# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1461 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.009 0.016 0.020 0.033 0.043 0.002 0.860 2 A 0.013 0.010 0.013 0.016 0.047 0.071 0.003 0.826 3 S 0.034 0.011 0.008 0.009 0.022 0.064 0.007 0.844 4 K 0.183 0.020 0.015 0.022 0.018 0.132 0.026 0.586 5 T 0.279 0.009 0.029 0.015 0.020 0.215 0.030 0.402 6 I 0.128 0.010 0.199 0.097 0.075 0.095 0.013 0.384 7 K 0.015 0.003 0.523 0.150 0.168 0.045 0.004 0.092 8 I 0.007 0.002 0.466 0.053 0.127 0.029 0.003 0.313 9 M 0.001 0.001 0.922 0.041 0.025 0.001 0.001 0.009 10 P 0.001 0.001 0.268 0.025 0.032 0.016 0.001 0.659 11 V 0.001 0.001 0.905 0.013 0.041 0.008 0.001 0.032 12 G 0.001 0.003 0.538 0.045 0.059 0.070 0.001 0.283 13 D 0.020 0.003 0.273 0.031 0.086 0.144 0.009 0.434 14 S 0.052 0.006 0.216 0.028 0.050 0.244 0.007 0.397 15 C 0.110 0.024 0.097 0.052 0.091 0.188 0.016 0.422 16 T 0.099 0.037 0.082 0.048 0.084 0.295 0.022 0.335 17 E 0.177 0.086 0.043 0.048 0.093 0.183 0.026 0.345 18 G 0.178 0.152 0.048 0.053 0.083 0.083 0.028 0.374 19 M 0.175 0.072 0.062 0.066 0.094 0.114 0.041 0.375 20 G 0.115 0.060 0.063 0.073 0.088 0.083 0.030 0.488 21 G 0.087 0.021 0.046 0.042 0.086 0.058 0.013 0.647 22 G 0.036 0.022 0.045 0.041 0.076 0.094 0.010 0.676 23 E 0.053 0.017 0.027 0.015 0.033 0.121 0.009 0.725 24 M 0.069 0.037 0.047 0.020 0.027 0.156 0.013 0.631 25 G 0.211 0.043 0.033 0.017 0.017 0.104 0.029 0.547 26 S 0.208 0.023 0.067 0.013 0.017 0.172 0.013 0.487 27 Y 0.057 0.045 0.045 0.018 0.031 0.160 0.005 0.639 28 R 0.044 0.071 0.049 0.016 0.068 0.207 0.006 0.539 29 T 0.024 0.124 0.017 0.008 0.021 0.196 0.004 0.606 30 E 0.039 0.318 0.006 0.004 0.008 0.206 0.004 0.415 31 L 0.032 0.784 0.004 0.003 0.006 0.045 0.004 0.123 32 Y 0.009 0.930 0.002 0.001 0.004 0.007 0.002 0.046 33 R 0.009 0.942 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.037 34 L 0.020 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 35 L 0.019 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 36 T 0.039 0.907 0.004 0.002 0.003 0.003 0.013 0.030 37 Q 0.082 0.820 0.014 0.003 0.002 0.004 0.028 0.048 38 A 0.195 0.595 0.021 0.005 0.004 0.010 0.088 0.082 39 G 0.482 0.131 0.046 0.008 0.005 0.015 0.148 0.165 40 L 0.104 0.048 0.482 0.020 0.014 0.053 0.027 0.252 41 S 0.024 0.012 0.129 0.022 0.027 0.087 0.012 0.688 42 I 0.055 0.006 0.138 0.020 0.037 0.055 0.005 0.683 43 D 0.017 0.006 0.532 0.094 0.074 0.080 0.005 0.192 44 F 0.013 0.004 0.212 0.040 0.061 0.070 0.003 0.596 45 V 0.011 0.008 0.556 0.119 0.171 0.032 0.002 0.101 46 G 0.015 0.011 0.145 0.104 0.159 0.118 0.006 0.442 47 S 0.039 0.008 0.193 0.049 0.111 0.077 0.008 0.515 48 Q 0.040 0.010 0.075 0.043 0.065 0.180 0.008 0.580 49 R 0.092 0.012 0.051 0.035 0.058 0.204 0.021 0.527 50 S 0.079 0.024 0.064 0.029 0.051 0.107 0.025 0.621 51 G 0.108 0.012 0.036 0.029 0.045 0.134 0.015 0.621 52 