# TARGET T0286 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1642 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.330 0.209 0.029 0.184 0.010 0.018 0.059 0.030 0.030 0.026 2 A 0.039 0.312 0.225 0.055 0.116 0.029 0.037 0.094 0.050 0.027 0.016 3 S 0.049 0.143 0.097 0.024 0.087 0.023 0.060 0.160 0.214 0.110 0.033 4 K 0.094 0.146 0.090 0.013 0.164 0.017 0.053 0.105 0.136 0.127 0.056 5 T 0.187 0.214 0.067 0.005 0.370 0.005 0.019 0.017 0.022 0.048 0.048 6 I 0.215 0.178 0.014 0.004 0.479 0.008 0.017 0.010 0.008 0.022 0.045 7 K 0.236 0.091 0.013 0.003 0.620 0.003 0.005 0.002 0.002 0.006 0.022 8 I 0.181 0.060 0.002 0.001 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 9 M 0.160 0.087 0.004 0.002 0.720 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 10 P 0.365 0.051 0.013 0.002 0.424 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.133 11 V 0.045 0.043 0.020 0.079 0.051 0.132 0.252 0.093 0.056 0.165 0.064 12 G 0.072 0.182 0.164 0.128 0.122 0.040 0.015 0.030 0.039 0.129 0.079 13 D 0.058 0.106 0.069 0.041 0.145 0.023 0.017 0.098 0.173 0.206 0.063 14 S 0.092 0.079 0.049 0.021 0.159 0.025 0.106 0.218 0.139 0.069 0.042 15 C 0.074 0.067 0.020 0.011 0.081 0.013 0.042 0.234 0.208 0.186 0.065 16 T 0.080 0.100 0.048 0.031 0.142 0.028 0.045 0.170 0.132 0.165 0.058 17 E 0.018 0.082 0.064 0.071 0.036 0.092 0.185 0.222 0.140 0.061 0.028 18 G 0.054 0.059 0.087 0.092 0.062 0.041 0.066 0.138 0.096 0.226 0.079 19 M 0.061 0.152 0.091 0.058 0.105 0.062 0.128 0.109 0.092 0.102 0.040 20 G 0.041 0.103 0.117 0.176 0.061 0.065 0.048 0.066 0.056 0.189 0.078 21 G 0.039 0.167 0.127 0.120 0.084 0.066 0.070 0.071 0.079 0.137 0.041 22 G 0.028 0.081 0.158 0.159 0.042 0.065 0.048 0.086 0.087 0.189 0.057 23 E 0.050 0.106 0.079 0.050 0.076 0.053 0.084 0.180 0.140 0.129 0.051 24 M 0.027 0.127 0.062 0.064 0.056 0.079 0.135 0.216 0.121 0.087 0.026 25 G 0.012 0.048 0.059 0.088 0.023 0.066 0.048 0.135 0.131 0.337 0.053 26 S 0.042 0.109 0.082 0.023 0.072 0.025 0.063 0.275 0.128 0.144 0.036 27 Y 0.037 0.140 0.073 0.009 0.051 0.004 0.008 0.398 0.119 0.124 0.036 28 R 0.005 0.035 0.011 0.003 0.016 0.002 0.005 0.791 0.115 0.012 0.004 29 T 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.927 0.053 0.003 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.036 0.009 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.040 0.008 0.001 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.042 0.001 0.001 33 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.022 0.002 0.001 34 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.957 0.029 0.006 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.918 0.066 0.011 0.001 36 T 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.023 0.813 0.141 0.009 0.001 37 Q 0.002 0.003 0.005 0.004 0.003 0.010 0.136 0.698 0.100 0.038 0.002 38 A 0.005 0.575 0.313 0.015 0.057 0.004 0.014 0.008 0.003 0.005 0.002 39 G 0.061 0.012 0.019 0.042 0.012 0.009 0.003 0.008 0.012 0.451 0.370 40 L 0.071 0.397 0.075 0.011 0.278 0.011 0.024 0.046 0.034 0.032 0.021 41 S 0.193 0.155 0.043 0.006 