004 0.039 0.196 0.245 140 A 0.020 0.276 0.021 0.007 0.005 0.084 0.131 0.456 141 V 0.038 0.506 0.024 0.003 0.003 0.057 0.049 0.319 142 I 0.152 0.666 0.007 0.002 0.002 0.022 0.070 0.080 143 P 0.036 0.694 0.013 0.001 0.002 0.027 0.072 0.155 144 G 0.012 0.797 0.014 0.002 0.003 0.020 0.044 0.109 145 I 0.007 0.930 0.009 0.001 0.001 0.008 0.013 0.030 146 V 0.020 0.955 0.004 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 147 Q 0.024 0.752 0.042 0.003 0.003 0.011 0.110 0.055 148 Q 0.032 0.810 0.016 0.003 0.002 0.011 0.062 0.063 149 K 0.199 0.225 0.110 0.009 0.008 0.034 0.271 0.144 150 A 0.285 0.064 0.029 0.009 0.007 0.070 0.121 0.415 151 N 0.290 0.023 0.005 0.002 0.003 0.026 0.040 0.611 152 A 0.020 0.007 0.003 0.002 0.004 0.068 0.014 0.881 153 G 0.017 0.008 0.018 0.013 0.034 0.131 0.051 0.728 154 K 0.034 0.009 0.019 0.041 0.048 0.107 0.045 0.698 155 K 0.023 0.014 0.061 0.079 0.093 0.079 0.044 0.607 156 V 0.011 0.014 0.112 0.113 0.160 0.079 0.041 0.470 157 Y 0.010 0.019 0.132 0.158 0.237 0.056 0.041 0.346 158 F 0.015 0.023 0.141 0.182 0.181 0.047 0.101 0.311 159 V 0.016 0.050 0.145 0.199 0.174 0.054 0.110 0.252 160 K 0.051 0.095 0.113 0.133 0.174 0.064 0.090 0.279 161 L 0.075 0.089 0.096 0.087 0.111 0.070 0.104 0.369 162 S 0.090 0.121 0.057 0.066 0.093 0.075 0.101 0.397 163 E 0.058 0.067 0.049 0.058 0.086 0.092 0.091 0.497 164 I 0.066 0.063 0.041 0.047 0.068 0.123 0.071 0.520 165 Q 0.082 0.029 0.048 0.045 0.060 0.111 0.110 0.515 166 F 0.053 0.021 0.024 0.025 0.033 0.135 0.124 0.585 167 D 0.057 0.046 0.021 0.020 0.031 0.115 0.101 0.609 168 R 0.079 0.041 0.011 0.012 0.021 0.133 0.035 0.668 169 N 0.106 0.061 0.016 0.017 0.025 0.112 0.150 0.513 170 T 0.075 0.076 0.019 0.019 0.028 0.128 0.111 0.544 171 D 0.070 0.050 0.038 0.027 0.048 0.158 0.112 0.498 172 I 0.027 0.022 0.063 0.038 0.044 0.170 0.091 0.544 173 S 0.228 0.026 0.040 0.017 0.032 0.111 0.057 0.490 174 W 0.283 0.023 0.021 0.019 0.021 0.110 0.094 0.429 175 D 0.017 0.014 0.037 0.011 0.036 0.142 0.022 0.719 176 G 0.011 0.014 0.106 0.025 0.088 0.124 0.054 0.578 177 L 0.019 0.035 0.126 0.113 0.078 0.118 0.067 0.445 178 H 0.095 0.099 0.228 0.060 0.069 0.089 0.076 0.284 179 L 0.080 0.171 0.071 0.044 0.050 0.081 0.102 0.401 180 S 0.108 0.524 0.018 0.006 0.010 0.047 0.045 0.243 181 E 0.038 0.715 0.009 0.005 0.006 0.029 0.030 0.168 182 I 0.008 0.846 0.006 0.004 0.006 0.021 0.015 0.093 183 G 0.009 0.947 0.002 0.001 0.002 0.003 0.027 0.010 184 Y 0.007 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.006 185 K 0.003 0.847 0.003 0.002 0.002 0.003 0.123 0.016 186 K 0.003 0.919 0.002 0.002 0.002 0.004 0.056 0.013 187 I 0.007 0.943 0.002 0.001 0.001 0.002 0.039 0.005 188 A 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.006 189 N 0.005 0.947 0.002 0.001 0.001 0.002 0.027 0.016 190 I 0.007 0.935 0.002 0.001 0.001 0.005 0.035 0.015 191 W 0.011 0.481 0.006 0.001 0.001 0.006 0.480 0.015 192 Y 0.007 0.828 0.001 0.001 0.001 0.003 0.145 0.015 193 K 0.003 0.902 0.002 0.001 0.001 0.005 0.056 0.031 194 Y 0.002 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 0.010 195 T 0.008 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.020 0.005 196 I 0.012 0.945 0.003 0.001 0.001 0.002 0.025 0.012 197 D 0.007 0.951 0.005 0.001 0.001 0.004 0.014 0.018 198 I 0.024 0.903 0.014 0.001 0.001 0.006 0.029 0.023 199 L 0.105 0.754 0.030 0.002 0.002 0.010 0.052 0.045 200 R 0.138 0.212 0.093 0.007 0.005 0.034 0.156 0.355 201 A 0.190 0.086 0.028 0.004 0.004 0.061 0.056 0.572 202 L 0.199 0.016 0.028 0.005 0.005 0.075 0.068 0.605 203 A 0.027 0.004 0.005 0.002 0.003 0.084 0.019 0.856 204 G 0.035 0.007 0.005 0.003 0.005 0.057 0.026 0.863 205 E 0.032 0.009 0.008 0.011 0.012 0.119 0.022 0.787