# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1461 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.194 0.112 0.045 0.079 0.077 0.081 0.111 0.100 0.087 0.063 0.049 2 A 0.388 0.247 0.045 0.117 0.084 0.052 0.034 0.017 0.010 0.004 0.002 3 S 0.455 0.193 0.083 0.112 0.067 0.037 0.023 0.013 0.010 0.005 0.003 4 K 0.215 0.169 0.047 0.148 0.130 0.102 0.091 0.046 0.027 0.015 0.009 5 T 0.165 0.178 0.070 0.173 0.131 0.098 0.074 0.048 0.036 0.018 0.009 6 I 0.016 0.019 0.022 0.061 0.081 0.127 0.194 0.138 0.136 0.118 0.089 7 K 0.029 0.057 0.075 0.215 0.201 0.165 0.125 0.065 0.038 0.020 0.010 8 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.023 0.086 0.136 0.207 0.276 0.251 9 M 0.001 0.002 0.005 0.013 0.022 0.034 0.089 0.173 0.207 0.220 0.234 10 P 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.018 0.055 0.121 0.228 0.272 0.283 11 V 0.001 0.002 0.006 0.015 0.033 0.054 0.112 0.155 0.207 0.200 0.214 12 G 0.002 0.004 0.005 0.020 0.035 0.056 0.129 0.155 0.238 0.191 0.167 13 D 0.002 0.003 0.003 0.023 0.037 0.058 0.153 0.158 0.195 0.186 0.180 14 S 0.002 0.002 0.004 0.010 0.014 0.020 0.067 0.110 0.209 0.267 0.296 15 C 0.002 0.004 0.005 0.020 0.034 0.050 0.128 0.167 0.195 0.194 0.201 16 T 0.005 0.007 0.012 0.021 0.029 0.041 0.095 0.128 0.206 0.218 0.238 17 E 0.016 0.024 0.017 0.077 0.107 0.127 0.195 0.136 0.125 0.095 0.080 18 G 0.049 0.043 0.029 0.071 0.072 0.079 0.130 0.115 0.161 0.142 0.110 19 M 0.040 0.038 0.014 0.071 0.082 0.102 0.174 0.134 0.132 0.113 0.099 20 G 0.069 0.070 0.026 0.078 0.084 0.094 0.142 0.124 0.129 0.102 0.083 21 G 0.087 0.077 0.033 0.110 0.099 0.096 0.133 0.099 0.100 0.085 0.081 22 G 0.200 0.135 0.052 0.129 0.107 0.089 0.095 0.058 0.058 0.043 0.034 23 E 0.132 0.131 0.038 0.140 0.115 0.098 0.116 0.070 0.070 0.052 0.037 24 M 0.118 0.092 0.031 0.112 0.110 0.112 0.147 0.090 0.084 0.061 0.044 25 G 0.229 0.117 0.060 0.144 0.109 0.088 0.090 0.057 0.051 0.034 0.020 26 S 0.175 0.129 0.076 0.175 0.117 0.098 0.095 0.053 0.039 0.025 0.016 27 Y 0.018 0.049 0.023 0.048 0.061 0.082 0.150 0.148 0.166 0.142 0.113 28 R 0.036 0.055 0.032 0.132 0.136 0.154 0.193 0.103 0.078 0.047 0.033 29 T 0.254 0.094 0.167 0.179 0.110 0.071 0.054 0.029 0.024 0.014 0.006 30 E 0.036 0.057 0.045 0.191 0.188 0.170 0.179 0.078 0.034 0.015 0.007 31 L 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 0.008 0.036 0.083 0.237 0.313 0.309 32 Y 0.005 0.010 0.029 0.067 0.149 0.209 0.262 0.122 0.075 0.049 0.023 33 R 0.043 0.053 0.562 0.188 0.080 0.039 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 34 L 0.004 0.008 0.021 0.065 0.089 0.158 0.344 0.172 0.079 0.042 0.018 35 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.007 0.042 0.094 0.223 0.313 0.311 36 T 0.024 0.055 0.135 0.231 0.223 0.153 0.118 0.034 0.015 0.008 0.003 37 Q 0.073 0.079 0.510 0.141 0.080 0.051 0.032 0.014 0.010 0.006 0.003 38 A 0.078 0.071 0.042 0.126 0.115 0.141 0.235 0.099 0.053 0.026 0.013 39 G 0.248 0.143 0.052 0.087 0.075 0.075 0.096 0.095 0.067 0.041 0.021 40 L 0.082 0.077 0.040 0.084 0.099 0.113 0.142 0.134 0.101 0.072 0.057 41 S 0.304 0.276 0.106 