0.366 0.007 0.009 0.027 0.040 0.074 0.080 42 I 0.276 0.165 0.024 0.003 0.448 0.003 0.005 0.013 0.015 0.013 0.036 43 D 0.231 0.137 0.032 0.004 0.504 0.005 0.011 0.019 0.008 0.011 0.038 44 F 0.417 0.070 0.017 0.008 0.306 0.008 0.009 0.022 0.014 0.038 0.091 45 V 0.055 0.097 0.049 0.180 0.107 0.171 0.126 0.083 0.041 0.058 0.034 46 G 0.068 0.110 0.145 0.164 0.107 0.041 0.018 0.042 0.046 0.195 0.063 47 S 0.107 0.147 0.072 0.031 0.194 0.023 0.043 0.095 0.102 0.133 0.055 48 Q 0.079 0.230 0.105 0.036 0.178 0.029 0.048 0.087 0.077 0.086 0.045 49 R 0.113 0.147 0.091 0.049 0.159 0.046 0.071 0.091 0.064 0.103 0.066 50 S 0.052 0.174 0.163 0.090 0.102 0.051 0.066 0.073 0.069 0.125 0.036 51 G 0.040 0.158 0.273 0.144 0.080 0.039 0.023 0.063 0.057 0.086 0.037 52 P 0.084 0.136 0.074 0.023 0.136 0.021 0.044 0.149 0.162 0.118 0.053 53 S 0.066 0.185 0.094 0.020 0.162 0.018 0.044 0.147 0.126 0.101 0.036 54 S 0.106 0.177 0.111 0.019 0.196 0.021 0.054 0.103 0.070 0.098 0.046 55 L 0.079 0.280 0.219 0.034 0.148 0.016 0.029 0.086 0.039 0.037 0.032 56 P 0.066 0.176 0.105 0.041 0.131 0.043 0.057 0.162 0.107 0.070 0.042 57 D 0.084 0.162 0.063 0.029 0.154 0.033 0.058 0.141 0.120 0.108 0.046 58 K 0.100 0.120 0.058 0.031 0.138 0.019 0.026 0.113 0.103 0.206 0.086 59 D 0.098 0.168 0.065 0.036 0.206 0.041 0.061 0.156 0.065 0.075 0.031 60 H 0.218 0.096 0.033 0.023 0.196 0.021 0.033 0.111 0.076 0.106 0.088 61 E 0.075 0.136 0.072 0.070 0.121 0.045 0.061 0.140 0.092 0.127 0.063 62 G 0.110 0.137 0.075 0.053 0.136 0.037 0.032 0.105 0.083 0.163 0.069 63 H 0.097 0.161 0.124 0.043 0.178 0.038 0.050 0.120 0.081 0.071 0.036 64 S 0.041 0.184 0.118 0.089 0.078 0.064 0.106 0.155 0.064 0.071 0.030 65 G 0.033 0.075 0.097 0.104 0.051 0.048 0.025 0.079 0.109 0.310 0.070 66 W 0.091 0.184 0.064 0.009 0.198 0.011 0.035 0.153 0.110 0.093 0.052 67 T 0.070 0.269 0.117 0.008 0.128 0.005 0.015 0.125 0.085 0.131 0.046 68 I 0.043 0.242 0.115 0.015 0.126 0.006 0.010 0.306 0.092 0.026 0.020 69 P 0.004 0.040 0.014 0.004 0.016 0.011 0.029 0.674 0.188 0.015 0.004 70 Q 0.012 0.015 0.007 0.002 0.013 0.003 0.025 0.699 0.134 0.078 0.012 71 I 0.006 0.011 0.006 0.002 0.006 0.002 0.005 0.730 0.153 0.076 0.005 72 A 0.003 0.013 0.003 0.001 0.007 0.002 0.008 0.825 0.123 0.011 0.003 73 S 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.006 0.027 0.862 0.085 0.006 0.001 74 N 0.004 0.006 0.005 0.002 0.003 0.002 0.014 0.795 0.077 0.088 0.005 75 I 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.822 0.120 0.043 0.002 76 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.896 0.091 0.001 0.001 77 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.932 0.051 0.005 0.001 78 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.854 0.102 0.021 0.001 79 L 0.005 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.686 0.234 0.050 0.004 80 N 0.003 0.007 0.003 0.003 0.006 0.011 0.068 0.542 0.321 0.033 0.002 81 T 0.005 0.011 0.006 0.003 0.009 0.008 0.120 0.412 0.191 0.226 0.007 82 H 0.065 0.129 0.153 0.030 0.134 0.022 0.092 0.074 0.091 0.163 0.048 83 N 0.390 0.056 0.016 0.010 