# TARGET T0286 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1642 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.189 0.258 0.315 0.132 0.029 0.035 0.007 0.002 0.030 0.001 0.001 2 A 0.181 0.181 0.416 0.066 0.034 0.036 0.024 0.008 0.032 0.020 0.001 3 S 0.212 0.095 0.344 0.120 0.060 0.036 0.056 0.031 0.019 0.025 0.004 4 K 0.198 0.152 0.206 0.239 0.054 0.030 0.072 0.021 0.022 0.005 0.001 5 T 0.030 0.295 0.515 0.042 0.044 0.041 0.009 0.003 0.018 0.001 0.001 6 I 0.044 0.436 0.385 0.048 0.031 0.031 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 7 K 0.004 0.783 0.128 0.004 0.056 0.012 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 8 I 0.001 0.772 0.185 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 9 M 0.001 0.695 0.142 0.001 0.006 0.030 0.001 0.001 0.125 0.001 0.001 10 P 0.004 0.110 0.760 0.001 0.001 0.113 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 11 V 0.025 0.568 0.206 0.035 0.043 0.055 0.005 0.001 0.059 0.001 0.001 12 G 0.028 0.107 0.092 0.012 0.407 0.015 0.034 0.069 0.005 0.231 0.001 13 D 0.084 0.322 0.209 0.127 0.115 0.063 0.025 0.002 0.048 0.002 0.002 14 S 0.162 0.165 0.366 0.035 0.161 0.037 0.010 0.015 0.012 0.037 0.002 15 C 0.580 0.114 0.074 0.116 0.031 0.044 0.010 0.007 0.021 0.002 0.001 16 T 0.530 0.134 0.097 0.148 0.029 0.024 0.010 0.004 0.017 0.006 0.001 17 E 0.328 0.149 0.108 0.285 0.067 0.013 0.026 0.006 0.014 0.003 0.001 18 G 0.215 0.023 0.082 0.088 0.073 0.010 0.167 0.231 0.006 0.105 0.001 19 M 0.205 0.149 0.187 0.338 0.049 0.021 0.026 0.007 0.014 0.005 0.001 20 G 0.067 0.022 0.074 0.077 0.095 0.007 0.238 0.224 0.006 0.189 0.001 21 G 0.147 0.071 0.307 0.115 0.119 0.011 0.033 0.083 0.006 0.105 0.003 22 G 0.179 0.060 0.249 0.049 0.138 0.007 0.021 0.074 0.005 0.218 0.002 23 E 0.376 0.103 0.225 0.156 0.037 0.043 0.020 0.006 0.020 0.008 0.006 24 M 0.262 0.057 0.201 0.318 0.029 0.021 0.074 0.011 0.018 0.009 0.001 25 G 0.160 0.008 0.047 0.049 0.058 0.002 0.059 0.364 0.001 0.251 0.001 26 S 0.423 0.091 0.196 0.183 0.045 0.022 0.015 0.007 0.010 0.005 0.002 27 Y 0.303 0.128 0.254 0.114 0.046 0.061 0.031 0.009 0.041 0.013 0.001 28 R 0.840 0.021 0.078 0.028 0.005 0.016 0.004 0.001 0.005 0.002 0.001 29 T 0.949 0.003 0.013 0.026 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.972 0.002 0.005 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.979 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.972 0.003 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Q 0.914 0.010 0.016 0.047 0.003 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 38 A 0.252 0.006 0.016 0.719 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 39 G 0.030 0.002 0.020 0.013 0.015 0.003 0.242 0.580 0.004 0.089 0.001 40 L 0.158 0.168 0.452 0.145 0.039 0.021 0.004 0.002 0.005 0.006 0.001 41 S 0.081 0.176 0.320 0.159 0.071 0.084 0.051 0.021 0.030 0.005 0.001 42 I 0.030 0.612 0.243 0.015 0.055 0.023 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 43 D 0.054 0.592 0.254 0.014 0.031 0.034 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 44 F 0.072 0.556 0.216 0.025 0.046 0.045 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 45 V 0.162 0.443 0.153 0.114 0.041 0.023 0.011 0.001 0.050 0.002 0.001 46 G 0.057 0.030 0.070 0.063 0.143 0.027 0.357 0.166 0.011 0.075 0.001 47 S 0.238 0.205 0.245 0.205 0.037 0.029 0.015 0.005 0.017 0.002 0.002 48 Q 0.166 0.265 0.329 0.089 0.069 0.029 0.017 0.006 0.022 0.006 0.001 49 R 0.261 0.185 0.295 0.129 0.042 0.035 0.023 0.004 0.019 