0.153 0.095 0.039 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 42 I 0.018 0.009 0.006 0.018 0.029 0.052 0.116 0.124 0.200 0.219 0.210 43 D 0.161 0.193 0.052 0.223 0.162 0.089 0.057 0.030 0.019 0.009 0.006 44 F 0.003 0.005 0.005 0.015 0.018 0.031 0.096 0.125 0.202 0.261 0.239 45 V 0.046 0.068 0.043 0.110 0.125 0.121 0.132 0.124 0.091 0.074 0.065 46 G 0.053 0.064 0.040 0.112 0.093 0.097 0.131 0.116 0.131 0.097 0.064 47 S 0.097 0.078 0.034 0.112 0.124 0.113 0.126 0.095 0.089 0.074 0.058 48 Q 0.145 0.090 0.029 0.094 0.085 0.084 0.118 0.089 0.114 0.086 0.066 49 R 0.134 0.143 0.038 0.163 0.130 0.102 0.106 0.067 0.053 0.038 0.026 50 S 0.084 0.072 0.026 0.069 0.078 0.093 0.133 0.123 0.122 0.107 0.091 51 G 0.215 0.165 0.045 0.146 0.113 0.089 0.078 0.054 0.045 0.029 0.021 52 P 0.249 0.139 0.050 0.122 0.110 0.090 0.075 0.054 0.054 0.036 0.022 53 S 0.102 0.068 0.023 0.077 0.082 0.095 0.132 0.103 0.121 0.102 0.096 54 S 0.132 0.133 0.043 0.154 0.118 0.101 0.112 0.068 0.063 0.043 0.033 55 L 0.049 0.047 0.031 0.072 0.068 0.080 0.130 0.110 0.135 0.145 0.134 56 P 0.128 0.132 0.054 0.152 0.126 0.113 0.111 0.066 0.054 0.037 0.028 57 D 0.106 0.093 0.045 0.124 0.101 0.098 0.123 0.084 0.093 0.077 0.055 58 K 0.095 0.083 0.032 0.109 0.110 0.112 0.141 0.095 0.090 0.075 0.058 59 D 0.102 0.092 0.044 0.130 0.110 0.103 0.123 0.084 0.093 0.069 0.049 60 H 0.042 0.039 0.029 0.088 0.093 0.108 0.168 0.112 0.120 0.112 0.090 61 E 0.048 0.054 0.047 0.115 0.109 0.104 0.143 0.102 0.108 0.095 0.075 62 G 0.019 0.023 0.020 0.055 0.061 0.078 0.153 0.140 0.162 0.159 0.128 63 H 0.031 0.038 0.029 0.073 0.081 0.092 0.141 0.132 0.137 0.130 0.118 64 S 0.041 0.052 0.031 0.088 0.094 0.103 0.152 0.119 0.133 0.107 0.080 65 G 0.123 0.085 0.049 0.135 0.131 0.108 0.113 0.081 0.081 0.058 0.038 66 W 0.074 0.043 0.022 0.066 0.070 0.090 0.154 0.122 0.141 0.119 0.099 67 T 0.069 0.153 0.044 0.165 0.137 0.109 0.118 0.081 0.061 0.038 0.026 68 I 0.014 0.016 0.011 0.031 0.039 0.061 0.146 0.142 0.182 0.184 0.172 69 P 0.297 0.137 0.091 0.179 0.125 0.072 0.048 0.023 0.016 0.009 0.005 70 Q 0.133 0.119 0.088 0.212 0.144 0.110 0.097 0.043 0.031 0.016 0.007 71 I 0.011 0.026 0.016 0.034 0.040 0.059 0.146 0.159 0.196 0.176 0.137 72 A 0.022 0.026 0.025 0.081 0.112 0.148 0.235 0.137 0.105 0.067 0.041 73 S 0.170 0.093 0.374 0.191 0.083 0.042 0.024 0.010 0.007 0.004 0.001 74 N 0.020 0.051 0.059 0.166 0.171 0.171 0.203 0.091 0.040 0.019 0.008 75 I 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.011 0.059 0.121 0.237 0.289 0.270 76 N 0.055 0.070 0.110 0.247 0.242 0.147 0.083 0.026 0.013 0.006 0.002 77 N 0.113 0.076 0.491 0.156 0.078 0.043 0.023 0.010 0.006 0.003 0.001 78 W 0.013 0.016 0.018 0.060 0.074 0.108 0.282 0.187 0.118 0.077 0.046 79 L 0.008 0.007 0.008 0.008 0.013 0.031 0.112 0.178 0.228 0.214 0.194 80 N 0.070 0.149 0.232 0.273 0.142 0.067 0.037 0.015 0.008 0.004 0.002 81 T 0.191 0.155 0.204 0.152 0.121 0.083 0.047 0.023 0.013 0.007 0.003 82 H 0.120 0.059 0.018 0.065 0.072 0.097 0.167 0.136 0.122 0.085 0.059 83 N 0.272 0.276 0.050 0.163 0.107 0.064 0.033 0.019 0.010 