# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1642 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.020 0.011 0.022 0.041 0.054 0.048 0.006 0.001 0.004 0.665 2 A 0.014 0.003 0.002 0.009 0.013 0.018 0.039 0.001 0.001 0.001 0.899 3 S 0.039 0.002 0.002 0.014 0.013 0.023 0.077 0.001 0.001 0.005 0.823 4 K 0.063 0.001 0.001 0.008 0.011 0.008 0.106 0.001 0.001 0.006 0.793 5 T 0.143 0.001 0.003 0.048 0.013 0.016 0.151 0.001 0.001 0.014 0.609 6 I 0.102 0.001 0.010 0.156 0.053 0.075 0.205 0.001 0.001 0.017 0.381 7 K 0.015 0.001 0.001 0.544 0.145 0.120 0.085 0.001 0.001 0.003 0.086 8 I 0.004 0.001 0.002 0.432 0.077 0.182 0.047 0.001 0.001 0.002 0.252 9 M 0.001 0.001 0.001 0.619 0.203 0.158 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 10 P 0.001 0.001 0.001 0.051 0.007 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.920 11 V 0.001 0.001 0.001 0.386 0.153 0.338 0.048 0.001 0.001 0.002 0.073 12 G 0.034 0.002 0.001 0.163 0.044 0.133 0.126 0.001 0.001 0.022 0.474 13 D 0.035 0.011 0.001 0.139 0.114 0.151 0.129 0.001 0.001 0.012 0.407 14 S 0.032 0.006 0.002 0.044 0.048 0.086 0.178 0.001 0.001 0.011 0.592 15 C 0.101 0.036 0.002 0.061 0.110 0.129 0.210 0.002 0.001 0.018 0.328 16 T 0.113 0.093 0.007 0.030 0.089 0.127 0.222 0.003 0.001 0.019 0.297 17 E 0.070 0.128 0.007 0.020 0.082 0.096 0.145 0.005 0.001 0.010 0.437 18 G 0.201 0.099 0.008 0.025 0.065 0.102 0.142 0.010 0.001 0.025 0.323 19 M 0.157 0.077 0.039 0.025 0.059 0.086 0.148 0.007 0.001 0.013 0.389 20 G 0.034 0.026 0.011 0.030 0.063 0.073 0.092 0.005 0.001 0.006 0.661 21 G 0.048 0.010 0.011 0.022 0.025 0.053 0.081 0.002 0.001 0.007 0.742 22 G 0.054 0.008 0.003 0.019 0.023 0.033 0.107 0.002 0.001 0.005 0.745 23 E 0.096 0.013 0.006 0.020 0.020 0.031 0.108 0.001 0.001 0.008 0.698 24 M 0.060 0.021 0.002 0.025 0.022 0.043 0.153 0.001 0.001 0.006 0.666 25 G 0.144 0.029 0.003 0.030 0.015 0.025 0.121 0.003 0.001 0.013 0.618 26 S 0.245 0.035 0.010 0.014 0.008 0.013 0.173 0.002 0.001 0.012 0.488 27 Y 0.081 0.034 0.010 0.017 0.011 0.018 0.158 0.002 0.001 0.006 0.663 28 R 0.047 0.053 0.005 0.023 0.009 0.022 0.156 0.001 0.001 0.006 0.676 29 T 0.024 0.103 0.001 0.010 0.006 0.008 0.167 0.001 0.001 0.003 0.676 30 E 0.037 0.279 0.001 0.003 0.003 0.004 0.166 0.002 0.001 0.004 0.501 31 L 0.031 0.760 0.002 0.003 0.003 0.007 0.057 0.002 0.001 0.003 0.133 32 Y 0.016 0.928 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 0.003 0.001 0.001 0.031 33 R 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 34 L 0.024 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.025 35 L 0.022 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 36 T 0.016 0.925 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.025 0.001 0.001 0.023 37 Q 0.101 0.795 0.014 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 0.065 38 A 0.177 0.602 0.010 0.002 0.003 0.003 0.014 0.098 0.001 0.001 0.088 39 G 0.404 0.142 0.056 0.008 0.005 0.005 0.033 0.123 0.001 0.012 0.210 40 L 0.054 0.032 0.498 0.014 