# TARGET T0286 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.372 0.144 0.197 0.194 0.018 0.029 0.016 0.004 0.024 0.002 0.001 2 A 0.251 0.173 0.345 0.059 0.051 0.020 0.047 0.007 0.023 0.023 0.001 3 S 0.310 0.054 0.247 0.208 0.035 0.031 0.056 0.035 0.008 0.011 0.006 4 K 0.053 0.441 0.329 0.038 0.091 0.012 0.012 0.002 0.022 0.001 0.001 5 T 0.018 0.242 0.650 0.017 0.009 0.050 0.002 0.001 0.010 0.001 0.002 6 I 0.002 0.763 0.171 0.002 0.028 0.012 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 7 K 0.004 0.773 0.157 0.002 0.018 0.026 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 8 I 0.002 0.569 0.370 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 9 M 0.001 0.547 0.132 0.001 0.008 0.045 0.002 0.001 0.265 0.001 0.001 10 P 0.010 0.043 0.853 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 11 V 0.075 0.310 0.387 0.072 0.044 0.065 0.013 0.003 0.030 0.002 0.001 12 G 0.064 0.082 0.085 0.027 0.270 0.013 0.053 0.175 0.006 0.225 0.001 13 D 0.072 0.333 0.255 0.118 0.075 0.069 0.026 0.003 0.046 0.001 0.002 14 S 0.076 0.285 0.322 0.039 0.182 0.034 0.013 0.012 0.014 0.022 0.001 15 C 0.231 0.289 0.183 0.110 0.085 0.057 0.010 0.006 0.025 0.003 0.001 16 T 0.178 0.360 0.144 0.142 0.111 0.028 0.006 0.004 0.019 0.007 0.001 17 E 0.124 0.258 0.137 0.239 0.111 0.027 0.052 0.008 0.041 0.003 0.001 18 G 0.094 0.045 0.179 0.051 0.144 0.017 0.125 0.171 0.011 0.164 0.002 19 M 0.258 0.216 0.229 0.183 0.043 0.029 0.014 0.006 0.015 0.004 0.002 20 G 0.122 0.036 0.099 0.146 0.107 0.013 0.160 0.153 0.011 0.153 0.001 21 G 0.146 0.068 0.358 0.080 0.130 0.015 0.024 0.054 0.010 0.113 0.003 22 G 0.424 0.031 0.170 0.060 0.068 0.005 0.011 0.049 0.002 0.177 0.002 23 E 0.503 0.041 0.101 0.261 0.022 0.023 0.020 0.007 0.011 0.008 0.003 24 M 0.172 0.024 0.090 0.465 0.021 0.007 0.174 0.025 0.009 0.012 0.001 25 G 0.092 0.003 0.023 0.037 0.025 0.002 0.201 0.437 0.001 0.178 0.001 26 S 0.466 0.076 0.225 0.118 0.061 0.021 0.008 0.007 0.007 0.009 0.001 27 Y 0.488 0.087 0.150 0.119 0.031 0.064 0.020 0.005 0.028 0.006 0.001 28 R 0.887 0.014 0.047 0.028 0.001 0.015 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 29 T 0.965 0.003 0.011 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.978 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.968 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.974 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.980 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.977 0.004 0.005 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Q 0.920 0.012 0.015 0.046 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.372 0.005 0.057 0.562 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 G 0.007 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.177 0.797 0.001 0.006 0.001 40 L 0.011 0.153 0.762 0.011 0.010 0.040 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 41 S 0.034 0.207 0.552 0.053 0.024 0.094 0.015 0.006 0.013 0.001 0.002 42 I 0.045 0.642 0.190 0.013 0.064 0.024 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 43 D 0.317 0.301 0.150 0.122 0.021 0.053 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 44 F 0.058 0.519 0.202 0.043 0.107 0.036 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 45 V 0.081 0.485 0.257 0.076 0.021 0.029 0.004 0.001 0.045 0.001 0.001 46 G 0.031 0.029 0.073 0.020 0.235 0.005 0.067 0.163 0.007 0.368 0.001 47 S 0.314 0.092 0.316 0.172 0.050 0.020 0.012 0.007 0.005 0.008 0.003 48 Q 0.126 0.094 0.220 0.249 0.066 0.039 0.094 0.069 0.028 0.014 0.001 49 R 0.131 0.237 0.412 0.109 0.039 0.032 0.017 0.003 0.016 0.003 0.002 50 S 0.109 0.189 0.344 