# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1461 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.003 0.014 0.020 0.021 0.089 0.087 0.663 2 A 0.176 0.005 0.008 0.014 0.019 0.103 0.046 0.629 3 S 0.044 0.003 0.008 0.004 0.009 0.076 0.043 0.814 4 K 0.017 0.003 0.041 0.023 0.050 0.213 0.036 0.617 5 T 0.010 0.002 0.112 0.032 0.082 0.124 0.077 0.561 6 I 0.003 0.001 0.207 0.092 0.089 0.111 0.056 0.441 7 K 0.001 0.001 0.734 0.048 0.073 0.025 0.050 0.068 8 I 0.002 0.001 0.523 0.067 0.080 0.042 0.092 0.192 9 M 0.003 0.001 0.853 0.036 0.030 0.016 0.017 0.044 10 P 0.044 0.008 0.514 0.042 0.063 0.076 0.114 0.140 11 V 0.027 0.021 0.308 0.023 0.050 0.164 0.096 0.310 12 G 0.032 0.016 0.124 0.018 0.043 0.190 0.125 0.452 13 D 0.044 0.034 0.095 0.023 0.041 0.143 0.419 0.202 14 S 0.055 0.074 0.128 0.032 0.065 0.170 0.164 0.313 15 C 0.178 0.050 0.100 0.041 0.074 0.137 0.087 0.334 16 T 0.068 0.025 0.058 0.039 0.071 0.135 0.113 0.490 17 E 0.055 0.019 0.043 0.031 0.078 0.184 0.057 0.534 18 G 0.068 0.014 0.037 0.032 0.061 0.189 0.066 0.533 19 M 0.058 0.012 0.033 0.040 0.042 0.173 0.039 0.603 20 G 0.081 0.022 0.036 0.022 0.050 0.126 0.077 0.587 21 G 0.062 0.020 0.025 0.026 0.042 0.134 0.064 0.627 22 G 0.181 0.023 0.021 0.024 0.030 0.115 0.070 0.535 23 E 0.107 0.036 0.017 0.021 0.032 0.130 0.087 0.570 24 M 0.035 0.046 0.020 0.011 0.037 0.136 0.043 0.672 25 G 0.028 0.050 0.029 0.034 0.065 0.123 0.134 0.536 26 S 0.019 0.229 0.032 0.046 0.049 0.105 0.113 0.407 27 Y 0.026 0.797 0.007 0.010 0.014 0.018 0.036 0.092 28 R 0.015 0.918 0.005 0.003 0.003 0.006 0.018 0.031 29 T 0.006 0.945 0.004 0.003 0.002 0.004 0.019 0.018 30 E 0.004 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 31 L 0.024 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 32 Y 0.008 0.055 0.005 0.001 0.001 0.002 0.923 0.006 33 R 0.009 0.693 0.005 0.002 0.002 0.008 0.230 0.051 34 L 0.108 0.653 0.014 0.002 0.003 0.023 0.042 0.155 35 L 0.087 0.128 0.076 0.030 0.011 0.060 0.294 0.314 36 T 0.418 0.056 0.008 0.002 0.005 0.043 0.055 0.413 37 Q 0.140 0.008 0.008 0.001 0.001 0.062 0.048 0.731 38 A 0.030 0.007 0.030 0.007 0.008 0.187 0.027 0.704 39 G 0.057 0.003 0.014 0.001 0.004 0.076 0.030 0.814 40 L 0.015 0.005 0.068 0.012 0.009 0.189 0.020 0.682 41 S 0.015 0.007 0.297 0.010 0.027 0.092 0.050 0.501 42 I 0.020 0.009 0.115 0.043 0.048 0.114 0.067 0.583 43 D 0.010 0.005 0.589 0.060 0.074 0.051 0.059 0.151 44 F 0.013 0.009 0.309 0.058 0.083 0.067 0.111 0.351 45 V 0.033 0.011 0.401 0.095 0.094 0.070 0.062 0.235 46 G 0.090 0.011 0.157 0.060 0.099 0.099 0.103 0.380 47 S 0.037 0.008 0.053 0.028 0.051 0.136 0.056 0.631 48 Q 0.066 0.007 0.050 0.025 0.041 0.158 0.057 0.595 49 R 0.038 0.006 0.024 0.020 0.032 0.184 0.074 0.623 50 S 0.031 0.007 0.022 0.015 0.025 0.134 0.056 0.710 51 G 0.150 0.020 0.021 0.024 0.037 0.149 0.072 