0.240 0.011 0.028 0.023 0.016 0.028 0.184 84 P 0.136 0.182 0.033 0.002 0.397 0.001 0.002 0.025 0.081 0.076 0.067 85 D 0.006 0.001 0.001 0.002 0.008 0.062 0.661 0.147 0.081 0.029 0.003 86 V 0.175 0.079 0.003 0.001 0.734 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 87 V 0.140 0.022 0.001 0.001 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 88 F 0.266 0.011 0.001 0.001 0.700 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 89 L 0.315 0.040 0.002 0.003 0.516 0.008 0.005 0.001 0.001 0.005 0.105 90 W 0.379 0.054 0.008 0.004 0.440 0.002 0.003 0.002 0.001 0.012 0.096 91 I 0.129 0.074 0.034 0.046 0.160 0.069 0.060 0.068 0.052 0.162 0.146 92 G 0.127 0.112 0.072 0.053 0.175 0.030 0.025 0.018 0.041 0.254 0.091 93 G 0.138 0.135 0.056 0.042 0.260 0.042 0.041 0.041 0.058 0.112 0.077 94 N 0.104 0.070 0.055 0.047 0.160 0.032 0.039 0.046 0.087 0.254 0.107 95 D 0.187 0.102 0.040 0.010 0.357 0.008 0.032 0.068 0.084 0.048 0.065 96 L 0.022 0.041 0.022 0.009 0.040 0.018 0.048 0.306 0.364 0.112 0.018 97 L 0.051 0.049 0.026 0.011 0.055 0.019 0.110 0.240 0.140 0.255 0.044 98 L 0.046 0.234 0.156 0.048 0.120 0.044 0.071 0.112 0.047 0.091 0.033 99 N 0.137 0.252 0.131 0.019 0.199 0.009 0.014 0.089 0.026 0.049 0.074 100 G 0.008 0.029 0.017 0.009 0.020 0.011 0.009 0.622 0.227 0.041 0.008 101 N 0.012 0.020 0.007 0.004 0.024 0.007 0.024 0.770 0.083 0.037 0.012 102 L 0.006 0.007 0.002 0.001 0.008 0.001 0.009 0.839 0.093 0.032 0.003 103 N 0.007 0.008 0.005 0.001 0.007 0.002 0.004 0.871 0.063 0.027 0.006 104 A 0.003 0.010 0.002 0.001 0.009 0.002 0.007 0.878 0.073 0.013 0.002 105 T 0.001 0.015 0.014 0.004 0.005 0.026 0.041 0.859 0.030 0.003 0.001 106 G 0.005 0.005 0.007 0.002 0.002 0.001 0.003 0.865 0.031 0.071 0.008 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.079 0.014 0.001 108 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.034 0.001 0.001 109 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.025 0.004 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.033 0.001 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.947 0.039 0.009 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.813 0.165 0.019 0.001 115 F 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.645 0.304 0.007 0.001 116 T 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.115 0.643 0.129 0.097 0.003 117 V 0.026 0.048 0.032 0.011 0.064 0.063 0.359 0.159 0.080 0.136 0.024 118 K 0.470 0.040 0.022 0.003 0.277 0.001 0.001 0.008 0.011 0.024 0.143 119 P 0.002 0.012 0.011 0.008 0.007 0.041 0.125 0.446 0.336 0.011 0.001 120 N 0.017 0.005 0.002 0.002 0.010 0.003 0.022 0.027 0.077 0.751 0.084 121 V 0.075 0.441 0.024 0.001 0.433 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.011 122 T 0.117 0.080 0.005 0.001 0.779 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.007 123 L 0.318 0.030 0.002 0.001 0.640 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 124 F 0.162 0.058 0.003 0.002 0.751 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 125 V 0.373 0.046 0.009 0.002 0.496 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.067 