# TARGET T0286 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1461 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.010 0.048 0.044 0.311 0.568 2 A 0.012 0.006 0.122 0.045 0.367 0.448 3 S 0.017 0.009 0.086 0.019 0.394 0.476 4 K 0.027 0.004 0.034 0.004 0.367 0.565 5 T 0.125 0.008 0.008 0.002 0.207 0.650 6 I 0.598 0.011 0.002 0.001 0.080 0.308 7 K 0.926 0.004 0.001 0.001 0.015 0.055 8 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 9 M 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 10 P 0.925 0.002 0.001 0.001 0.026 0.045 11 V 0.671 0.008 0.002 0.005 0.098 0.217 12 G 0.198 0.011 0.009 0.016 0.299 0.466 13 D 0.150 0.026 0.024 0.064 0.403 0.333 14 S 0.102 0.050 0.089 0.124 0.362 0.272 15 C 0.074 0.029 0.303 0.169 0.330 0.095 16 T 0.061 0.017 0.271 0.141 0.425 0.085 17 E 0.056 0.009 0.271 0.102 0.468 0.094 18 G 0.066 0.021 0.095 0.064 0.556 0.199 19 M 0.066 0.037 0.062 0.060 0.535 0.240 20 G 0.075 0.036 0.040 0.030 0.505 0.314 21 G 0.062 0.056 0.059 0.044 0.498 0.280 22 G 0.040 0.050 0.077 0.041 0.571 0.221 23 E 0.024 0.029 0.109 0.074 0.634 0.131 24 M 0.018 0.013 0.065 0.093 0.654 0.156 25 G 0.016 0.008 0.032 0.128 0.540 0.275 26 S 0.023 0.022 0.013 0.381 0.220 0.341 27 Y 0.013 0.010 0.005 0.830 0.044 0.097 28 R 0.008 0.003 0.004 0.923 0.022 0.040 29 T 0.004 0.001 0.005 0.963 0.015 0.012 30 E 0.003 0.001 0.007 0.978 0.007 0.005 31 L 0.002 0.001 0.003 0.990 0.002 0.003 32 Y 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 33 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 36 T 0.001 0.001 0.008 0.976 0.011 0.005 37 Q 0.001 0.001 0.007 0.956 0.022 0.013 38 A 0.001 0.001 0.008 0.867 0.050 0.074 39 G 0.002 0.003 0.005 0.034 0.385 0.570 40 L 0.007 0.004 0.012 0.012 0.473 0.493 41 S 0.048 0.006 0.013 0.005 0.545 0.382 42 I 0.395 0.011 0.010 0.007 0.259 0.318 43 D 0.806 0.004 0.003 0.007 0.045 0.135 44 F 0.943 0.004 0.002 0.004 0.016 0.032 45 V 0.891 0.011 0.002 0.009 0.023 0.064 46 G 0.688 0.009 0.005 0.013 0.082 0.203 47 S 0.420 0.013 0.024 0.016 0.213 0.314 48 Q 0.266 0.023 0.101 0.011 0.361 0.238 49 R 0.184 0.036 0.115 0.015 0.483 0.167 50 S 0.091 0.019 0.047 0.012 0.626 0.206 51 G 0.086 0.013 0.024 0.005 0.610 0.263 52 P 0.106 0.042 0.043 0.012 0.547 0.249 53 S 0.140 0.060 0.045 0.013 0.509 0.233 54 S 0.104 0.043 0.043 0.015 0.580 0.216 55 L 0.097 0.038 0.037 0.016 0.597 0.216 56 P 0.114 0.029 0.044 0.019 0.569 0.224 57 D 0.100 0.025 0.060 0.021 0.609 0.186 58 K 0.104 0.023 0.062 0.023 0.596 0.192 59 D 0.136 0.046 0.096 0.032 0.433 0.256 60 H 0.210 0.040 0.081 0.032 0.393 0.244 61 E 0.276 0.025 0.074 0.032 0.358 0.235 62 G 0.374 0.034 0.045 0.030 0.284 0.233 63 H 0.334 0.072 0.033 0.046 0.306 0.209 64 S 0.272 0.046 0.028 0.053 0.370 0.233 65 G 0.111 0.014 0.029 0.079 0.503 0.263 66 W 0.098 0.028 0.033 0.114 0.414 0.313 67 T 0.079 0.046 0.020 0.212 0.184 0.459 68 I 0.015 0.006 0.036 0.824 0.053 0.067 69 P 0.003 0.001 0.037 0.923 0.023 0.013 70 Q 0.002 0.001 0.039 0.930 