0.006 0.006 0.036 0.007 0.001 0.003 0.345 41 S 0.024 0.009 0.013 0.044 0.015 0.021 0.073 0.006 0.001 0.003 0.793 42 I 0.108 0.007 0.018 0.097 0.023 0.029 0.049 0.001 0.001 0.007 0.662 43 D 0.035 0.013 0.003 0.164 0.061 0.079 0.239 0.001 0.001 0.005 0.399 44 F 0.040 0.019 0.005 0.190 0.055 0.099 0.099 0.001 0.001 0.006 0.486 45 V 0.025 0.038 0.001 0.315 0.085 0.187 0.135 0.001 0.001 0.006 0.206 46 G 0.066 0.038 0.002 0.065 0.058 0.072 0.168 0.003 0.001 0.013 0.516 47 S 0.092 0.069 0.006 0.063 0.036 0.049 0.123 0.003 0.001 0.011 0.547 48 Q 0.054 0.052 0.003 0.034 0.047 0.060 0.295 0.006 0.001 0.013 0.435 49 R 0.174 0.073 0.010 0.029 0.034 0.054 0.176 0.007 0.001 0.028 0.414 50 S 0.148 0.105 0.013 0.019 0.033 0.054 0.168 0.012 0.001 0.014 0.434 51 G 0.197 0.044 0.013 0.019 0.022 0.024 0.079 0.007 0.001 0.010 0.584 52 P 0.042 0.006 0.012 0.007 0.006 0.008 0.035 0.001 0.001 0.003 0.880 53 S 0.064 0.005 0.008 0.030 0.033 0.051 0.173 0.003 0.001 0.008 0.624 54 S 0.169 0.009 0.010 0.066 0.023 0.049 0.091 0.003 0.001 0.010 0.570 55 L 0.106 0.011 0.003 0.068 0.054 0.069 0.169 0.002 0.001 0.005 0.511 56 P 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.977 57 D 0.027 0.002 0.001 0.042 0.021 0.038 0.394 0.001 0.001 0.009 0.466 58 K 0.413 0.006 0.002 0.016 0.007 0.010 0.161 0.001 0.001 0.034 0.349 59 D 0.124 0.055 0.003 0.044 0.024 0.029 0.223 0.002 0.001 0.013 0.482 60 H 0.100 0.026 0.004 0.041 0.034 0.044 0.267 0.002 0.001 0.017 0.465 61 E 0.179 0.052 0.005 0.044 0.035 0.054 0.184 0.003 0.001 0.015 0.430 62 G 0.108 0.079 0.009 0.042 0.073 0.104 0.138 0.004 0.001 0.011 0.430 63 H 0.066 0.068 0.007 0.033 0.105 0.171 0.142 0.003 0.001 0.010 0.394 64 S 0.054 0.039 0.004 0.037 0.058 0.084 0.072 0.004 0.001 0.005 0.643 65 G 0.163 0.028 0.007 0.032 0.032 0.050 0.107 0.008 0.001 0.012 0.561 66 W 0.223 0.024 0.031 0.048 0.031 0.052 0.141 0.004 0.001 0.017 0.430 67 T 0.046 0.018 0.012 0.057 0.039 0.070 0.205 0.003 0.001 0.006 0.544 68 I 0.063 0.020 0.007 0.079 0.035 0.062 0.148 0.001 0.001 0.005 0.579 69 P 0.002 0.004 0.001 0.005 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.967 70 Q 0.017 0.010 0.001 0.012 0.011 0.024 0.475 0.001 0.001 0.010 0.441 71 I 0.361 0.110 0.003 0.013 0.007 0.016 0.156 0.002 0.001 0.010 0.321 72 A 0.078 0.657 0.001 0.016 0.007 0.012 0.024 0.004 0.001 0.002 0.198 73 S 0.085 0.511 0.002 0.004 0.003 0.007 0.042 0.005 0.001 0.003 0.337 74 N 0.312 0.403 0.005 0.001 0.002 0.002 0.027 0.013 0.001 0.001 0.234 75 I 0.137 0.687 0.024 0.003 0.002 0.003 0.025 0.012 0.001 0.002 0.105 76 N 0.016 0.579 0.007 0.005 0.003 0.006 0.053 0.010 0.001 0.002 0.318 77 N 0.031 0.490 0.002 0.001 0.001 0.002 0.087 0.006 0.001 0.002 0.377 78 W 0.057 0.805 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.006 0.001 0.001 0.101 79 L 0.042 0.886 0.001 0.003 0.003 0.004 0.015 0.015 0.001 0.002 0.028 80 N 0.057 0.892 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.029 81 T 0.123 0.757 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.070 