# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1642 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.311 0.004 0.002 0.007 0.030 0.018 0.064 0.009 0.001 0.094 0.460 2 A 0.091 0.002 0.001 0.005 0.005 0.007 0.085 0.002 0.001 0.033 0.770 3 S 0.016 0.001 0.001 0.010 0.003 0.006 0.090 0.001 0.001 0.016 0.857 4 K 0.008 0.001 0.001 0.021 0.044 0.026 0.144 0.003 0.001 0.026 0.728 5 T 0.008 0.001 0.001 0.083 0.029 0.028 0.140 0.002 0.001 0.023 0.686 6 I 0.003 0.001 0.001 0.298 0.062 0.041 0.077 0.001 0.001 0.040 0.477 7 K 0.001 0.001 0.001 0.765 0.047 0.040 0.022 0.001 0.001 0.022 0.101 8 I 0.001 0.001 0.001 0.705 0.033 0.028 0.026 0.001 0.001 0.017 0.189 9 M 0.001 0.001 0.001 0.920 0.028 0.013 0.007 0.001 0.001 0.007 0.024 10 P 0.008 0.001 0.001 0.804 0.016 0.031 0.024 0.001 0.001 0.024 0.091 11 V 0.042 0.004 0.001 0.534 0.022 0.052 0.068 0.002 0.001 0.039 0.235 12 G 0.045 0.007 0.001 0.215 0.012 0.032 0.147 0.003 0.001 0.087 0.450 13 D 0.024 0.020 0.003 0.148 0.035 0.065 0.174 0.005 0.002 0.163 0.361 14 S 0.106 0.025 0.005 0.109 0.040 0.058 0.172 0.006 0.003 0.123 0.352 15 C 0.059 0.014 0.004 0.083 0.070 0.076 0.128 0.007 0.001 0.107 0.450 16 T 0.086 0.015 0.002 0.042 0.026 0.058 0.174 0.004 0.001 0.103 0.489 17 E 0.054 0.007 0.003 0.056 0.023 0.056 0.160 0.007 0.001 0.108 0.524 18 G 0.093 0.014 0.002 0.036 0.014 0.035 0.197 0.004 0.001 0.077 0.528 19 M 0.052 0.008 0.001 0.028 0.022 0.046 0.186 0.005 0.001 0.072 0.580 20 G 0.062 0.018 0.001 0.032 0.018 0.035 0.180 0.003 0.001 0.070 0.580 21 G 0.032 0.010 0.003 0.026 0.021 0.041 0.191 0.006 0.002 0.067 0.603 22 G 0.169 0.023 0.003 0.019 0.014 0.020 0.144 0.007 0.002 0.077 0.522 23 E 0.160 0.028 0.002 0.014 0.010 0.016 0.132 0.009 0.001 0.079 0.550 24 M 0.117 0.042 0.001 0.010 0.004 0.011 0.132 0.004 0.001 0.045 0.635 25 G 0.032 0.021 0.001 0.017 0.011 0.019 0.134 0.002 0.001 0.201 0.562 26 S 0.008 0.237 0.001 0.011 0.018 0.022 0.112 0.004 0.001 0.095 0.491 27 Y 0.026 0.828 0.001 0.001 0.004 0.004 0.016 0.009 0.001 0.015 0.094 28 R 0.011 0.916 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.012 0.045 29 T 0.009 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.012 0.027 30 E 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.011 31 L 0.010 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.005 0.014 32 Y 0.011 0.204 0.001 0.003 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.723 0.042 33 R 0.004 0.787 0.014 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.004 0.106 0.065 34 L 0.090 0.579 0.073 0.002 0.001 0.002 0.019 0.032 0.019 0.095 0.088 35 L 0.099 0.133 0.209 0.002 0.001 0.003 0.023 0.024 0.225 0.097 0.185 36 T 0.464 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.003 0.001 0.015 0.463 37 Q 0.058 0.005 0.009 0.004 0.001 0.002 0.039 0.002 0.005 0.044 0.832 38 A 0.042 0.003 0.002 0.005 0.001 0.003 0.112 0.001 0.001 0.021 0.809 39 G 0.018 0.002 0.001 0.007 0.002 0.003 0.081 0.001 0.001 0.016 0.870 40 L 0.015 0.003 0.001 0.016 0.023 0.011 0.181 0.005 0.001 0.040 0.705 41 S 0.013 0.006 