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 53 S 0.032 0.007 0.027 0.043 0.086 0.178 0.008 0.620 54 S 0.225 0.010 0.027 0.023 0.035 0.126 0.017 0.537 55 L 0.176 0.015 0.064 0.069 0.100 0.114 0.006 0.456 56 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.985 57 D 0.020 0.011 0.032 0.048 0.115 0.149 0.004 0.620 58 K 0.088 0.022 0.023 0.024 0.038 0.119 0.010 0.675 59 D 0.104 0.025 0.025 0.021 0.043 0.330 0.015 0.437 60 H 0.220 0.045 0.034 0.031 0.034 0.187 0.022 0.427 61 E 0.199 0.061 0.087 0.037 0.051 0.229 0.019 0.316 62 G 0.086 0.039 0.092 0.042 0.070 0.151 0.024 0.497 63 H 0.091 0.062 0.174 0.089 0.144 0.122 0.012 0.307 64 S 0.011 0.027 0.054 0.041 0.069 0.055 0.004 0.739 65 G 0.032 0.039 0.049 0.039 0.103 0.069 0.011 0.658 66 W 0.200 0.026 0.067 0.033 0.048 0.120 0.022 0.483 67 T 0.077 0.031 0.042 0.022 0.028 0.214 0.019 0.568 68 I 0.159 0.045 0.043 0.029 0.069 0.078 0.007 0.571 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 70 Q 0.015 0.026 0.007 0.010 0.028 0.295 0.004 0.615 71 I 0.237 0.305 0.014 0.006 0.014 0.079 0.009 0.336 72 A 0.067 0.674 0.010 0.005 0.017 0.026 0.005 0.195 73 S 0.086 0.583 0.010 0.005 0.007 0.041 0.011 0.257 74 N 0.236 0.450 0.007 0.002 0.003 0.035 0.025 0.242 75 I 0.132 0.715 0.014 0.003 0.006 0.014 0.014 0.102 76 N 0.030 0.680 0.021 0.004 0.013 0.038 0.012 0.202 77 N 0.054 0.620 0.011 0.004 0.006 0.039 0.014 0.253 78 W 0.146 0.664 0.012 0.003 0.004 0.026 0.018 0.127 79 L 0.100 0.745 0.019 0.005 0.006 0.017 0.016 0.092 80 N 0.098 0.600 0.035 0.012 0.013 0.032 0.034 0.175 81 T 0.254 0.260 0.035 0.010 0.015 0.033 0.064 0.330 82 H 0.242 0.184 0.059 0.016 0.022 0.055 0.099 0.323 83 N 0.126 0.039 0.071 0.033 0.029 0.120 0.031 0.551 84 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 85 D 0.034 0.001 0.283 0.161 0.161 0.204 0.010 0.146 86 V 0.040 0.001 0.732 0.035 0.036 0.029 0.003 0.125 87 V 0.001 0.001 0.953 0.023 0.020 0.001 0.001 0.003 88 F 0.001 0.001 0.960 0.019 0.016 0.001 0.001 0.004 89 L 0.001 0.001 0.985 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 90 W 0.001 0.001 0.980 0.005 0.008 0.001 0.001 0.005 91 I 0.001 0.001 0.883 0.020 0.030 0.013 0.001 0.053 92 G 0.002 0.001 0.523 0.021 0.070 0.119 0.002 0.262 93 G 0.008 0.003 0.292 0.018 0.051 0.137 0.004 0.486 94 N 0.018 0.014 0.111 0.031 0.046 0.200 0.011 0.568 95 D 0.179 0.030 0.043 0.024 0.046 0.212 0.022 0.444 96 L 0.137 0.321 0.105 0.054 0.074 0.104 0.017 0.188 97 L 0.124 0.427 0.071 0.056 0.085 0.090 0.030 0.116 98 L 0.217 0.391 0.076 0.042 0.049 0.048 0.042 0.135 99 N 0.203 0.233 0.063 0.035 0.044 0.038 0.047 0.337 100 G 0.205 0.069 0.082 0.021 0.031 0.063 0.046 0.482 101 N 0.145 0.034 0.048 0.016 0.025 0.155 0.028 0.548 102 L 0.068 0.023 0.047 0.011 0.021 0.099 0.010 0.722 103 N 0.043 0.031 0.021 0.007 0.016 0.308 0.007 0.567 104 A 0.044 0.034 0.020 0.003 0.009 0.087 0.004 0.798 105 