82 H 0.319 0.427 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.157 0.001 0.001 0.085 83 N 0.364 0.097 0.040 0.006 0.011 0.008 0.066 0.131 0.001 0.007 0.271 84 P 0.003 0.001 0.085 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.899 85 D 0.027 0.001 0.004 0.199 0.045 0.062 0.223 0.002 0.001 0.005 0.432 86 V 0.397 0.001 0.017 0.235 0.034 0.025 0.037 0.001 0.001 0.014 0.241 87 V 0.001 0.001 0.001 0.838 0.078 0.072 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 88 F 0.001 0.001 0.001 0.856 0.058 0.079 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 89 L 0.001 0.001 0.001 0.915 0.036 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 W 0.001 0.001 0.001 0.740 0.100 0.134 0.005 0.001 0.001 0.001 0.021 91 I 0.001 0.001 0.001 0.613 0.138 0.193 0.007 0.001 0.001 0.001 0.048 92 G 0.001 0.001 0.001 0.315 0.158 0.313 0.052 0.001 0.001 0.003 0.158 93 G 0.006 0.001 0.001 0.150 0.136 0.267 0.079 0.001 0.001 0.010 0.351 94 N 0.009 0.001 0.001 0.062 0.077 0.133 0.170 0.001 0.001 0.009 0.537 95 D 0.055 0.003 0.001 0.028 0.036 0.046 0.152 0.001 0.001 0.019 0.661 96 L 0.140 0.009 0.004 0.016 0.020 0.026 0.166 0.001 0.001 0.017 0.601 97 L 0.139 0.017 0.004 0.018 0.024 0.039 0.209 0.002 0.001 0.016 0.532 98 L 0.159 0.029 0.015 0.034 0.031 0.064 0.158 0.002 0.001 0.015 0.492 99 N 0.069 0.026 0.005 0.022 0.039 0.060 0.168 0.002 0.001 0.005 0.603 100 G 0.017 0.009 0.003 0.008 0.007 0.013 0.039 0.001 0.001 0.002 0.901 101 N 0.022 0.019 0.002 0.010 0.011 0.022 0.291 0.001 0.001 0.006 0.617 102 L 0.081 0.041 0.002 0.009 0.008 0.016 0.375 0.002 0.001 0.015 0.452 103 N 0.091 0.394 0.002 0.015 0.010 0.016 0.165 0.003 0.001 0.006 0.299 104 A 0.071 0.634 0.003 0.007 0.003 0.008 0.075 0.003 0.001 0.007 0.187 105 T 0.033 0.735 0.002 0.002 0.001 0.003 0.046 0.003 0.001 0.001 0.173 106 G 0.100 0.645 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.033 0.001 0.002 0.186 107 L 0.039 0.914 0.016 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.022 108 S 0.003 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.051 109 N 0.014 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.078 110 L 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 111 I 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 112 D 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 113 Q 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 114 I 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 115 F 0.037 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.015 116 T 0.059 0.828 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.043 117 V 0.261 0.612 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.071 118 K 0.325 0.320 0.037 0.007 0.008 0.007 0.016 0.104 0.001 0.002 0.175 119 P 0.003 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.974 120 N 0.043 0.001 0.002 0.032 0.008 0.012 0.167 0.013 0.001 0.003 0.720 121 V 0.717 0.001 0.038 0.034 0.003 0.003 0.016 0.001 0.001 0.018 0.171 122 T 0.016 0.001 