0.001 0.138 0.018 0.039 0.159 0.005 0.001 0.065 0.557 42 I 0.010 0.003 0.001 0.184 0.051 0.055 0.125 0.002 0.001 0.042 0.527 43 D 0.008 0.003 0.001 0.576 0.058 0.065 0.061 0.001 0.001 0.037 0.189 44 F 0.019 0.006 0.002 0.394 0.033 0.058 0.071 0.002 0.001 0.052 0.361 45 V 0.068 0.012 0.002 0.344 0.029 0.038 0.098 0.008 0.001 0.067 0.333 46 G 0.072 0.010 0.003 0.184 0.018 0.034 0.127 0.005 0.002 0.105 0.440 47 S 0.031 0.004 0.002 0.138 0.026 0.059 0.150 0.003 0.001 0.073 0.513 48 Q 0.076 0.004 0.002 0.091 0.046 0.073 0.133 0.003 0.001 0.082 0.490 49 R 0.046 0.004 0.002 0.053 0.030 0.041 0.164 0.002 0.001 0.078 0.580 50 S 0.037 0.003 0.001 0.032 0.015 0.029 0.179 0.005 0.001 0.051 0.647 51 G 0.095 0.011 0.001 0.028 0.017 0.033 0.175 0.012 0.001 0.094 0.532 52 P 0.056 0.004 0.001 0.033 0.014 0.028 0.191 0.003 0.001 0.090 0.580 53 S 0.016 0.004 0.001 0.071 0.027 0.066 0.204 0.002 0.001 0.072 0.536 54 S 0.025 0.004 0.002 0.065 0.021 0.039 0.161 0.002 0.001 0.065 0.615 55 L 0.246 0.009 0.001 0.041 0.022 0.023 0.156 0.008 0.001 0.127 0.364 56 P 0.050 0.004 0.001 0.030 0.006 0.013 0.195 0.004 0.001 0.076 0.622 57 D 0.046 0.007 0.001 0.026 0.007 0.019 0.186 0.003 0.001 0.050 0.654 58 K 0.052 0.006 0.001 0.037 0.021 0.041 0.206 0.006 0.001 0.100 0.530 59 D 0.042 0.009 0.001 0.043 0.017 0.038 0.194 0.004 0.001 0.108 0.544 60 H 0.084 0.013 0.002 0.077 0.038 0.071 0.153 0.004 0.001 0.159 0.399 61 E 0.026 0.004 0.002 0.046 0.029 0.059 0.197 0.002 0.001 0.075 0.559 62 G 0.039 0.004 0.001 0.047 0.038 0.087 0.172 0.005 0.001 0.081 0.525 63 H 0.137 0.007 0.001 0.044 0.018 0.037 0.152 0.004 0.001 0.141 0.458 64 S 0.041 0.008 0.001 0.037 0.025 0.069 0.175 0.008 0.001 0.083 0.554 65 G 0.057 0.006 0.001 0.015 0.023 0.036 0.131 0.001 0.001 0.035 0.694 66 W 0.004 0.003 0.001 0.028 0.081 0.080 0.191 0.003 0.001 0.019 0.590 67 T 0.052 0.158 0.001 0.016 0.019 0.023 0.100 0.006 0.001 0.018 0.605 68 I 0.318 0.346 0.003 0.006 0.010 0.010 0.038 0.070 0.001 0.023 0.175 69 P 0.128 0.237 0.003 0.011 0.004 0.007 0.073 0.008 0.001 0.087 0.441 70 Q 0.030 0.358 0.014 0.018 0.008 0.016 0.073 0.004 0.003 0.144 0.331 71 I 0.125 0.607 0.004 0.006 0.006 0.007 0.034 0.020 0.001 0.038 0.153 72 A 0.132 0.250 0.006 0.011 0.005 0.006 0.039 0.009 0.002 0.272 0.266 73 S 0.019 0.208 0.004 0.010 0.004 0.007 0.074 0.003 0.001 0.360 0.309 74 N 0.016 0.750 0.003 0.003 0.002 0.004 0.023 0.007 0.001 0.061 0.131 75 I 0.023 0.890 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.001 0.004 0.038 76 N 0.100 0.534 0.001 0.003 0.001 0.002 0.021 0.008 0.001 0.131 0.197 77 N 0.020 0.339 0.019 0.003 0.001 0.002 0.031 0.005 0.009 0.394 0.178 78 W 0.192 0.400 0.051 0.003 0.001 0.002 0.048 0.058 0.016 0.108 0.121 79 L 0.248 0.151 0.065 0.007 0.001 0.003 0.042 0.054 0.056 0.065 0.308 80 N 0.288 0.014 0.001 0.002 0.001 0.002 0.099 0.002 0.001 0.027 0.562 81 T 0.016 0.004 0.002 0.015 0.001 0.006 0.134 0.001 0.001 0.039 0.780 82 H 0.053 0.006 0.008 0.020 0.002 0.004 0.215 0.003 0.003 0.060 0.627 83 N 0.102 0.005 0.002 0.041 0.008 0.013 0.236 