T 0.021 0.082 0.009 0.004 0.006 0.223 0.003 0.652 106 G 0.077 0.131 0.005 0.003 0.005 0.310 0.008 0.461 107 L 0.088 0.660 0.009 0.003 0.007 0.047 0.004 0.182 108 S 0.011 0.821 0.004 0.002 0.004 0.030 0.002 0.126 109 N 0.014 0.862 0.001 0.001 0.002 0.020 0.002 0.097 110 L 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.039 111 I 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 112 D 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 113 Q 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 114 I 0.020 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 115 F 0.020 0.940 0.004 0.002 0.002 0.002 0.007 0.023 116 T 0.070 0.826 0.005 0.003 0.003 0.004 0.026 0.063 117 V 0.139 0.547 0.036 0.006 0.006 0.006 0.111 0.149 118 K 0.151 0.401 0.045 0.022 0.023 0.034 0.040 0.283 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 120 N 0.047 0.006 0.059 0.072 0.077 0.158 0.029 0.552 121 V 0.474 0.001 0.182 0.020 0.017 0.040 0.014 0.252 122 T 0.004 0.001 0.820 0.092 0.037 0.012 0.001 0.035 123 L 0.001 0.001 0.776 0.046 0.067 0.010 0.001 0.099 124 F 0.001 0.001 0.985 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 125 V 0.001 0.001 0.964 0.013 0.013 0.002 0.001 0.009 126 A 0.001 0.001 0.977 0.006 0.010 0.001 0.001 0.006 127 D 0.001 0.001 0.825 0.018 0.037 0.027 0.001 0.093 128 Y 0.005 0.001 0.337 0.012 0.052 0.098 0.003 0.492 129 Y 0.015 0.001 0.105 0.012 0.030 0.249 0.003 0.587 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 131 W 0.022 0.001 0.009 0.009 0.021 0.134 0.002 0.802 132 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 133 E 0.009 0.007 0.004 0.006 0.017 0.160 0.001 0.796 134 A 0.275 0.066 0.009 0.005 0.008 0.153 0.006 0.479 135 I 0.201 0.421 0.011 0.007 0.017 0.042 0.004 0.297 136 K 0.057 0.620 0.013 0.007 0.012 0.055 0.005 0.231 137 Q 0.072 0.727 0.007 0.004 0.005 0.033 0.009 0.144 138 Y 0.092 0.824 0.004 0.002 0.004 0.010 0.010 0.054 139 N 0.086 0.797 0.008 0.004 0.006 0.013 0.017 0.069 140 A 0.060 0.782 0.018 0.006 0.005 0.012 0.016 0.100 141 V 0.122 0.548 0.017 0.005 0.006 0.054 0.035 0.214 142 I 0.106 0.637 0.032 0.006 0.012 0.028 0.012 0.167 143 P 0.002 0.068 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.916 144 G 0.015 0.321 0.006 0.003 0.004 0.087 0.005 0.559 145 I 0.047 0.739 0.003 0.001 0.001 0.030 0.005 0.173 146 V 0.018 0.897 0.003 0.001 0.003 0.008 0.003 0.067 147 Q 0.003 0.963 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.025 148 Q 0.006 0.947 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.038 149 K 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 150 A 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 151 N 0.040 0.908 0.002 0.002 0.002 0.003 0.015 0.028 152 A 0.303 0.515 0.010 0.003 0.002 0.003 0.102 0.062 153 G 0.372 0.323 0.036 0.005 0.004 0.008 0.141 0.110 154 K 0.112 0.096 0.241 0.039 0.017 0.039 0.083 0.372 155 K 