0.014 0.261 0.039 0.023 0.166 0.001 0.001 0.002 0.480 123 L 0.001 0.001 0.003 0.284 0.020 0.026 0.023 0.001 0.001 0.001 0.642 124 F 0.001 0.001 0.001 0.850 0.042 0.079 0.017 0.001 0.001 0.001 0.012 125 V 0.001 0.001 0.001 0.613 0.047 0.051 0.026 0.001 0.001 0.001 0.261 126 A 0.001 0.001 0.001 0.746 0.052 0.093 0.019 0.001 0.001 0.001 0.088 127 D 0.002 0.001 0.001 0.558 0.055 0.094 0.065 0.001 0.001 0.003 0.223 128 Y 0.006 0.001 0.001 0.199 0.021 0.042 0.043 0.001 0.001 0.006 0.682 129 Y 0.009 0.001 0.001 0.099 0.050 0.123 0.166 0.001 0.001 0.006 0.546 130 P 0.006 0.001 0.001 0.012 0.003 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.956 131 W 0.020 0.001 0.001 0.031 0.023 0.074 0.104 0.001 0.001 0.002 0.744 132 P 0.017 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.967 133 E 0.048 0.012 0.001 0.014 0.008 0.017 0.081 0.001 0.001 0.002 0.817 134 A 0.164 0.025 0.001 0.006 0.008 0.012 0.117 0.001 0.001 0.004 0.663 135 I 0.146 0.229 0.001 0.019 0.012 0.022 0.120 0.002 0.001 0.003 0.446 136 K 0.050 0.338 0.002 0.009 0.007 0.017 0.102 0.002 0.001 0.003 0.469 137 Q 0.070 0.414 0.002 0.003 0.006 0.007 0.099 0.004 0.001 0.003 0.393 138 Y 0.102 0.685 0.003 0.003 0.005 0.008 0.055 0.006 0.001 0.003 0.130 139 N 0.072 0.766 0.005 0.003 0.003 0.004 0.025 0.011 0.001 0.002 0.110 140 A 0.097 0.684 0.011 0.002 0.001 0.003 0.018 0.011 0.001 0.002 0.170 141 V 0.231 0.526 0.012 0.003 0.002 0.003 0.031 0.037 0.001 0.002 0.154 142 I 0.231 0.512 0.031 0.002 0.001 0.001 0.022 0.012 0.001 0.001 0.187 143 P 0.004 0.232 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.746 144 G 0.010 0.182 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.003 0.001 0.002 0.582 145 I 0.069 0.728 0.002 0.001 0.001 0.001 0.094 0.002 0.001 0.002 0.103 146 V 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 147 Q 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 148 Q 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 149 K 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 150 A 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 151 N 0.010 0.970 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 152 A 0.043 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.022 153 G 0.321 0.504 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.001 0.001 0.038 154 K 0.192 0.140 0.329 0.003 0.003 0.002 0.018 0.057 0.001 0.005 0.251 155 K 0.031 0.011 0.237 0.027 0.009 0.011 0.048 0.020 0.001 0.002 0.604 156 V 0.106 0.004 0.084 0.173 0.026 0.039 0.049 0.003 0.001 0.007 0.510 157 Y 0.023 0.002 0.008 0.512 0.109 0.080 0.092 0.001 0.001 0.003 0.170 158 F 0.007 0.002 0.003 0.245 0.047 0.077 0.039 0.001 0.001 0.001 0.578 159 V 0.002 0.001 0.001 0.700 0.084 0.152 0.022 0.001 0.001 0.001 0.039 160 K 0.009 0.002 0.001 0.221 0.053 0.091 0.112 0.001 0.001 0.004 0.508 161 L 0.010 0.003 0.002 0.263 0.071 0.123 0.057 0.001 0.001 0.007 0.464 162 S 0.011 0.004 0.001 0.117 0.065 0.138 0.301 0.001 0.001 0.010 0.353 163 E 0.089 0.010 0.001 0.041 0.032 0.048 