# TARGET T0286 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.458 0.247 0.149 0.107 0.035 0.006 0.001 2 A 0.467 0.316 0.134 0.066 0.016 0.002 0.001 3 S 0.562 0.303 0.091 0.034 0.010 0.001 0.001 4 K 0.092 0.288 0.313 0.245 0.058 0.005 0.001 5 T 0.040 0.388 0.359 0.174 0.035 0.004 0.001 6 I 0.001 0.001 0.007 0.068 0.343 0.525 0.055 7 K 0.001 0.001 0.009 0.069 0.298 0.525 0.098 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.283 0.696 9 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.135 0.855 10 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.114 0.871 11 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.095 0.893 12 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.206 0.751 13 D 0.001 0.001 0.002 0.010 0.055 0.271 0.661 14 S 0.001 0.002 0.005 0.018 0.069 0.251 0.655 15 C 0.001 0.003 0.009 0.023 0.057 0.269 0.639 16 T 0.002 0.004 0.010 0.037 0.103 0.345 0.499 17 E 0.003 0.009 0.024 0.073 0.160 0.360 0.371 18 G 0.012 0.028 0.048 0.095 0.229 0.374 0.215 19 M 0.021 0.066 0.126 0.209 0.251 0.241 0.086 20 G 0.057 0.152 0.181 0.248 0.213 0.123 0.026 21 G 0.062 0.132 0.184 0.253 0.237 0.111 0.020 22 G 0.286 0.286 0.210 0.141 0.056 0.018 0.003 23 E 0.519 0.270 0.124 0.058 0.021 0.006 0.002 24 M 0.462 0.267 0.131 0.073 0.041 0.020 0.005 25 G 0.170 0.220 0.212 0.213 0.127 0.051 0.007 26 S 0.062 0.100 0.144 0.213 0.232 0.199 0.049 27 Y 0.020 0.042 0.064 0.146 0.259 0.353 0.115 28 R 0.012 0.040 0.092 0.193 0.296 0.297 0.070 29 T 0.066 0.193 0.263 0.240 0.143 0.080 0.017 30 E 0.027 0.130 0.231 0.290 0.206 0.096 0.019 31 L 0.003 0.006 0.013 0.058 0.259 0.561 0.100 32 Y 0.006 0.045 0.140 0.340 0.328 0.133 0.009 33 R 0.083 0.450 0.250 0.119 0.066 0.030 0.003 34 L 0.008 0.079 0.303 0.426 0.154 0.029 0.001 35 L 0.005 0.018 0.051 0.238 0.475 0.207 0.006 36 T 0.160 0.407 0.273 0.121 0.033 0.005 0.001 37 Q 0.646 0.271 0.059 0.019 0.004 0.001 0.001 38 A 0.365 0.371 0.191 0.061 0.011 0.002 0.001 39 G 0.427 0.337 0.148 0.063 0.021 0.003 0.001 40 L 0.085 0.151 0.228 0.321 0.182 0.032 0.001 41 S 0.200 0.392 0.262 0.114 0.027 0.004 0.001 42 I 0.032 0.062 0.117 0.266 0.350 0.159 0.014 43 D 0.042 0.158 0.246 0.280 0.187 0.078 0.009 44 F 0.012 0.022 0.053 0.149 0.292 0.368 0.105 45 V 0.017 0.037 0.064 0.127 0.234 0.364 0.157 46 G 0.031 0.059 0.100 0.168 0.222 0.296 0.125 47 S 0.038 0.075 0.110 0.179 0.240 0.253 0.104 48 Q 0.096 0.163 0.185 0.199 0.179 0.133 0.045 49 R 0.110 0.149 0.170 0.213 0.187 0.127 0.045 50 S 0.215 0.236 0.197 0.159 0.107 0.067 0.018 51 G 0.217 0.189 