0.527 52 P 0.108 0.017 0.016 0.018 0.026 0.130 0.059 0.628 53 S 0.023 0.012 0.035 0.025 0.048 0.152 0.053 0.652 54 S 0.037 0.012 0.025 0.017 0.033 0.159 0.043 0.674 55 L 0.235 0.026 0.027 0.026 0.026 0.151 0.067 0.443 56 P 0.081 0.026 0.020 0.011 0.019 0.129 0.050 0.664 57 D 0.090 0.031 0.022 0.012 0.030 0.140 0.053 0.621 58 K 0.053 0.027 0.030 0.026 0.044 0.148 0.071 0.600 59 D 0.045 0.018 0.043 0.041 0.062 0.151 0.060 0.581 60 H 0.040 0.015 0.072 0.050 0.092 0.140 0.142 0.451 61 E 0.016 0.010 0.105 0.059 0.104 0.156 0.083 0.466 62 G 0.090 0.009 0.093 0.037 0.082 0.136 0.073 0.479 63 H 0.106 0.009 0.054 0.057 0.062 0.122 0.099 0.491 64 S 0.034 0.012 0.070 0.028 0.103 0.130 0.068 0.555 65 G 0.033 0.014 0.044 0.025 0.068 0.143 0.052 0.620 66 W 0.007 0.011 0.075 0.096 0.084 0.176 0.031 0.520 67 T 0.025 0.084 0.034 0.020 0.031 0.096 0.040 0.671 68 I 0.202 0.556 0.015 0.012 0.011 0.028 0.076 0.100 69 P 0.109 0.321 0.032 0.010 0.010 0.059 0.130 0.331 70 Q 0.045 0.269 0.027 0.010 0.009 0.041 0.396 0.203 71 I 0.151 0.628 0.008 0.002 0.003 0.026 0.072 0.108 72 A 0.183 0.295 0.013 0.004 0.006 0.045 0.241 0.213 73 S 0.015 0.211 0.013 0.007 0.008 0.073 0.188 0.485 74 N 0.032 0.662 0.007 0.002 0.004 0.041 0.045 0.206 75 I 0.074 0.789 0.005 0.002 0.002 0.020 0.023 0.084 76 N 0.121 0.355 0.022 0.004 0.007 0.042 0.258 0.192 77 N 0.038 0.110 0.022 0.005 0.006 0.044 0.602 0.172 78 W 0.085 0.101 0.077 0.011 0.013 0.085 0.363 0.266 79 L 0.196 0.024 0.049 0.017 0.018 0.075 0.158 0.464 80 N 0.093 0.008 0.013 0.007 0.013 0.080 0.046 0.739 81 T 0.006 0.001 0.019 0.002 0.005 0.117 0.045 0.804 82 H 0.040 0.002 0.033 0.008 0.009 0.224 0.037 0.646 83 N 0.163 0.004 0.027 0.006 0.008 0.189 0.088 0.515 84 P 0.002 0.002 0.087 0.005 0.011 0.253 0.040 0.600 85 D 0.001 0.001 0.860 0.007 0.030 0.028 0.044 0.029 86 V 0.001 0.001 0.712 0.027 0.026 0.021 0.118 0.095 87 V 0.001 0.001 0.980 0.007 0.003 0.001 0.007 0.002 88 F 0.001 0.001 0.950 0.004 0.007 0.004 0.027 0.007 89 L 0.001 0.001 0.936 0.008 0.009 0.008 0.028 0.008 90 W 0.009 0.004 0.779 0.010 0.021 0.044 0.087 0.046 91 I 0.026 0.027 0.489 0.013 0.036 0.169 0.123 0.117 92 G 0.062 0.128 0.208 0.014 0.042 0.219 0.091 0.235 93 G 0.044 0.250 0.131 0.010 0.028 0.153 0.146 0.239 94 N 0.085 0.470 0.047 0.009 0.022 0.102 0.094 0.172 95 D 0.114 0.177 0.081 0.018 0.025 0.090 0.346 0.150 96 L 0.110 0.194 0.044 0.022 0.029 0.116 0.188 0.297 97 L 0.229 0.063 0.042 0.018 0.033 0.081 0.164 0.371 98 L 0.137 0.041 0.011 0.013 0.019 0.116 0.056 0.608 99 N 0.033 0.022 0.011 0.011 0.020 0.088 0.068 0.748 100 G 0.047 0.048 0.008 0.009 0.015 0.118 0.035 0.721 101 N 0.129 0.115 0.013 0.015 0.017 0.124 0.095 0.492 102 L 0.035 0.129 0.017 0.010 0.007 0.104 0.053 0.645 103 N 0.171 0.530 0.004 0.002 0.003 0.026 0.088 0.177 104 A 0.116 0.213 0.006 0.001 0.001 0.030 0.482 