0.177 0.114 0.023 0.011 0.009 0.012 0.009 0.002 51 G 0.036 0.028 0.211 0.004 0.244 0.002 0.010 0.029 0.014 0.422 0.001 52 P 0.593 0.009 0.219 0.112 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 53 S 0.319 0.157 0.130 0.270 0.088 0.010 0.006 0.009 0.005 0.007 0.001 54 S 0.163 0.151 0.193 0.350 0.060 0.025 0.013 0.012 0.021 0.010 0.001 55 L 0.036 0.279 0.340 0.004 0.033 0.015 0.009 0.001 0.282 0.002 0.001 56 P 0.314 0.005 0.571 0.022 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 57 D 0.245 0.079 0.187 0.254 0.028 0.095 0.059 0.019 0.030 0.003 0.001 58 K 0.341 0.222 0.149 0.192 0.035 0.019 0.014 0.007 0.016 0.004 0.001 59 D 0.187 0.087 0.230 0.248 0.024 0.055 0.118 0.012 0.035 0.004 0.001 60 H 0.152 0.168 0.182 0.216 0.059 0.056 0.093 0.043 0.024 0.006 0.001 61 E 0.205 0.245 0.238 0.212 0.034 0.018 0.022 0.003 0.020 0.003 0.001 62 G 0.101 0.025 0.170 0.047 0.105 0.007 0.029 0.267 0.003 0.246 0.001 63 H 0.190 0.247 0.317 0.096 0.045 0.035 0.017 0.004 0.043 0.006 0.001 64 S 0.248 0.053 0.485 0.136 0.016 0.014 0.028 0.004 0.006 0.007 0.002 65 G 0.121 0.010 0.055 0.039 0.061 0.003 0.037 0.475 0.001 0.197 0.001 66 W 0.288 0.160 0.412 0.069 0.032 0.020 0.004 0.002 0.008 0.003 0.001 67 T 0.220 0.191 0.385 0.084 0.018 0.059 0.014 0.003 0.021 0.003 0.003 68 I 0.401 0.178 0.298 0.006 0.025 0.015 0.004 0.001 0.067 0.004 0.001 69 P 0.880 0.002 0.092 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 70 Q 0.907 0.011 0.016 0.035 0.006 0.007 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 71 I 0.930 0.011 0.011 0.038 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.938 0.011 0.013 0.027 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.810 0.014 0.020 0.133 0.012 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 74 N 0.369 0.039 0.087 0.287 0.017 0.058 0.081 0.009 0.053 0.001 0.001 75 I 0.780 0.038 0.032 0.108 0.002 0.018 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 76 N 0.685 0.031 0.051 0.169 0.006 0.026 0.021 0.002 0.007 0.002 0.001 77 N 0.507 0.022 0.033 0.285 0.013 0.019 0.091 0.014 0.015 0.002 0.001 78 W 0.641 0.034 0.069 0.194 0.008 0.018 0.019 0.005 0.011 0.001 0.001 79 L 0.623 0.099 0.113 0.117 0.009 0.018 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 80 N 0.458 0.062 0.115 0.223 0.017 0.051 0.049 0.006 0.014 0.006 0.001 81 T 0.565 0.133 0.095 0.143 0.018 0.022 0.007 0.004 0.013 0.001 0.001 82 H 0.311 0.228 0.090 0.231 0.064 0.028 0.014 0.010 0.021 0.003 0.001 83 N 0.023 0.096 0.075 0.026 0.014 0.056 0.169 0.001 0.537 0.001 0.001 84 P 0.084 0.012 0.815 0.006 0.009 0.017 0.001 0.002 0.001 0.002 0.052 85 D 0.413 0.003 0.010 0.565 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 V 0.001 0.811 0.025 0.002 0.157 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 87 V 0.004 0.902 0.046 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 88 F 0.003 0.619 0.294 0.001 0.006 0.045 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 89 L 0.013 0.660 0.109 0.003 0.021 0.125 0.002 0.001 0.067 0.001 0.001 90 W 0.031 0.420 0.257 0.009 0.018 0.194 0.003 0.001 0.067 0.001 0.001 91 I 0.085 0.368 0.215 0.077 0.062 0.091 0.040 0.002 0.056 0.002 0.002 92 G 0.159 0.110 0.250 0.028 0.204 0.024 0.047 0.068 0.007 0.100 0.002 93 G 0.552 0.099 0.086 0.087 0.069 0.025 0.022 0.024 0.011 0.024 0.001 94 N 0.632 0.057 0.077 0.102 0.023 0.048 0.031 0.009 0.015 0.006 0.001 95 D 0.670 0.062 0.050 0.111 0.013 0.045 0.024 0.004 0.018 0.001 0.001 96 L 0.810 0.051 0.034 0.071 0.008 0.011 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 97 L 0.677 0.080 0.065 0.124 0.014 0.016 0.011 0.002 0.008 