0.007 0.002 0.085 0.500 84 P 0.026 0.003 0.001 0.033 0.003 0.004 0.166 0.001 0.001 0.042 0.720 85 D 0.004 0.002 0.001 0.371 0.036 0.044 0.133 0.002 0.001 0.073 0.334 86 V 0.001 0.001 0.001 0.530 0.020 0.036 0.064 0.001 0.001 0.083 0.264 87 V 0.001 0.001 0.001 0.849 0.043 0.038 0.007 0.001 0.001 0.040 0.023 88 F 0.001 0.001 0.001 0.844 0.031 0.044 0.008 0.001 0.001 0.026 0.048 89 L 0.001 0.001 0.001 0.788 0.067 0.063 0.009 0.001 0.001 0.019 0.052 90 W 0.003 0.001 0.001 0.597 0.063 0.129 0.036 0.001 0.001 0.049 0.123 91 I 0.004 0.002 0.001 0.354 0.062 0.153 0.108 0.001 0.001 0.050 0.262 92 G 0.321 0.045 0.004 0.083 0.055 0.073 0.106 0.008 0.009 0.071 0.225 93 G 0.288 0.036 0.006 0.029 0.023 0.029 0.130 0.010 0.004 0.084 0.358 94 N 0.048 0.024 0.001 0.012 0.015 0.037 0.133 0.010 0.001 0.033 0.685 95 D 0.234 0.044 0.002 0.019 0.018 0.040 0.112 0.008 0.001 0.064 0.457 96 L 0.050 0.018 0.001 0.015 0.040 0.056 0.163 0.003 0.001 0.060 0.591 97 L 0.017 0.014 0.002 0.014 0.030 0.053 0.127 0.001 0.001 0.029 0.712 98 L 0.038 0.078 0.002 0.015 0.030 0.034 0.152 0.010 0.001 0.044 0.596 99 N 0.165 0.444 0.002 0.004 0.005 0.005 0.064 0.010 0.001 0.069 0.231 100 G 0.065 0.693 0.002 0.003 0.002 0.004 0.028 0.011 0.001 0.034 0.158 101 N 0.072 0.261 0.002 0.007 0.004 0.008 0.049 0.004 0.001 0.326 0.267 102 L 0.012 0.384 0.007 0.007 0.009 0.009 0.038 0.004 0.001 0.392 0.137 103 N 0.036 0.840 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.011 0.001 0.019 0.075 104 A 0.052 0.422 0.004 0.004 0.002 0.003 0.014 0.005 0.001 0.391 0.102 105 T 0.011 0.363 0.002 0.002 0.001 0.002 0.029 0.002 0.001 0.471 0.117 106 G 0.008 0.817 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.110 0.046 107 L 0.005 0.955 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.012 0.016 108 S 0.013 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.042 0.035 109 N 0.002 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.035 0.023 110 L 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.004 111 I 0.013 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.020 0.010 112 D 0.019 0.506 0.004 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.386 0.065 113 Q 0.038 0.417 0.026 0.003 0.001 0.001 0.043 0.018 0.007 0.365 0.082 114 I 0.145 0.349 0.059 0.008 0.001 0.002 0.043 0.098 0.023 0.154 0.118 115 F 0.227 0.052 0.006 0.012 0.003 0.006 0.093 0.005 0.006 0.085 0.506 116 T 0.018 0.005 0.002 0.005 0.002 0.006 0.108 0.001 0.002 0.033 0.818 117 V 0.039 0.003 0.007 0.016 0.002 0.004 0.145 0.004 0.004 0.064 0.712 118 K 0.594 0.003 0.004 0.011 0.001 0.002 0.078 0.006 0.004 0.093 0.203 119 P 0.062 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.101 0.001 0.001 0.019 0.803 120 N 0.004 0.001 0.001 0.021 0.003 0.005 0.149 0.003 0.001 0.012 0.804 121 V 0.007 0.003 0.001 0.311 0.016 0.011 0.115 0.001 0.001 0.063 0.473 122 T 0.001 0.001 0.001 0.885 0.019 0.018 0.011 0.001 0.001 0.028 0.037 123 L 0.001 0.001 0.001 0.791 0.021 0.017 0.015 0.001 0.001 0.024 0.131 124 F 0.001 0.001 0.001 0.944 0.019 0.011 0.005 0.001 