0.165 0.185 0.140 0.081 0.022 52 P 0.306 0.262 0.176 0.125 0.076 0.043 0.011 53 S 0.168 0.172 0.192 0.205 0.156 0.085 0.021 54 S 0.338 0.234 0.153 0.126 0.084 0.051 0.013 55 L 0.200 0.195 0.181 0.171 0.134 0.092 0.027 56 P 0.272 0.223 0.177 0.153 0.103 0.058 0.014 57 D 0.187 0.188 0.162 0.170 0.147 0.112 0.034 58 K 0.182 0.158 0.182 0.195 0.156 0.102 0.025 59 D 0.302 0.235 0.157 0.132 0.096 0.061 0.016 60 H 0.173 0.145 0.152 0.175 0.171 0.142 0.041 61 E 0.193 0.158 0.159 0.186 0.162 0.112 0.030 62 G 0.299 0.212 0.147 0.125 0.103 0.084 0.030 63 H 0.191 0.142 0.145 0.174 0.166 0.135 0.047 64 S 0.246 0.153 0.134 0.147 0.147 0.131 0.041 65 G 0.252 0.187 0.152 0.151 0.123 0.099 0.036 66 W 0.208 0.150 0.140 0.163 0.165 0.132 0.042 67 T 0.188 0.187 0.160 0.168 0.150 0.112 0.034 68 I 0.160 0.161 0.162 0.189 0.168 0.123 0.037 69 P 0.251 0.230 0.170 0.154 0.108 0.068 0.019 70 Q 0.237 0.213 0.178 0.155 0.118 0.076 0.023 71 I 0.113 0.112 0.135 0.195 0.222 0.174 0.049 72 A 0.193 0.190 0.177 0.179 0.143 0.093 0.025 73 S 0.302 0.260 0.176 0.127 0.075 0.047 0.013 74 N 0.172 0.199 0.176 0.188 0.151 0.092 0.022 75 I 0.087 0.108 0.131 0.182 0.222 0.212 0.058 76 N 0.133 0.149 0.166 0.224 0.194 0.109 0.025 77 N 0.227 0.278 0.202 0.152 0.087 0.044 0.010 78 W 0.079 0.129 0.166 0.246 0.226 0.128 0.025 79 L 0.045 0.067 0.100 0.185 0.283 0.255 0.065 80 N 0.097 0.193 0.230 0.249 0.153 0.067 0.011 81 T 0.130 0.241 0.215 0.212 0.144 0.053 0.006 82 H 0.040 0.137 0.187 0.289 0.243 0.097 0.007 83 N 0.032 0.203 0.298 0.274 0.150 0.041 0.002 84 P 0.001 0.008 0.036 0.154 0.387 0.382 0.031 85 D 0.001 0.010 0.062 0.259 0.396 0.254 0.019 86 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.072 0.515 0.406 87 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.151 0.842 88 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.954 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.972 90 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.952 91 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.061 0.934 92 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.140 0.840 93 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.158 0.809 94 N 0.001 0.001 0.003 0.011 0.052 0.298 0.634 95 D 0.001 0.002 0.006 0.024 0.107 0.453 0.406 96 L 0.002 0.005 0.015 0.051 0.144 0.466 0.316 97 L 0.006 0.024 0.063 0.156 0.276 0.379 0.097 98 L 0.019 0.071 0.136 0.238 0.316 0.185 0.035 99 N 0.118 0.274 0.301 0.200 0.079 0.023 0.004 100 G 0.140 0.263 0.255 0.206 0.101 0.032 0.005 101 N 0.408 0.307 0.157 0.081 0.033 0.012 