0.001 0.001 98 L 0.545 0.089 0.069 0.228 0.011 0.017 0.020 0.003 0.017 0.001 0.001 99 N 0.103 0.008 0.031 0.237 0.009 0.019 0.536 0.039 0.011 0.006 0.001 100 G 0.209 0.030 0.078 0.098 0.047 0.010 0.132 0.269 0.004 0.121 0.001 101 N 0.262 0.122 0.191 0.198 0.026 0.078 0.073 0.005 0.039 0.003 0.002 102 L 0.563 0.067 0.175 0.104 0.022 0.024 0.022 0.010 0.007 0.005 0.002 103 N 0.375 0.161 0.169 0.112 0.051 0.054 0.022 0.006 0.039 0.010 0.001 104 A 0.828 0.021 0.044 0.074 0.006 0.013 0.006 0.002 0.004 0.002 0.001 105 T 0.822 0.015 0.037 0.105 0.007 0.004 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 106 G 0.817 0.004 0.022 0.054 0.014 0.006 0.017 0.035 0.005 0.026 0.001 107 L 0.985 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 S 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 N 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 I 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 F 0.973 0.004 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 T 0.933 0.015 0.006 0.041 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 V 0.628 0.030 0.029 0.300 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 118 K 0.046 0.123 0.137 0.003 0.010 0.009 0.013 0.001 0.657 0.001 0.001 119 P 0.535 0.001 0.386 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 120 N 0.038 0.004 0.012 0.723 0.004 0.013 0.109 0.090 0.006 0.001 0.001 121 V 0.001 0.322 0.609 0.001 0.016 0.027 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 122 T 0.069 0.300 0.528 0.031 0.002 0.056 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 123 L 0.001 0.928 0.036 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 124 F 0.002 0.855 0.083 0.001 0.004 0.030 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 125 V 0.005 0.637 0.182 0.005 0.008 0.091 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 126 A 0.032 0.423 0.148 0.022 0.259 0.052 0.011 0.001 0.046 0.006 0.001 127 D 0.080 0.157 0.369 0.075 0.098 0.130 0.028 0.004 0.045 0.006 0.009 128 Y 0.260 0.132 0.167 0.324 0.019 0.051 0.017 0.003 0.021 0.002 0.004 129 Y 0.066 0.236 0.379 0.017 0.035 0.063 0.049 0.002 0.149 0.003 0.001 130 P 0.161 0.016 0.600 0.061 0.001 0.106 0.008 0.002 0.008 0.001 0.035 131 W 0.053 0.109 0.660 0.009 0.024 0.051 0.006 0.001 0.078 0.008 0.001 132 P 0.930 0.002 0.047 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 133 E 0.916 0.002 0.010 0.052 0.002 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 134 A 0.914 0.003 0.008 0.061 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 135 I 0.978 0.002 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 K 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 Q 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Y 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 N 0.983 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 A 0.983 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 V 0.845 0.002 0.005 0.146 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 I 0.708 0.030 0.142 0.014 0.003 0.010 0.005 0.001 0.087 0.002 0.001 143 P 0.930 0.001 0.056 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 144 G 0.889 0.002 0.007 0.021 0.006 0.001 0.007 0.060 0.001 0.008 0.001 145 I 0.956 0.004 0.011 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 V 0.962 0.010 0.014 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.985 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 Q 0.979 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.974 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 A 0.938 0.009 0.017 0.025 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 