0.001 0.005 0.015 125 V 0.004 0.001 0.001 0.872 0.007 0.019 0.018 0.001 0.001 0.023 0.056 126 A 0.015 0.001 0.001 0.692 0.010 0.031 0.060 0.001 0.001 0.031 0.159 127 D 0.008 0.001 0.001 0.273 0.011 0.070 0.188 0.001 0.001 0.035 0.411 128 Y 0.052 0.005 0.001 0.086 0.026 0.037 0.196 0.001 0.001 0.047 0.549 129 Y 0.018 0.003 0.001 0.029 0.068 0.055 0.211 0.003 0.001 0.057 0.553 130 P 0.010 0.010 0.001 0.005 0.005 0.006 0.115 0.002 0.001 0.017 0.828 131 W 0.276 0.162 0.003 0.003 0.009 0.010 0.078 0.058 0.002 0.042 0.359 132 P 0.282 0.390 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.009 0.001 0.039 0.242 133 E 0.072 0.443 0.006 0.003 0.004 0.010 0.055 0.007 0.002 0.031 0.367 134 A 0.069 0.620 0.004 0.003 0.007 0.010 0.031 0.006 0.001 0.023 0.225 135 I 0.152 0.430 0.003 0.005 0.017 0.015 0.039 0.014 0.001 0.114 0.210 136 K 0.054 0.637 0.004 0.006 0.009 0.012 0.040 0.007 0.002 0.056 0.173 137 Q 0.091 0.525 0.015 0.009 0.010 0.020 0.047 0.013 0.004 0.035 0.231 138 Y 0.130 0.518 0.006 0.009 0.010 0.016 0.039 0.020 0.002 0.038 0.213 139 N 0.214 0.114 0.003 0.011 0.009 0.016 0.085 0.005 0.001 0.170 0.371 140 A 0.023 0.136 0.007 0.029 0.007 0.011 0.108 0.003 0.002 0.171 0.503 141 V 0.018 0.604 0.004 0.004 0.003 0.005 0.045 0.008 0.001 0.050 0.259 142 I 0.017 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.018 0.044 143 P 0.014 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.017 0.030 144 G 0.010 0.881 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.071 0.026 145 I 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.010 146 V 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 147 Q 0.012 0.767 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.173 0.037 148 Q 0.009 0.511 0.013 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.004 0.395 0.051 149 K 0.054 0.235 0.269 0.001 0.001 0.001 0.022 0.036 0.133 0.191 0.059 150 A 0.413 0.038 0.102 0.001 0.001 0.001 0.024 0.026 0.120 0.052 0.222 151 N 0.234 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.021 0.685 152 A 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.071 0.001 0.001 0.014 0.893 153 G 0.022 0.002 0.002 0.011 0.001 0.002 0.136 0.001 0.001 0.026 0.795 154 K 0.005 0.002 0.001 0.036 0.023 0.021 0.157 0.001 0.001 0.044 0.711 155 K 0.003 0.001 0.001 0.138 0.021 0.068 0.100 0.002 0.001 0.087 0.580 156 V 0.003 0.002 0.001 0.292 0.056 0.056 0.072 0.001 0.001 0.060 0.458 157 Y 0.001 0.001 0.001 0.742 0.077 0.068 0.018 0.001 0.001 0.023 0.071 158 F 0.004 0.001 0.001 0.379 0.084 0.095 0.039 0.001 0.001 0.083 0.313 159 V 0.001 0.001 0.001 0.513 0.091 0.084 0.049 0.001 0.001 0.014 0.246 160 K 0.249 0.065 0.004 0.150 0.048 0.078 0.071 0.009 0.005 0.050 0.273 161 L 0.234 0.078 0.009 0.076 0.022 0.030 0.068 0.016 0.004 0.058 0.405 162 S 0.096 0.094 0.002 0.020 0.024 0.051 0.086 0.012 0.002 0.031 0.583 163 E 0.128 0.122 0.008 0.035 0.049 0.078 0.086 0.008 0.003 0.057 0.427 164 I 0.063 0.066 0.007 0.038 0.091 0.106 0.116 0.010 0.003 0.065 0.435 165 Q 0.107 0.025 0.006 0.028 0.055 0.072 0.081 0.006 