126 A 0.177 0.142 0.037 0.023 0.286 0.032 0.043 0.027 0.015 0.097 0.120 127 D 0.131 0.249 0.149 0.034 0.264 0.009 0.010 0.018 0.016 0.063 0.056 128 Y 0.054 0.175 0.140 0.104 0.124 0.043 0.029 0.088 0.094 0.111 0.038 129 Y 0.018 0.263 0.319 0.086 0.090 0.037 0.053 0.072 0.038 0.018 0.006 130 P 0.061 0.278 0.179 0.018 0.131 0.015 0.044 0.090 0.055 0.084 0.045 131 W 0.026 0.467 0.242 0.012 0.113 0.005 0.015 0.058 0.025 0.023 0.014 132 P 0.016 0.227 0.097 0.008 0.058 0.009 0.015 0.404 0.132 0.024 0.011 133 E 0.003 0.010 0.005 0.002 0.007 0.006 0.020 0.660 0.253 0.031 0.004 134 A 0.006 0.014 0.006 0.002 0.007 0.003 0.010 0.770 0.099 0.077 0.006 135 I 0.003 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.003 0.820 0.106 0.047 0.002 136 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.004 0.011 0.853 0.108 0.010 0.001 137 Q 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.020 0.883 0.068 0.013 0.002 138 Y 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.003 0.013 0.831 0.097 0.041 0.002 139 N 0.006 0.010 0.002 0.001 0.008 0.002 0.008 0.810 0.129 0.020 0.004 140 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.005 0.034 0.815 0.116 0.018 0.002 141 V 0.003 0.012 0.008 0.002 0.004 0.004 0.032 0.714 0.117 0.102 0.004 142 I 0.007 0.010 0.004 0.001 0.008 0.001 0.002 0.811 0.118 0.033 0.006 143 P 0.001 0.009 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.908 0.066 0.002 0.001 144 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.954 0.035 0.003 0.001 145 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.033 0.006 0.001 146 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.046 0.005 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.046 0.001 0.001 148 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.968 0.023 0.001 0.001 149 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.913 0.058 0.017 0.001 150 A 0.003 0.015 0.003 0.001 0.005 0.002 0.018 0.815 0.125 0.012 0.002 151 N 0.004 0.005 0.006 0.004 0.003 0.008 0.059 0.648 0.191 0.066 0.006 152 A 0.005 0.301 0.152 0.029 0.039 0.028 0.176 0.166 0.059 0.041 0.004 153 G 0.098 0.056 0.023 0.007 0.048 0.002 0.003 0.009 0.024 0.362 0.367 154 K 0.020 0.351 0.109 0.038 0.102 0.054 0.077 0.111 0.074 0.052 0.013 155 K 0.292 0.039 0.013 0.006 0.225 0.004 0.009 0.019 0.041 0.173 0.179 156 V 0.146 0.268 0.031 0.002 0.536 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 157 Y 0.136 0.111 0.008 0.001 0.717 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.019 158 F 0.378 0.072 0.013 0.001 0.490 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 159 V 0.062 0.431 0.082 0.009 0.376 0.005 0.007 0.004 0.001 0.005 0.018 160 K 0.295 0.177 0.025 0.001 0.460 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 161 L 0.048 0.040 0.007 0.005 0.054 0.010 0.008 0.159 0.433 0.182 0.054 162 S 0.018 0.069 0.056 0.044 0.036 0.037 0.059 0.286 0.285 0.099 0.010 163 E 0.026 0.060 0.030 0.008 0.056 0.006 0.030 0.494 0.209 0.071 0.010 164 I 0.063 0.065 0.023 0.009 0.087 0.016 0.079 0.399 0.152 0.079 0.029 