0.005 0.003 50 S 0.176 0.156 0.271 0.241 0.092 0.017 0.011 0.009 0.015 0.009 0.002 51 G 0.051 0.026 0.172 0.008 0.186 0.002 0.014 0.051 0.012 0.477 0.001 52 P 0.480 0.021 0.296 0.132 0.006 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 53 S 0.318 0.145 0.186 0.237 0.059 0.020 0.010 0.009 0.010 0.006 0.001 54 S 0.192 0.164 0.259 0.230 0.057 0.036 0.013 0.011 0.027 0.010 0.002 55 L 0.061 0.236 0.426 0.014 0.019 0.032 0.013 0.001 0.195 0.002 0.001 56 P 0.290 0.016 0.587 0.032 0.001 0.036 0.003 0.002 0.003 0.002 0.027 57 D 0.233 0.087 0.192 0.255 0.038 0.062 0.077 0.024 0.024 0.005 0.001 58 K 0.220 0.160 0.201 0.132 0.105 0.021 0.067 0.046 0.021 0.026 0.001 59 D 0.271 0.184 0.261 0.187 0.026 0.037 0.010 0.003 0.019 0.002 0.001 60 H 0.086 0.197 0.154 0.232 0.046 0.141 0.059 0.006 0.076 0.002 0.001 61 E 0.164 0.210 0.154 0.311 0.048 0.037 0.035 0.006 0.031 0.003 0.001 62 G 0.139 0.142 0.272 0.097 0.159 0.020 0.016 0.080 0.008 0.067 0.001 63 H 0.095 0.442 0.222 0.081 0.079 0.021 0.012 0.003 0.041 0.005 0.001 64 S 0.107 0.062 0.659 0.060 0.032 0.017 0.032 0.008 0.007 0.013 0.003 65 G 0.049 0.009 0.056 0.027 0.064 0.003 0.030 0.523 0.002 0.239 0.001 66 W 0.217 0.127 0.425 0.125 0.047 0.030 0.011 0.004 0.007 0.004 0.001 67 T 0.116 0.273 0.326 0.110 0.080 0.040 0.020 0.007 0.021 0.007 0.002 68 I 0.311 0.165 0.327 0.011 0.026 0.022 0.006 0.001 0.124 0.007 0.001 69 P 0.881 0.001 0.088 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 70 Q 0.781 0.007 0.018 0.116 0.006 0.021 0.026 0.013 0.011 0.001 0.001 71 I 0.888 0.010 0.012 0.077 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 A 0.930 0.007 0.017 0.037 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.908 0.005 0.014 0.059 0.005 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 74 N 0.650 0.009 0.025 0.210 0.007 0.039 0.024 0.006 0.027 0.001 0.001 75 I 0.932 0.003 0.004 0.054 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 N 0.980 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.956 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 78 W 0.960 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.907 0.008 0.012 0.065 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 80 N 0.881 0.011 0.018 0.072 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 81 T 0.830 0.023 0.021 0.112 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 82 H 0.278 0.103 0.055 0.483 0.019 0.023 0.012 0.005 0.021 0.001 0.001 83 N 0.018 0.077 0.074 0.013 0.013 0.045 0.225 0.002 0.530 0.002 0.001 84 P 0.111 0.009 0.792 0.009 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 85 D 0.324 0.006 0.022 0.635 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 V 0.001 0.832 0.032 0.001 0.129 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 87 V 0.001 0.922 0.035 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 88 F 0.001 0.712 0.231 0.001 0.005 0.030 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 89 L 0.002 0.765 0.091 0.001 0.016 0.072 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 90 W 0.006 0.478 0.273 0.003 0.019 0.156 0.002 0.001 0.062 0.001 0.001 91 I 0.035 0.477 0.206 0.059 0.057 0.078 0.023 0.001 0.061 0.001 0.002 92 G 0.031 0.096 0.186 0.016 0.455 0.012 0.021 0.040 0.005 0.134 0.002 93 G 0.149 0.296 0.210 0.089 0.145 0.026 0.012 0.015 0.030 0.026 0.003 94 N 0.219 0.124 0.173 0.168 0.046 0.103 0.072 0.014 0.057 0.021 0.003 95 D 0.159 0.087 0.141 0.221 0.030 0.113 0.154 0.017 0.068 0.006 0.003 96 L 0.375 0.069 0.155 