0.150 105 T 0.004 0.095 0.006 0.002 0.003 0.029 0.757 0.104 106 G 0.005 0.916 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.036 107 L 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.009 108 S 0.004 0.923 0.004 0.001 0.001 0.003 0.056 0.008 109 N 0.005 0.930 0.002 0.001 0.001 0.003 0.050 0.008 110 L 0.006 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 111 I 0.017 0.929 0.007 0.001 0.001 0.002 0.036 0.007 112 D 0.014 0.261 0.039 0.001 0.001 0.014 0.600 0.070 113 Q 0.022 0.283 0.050 0.001 0.001 0.024 0.539 0.080 114 I 0.225 0.388 0.075 0.007 0.005 0.034 0.113 0.153 115 F 0.288 0.059 0.011 0.005 0.007 0.064 0.028 0.536 116 T 0.003 0.002 0.031 0.004 0.004 0.061 0.062 0.832 117 V 0.109 0.003 0.021 0.005 0.006 0.116 0.049 0.690 118 K 0.846 0.001 0.007 0.001 0.001 0.020 0.043 0.082 119 P 0.014 0.001 0.016 0.001 0.002 0.174 0.005 0.787 120 N 0.001 0.001 0.056 0.001 0.007 0.088 0.010 0.836 121 V 0.001 0.001 0.294 0.048 0.038 0.180 0.060 0.380 122 T 0.001 0.001 0.882 0.024 0.022 0.010 0.037 0.025 123 L 0.001 0.001 0.754 0.043 0.038 0.009 0.079 0.076 124 F 0.001 0.001 0.960 0.013 0.009 0.002 0.009 0.007 125 V 0.004 0.001 0.848 0.027 0.035 0.013 0.030 0.044 126 A 0.015 0.001 0.602 0.045 0.058 0.062 0.050 0.167 127 D 0.047 0.004 0.178 0.023 0.055 0.169 0.072 0.451 128 Y 0.044 0.005 0.047 0.009 0.020 0.194 0.064 0.616 129 Y 0.027 0.011 0.036 0.016 0.020 0.202 0.047 0.643 130 P 0.033 0.048 0.017 0.008 0.010 0.137 0.031 0.716 131 W 0.191 0.353 0.010 0.006 0.006 0.065 0.065 0.305 132 P 0.199 0.608 0.005 0.002 0.002 0.027 0.036 0.122 133 E 0.069 0.615 0.009 0.003 0.004 0.036 0.052 0.211 134 A 0.067 0.661 0.009 0.003 0.004 0.034 0.057 0.165 135 I 0.095 0.447 0.016 0.004 0.006 0.033 0.283 0.116 136 K 0.066 0.533 0.009 0.005 0.007 0.042 0.124 0.214 137 Q 0.071 0.398 0.018 0.005 0.008 0.046 0.116 0.338 138 Y 0.074 0.391 0.014 0.009 0.012 0.062 0.123 0.317 139 N 0.120 0.263 0.016 0.005 0.007 0.059 0.199 0.332 140 A 0.015 0.274 0.018 0.013 0.010 0.101 0.109 0.461 141 V 0.017 0.656 0.008 0.002 0.003 0.040 0.022 0.252 142 I 0.033 0.908 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.022 143 P 0.009 0.902 0.004 0.001 0.001 0.006 0.055 0.023 144 G 0.007 0.927 0.004 0.001 0.001 0.003 0.043 0.014 145 I 0.004 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 146 V 0.015 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 147 Q 0.018 0.743 0.027 0.002 0.002 0.007 0.158 0.043 148 Q 0.022 0.820 0.014 0.002 0.001 0.010 0.062 0.070 149 K 0.301 0.202 0.108 0.008 0.004 0.026 0.221 0.130 150 A 0.459 0.051 0.022 0.007 0.005 0.052 0.098 0.306 151 N 0.069 0.004 0.011 0.001 0.001 0.034 0.038 0.842 152 A 0.042 0.002 0.004 0.001 0.002 0.059 0.009 0.880 153 G 0.084 0.002 0.013 0.002 0.004 0.089 0.053 0.753 154 K 0.008 0.001 0.024 0.006 0.010 0.195 0.013 0.743 155 K 0.008 0.001 0.192 