# TARGET T0286 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 A 0.025 0.026 0.013 0.013 0.007 0.055 0.861 3 S 0.034 0.014 0.020 0.011 0.270 0.131 0.521 4 K 0.067 0.006 0.006 0.004 0.227 0.026 0.664 5 T 0.290 0.006 0.003 0.002 0.119 0.015 0.566 6 I 0.802 0.009 0.001 0.001 0.016 0.003 0.168 7 K 0.924 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.061 8 I 0.958 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 9 M 0.908 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.078 10 P 0.756 0.018 0.002 0.002 0.024 0.005 0.194 11 V 0.456 0.009 0.010 0.007 0.120 0.065 0.332 12 G 0.278 0.012 0.018 0.007 0.315 0.107 0.263 13 D 0.191 0.022 0.067 0.034 0.296 0.074 0.315 14 S 0.218 0.032 0.093 0.049 0.179 0.110 0.320 15 C 0.303 0.029 0.124 0.096 0.114 0.160 0.173 16 T 0.327 0.046 0.103 0.088 0.091 0.133 0.213 17 E 0.243 0.030 0.074 0.104 0.138 0.222 0.189 18 G 0.169 0.027 0.063 0.076 0.168 0.243 0.254 19 M 0.149 0.049 0.052 0.059 0.194 0.196 0.302 20 G 0.104 0.044 0.041 0.040 0.245 0.224 0.301 21 G 0.068 0.040 0.047 0.045 0.252 0.138 0.409 22 G 0.021 0.018 0.091 0.063 0.206 0.398 0.203 23 E 0.010 0.009 0.080 0.065 0.183 0.522 0.131 24 M 0.009 0.008 0.078 0.062 0.208 0.470 0.166 25 G 0.012 0.006 0.033 0.064 0.316 0.334 0.233 26 S 0.039 0.028 0.034 0.086 0.275 0.155 0.383 27 Y 0.047 0.066 0.041 0.210 0.142 0.056 0.438 28 R 0.032 0.014 0.042 0.459 0.061 0.038 0.354 29 T 0.008 0.002 0.071 0.797 0.023 0.045 0.055 30 E 0.005 0.004 0.050 0.853 0.012 0.043 0.033 31 L 0.003 0.002 0.027 0.907 0.011 0.022 0.029 32 Y 0.002 0.001 0.018 0.936 0.007 0.015 0.021 33 R 0.006 0.001 0.016 0.924 0.009 0.027 0.018 34 L 0.003 0.001 0.012 0.940 0.005 0.026 0.013 35 L 0.005 0.003 0.010 0.929 0.012 0.026 0.016 36 T 0.005 0.002 0.019 0.878 0.010 0.062 0.024 37 Q 0.006 0.001 0.026 0.778 0.023 0.136 0.029 38 A 0.001 0.001 0.018 0.219 0.035 0.714 0.012 39 G 0.001 0.001 0.005 0.013 0.036 0.913 0.032 40 L 0.060 0.012 0.003 0.012 0.107 0.028 0.778 41 S 0.303 0.035 0.004 0.007 0.070 0.020 0.561 42 I 0.654 0.013 0.008 0.011 0.046 0.017 0.251 43 D 0.770 0.009 0.006 0.008 0.048 0.013 0.147 44 F 0.845 0.013 0.008 0.007 0.020 0.012 0.095 45 V 0.759 0.012 0.012 0.012 0.042 0.034 0.129 46 G 0.486 0.015 0.020 0.025 0.138 0.067 0.248 47 S 0.267 0.017 0.035 0.032 0.208 0.126 0.315 48 Q 0.173 0.034 0.030 0.028 0.246 0.149 0.340 49 R 0.150 0.042 0.031 0.032 0.250 0.142 0.353 50 S 0.131 0.060 0.020 0.033 0.230 0.148 0.377 51 G 0.082 0.024 0.021 0.042 0.299 0.143 0.389 52 P 0.070 0.031 0.030 0.062 0.224 0.111 0.472 53 S 0.066 0.038 0.072 0.157 0.199 0.167 0.302 54 S 0.043 0.027 0.066 0.209 0.176 0.170 0.309 55 L 0.025 0.014 0.083 0.274 0.150 0.225 0.229 56 P 0.024 0.014 0.070 0.291 0.128 0.254 0.219 57 D 0.027 0.019 0.078 0.356 0.121 0.148 0.251 58 K 0.033 0.021 0.098 0.380 0.123 0.157 0.187 59 D 0.032 0.015 0.096 0.367 0.101 0.222 0.166 60 H 0.027 0.022 0.089 0.316 0.124 0.214 0.207 61 E 0.027 0.013 0.067 0.273 0.162 0.232 0.225 62 G 0.023 0.009 0.059 0.197 0.142 0.311 0.258 63 H 0.024 0.014 0.063 0.160 0.169 0.144 0.425 64 S 0.038 0.013 0.074 0.235 0.135 0.215 0.291 65 G 0.044 0.008 0.057 0.331 0.123 0.224 0.212 66 W 0.051 0.017 0.047 0.472 0.106 0.071 0.235 67 T 0.065 0.023 0.029 0.595 0.046 0.040 0.201 68 I 0.031 0.005 0.020 0.827 0.020 0.025 0.073 69 P 0.028 0.002 0.022 0.857 0.017 0.028 0.046 70 Q 0.017 0.003 