0.002 102 L 0.248 0.287 0.229 0.137 0.069 0.025 0.004 103 N 0.038 0.073 0.136 0.250 0.296 0.186 0.021 104 A 0.068 0.193 0.260 0.259 0.160 0.053 0.006 105 T 0.302 0.373 0.182 0.088 0.037 0.015 0.002 106 G 0.050 0.128 0.212 0.260 0.213 0.115 0.022 107 L 0.012 0.023 0.053 0.160 0.328 0.358 0.065 108 S 0.067 0.233 0.322 0.244 0.102 0.028 0.003 109 N 0.071 0.213 0.275 0.247 0.136 0.054 0.004 110 L 0.008 0.015 0.021 0.069 0.249 0.528 0.109 111 I 0.006 0.016 0.057 0.206 0.376 0.305 0.035 112 D 0.076 0.289 0.300 0.202 0.094 0.035 0.003 113 Q 0.032 0.107 0.216 0.332 0.232 0.076 0.006 114 I 0.010 0.021 0.042 0.138 0.346 0.389 0.054 115 F 0.066 0.151 0.221 0.280 0.193 0.080 0.010 116 T 0.329 0.359 0.155 0.095 0.043 0.017 0.003 117 V 0.257 0.307 0.217 0.147 0.056 0.015 0.002 118 K 0.229 0.219 0.211 0.198 0.113 0.027 0.002 119 P 0.451 0.301 0.146 0.074 0.024 0.005 0.001 120 N 0.300 0.409 0.196 0.076 0.016 0.002 0.001 121 V 0.013 0.054 0.115 0.303 0.366 0.140 0.009 122 T 0.004 0.036 0.108 0.264 0.347 0.213 0.028 123 L 0.001 0.001 0.005 0.023 0.097 0.446 0.427 124 F 0.001 0.002 0.007 0.026 0.094 0.378 0.492 125 V 0.001 0.003 0.008 0.020 0.059 0.297 0.612 126 A 0.002 0.005 0.012 0.037 0.099 0.347 0.497 127 D 0.004 0.016 0.044 0.113 0.225 0.384 0.214 128 Y 0.006 0.018 0.036 0.102 0.253 0.414 0.172 129 Y 0.024 0.073 0.129 0.207 0.276 0.235 0.055 130 P 0.063 0.105 0.152 0.218 0.234 0.192 0.036 131 W 0.141 0.210 0.198 0.221 0.158 0.065 0.008 132 P 0.266 0.269 0.198 0.151 0.081 0.030 0.004 133 E 0.446 0.264 0.150 0.081 0.038 0.018 0.004 134 A 0.366 0.259 0.163 0.121 0.063 0.025 0.005 135 I 0.207 0.214 0.210 0.183 0.124 0.054 0.008 136 K 0.342 0.245 0.167 0.136 0.074 0.030 0.005 137 Q 0.286 0.317 0.196 0.117 0.056 0.023 0.005 138 Y 0.076 0.124 0.171 0.257 0.240 0.116 0.015 139 N 0.079 0.167 0.237 0.262 0.175 0.071 0.008 140 A 0.261 0.349 0.211 0.112 0.046 0.018 0.002 141 V 0.054 0.133 0.189 0.257 0.233 0.121 0.013 142 I 0.011 0.031 0.075 0.203 0.363 0.285 0.031 143 P 0.113 0.305 0.302 0.183 0.071 0.024 0.003 144 G 0.131 0.311 0.297 0.177 0.065 0.017 0.001 145 I 0.025 0.042 0.064 0.170 0.363 0.310 0.027 146 V 0.017 0.054 0.144 0.310 0.331 0.135 0.008 147 Q 0.193 0.434 0.236 0.100 0.029 0.008 0.001 148 Q 0.120 0.280 0.300 0.207 0.077 0.016 0.001 149 K 0.043 0.074 0.120 0.268 0.333 0.155 0.007 150 A 0.127 0.218 0.257 0.245 0.121 0.031 0.002 151 N 0.550 0.323 0.090 0.030 0.007 0.001 0.001 152 A 0.388 0.299 0.174 0.098 0.034 0.008 0.001 153 G 0.294 0.232 0.200 0.166 0.085 0.021 0.002 154 K 0.441 0.282 0.148 