0.013 0.045 0.095 0.035 0.612 156 V 0.004 0.002 0.169 0.077 0.058 0.073 0.039 0.578 157 Y 0.001 0.001 0.766 0.054 0.077 0.019 0.016 0.065 158 F 0.004 0.004 0.349 0.093 0.124 0.038 0.063 0.324 159 V 0.005 0.005 0.629 0.146 0.062 0.025 0.025 0.103 160 K 0.151 0.077 0.254 0.057 0.081 0.062 0.082 0.235 161 L 0.094 0.093 0.139 0.040 0.058 0.087 0.108 0.381 162 S 0.073 0.086 0.072 0.036 0.059 0.081 0.059 0.534 163 E 0.106 0.050 0.059 0.054 0.075 0.098 0.111 0.448 164 I 0.067 0.034 0.040 0.062 0.077 0.127 0.060 0.533 165 Q 0.072 0.014 0.036 0.044 0.077 0.102 0.070 0.585 166 F 0.030 0.006 0.014 0.023 0.032 0.132 0.056 0.706 167 D 0.050 0.017 0.014 0.021 0.028 0.114 0.064 0.692 168 R 0.135 0.024 0.006 0.009 0.015 0.111 0.027 0.673 169 N 0.103 0.030 0.012 0.014 0.023 0.116 0.090 0.611 170 T 0.050 0.034 0.027 0.029 0.045 0.137 0.071 0.607 171 D 0.028 0.017 0.044 0.042 0.072 0.160 0.082 0.555 172 I 0.019 0.008 0.073 0.039 0.040 0.153 0.065 0.604 173 S 0.407 0.019 0.034 0.019 0.027 0.083 0.065 0.345 174 W 0.191 0.015 0.016 0.014 0.017 0.112 0.078 0.556 175 D 0.013 0.008 0.048 0.011 0.045 0.166 0.019 0.690 176 G 0.011 0.009 0.109 0.032 0.115 0.117 0.071 0.535 177 L 0.017 0.027 0.114 0.131 0.086 0.112 0.070 0.443 178 H 0.079 0.101 0.203 0.060 0.078 0.094 0.072 0.313 179 L 0.061 0.184 0.057 0.039 0.041 0.082 0.100 0.436 180 S 0.068 0.674 0.014 0.004 0.006 0.029 0.049 0.156 181 E 0.025 0.846 0.006 0.002 0.002 0.015 0.028 0.075 182 I 0.006 0.931 0.003 0.002 0.002 0.009 0.014 0.034 183 G 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 184 Y 0.004 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.003 185 K 0.001 0.786 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.007 186 K 0.001 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.005 187 I 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 188 A 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 189 N 0.003 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 190 I 0.023 0.900 0.004 0.001 0.001 0.005 0.054 0.015 191 W 0.022 0.204 0.010 0.001 0.001 0.006 0.745 0.012 192 Y 0.025 0.701 0.003 0.001 0.001 0.008 0.203 0.059 193 K 0.015 0.750 0.007 0.001 0.001 0.015 0.059 0.153 194 Y 0.009 0.850 0.011 0.001 0.001 0.018 0.037 0.073 195 T 0.045 0.867 0.007 0.001 0.001 0.009 0.037 0.034 196 I 0.066 0.806 0.011 0.001 0.001 0.012 0.036 0.067 197 D 0.046 0.772 0.029 0.001 0.001 0.019 0.034 0.098 198 I 0.096 0.590 0.049 0.002 0.002 0.031 0.069 0.161 199 L 0.226 0.338 0.077 0.004 0.003 0.038 0.087 0.226 200 R 0.159 0.084 0.074 0.006 0.004 0.054 0.090 0.530 201 A 0.087 0.027 0.024 0.003 0.004 0.072 0.037 0.746 202 L 0.125 0.010 0.021 0.004 0.005 0.085 0.043 0.707 203 A 0.058 0.005 0.007 0.003 0.004 0.094 0.023 0.807 204 G 0.040 0.007 0.007 0.003 0.006 0.071 0.026 0.841 205 E 0.032 0.009 0.014 0.011 0.018 0.122 0.027 0.766