0.020 0.007 71 I 0.002 0.001 0.019 0.954 0.015 0.008 72 A 0.002 0.001 0.016 0.953 0.018 0.010 73 S 0.002 0.001 0.025 0.929 0.029 0.015 74 N 0.002 0.001 0.023 0.889 0.046 0.038 75 I 0.002 0.002 0.018 0.944 0.018 0.017 76 N 0.002 0.001 0.028 0.919 0.027 0.024 77 N 0.001 0.001 0.023 0.937 0.021 0.017 78 W 0.001 0.001 0.024 0.944 0.018 0.012 79 L 0.001 0.001 0.022 0.939 0.023 0.014 80 N 0.001 0.001 0.038 0.865 0.063 0.031 81 T 0.003 0.002 0.043 0.664 0.152 0.136 82 H 0.004 0.007 0.044 0.461 0.246 0.237 83 N 0.006 0.007 0.007 0.007 0.512 0.461 84 P 0.006 0.001 0.006 0.002 0.619 0.366 85 D 0.079 0.003 0.004 0.001 0.570 0.343 86 V 0.932 0.003 0.001 0.001 0.032 0.032 87 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 88 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 90 W 0.952 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 91 I 0.608 0.003 0.001 0.002 0.051 0.335 92 G 0.237 0.012 0.005 0.006 0.219 0.520 93 G 0.112 0.015 0.042 0.086 0.397 0.347 94 N 0.068 0.013 0.144 0.163 0.394 0.219 95 D 0.069 0.014 0.316 0.241 0.274 0.086 96 L 0.054 0.010 0.294 0.342 0.223 0.078 97 L 0.049 0.014 0.236 0.369 0.243 0.088 98 L 0.056 0.027 0.116 0.335 0.312 0.153 99 N 0.042 0.016 0.090 0.171 0.440 0.241 100 G 0.025 0.014 0.075 0.055 0.521 0.311 101 N 0.019 0.021 0.093 0.040 0.529 0.297 102 L 0.014 0.025 0.070 0.059 0.484 0.349 103 N 0.007 0.007 0.026 0.080 0.366 0.514 104 A 0.004 0.004 0.081 0.515 0.243 0.154 105 T 0.003 0.005 0.048 0.761 0.117 0.066 106 G 0.002 0.003 0.044 0.853 0.046 0.053 107 L 0.001 0.001 0.007 0.986 0.003 0.004 108 S 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.004 109 N 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 110 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 111 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 112 D 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 114 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 115 F 0.001 0.001 0.015 0.968 0.011 0.004 116 T 0.002 0.001 0.011 0.952 0.021 0.013 117 V 0.003 0.003 0.013 0.753 0.068 0.160 118 K 0.002 0.008 0.009 0.027 0.870 0.083 119 P 0.001 0.001 0.025 0.004 0.939 0.030 120 N 0.002 0.001 0.007 0.001 0.961 0.029 121 V 0.158 0.008 0.004 0.001 0.748 0.082 122 T 0.792 0.007 0.001 0.001 0.031 0.170 123 L 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 124 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 126 A 0.888 0.002 0.001 0.001 0.018 0.091 127 D 0.467 0.004 0.003 0.001 0.149 0.377 128 Y 0.253 0.010 0.013 0.002 0.275 0.447 129 Y 0.118 0.024 0.037 0.003 0.280 0.537 130 P 0.065 0.029 0.015 0.007 0.300 0.584 131 W 0.007 0.007 0.006 0.040 0.193 0.747 132 P 0.001 0.001 0.023 0.878 0.052 0.044 133 E 0.001 0.001 0.017 0.969 0.012 0.002 134 A 0.001 0.001 0.015 0.969 0.012 0.003 135 I 0.001 0.001 0.015 0.966 0.012 0.005 136 K 0.001 0.001 0.019 0.955 0.016 0.008 137 Q 0.001 0.001 0.016 0.947 0.021 0.014 138 Y 0.002 0.002 0.018 0.926 0.026 0.027 139 N 0.003 0.002 0.025 0.869 0.055 0.045 