0.199 0.033 0.037 0.070 0.033 0.014 0.012 0.003 97 L 0.274 0.077 0.194 0.165 0.036 0.055 0.125 0.035 0.024 0.008 0.006 98 L 0.230 0.247 0.285 0.124 0.022 0.048 0.013 0.002 0.024 0.002 0.002 99 N 0.127 0.103 0.413 0.092 0.043 0.102 0.050 0.005 0.051 0.012 0.002 100 G 0.746 0.006 0.026 0.047 0.015 0.002 0.019 0.077 0.001 0.060 0.001 101 N 0.838 0.007 0.019 0.113 0.002 0.008 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 102 L 0.850 0.021 0.025 0.085 0.005 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 103 N 0.744 0.043 0.047 0.091 0.010 0.030 0.013 0.002 0.014 0.004 0.001 104 A 0.921 0.015 0.018 0.034 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 T 0.907 0.007 0.021 0.051 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.838 0.004 0.019 0.063 0.008 0.018 0.012 0.013 0.018 0.008 0.001 107 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 I 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 F 0.979 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 T 0.918 0.006 0.004 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 V 0.502 0.026 0.051 0.398 0.004 0.010 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 118 K 0.028 0.098 0.060 0.002 0.009 0.006 0.017 0.001 0.778 0.002 0.001 119 P 0.608 0.001 0.255 0.019 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 120 N 0.025 0.003 0.009 0.646 0.003 0.011 0.134 0.162 0.007 0.001 0.001 121 V 0.001 0.202 0.732 0.001 0.011 0.028 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 122 T 0.045 0.210 0.637 0.018 0.001 0.074 0.002 0.001 0.010 0.001 0.003 123 L 0.001 0.902 0.056 0.001 0.027 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 124 F 0.003 0.843 0.083 0.001 0.006 0.032 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 125 V 0.006 0.531 0.239 0.007 0.009 0.129 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 126 A 0.058 0.419 0.158 0.057 0.185 0.058 0.009 0.002 0.050 0.004 0.001 127 D 0.053 0.211 0.316 0.057 0.176 0.092 0.028 0.005 0.044 0.015 0.004 128 Y 0.223 0.126 0.186 0.350 0.015 0.047 0.015 0.002 0.028 0.002 0.005 129 Y 0.090 0.200 0.441 0.017 0.058 0.051 0.040 0.004 0.091 0.007 0.002 130 P 0.159 0.021 0.550 0.076 0.001 0.121 0.011 0.003 0.012 0.001 0.045 131 W 0.079 0.152 0.587 0.013 0.029 0.034 0.012 0.003 0.078 0.011 0.002 132 P 0.514 0.007 0.407 0.013 0.002 0.026 0.002 0.002 0.002 0.003 0.021 133 E 0.900 0.005 0.025 0.037 0.004 0.004 0.009 0.013 0.001 0.002 0.001 134 A 0.915 0.005 0.012 0.054 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 135 I 0.949 0.005 0.013 0.026 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 K 0.977 0.002 0.006 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 137 Q 0.964 0.003 0.005 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Y 0.956 0.003 0.005 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 N 0.933 0.008 0.011 0.036 0.002 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 140 A 0.952 0.006 0.012 0.023 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 141 V 0.815 0.011 0.021 0.142 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 142 I 0.693 0.043 0.122 0.016 0.002 0.020 0.004 0.001 0.098 0.001 0.001 143 P 0.928 0.001 0.062 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 G 0.985 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 145 I 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 Q 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.982 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 A 0.947 0.005 0.012 