0.160 0.001 0.001 0.027 0.592 164 I 0.155 0.056 0.006 0.035 0.066 0.092 0.177 0.003 0.001 0.017 0.392 165 Q 0.127 0.066 0.006 0.034 0.099 0.150 0.177 0.004 0.001 0.014 0.321 166 F 0.075 0.084 0.009 0.045 0.102 0.170 0.071 0.004 0.001 0.006 0.433 167 D 0.060 0.055 0.004 0.020 0.070 0.103 0.083 0.005 0.001 0.004 0.596 168 R 0.085 0.039 0.007 0.015 0.034 0.054 0.092 0.004 0.001 0.007 0.663 169 N 0.093 0.030 0.005 0.022 0.035 0.058 0.236 0.007 0.001 0.020 0.494 170 T 0.204 0.034 0.013 0.014 0.015 0.020 0.237 0.004 0.001 0.019 0.442 171 D 0.201 0.055 0.005 0.018 0.015 0.018 0.149 0.006 0.001 0.013 0.520 172 I 0.237 0.048 0.017 0.023 0.029 0.037 0.173 0.004 0.001 0.020 0.412 173 S 0.067 0.041 0.007 0.026 0.060 0.087 0.309 0.003 0.001 0.010 0.389 174 W 0.047 0.029 0.007 0.032 0.040 0.074 0.070 0.002 0.001 0.006 0.693 175 D 0.057 0.033 0.003 0.026 0.046 0.069 0.168 0.003 0.001 0.009 0.586 176 G 0.187 0.024 0.005 0.022 0.045 0.047 0.187 0.006 0.001 0.025 0.452 177 L 0.150 0.064 0.029 0.057 0.031 0.073 0.217 0.005 0.001 0.016 0.358 178 H 0.077 0.054 0.009 0.119 0.091 0.156 0.214 0.005 0.001 0.007 0.268 179 L 0.013 0.009 0.002 0.014 0.007 0.010 0.015 0.001 0.001 0.001 0.928 180 S 0.048 0.028 0.002 0.020 0.013 0.027 0.255 0.002 0.001 0.006 0.598 181 E 0.139 0.035 0.003 0.006 0.002 0.003 0.161 0.002 0.001 0.010 0.639 182 I 0.095 0.131 0.003 0.007 0.003 0.004 0.368 0.002 0.001 0.009 0.378 183 G 0.073 0.125 0.003 0.004 0.002 0.004 0.559 0.002 0.001 0.014 0.213 184 Y 0.034 0.714 0.005 0.003 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 0.002 0.188 185 K 0.007 0.769 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.202 186 K 0.009 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.092 187 I 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 188 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 189 N 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 190 I 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 191 W 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 Y 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 193 K 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 194 Y 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 195 T 0.013 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.014 196 I 0.007 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 197 D 0.016 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.040 198 I 0.037 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.044 199 L 0.083 0.840 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.047 200 R 0.051 0.751 0.037 0.002 0.002 0.004 0.008 0.016 0.001 0.001 0.131 201 A 0.083 0.680 0.004 0.003 0.002 0.003 0.004 0.021 0.001 0.001 0.200 202 L 0.225 0.496 0.007 0.004 0.003 0.003 0.006 0.027 0.001 0.001 0.229 203 A 0.148 0.370 0.020 0.008 0.008 0.011 0.033 0.026 0.001 0.002 0.374 204 G 0.124 0.125 0.022 0.014 0.011 0.015 0.054 0.023 0.001 0.003 0.609 205 E 0.201 0.087 0.032 0.015 0.007 0.013 0.076 0.004 0.001 0.006 0.559