140 A 0.002 0.001 0.028 0.869 0.048 0.052 141 V 0.002 0.001 0.017 0.896 0.026 0.057 142 I 0.002 0.001 0.008 0.936 0.018 0.035 143 P 0.001 0.001 0.004 0.973 0.008 0.015 144 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 145 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 146 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 148 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 149 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 150 A 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.001 151 N 0.001 0.001 0.007 0.981 0.008 0.004 152 A 0.001 0.001 0.009 0.878 0.029 0.083 153 G 0.004 0.016 0.013 0.087 0.682 0.197 154 K 0.003 0.002 0.010 0.010 0.829 0.147 155 K 0.007 0.001 0.006 0.002 0.860 0.124 156 V 0.240 0.014 0.004 0.001 0.621 0.120 157 Y 0.772 0.006 0.001 0.001 0.044 0.177 158 F 0.982 0.005 0.001 0.001 0.003 0.010 159 V 0.968 0.005 0.001 0.001 0.004 0.023 160 K 0.867 0.004 0.001 0.002 0.023 0.104 161 L 0.300 0.003 0.121 0.157 0.205 0.214 162 S 0.088 0.002 0.348 0.133 0.288 0.140 163 E 0.050 0.004 0.464 0.204 0.230 0.048 164 I 0.071 0.015 0.224 0.340 0.231 0.120 165 Q 0.103 0.038 0.090 0.339 0.283 0.148 166 F 0.082 0.033 0.045 0.242 0.325 0.273 167 D 0.041 0.012 0.020 0.052 0.511 0.364 168 R 0.018 0.007 0.043 0.033 0.509 0.389 169 N 0.026 0.015 0.062 0.026 0.521 0.352 170 T 0.040 0.018 0.107 0.034 0.511 0.289 171 D 0.073 0.027 0.115 0.036 0.384 0.365 172 I 0.180 0.095 0.066 0.043 0.295 0.321 173 S 0.206 0.085 0.043 0.030 0.424 0.212 174 W 0.111 0.027 0.040 0.028 0.598 0.195 175 D 0.060 0.010 0.037 0.018 0.699 0.177 176 G 0.138 0.027 0.043 0.013 0.625 0.154 177 L 0.297 0.084 0.042 0.016 0.348 0.213 178 H 0.244 0.112 0.049 0.022 0.324 0.250 179 L 0.095 0.054 0.017 0.022 0.325 0.487 180 S 0.017 0.009 0.004 0.031 0.191 0.748 181 E 0.001 0.001 0.018 0.923 0.037 0.021 182 I 0.001 0.001 0.010 0.979 0.008 0.002 183 G 0.001 0.001 0.011 0.979 0.007 0.002 184 Y 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 185 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 186 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 187 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 189 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 190 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 191 W 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 192 Y 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.002 193 K 0.001 0.001 0.007 0.987 0.004 0.002 194 Y 0.001 0.001 0.005 0.984 0.004 0.005 195 T 0.001 0.001 0.003 0.976 0.005 0.015 196 I 0.001 0.001 0.005 0.981 0.005 0.008 197 D 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.004 198 I 0.001 0.001 0.004 0.976 0.007 0.011 199 L 0.001 0.001 0.007 0.968 0.010 0.013 200 R 0.001 0.001 0.009 0.971 0.009 0.009 201 A 0.001 0.001 0.015 0.950 0.015 0.018 202 L 0.003 0.001 0.023 0.823 0.041 0.109 203 A 0.003 0.004 0.015 0.627 0.070 0.282 204 G 0.005 0.004 0.007 0.157 0.096 0.732 205 E 0.005 0.002 0.002 0.020 0.062 0.909