0.004 0.002 84 P 0.007 0.009 0.009 0.023 0.036 0.068 0.129 0.143 0.188 0.200 0.187 85 D 0.032 0.082 0.046 0.185 0.203 0.176 0.132 0.069 0.041 0.020 0.014 86 V 0.001 0.002 0.004 0.023 0.032 0.055 0.151 0.148 0.201 0.204 0.179 87 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.018 0.025 0.083 0.144 0.203 0.246 0.267 88 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.014 0.058 0.129 0.239 0.263 0.281 89 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.007 0.028 0.078 0.220 0.303 0.355 90 W 0.001 0.001 0.006 0.017 0.044 0.077 0.185 0.225 0.202 0.137 0.105 91 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.018 0.065 0.118 0.232 0.261 0.289 92 G 0.002 0.004 0.006 0.019 0.037 0.071 0.176 0.188 0.198 0.160 0.139 93 G 0.003 0.007 0.010 0.029 0.038 0.058 0.139 0.144 0.196 0.192 0.185 94 N 0.005 0.007 0.009 0.033 0.054 0.091 0.201 0.155 0.171 0.141 0.134 95 D 0.009 0.013 0.014 0.050 0.056 0.066 0.155 0.138 0.173 0.167 0.158 96 L 0.006 0.008 0.011 0.029 0.035 0.047 0.128 0.126 0.189 0.209 0.210 97 L 0.016 0.020 0.027 0.057 0.068 0.077 0.154 0.133 0.160 0.150 0.138 98 L 0.029 0.043 0.034 0.100 0.101 0.112 0.190 0.126 0.112 0.087 0.065 99 N 0.091 0.088 0.052 0.119 0.118 0.111 0.134 0.097 0.087 0.062 0.041 100 G 0.148 0.082 0.040 0.109 0.106 0.104 0.146 0.088 0.085 0.056 0.036 101 N 0.351 0.148 0.069 0.146 0.098 0.062 0.054 0.029 0.023 0.013 0.007 102 L 0.100 0.078 0.035 0.088 0.088 0.108 0.172 0.107 0.095 0.070 0.059 103 N 0.120 0.296 0.081 0.157 0.108 0.078 0.070 0.042 0.027 0.014 0.008 104 A 0.112 0.075 0.040 0.142 0.146 0.140 0.160 0.081 0.053 0.032 0.019 105 T 0.710 0.098 0.080 0.065 0.026 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 106 G 0.042 0.137 0.036 0.176 0.195 0.167 0.138 0.064 0.030 0.011 0.004 107 L 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.018 0.071 0.112 0.228 0.256 0.297 108 S 0.041 0.040 0.117 0.238 0.250 0.163 0.100 0.029 0.014 0.006 0.002 109 N 0.037 0.051 0.390 0.276 0.128 0.070 0.031 0.012 0.003 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.041 0.109 0.253 0.307 0.277 111 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.049 0.179 0.246 0.240 0.165 0.103 112 D 0.008 0.020 0.683 0.153 0.079 0.033 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 113 Q 0.001 0.006 0.040 0.104 0.150 0.258 0.326 0.090 0.017 0.006 0.002 114 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.157 0.345 0.468 115 F 0.005 0.007 0.032 0.071 0.145 0.203 0.359 0.102 0.042 0.026 0.009 116 T 0.011 0.028 0.775 0.100 0.039 0.020 0.012 0.005 0.005 0.003 0.002 117 V 0.013 0.029 0.039 0.076 0.093 0.184 0.374 0.118 0.045 0.020 0.010 118 K 0.248 0.137 0.050 0.076 0.056 0.056 0.097 0.117 0.077 0.056 0.029 119 P 0.306 0.159 0.050 0.107 0.102 0.091 0.076 0.055 0.030 0.015 0.010 120 N 0.455 0.302 0.074 0.091 0.055 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 121 V 0.006 0.004 0.002 0.010 0.020 0.042 0.115 0.116 0.205 0.224 0.257 122 T 0.049 0.098 0.032 0.226 0.233 0.152 0.108 0.054 0.029 0.012 0.007 123 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.011 0.021 0.079 0.115 