0.028 0.854 0.022 0.033 0.043 71 I 0.013 0.003 0.028 0.850 0.025 0.035 0.047 72 A 0.008 0.002 0.029 0.846 0.019 0.062 0.033 73 S 0.010 0.002 0.041 0.701 0.035 0.158 0.053 74 N 0.007 0.004 0.059 0.571 0.052 0.196 0.111 75 I 0.010 0.015 0.074 0.473 0.085 0.138 0.205 76 N 0.012 0.008 0.124 0.371 0.073 0.214 0.196 77 N 0.013 0.005 0.126 0.258 0.091 0.359 0.148 78 W 0.019 0.013 0.131 0.246 0.144 0.179 0.267 79 L 0.040 0.019 0.106 0.219 0.138 0.109 0.370 80 N 0.033 0.021 0.173 0.179 0.069 0.166 0.359 81 T 0.047 0.019 0.128 0.118 0.110 0.223 0.354 82 H 0.079 0.032 0.040 0.070 0.290 0.156 0.332 83 N 0.088 0.055 0.007 0.011 0.233 0.044 0.562 84 P 0.061 0.005 0.002 0.002 0.102 0.019 0.810 85 D 0.151 0.001 0.001 0.001 0.663 0.007 0.177 86 V 0.988 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 87 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 90 W 0.889 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.093 91 I 0.332 0.002 0.005 0.006 0.128 0.010 0.516 92 G 0.137 0.023 0.012 0.011 0.188 0.031 0.597 93 G 0.095 0.033 0.079 0.072 0.254 0.119 0.348 94 N 0.068 0.018 0.142 0.171 0.222 0.135 0.244 95 D 0.027 0.014 0.196 0.325 0.122 0.123 0.195 96 L 0.014 0.007 0.189 0.370 0.067 0.267 0.087 97 L 0.010 0.010 0.092 0.407 0.068 0.339 0.074 98 L 0.010 0.007 0.067 0.219 0.144 0.411 0.142 99 N 0.008 0.005 0.039 0.108 0.138 0.467 0.235 100 G 0.008 0.016 0.040 0.110 0.212 0.104 0.510 101 N 0.008 0.016 0.057 0.182 0.158 0.100 0.479 102 L 0.005 0.012 0.086 0.347 0.119 0.154 0.276 103 N 0.002 0.004 0.069 0.672 0.044 0.064 0.147 104 A 0.001 0.001 0.030 0.901 0.021 0.028 0.020 105 T 0.001 0.001 0.017 0.929 0.016 0.023 0.014 106 G 0.001 0.001 0.007 0.953 0.006 0.019 0.013 107 L 0.001 0.001 0.002 0.971 0.003 0.015 0.008 108 S 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.016 0.004 109 N 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.009 0.004 110 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.003 111 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 114 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.002 115 F 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.012 0.001 116 T 0.001 0.001 0.004 0.915 0.003 0.076 0.002 117 V 0.001 0.001 0.006 0.760 0.016 0.201 0.015 118 K 0.003 0.005 0.014 0.057 0.191 0.064 0.666 119 P 0.001 0.002 0.034 0.012 0.086 0.824 0.042 120 N 0.003 0.001 0.018 0.002 0.058 0.899 0.021 121 V 0.122 0.004 0.002 0.001 0.189 0.007 0.675 122 T 0.691 0.004 0.001 0.001 0.095 0.002 0.208 123 L 0.986 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 124 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 125 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 126 A 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.041 127 D 0.648 0.004 0.005 0.002 0.049 0.005 0.286 128 Y 0.381 0.009 0.008 0.004 0.140 0.014 0.444 129 Y 0.197 0.048 0.009 0.005 0.105 0.019 0.616 130 P 0.052 0.016 0.013 0.008 0.071 0.029 0.810 131 W 0.015 0.007 0.030 0.023 0.087 0.074 0.764 132 P 0.007 0.006 0.078 0.101 0.207 0.231 0.371 133 E 0.005 0.005 0.094 0.183 0.189 0.280 0.244 134 A 0.006 0.008 0.071 0.303 0.145 0.161 0.305 135 I 0.005 0.005 0.039 0.572 0.094 0.075 0.211 136 K 0.004 0.002 0.018 0.795 0.048 0.047 0.085 137 Q 0.003 0.002 0.016 0.880 0.019 0.037 0.043 138 Y 0.001 0.001 0.008 0.937 0.009 0.022 0.022 139 N 0.001 0.001 0.003 0.962 0.008 0.016 0.010 140 