0.046 0.009 0.200 0.020 0.021 0.070 0.033 0.601 156 V 0.104 0.003 0.364 0.019 0.028 0.064 0.008 0.411 157 Y 0.002 0.001 0.894 0.042 0.018 0.009 0.001 0.035 158 F 0.001 0.001 0.132 0.010 0.022 0.012 0.001 0.823 159 V 0.001 0.001 0.920 0.024 0.033 0.004 0.001 0.017 160 K 0.003 0.001 0.212 0.057 0.066 0.154 0.001 0.506 161 L 0.012 0.002 0.389 0.026 0.136 0.068 0.003 0.363 162 S 0.016 0.005 0.107 0.024 0.059 0.452 0.003 0.336 163 E 0.094 0.009 0.038 0.022 0.038 0.250 0.016 0.533 164 I 0.133 0.052 0.059 0.029 0.046 0.159 0.013 0.509 165 Q 0.164 0.083 0.057 0.059 0.113 0.190 0.024 0.310 166 F 0.166 0.111 0.063 0.065 0.096 0.071 0.022 0.407 167 D 0.085 0.103 0.054 0.058 0.110 0.081 0.022 0.488 168 R 0.076 0.037 0.036 0.020 0.039 0.078 0.018 0.696 169 N 0.055 0.033 0.022 0.015 0.027 0.240 0.020 0.588 170 T 0.125 0.027 0.036 0.022 0.025 0.174 0.025 0.566 171 D 0.081 0.038 0.050 0.023 0.030 0.224 0.011 0.543 172 I 0.148 0.042 0.082 0.043 0.097 0.223 0.013 0.352 173 S 0.082 0.075 0.118 0.109 0.160 0.128 0.010 0.319 174 W 0.030 0.034 0.069 0.050 0.100 0.082 0.010 0.625 175 D 0.075 0.038 0.102 0.067 0.104 0.167 0.020 0.427 176 G 0.149 0.034 0.101 0.061 0.075 0.110 0.030 0.439 177 L 0.133 0.019 0.137 0.034 0.069 0.242 0.014 0.353 178 H 0.052 0.016 0.135 0.058 0.065 0.228 0.011 0.436 179 L 0.045 0.029 0.092 0.032 0.056 0.109 0.003 0.633 180 S 0.016 0.038 0.055 0.021 0.072 0.243 0.005 0.551 181 E 0.033 0.033 0.012 0.004 0.020 0.141 0.004 0.753 182 I 0.032 0.075 0.003 0.002 0.004 0.467 0.004 0.412 183 G 0.097 0.174 0.002 0.001 0.003 0.480 0.009 0.235 184 Y 0.028 0.890 0.003 0.001 0.002 0.010 0.002 0.065 185 K 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 186 K 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.030 187 I 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 188 A 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 189 N 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 190 I 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 191 W 0.022 0.945 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 192 Y 0.017 0.927 0.005 0.001 0.002 0.004 0.005 0.039 193 K 0.015 0.925 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.048 194 Y 0.047 0.835 0.009 0.001 0.001 0.006 0.016 0.085 195 T 0.048 0.829 0.010 0.001 0.002 0.009 0.011 0.089 196 I 0.012 0.828 0.022 0.002 0.004 0.011 0.005 0.115 197 D 0.011 0.824 0.007 0.002 0.002 0.019 0.005 0.130 198 I 0.028 0.867 0.008 0.001 0.001 0.013 0.008 0.073 199 L 0.011 0.956 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.022 200 R 0.022 0.879 0.008 0.003 0.004 0.013 0.010 0.063 201 A 0.060 0.841 0.007 0.003 0.003 0.009 0.016 0.061 202 L 0.200 0.666 0.009 0.003 0.003 0.008 0.036 0.074 203 A 0.162 0.491 0.044 0.011 0.009 0.026 0.050 0.208 204 G 0.100 0.164 0.052 0.012 0.014 0.043 0.048 0.568 205 E 0.176 0.092 0.057 0.014 0.018 0.094 0.026 0.523