0.085 0.034 0.009 0.001 155 K 0.277 0.251 0.199 0.166 0.081 0.023 0.003 156 V 0.205 0.224 0.203 0.189 0.121 0.051 0.006 157 Y 0.062 0.083 0.117 0.203 0.281 0.216 0.039 158 F 0.051 0.076 0.117 0.214 0.263 0.225 0.053 159 V 0.071 0.086 0.120 0.184 0.225 0.240 0.074 160 K 0.050 0.067 0.098 0.177 0.250 0.267 0.091 161 L 0.046 0.055 0.076 0.134 0.225 0.331 0.133 162 S 0.063 0.071 0.097 0.178 0.241 0.255 0.095 163 E 0.132 0.178 0.181 0.187 0.158 0.123 0.041 164 I 0.118 0.145 0.147 0.184 0.194 0.160 0.051 165 Q 0.112 0.115 0.127 0.186 0.202 0.192 0.067 166 F 0.216 0.181 0.153 0.165 0.140 0.109 0.035 167 D 0.257 0.227 0.174 0.153 0.109 0.061 0.019 168 R 0.183 0.162 0.160 0.190 0.168 0.105 0.033 169 N 0.288 0.226 0.180 0.141 0.093 0.055 0.017 170 T 0.242 0.204 0.162 0.163 0.120 0.079 0.028 171 D 0.162 0.189 0.175 0.189 0.150 0.099 0.037 172 I 0.130 0.125 0.146 0.180 0.201 0.166 0.051 173 S 0.113 0.137 0.143 0.171 0.191 0.182 0.061 174 W 0.129 0.129 0.138 0.197 0.201 0.156 0.050 175 D 0.188 0.200 0.194 0.174 0.134 0.087 0.023 176 G 0.166 0.158 0.156 0.193 0.170 0.118 0.040 177 L 0.093 0.118 0.130 0.182 0.191 0.195 0.091 178 H 0.090 0.078 0.088 0.122 0.189 0.285 0.150 179 L 0.064 0.091 0.126 0.209 0.231 0.192 0.087 180 S 0.112 0.220 0.215 0.203 0.137 0.082 0.031 181 E 0.093 0.235 0.265 0.218 0.128 0.049 0.012 182 I 0.132 0.319 0.239 0.187 0.087 0.030 0.005 183 G 0.011 0.039 0.087 0.195 0.326 0.282 0.060 184 Y 0.003 0.013 0.034 0.124 0.321 0.414 0.089 185 K 0.012 0.154 0.318 0.331 0.146 0.035 0.004 186 K 0.005 0.050 0.204 0.402 0.259 0.074 0.005 187 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.113 0.708 0.164 188 A 0.001 0.002 0.011 0.097 0.357 0.482 0.052 189 N 0.002 0.099 0.372 0.370 0.131 0.026 0.001 190 I 0.001 0.007 0.071 0.407 0.419 0.093 0.003 191 W 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.663 0.278 192 Y 0.001 0.004 0.031 0.203 0.472 0.278 0.012 193 K 0.005 0.197 0.449 0.281 0.061 0.007 0.001 194 Y 0.001 0.005 0.052 0.368 0.449 0.123 0.003 195 T 0.001 0.004 0.004 0.018 0.185 0.688 0.101 196 I 0.017 0.141 0.331 0.355 0.135 0.019 0.001 197 D 0.096 0.478 0.303 0.105 0.016 0.001 0.001 198 I 0.016 0.052 0.174 0.389 0.308 0.059 0.001 199 L 0.059 0.118 0.190 0.316 0.264 0.051 0.001 200 R 0.441 0.400 0.122 0.031 0.005 0.001 0.001 201 A 0.510 0.336 0.111 0.035 0.006 0.001 0.001 202 L 0.239 0.261 0.242 0.176 0.072 0.011 0.001 203 A 0.400 0.305 0.183 0.088 0.022 0.002 0.001 204 G 0.739 0.192 0.050 0.016 0.003 0.001 0.001 205 E 0.784 0.165 0.036 0.011 0.003 0.001 0.001