A 0.001 0.001 0.003 0.960 0.006 0.023 0.006 141 V 0.001 0.001 0.004 0.963 0.004 0.021 0.007 142 I 0.001 0.001 0.005 0.970 0.003 0.016 0.006 143 P 0.001 0.001 0.005 0.957 0.004 0.031 0.003 144 G 0.001 0.001 0.005 0.946 0.004 0.037 0.006 145 I 0.001 0.001 0.003 0.958 0.008 0.019 0.010 146 V 0.001 0.001 0.002 0.971 0.006 0.010 0.010 147 Q 0.001 0.001 0.004 0.977 0.002 0.011 0.004 148 Q 0.001 0.001 0.004 0.974 0.004 0.013 0.004 149 K 0.001 0.001 0.005 0.970 0.004 0.015 0.005 150 A 0.001 0.001 0.008 0.928 0.008 0.045 0.009 151 N 0.001 0.001 0.014 0.780 0.011 0.178 0.014 152 A 0.002 0.002 0.018 0.515 0.062 0.342 0.059 153 G 0.007 0.005 0.020 0.208 0.131 0.448 0.180 154 K 0.024 0.008 0.024 0.077 0.224 0.181 0.461 155 K 0.087 0.016 0.026 0.063 0.199 0.053 0.558 156 V 0.220 0.013 0.022 0.069 0.107 0.059 0.510 157 Y 0.403 0.020 0.022 0.092 0.073 0.031 0.359 158 F 0.573 0.017 0.019 0.090 0.044 0.017 0.241 159 V 0.631 0.013 0.025 0.098 0.030 0.020 0.184 160 K 0.597 0.013 0.038 0.121 0.039 0.036 0.155 161 L 0.506 0.022 0.052 0.140 0.051 0.057 0.171 162 S 0.372 0.016 0.074 0.153 0.085 0.083 0.218 163 E 0.248 0.012 0.088 0.150 0.169 0.132 0.200 164 I 0.141 0.015 0.090 0.160 0.185 0.166 0.243 165 Q 0.095 0.033 0.083 0.128 0.164 0.173 0.325 166 F 0.086 0.019 0.060 0.117 0.179 0.205 0.334 167 D 0.074 0.014 0.047 0.084 0.186 0.207 0.386 168 R 0.053 0.015 0.065 0.109 0.179 0.099 0.480 169 N 0.052 0.024 0.102 0.148 0.126 0.096 0.451 170 T 0.045 0.011 0.219 0.228 0.109 0.181 0.207 171 D 0.061 0.016 0.269 0.185 0.095 0.208 0.165 172 I 0.083 0.042 0.221 0.159 0.117 0.121 0.256 173 S 0.074 0.032 0.164 0.156 0.144 0.170 0.259 174 W 0.056 0.021 0.112 0.155 0.136 0.291 0.228 175 D 0.022 0.013 0.066 0.070 0.168 0.466 0.195 176 G 0.033 0.015 0.025 0.030 0.371 0.245 0.280 177 L 0.059 0.046 0.018 0.024 0.246 0.104 0.503 178 H 0.057 0.070 0.007 0.013 0.208 0.044 0.601 179 L 0.018 0.037 0.007 0.019 0.184 0.033 0.703 180 S 0.008 0.008 0.001 0.028 0.151 0.017 0.786 181 E 0.001 0.001 0.010 0.967 0.006 0.014 0.003 182 I 0.001 0.001 0.006 0.979 0.003 0.011 0.002 183 G 0.001 0.001 0.007 0.971 0.001 0.018 0.002 184 Y 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 0.002 185 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.002 186 K 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.008 0.002 187 I 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.009 0.002 188 A 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.010 0.002 189 N 0.001 0.001 0.003 0.969 0.001 0.025 0.001 190 I 0.001 0.001 0.004 0.942 0.002 0.048 0.004 191 W 0.001 0.001 0.004 0.965 0.004 0.021 0.006 192 Y 0.001 0.001 0.004 0.974 0.006 0.010 0.007 193 K 0.001 0.001 0.002 0.983 0.003 0.010 0.002 194 Y 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.012 0.002 195 T 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.001 196 I 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.007 0.001 197 D 0.001 0.001 0.002 0.974 0.002 0.019 0.002 198 I 0.001 0.001 0.003 0.960 0.003 0.029 0.005 199 L 0.001 0.001 0.007 0.928 0.007 0.040 0.017 200 R 0.001 0.001 0.024 0.827 0.020 0.111 0.016 201 A 0.002 0.001 0.039 0.776 0.026 0.127 0.031 202 L 0.004 0.008 0.052 0.637 0.085 0.106 0.108 203 A 0.014 0.009 0.032 0.446 0.078 0.277 0.144 204 G 0.009 0.006 0.022 0.158 0.005 0.342 0.458 205 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996