0.203 0.272 0.285 124 F 0.001 0.002 0.009 0.017 0.031 0.043 0.111 0.192 0.186 0.204 0.204 125 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.009 0.014 0.052 0.129 0.243 0.283 0.261 126 A 0.001 0.001 0.006 0.006 0.014 0.026 0.065 0.128 0.232 0.256 0.265 127 D 0.013 0.033 0.033 0.116 0.156 0.162 0.182 0.130 0.099 0.048 0.028 128 Y 0.006 0.007 0.008 0.023 0.031 0.053 0.138 0.145 0.209 0.206 0.175 129 Y 0.079 0.046 0.024 0.082 0.084 0.101 0.172 0.128 0.121 0.088 0.074 130 P 0.084 0.114 0.057 0.155 0.105 0.100 0.139 0.080 0.073 0.051 0.042 131 W 0.036 0.071 0.028 0.076 0.083 0.101 0.182 0.131 0.111 0.096 0.085 132 P 0.215 0.136 0.040 0.152 0.131 0.102 0.101 0.053 0.038 0.020 0.013 133 E 0.584 0.144 0.079 0.096 0.047 0.024 0.012 0.006 0.005 0.002 0.001 134 A 0.124 0.135 0.044 0.155 0.145 0.127 0.130 0.067 0.042 0.020 0.010 135 I 0.017 0.020 0.017 0.027 0.034 0.058 0.149 0.153 0.209 0.173 0.144 136 K 0.077 0.093 0.179 0.250 0.179 0.108 0.071 0.023 0.012 0.006 0.003 137 Q 0.085 0.089 0.365 0.202 0.107 0.073 0.045 0.019 0.010 0.005 0.002 138 Y 0.011 0.019 0.032 0.047 0.055 0.097 0.230 0.182 0.156 0.109 0.063 139 N 0.031 0.032 0.053 0.077 0.092 0.135 0.227 0.140 0.111 0.067 0.034 140 A 0.101 0.069 0.395 0.194 0.099 0.061 0.043 0.017 0.012 0.007 0.003 141 V 0.061 0.096 0.187 0.213 0.137 0.123 0.116 0.040 0.017 0.008 0.003 142 I 0.004 0.012 0.010 0.014 0.019 0.043 0.140 0.197 0.226 0.196 0.140 143 P 0.060 0.077 0.068 0.175 0.184 0.181 0.145 0.061 0.031 0.013 0.006 144 G 0.350 0.094 0.328 0.129 0.054 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 145 I 0.014 0.030 0.027 0.103 0.137 0.179 0.259 0.133 0.070 0.032 0.015 146 V 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.009 0.044 0.101 0.264 0.293 0.277 147 Q 0.005 0.014 0.084 0.159 0.256 0.223 0.174 0.046 0.021 0.013 0.004 148 Q 0.031 0.035 0.704 0.132 0.047 0.028 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 149 K 0.003 0.007 0.022 0.058 0.060 0.123 0.353 0.185 0.105 0.059 0.025 150 A 0.002 0.002 0.006 0.004 0.007 0.024 0.129 0.172 0.242 0.251 0.163 151 N 0.031 0.068 0.457 0.258 0.110 0.044 0.022 0.005 0.003 0.002 0.001 152 A 0.071 0.152 0.364 0.180 0.100 0.071 0.042 0.014 0.005 0.002 0.001 153 G 0.079 0.046 0.031 0.050 0.059 0.096 0.202 0.171 0.132 0.083 0.052 154 K 0.306 0.180 0.069 0.135 0.101 0.086 0.068 0.027 0.016 0.007 0.004 155 K 0.187 0.158 0.231 0.212 0.124 0.049 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 156 V 0.005 0.004 0.008 0.012 0.021 0.049 0.148 0.152 0.185 0.190 0.226 157 Y 0.016 0.043 0.039 0.118 0.128 0.143 0.197 0.139 0.092 0.050 0.034 158 F 0.003 0.007 0.032 0.047 0.042 0.047 0.108 0.134 0.177 0.221 0.182 159 V 0.006 0.005 0.014 0.016 0.032 0.059 0.125 0.167 0.201 0.195 0.181 160 K 0.044 0.099 0.054 0.227 0.170 0.130 0.115 0.076 0.051 0.023 0.011 161 L 0.003 0.006 0.006 0.014 0.021 0.033 0.092 0.121 0.195 0.251 0.257 162 S 0.062 0.055 0.024 0.091 0.112 0.123 0.172 0.126 0.114 0.072 0.050 163 E 0.159 0.123 0.116 0.230 0.147 0.089 0.061 0.030 0.025 0.013 0.005 164 I 0.024 0.020 0.025 0.060 0.084 0.121 0.220 0.144 