151 N 0.845 0.009 0.015 0.107 0.003 0.005 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 152 A 0.506 0.011 0.042 0.430 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 153 G 0.040 0.002 0.013 0.044 0.007 0.002 0.212 0.650 0.002 0.027 0.001 154 K 0.104 0.175 0.449 0.113 0.027 0.056 0.047 0.003 0.023 0.003 0.001 155 K 0.046 0.442 0.410 0.019 0.028 0.033 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 156 V 0.076 0.423 0.409 0.017 0.011 0.044 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 157 Y 0.061 0.601 0.160 0.040 0.073 0.026 0.006 0.001 0.032 0.001 0.001 158 F 0.030 0.530 0.322 0.008 0.042 0.043 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 159 V 0.072 0.517 0.313 0.013 0.022 0.039 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 160 K 0.063 0.554 0.225 0.014 0.051 0.048 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 161 L 0.269 0.329 0.223 0.041 0.033 0.059 0.009 0.002 0.033 0.002 0.001 162 S 0.427 0.223 0.139 0.090 0.065 0.024 0.011 0.004 0.012 0.005 0.001 163 E 0.419 0.202 0.125 0.080 0.102 0.021 0.021 0.005 0.020 0.004 0.001 164 I 0.309 0.227 0.190 0.161 0.050 0.026 0.011 0.003 0.021 0.001 0.001 165 Q 0.287 0.250 0.163 0.153 0.023 0.061 0.020 0.002 0.039 0.002 0.001 166 F 0.193 0.275 0.177 0.121 0.113 0.034 0.026 0.007 0.039 0.015 0.001 167 D 0.163 0.095 0.223 0.149 0.028 0.178 0.076 0.007 0.073 0.004 0.005 168 R 0.388 0.143 0.158 0.213 0.025 0.031 0.017 0.005 0.017 0.002 0.001 169 N 0.260 0.093 0.196 0.228 0.026 0.074 0.069 0.015 0.033 0.005 0.001 170 T 0.448 0.166 0.137 0.165 0.041 0.014 0.010 0.005 0.011 0.004 0.001 171 D 0.282 0.116 0.157 0.175 0.049 0.067 0.081 0.019 0.049 0.005 0.001 172 I 0.195 0.269 0.244 0.165 0.030 0.046 0.009 0.002 0.038 0.001 0.001 173 S 0.207 0.272 0.282 0.091 0.087 0.022 0.009 0.006 0.013 0.010 0.001 174 W 0.256 0.198 0.202 0.142 0.075 0.038 0.023 0.013 0.035 0.018 0.001 175 D 0.101 0.109 0.201 0.245 0.038 0.072 0.153 0.008 0.067 0.004 0.001 176 G 0.137 0.032 0.064 0.156 0.068 0.017 0.256 0.229 0.008 0.033 0.002 177 L 0.111 0.349 0.337 0.093 0.034 0.043 0.009 0.003 0.018 0.002 0.001 178 H 0.016 0.350 0.364 0.012 0.072 0.058 0.022 0.001 0.098 0.005 0.001 179 L 0.390 0.029 0.383 0.080 0.004 0.096 0.005 0.001 0.007 0.001 0.005 180 S 0.153 0.082 0.528 0.063 0.079 0.053 0.003 0.003 0.024 0.010 0.001 181 E 0.970 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 I 0.965 0.001 0.004 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 G 0.973 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.007 0.001 184 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 I 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 W 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 193 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 Y 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 195 T 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 196 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 197 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 198 I 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 199 L 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 200 R 0.989 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 201 A 0.953 0.001 0.004 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 202 L 0.811 0.008 0.023 0.150 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 203 A 0.557 0.020 0.182 0.209 0.004 0.009 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 204 G 0.135 0.006 0.043 0.106 0.017 0.003 0.081 0.523 0.004 0.081 0.001 205 E 0.250 0.080 0.504 0.073 0.016 0.037 0.016 0.005 0.012 0.006 0.001