0.003 0.065 0.551 166 F 0.076 0.013 0.004 0.030 0.038 0.057 0.104 0.003 0.002 0.058 0.615 167 D 0.055 0.014 0.003 0.025 0.024 0.052 0.132 0.004 0.002 0.053 0.636 168 R 0.098 0.018 0.003 0.018 0.013 0.023 0.108 0.009 0.001 0.052 0.657 169 N 0.093 0.012 0.001 0.011 0.014 0.017 0.116 0.008 0.001 0.075 0.652 170 T 0.032 0.007 0.001 0.030 0.025 0.051 0.138 0.006 0.001 0.082 0.628 171 D 0.053 0.008 0.003 0.067 0.022 0.043 0.141 0.002 0.001 0.084 0.577 172 I 0.039 0.005 0.004 0.125 0.058 0.067 0.144 0.003 0.001 0.071 0.484 173 S 0.187 0.012 0.001 0.061 0.023 0.032 0.130 0.006 0.001 0.065 0.484 174 W 0.062 0.007 0.001 0.065 0.014 0.021 0.180 0.009 0.001 0.049 0.592 175 D 0.017 0.006 0.001 0.119 0.016 0.040 0.203 0.005 0.001 0.050 0.542 176 G 0.020 0.008 0.001 0.198 0.042 0.084 0.181 0.002 0.001 0.068 0.396 177 L 0.006 0.005 0.001 0.203 0.074 0.097 0.146 0.001 0.001 0.041 0.426 178 H 0.052 0.055 0.003 0.150 0.052 0.073 0.134 0.002 0.001 0.079 0.398 179 L 0.041 0.132 0.004 0.057 0.010 0.020 0.143 0.006 0.002 0.123 0.461 180 S 0.051 0.703 0.002 0.004 0.002 0.002 0.030 0.004 0.001 0.094 0.106 181 E 0.043 0.875 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.025 0.040 182 I 0.012 0.862 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.002 0.001 0.036 0.067 183 G 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 0.017 184 Y 0.014 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.039 0.016 185 K 0.004 0.324 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.648 0.014 186 K 0.006 0.781 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.180 0.022 187 I 0.003 0.950 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.022 0.014 188 A 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.011 189 N 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 190 I 0.017 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.032 0.021 191 W 0.004 0.057 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.920 0.009 192 Y 0.016 0.607 0.007 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.001 0.267 0.078 193 K 0.023 0.791 0.017 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.003 0.034 0.102 194 Y 0.024 0.803 0.010 0.002 0.001 0.001 0.016 0.008 0.004 0.027 0.105 195 T 0.036 0.849 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.002 0.007 0.086 196 I 0.098 0.750 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.003 0.018 0.094 197 D 0.072 0.601 0.033 0.001 0.001 0.001 0.030 0.007 0.027 0.032 0.195 198 I 0.078 0.541 0.016 0.001 0.001 0.002 0.049 0.006 0.007 0.018 0.281 199 L 0.157 0.431 0.011 0.002 0.003 0.003 0.047 0.021 0.005 0.040 0.280 200 R 0.218 0.121 0.016 0.005 0.004 0.009 0.083 0.012 0.007 0.061 0.464 201 A 0.081 0.034 0.008 0.008 0.005 0.020 0.050 0.004 0.003 0.036 0.750 202 L 0.091 0.014 0.003 0.005 0.006 0.012 0.054 0.002 0.001 0.036 0.776 203 A 0.067 0.010 0.002 0.006 0.010 0.011 0.069 0.003 0.001 0.034 0.788 204 G 0.032 0.008 0.001 0.005 0.005 0.007 0.077 0.002 0.001 0.018 0.845 205 E 0.022 0.004 0.001 0.006 0.025 0.024 0.112 0.008 0.001 0.027 0.771