165 Q 0.080 0.050 0.019 0.013 0.086 0.030 0.064 0.298 0.145 0.143 0.070 166 F 0.064 0.214 0.071 0.023 0.156 0.029 0.030 0.203 0.094 0.077 0.038 167 D 0.101 0.116 0.072 0.020 0.157 0.015 0.039 0.160 0.087 0.170 0.064 168 R 0.049 0.115 0.075 0.024 0.080 0.024 0.073 0.247 0.165 0.119 0.029 169 N 0.086 0.108 0.049 0.032 0.133 0.021 0.058 0.176 0.141 0.137 0.059 170 T 0.039 0.172 0.094 0.044 0.091 0.034 0.063 0.162 0.141 0.127 0.032 171 D 0.148 0.108 0.049 0.015 0.187 0.013 0.036 0.105 0.079 0.151 0.107 172 I 0.168 0.129 0.027 0.010 0.209 0.014 0.024 0.095 0.128 0.123 0.073 173 S 0.106 0.148 0.119 0.040 0.166 0.027 0.047 0.104 0.090 0.101 0.051 174 W 0.104 0.100 0.060 0.049 0.118 0.040 0.058 0.145 0.124 0.151 0.051 175 D 0.067 0.164 0.104 0.084 0.133 0.053 0.071 0.098 0.082 0.101 0.043 176 G 0.067 0.098 0.081 0.046 0.109 0.030 0.033 0.138 0.130 0.211 0.058 177 L 0.091 0.184 0.092 0.025 0.202 0.025 0.059 0.095 0.071 0.098 0.057 178 H 0.156 0.239 0.136 0.011 0.283 0.008 0.013 0.038 0.014 0.028 0.074 179 L 0.055 0.219 0.070 0.014 0.099 0.025 0.034 0.086 0.096 0.236 0.066 180 S 0.018 0.418 0.427 0.011 0.076 0.001 0.001 0.011 0.006 0.025 0.005 181 E 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.827 0.146 0.009 0.001 182 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.931 0.065 0.002 0.001 183 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.040 0.003 0.001 184 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.045 0.002 0.001 185 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.021 0.001 0.001 186 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.013 0.001 0.001 187 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.039 0.006 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.057 0.001 0.001 189 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.964 0.030 0.001 0.001 190 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.965 0.023 0.002 0.001 191 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.889 0.084 0.024 0.001 192 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.090 0.001 0.001 193 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.968 0.025 0.001 0.001 194 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.932 0.043 0.010 0.001 195 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.865 0.099 0.031 0.001 196 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.870 0.115 0.004 0.001 197 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.916 0.055 0.009 0.001 198 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.029 0.873 0.070 0.018 0.001 199 L 0.006 0.012 0.003 0.001 0.010 0.001 0.006 0.695 0.195 0.067 0.005 200 R 0.003 0.024 0.010 0.005 0.010 0.010 0.021 0.705 0.191 0.019 0.001 201 A 0.010 0.021 0.012 0.004 0.019 0.010 0.125 0.664 0.093 0.036 0.006 202 L 0.027 0.022 0.015 0.017 0.029 0.040 0.172 0.344 0.114 0.193 0.027 203 A 0.047 0.161 0.095 0.101 0.079 0.054 0.136 0.143 0.061 0.087 0.034 204 G 0.010 0.058 0.135 0.235 0.020 0.071 0.014 0.086 0.089 0.255 0.027 205 E 0.043 0.231 0.092 0.016 0.139 0.016 0.052 0.200 0.116 0.075 0.020