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 N 0.917 0.004 0.007 0.060 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 152 A 0.402 0.009 0.020 0.558 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 153 G 0.113 0.013 0.075 0.077 0.024 0.010 0.204 0.425 0.014 0.046 0.001 154 K 0.248 0.083 0.285 0.271 0.026 0.027 0.046 0.005 0.005 0.005 0.001 155 K 0.031 0.082 0.100 0.345 0.045 0.049 0.262 0.056 0.028 0.003 0.001 156 V 0.003 0.503 0.433 0.002 0.016 0.021 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 157 Y 0.019 0.659 0.249 0.006 0.006 0.044 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 158 F 0.005 0.653 0.265 0.004 0.014 0.035 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 159 V 0.008 0.756 0.120 0.003 0.039 0.028 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 160 K 0.007 0.137 0.492 0.004 0.015 0.276 0.003 0.001 0.066 0.001 0.001 161 L 0.519 0.075 0.102 0.210 0.011 0.053 0.008 0.002 0.017 0.001 0.003 162 S 0.421 0.113 0.199 0.128 0.065 0.022 0.017 0.010 0.013 0.012 0.001 163 E 0.639 0.064 0.109 0.080 0.042 0.012 0.028 0.009 0.012 0.004 0.001 164 I 0.630 0.064 0.142 0.117 0.014 0.016 0.006 0.002 0.006 0.001 0.002 165 Q 0.448 0.166 0.095 0.200 0.025 0.029 0.009 0.003 0.023 0.002 0.001 166 F 0.308 0.206 0.185 0.131 0.063 0.032 0.026 0.006 0.035 0.009 0.001 167 D 0.238 0.085 0.255 0.136 0.025 0.126 0.060 0.007 0.059 0.004 0.004 168 R 0.493 0.108 0.098 0.212 0.020 0.022 0.025 0.005 0.015 0.002 0.001 169 N 0.327 0.069 0.132 0.275 0.022 0.050 0.077 0.018 0.022 0.006 0.001 170 T 0.347 0.187 0.129 0.213 0.052 0.018 0.022 0.008 0.019 0.005 0.001 171 D 0.163 0.128 0.191 0.169 0.044 0.113 0.108 0.012 0.068 0.004 0.002 172 I 0.200 0.302 0.230 0.155 0.029 0.040 0.008 0.002 0.032 0.001 0.001 173 S 0.174 0.267 0.302 0.080 0.096 0.029 0.011 0.008 0.016 0.016 0.001 174 W 0.258 0.207 0.204 0.149 0.061 0.040 0.019 0.011 0.037 0.012 0.002 175 D 0.126 0.114 0.175 0.278 0.042 0.055 0.144 0.010 0.051 0.004 0.001 176 G 0.091 0.030 0.062 0.153 0.079 0.016 0.278 0.239 0.009 0.040 0.002 177 L 0.065 0.393 0.361 0.069 0.045 0.035 0.008 0.003 0.018 0.003 0.001 178 H 0.015 0.350 0.378 0.008 0.062 0.068 0.022 0.001 0.089 0.005 0.001 179 L 0.315 0.033 0.411 0.099 0.004 0.118 0.005 0.001 0.007 0.001 0.006 180 S 0.120 0.096 0.536 0.025 0.116 0.059 0.002 0.002 0.033 0.011 0.001 181 E 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 I 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 W 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 193 K 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 Y 0.945 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 195 T 0.975 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 196 I 0.987 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 197 D 0.979 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 198 I 0.953 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 199 L 0.837 0.012 0.021 0.117 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 200 R 0.913 0.008 0.040 0.021 0.003 0.003 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 201 A 0.881 0.008 0.047 0.053 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 202 L 0.691 0.032 0.077 0.176 0.003 0.012 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 203 A 0.346 0.070 0.182 0.323 0.014 0.018 0.019 0.003 0.022 0.002 0.001 204 G 0.104 0.016 0.138 0.055 0.061 0.006 0.047 0.311 0.005 0.257 0.001 205 E 0.452 0.075 0.266 0.123 0.025 0.017 0.013 0.010 0.008 0.011 0.001