0.126 0.102 0.074 165 Q 0.032 0.036 0.033 0.065 0.054 0.061 0.141 0.137 0.172 0.144 0.124 166 F 0.025 0.034 0.047 0.080 0.090 0.114 0.201 0.136 0.111 0.093 0.070 167 D 0.131 0.172 0.177 0.185 0.118 0.078 0.061 0.033 0.021 0.014 0.009 168 R 0.179 0.145 0.047 0.142 0.126 0.116 0.113 0.061 0.040 0.021 0.011 169 N 0.379 0.148 0.043 0.093 0.081 0.066 0.061 0.045 0.044 0.025 0.014 170 T 0.259 0.134 0.055 0.152 0.123 0.098 0.082 0.039 0.031 0.016 0.010 171 D 0.098 0.090 0.079 0.133 0.122 0.111 0.125 0.084 0.075 0.051 0.032 172 I 0.018 0.023 0.030 0.058 0.061 0.084 0.167 0.141 0.144 0.138 0.135 173 S 0.037 0.062 0.065 0.120 0.107 0.114 0.150 0.116 0.096 0.076 0.057 174 W 0.035 0.050 0.049 0.110 0.111 0.122 0.147 0.113 0.108 0.090 0.066 175 D 0.054 0.051 0.033 0.090 0.097 0.112 0.153 0.110 0.125 0.101 0.074 176 G 0.075 0.065 0.032 0.133 0.134 0.126 0.141 0.098 0.095 0.064 0.037 177 L 0.015 0.013 0.012 0.029 0.040 0.060 0.126 0.136 0.198 0.194 0.177 178 H 0.029 0.041 0.032 0.104 0.094 0.099 0.168 0.134 0.115 0.094 0.090 179 L 0.011 0.020 0.023 0.041 0.045 0.054 0.117 0.126 0.173 0.198 0.193 180 S 0.051 0.073 0.047 0.108 0.119 0.126 0.147 0.107 0.104 0.069 0.050 181 E 0.135 0.094 0.057 0.162 0.142 0.125 0.118 0.063 0.057 0.032 0.017 182 I 0.135 0.080 0.044 0.151 0.121 0.120 0.147 0.083 0.058 0.038 0.022 183 G 0.018 0.049 0.028 0.070 0.077 0.085 0.154 0.144 0.163 0.125 0.087 184 Y 0.004 0.009 0.014 0.028 0.039 0.078 0.171 0.157 0.192 0.167 0.142 185 K 0.037 0.045 0.142 0.207 0.198 0.152 0.120 0.044 0.030 0.017 0.008 186 K 0.025 0.034 0.090 0.233 0.156 0.147 0.185 0.077 0.030 0.017 0.007 187 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.009 0.046 0.098 0.234 0.319 0.279 188 A 0.001 0.002 0.006 0.008 0.021 0.066 0.179 0.208 0.230 0.171 0.108 189 N 0.015 0.036 0.354 0.229 0.183 0.100 0.049 0.018 0.010 0.005 0.002 190 I 0.005 0.010 0.039 0.098 0.114 0.194 0.316 0.141 0.048 0.025 0.010 191 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.058 0.223 0.334 0.361 192 Y 0.001 0.002 0.008 0.016 0.047 0.139 0.333 0.191 0.133 0.084 0.045 193 K 0.019 0.033 0.576 0.196 0.095 0.043 0.022 0.008 0.005 0.003 0.001 194 Y 0.002 0.008 0.018 0.066 0.094 0.198 0.389 0.147 0.051 0.021 0.008 195 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.017 0.056 0.214 0.340 0.364 196 I 0.005 0.008 0.026 0.061 0.157 0.246 0.320 0.096 0.044 0.026 0.011 197 D 0.048 0.057 0.698 0.131 0.041 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 198 I 0.006 0.012 0.020 0.064 0.081 0.158 0.388 0.157 0.068 0.032 0.014 199 L 0.006 0.005 0.009 0.007 0.009 0.019 0.096 0.144 0.238 0.259 0.207 200 R 0.056 0.065 0.274 0.266 0.171 0.089 0.056 0.012 0.006 0.004 0.002 201 A 0.097 0.096 0.509 0.158 0.070 0.037 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 202 L 0.062 0.050 0.040 0.076 0.076 0.109 0.255 0.162 0.089 0.052 0.029 203 A 0.240 0.148 0.047 0.075 0.074 0.092 0.121 0.103 0.057 0.028 0.016 204 G 0.423 0.214 0.174 0.107 0.051 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 205 E 0.416 0.164 0.093 0.109 0.090 0.059 0.037 0.016 0.009 0.004 0.002