# TARGET T0286 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1461 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.135 0.223 0.378 0.098 0.070 0.028 0.018 0.011 0.027 0.010 0.002 2 A 0.151 0.203 0.428 0.052 0.048 0.028 0.020 0.008 0.030 0.030 0.002 3 S 0.174 0.089 0.367 0.159 0.040 0.051 0.058 0.023 0.020 0.014 0.006 4 K 0.164 0.194 0.254 0.150 0.109 0.020 0.055 0.026 0.017 0.011 0.001 5 T 0.035 0.297 0.456 0.080 0.041 0.046 0.013 0.004 0.025 0.001 0.002 6 I 0.007 0.484 0.417 0.009 0.033 0.025 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 7 K 0.005 0.714 0.205 0.005 0.030 0.024 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 8 I 0.001 0.751 0.209 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 9 M 0.001 0.695 0.138 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 0.129 0.001 0.001 10 P 0.004 0.095 0.796 0.001 0.001 0.094 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 11 V 0.025 0.580 0.191 0.034 0.051 0.055 0.006 0.001 0.056 0.001 0.001 12 G 0.027 0.110 0.089 0.013 0.409 0.015 0.030 0.076 0.006 0.224 0.001 13 D 0.074 0.322 0.213 0.127 0.121 0.062 0.026 0.002 0.048 0.003 0.002 14 S 0.133 0.180 0.369 0.033 0.173 0.037 0.010 0.015 0.012 0.036 0.002 15 C 0.529 0.135 0.085 0.120 0.038 0.048 0.011 0.007 0.023 0.003 0.001 16 T 0.494 0.152 0.106 0.149 0.033 0.025 0.010 0.004 0.020 0.006 0.001 17 E 0.319 0.136 0.128 0.277 0.065 0.016 0.034 0.006 0.015 0.003 0.001 18 G 0.196 0.020 0.081 0.092 0.068 0.010 0.178 0.249 0.006 0.099 0.001 19 M 0.213 0.153 0.208 0.317 0.045 0.019 0.022 0.006 0.012 0.004 0.001 20 G 0.069 0.020 0.071 0.075 0.086 0.007 0.226 0.243 0.006 0.195 0.001 21 G 0.147 0.084 0.361 0.116 0.110 0.014 0.026 0.056 0.008 0.075 0.003 22 G 0.168 0.059 0.236 0.038 0.145 0.006 0.019 0.064 0.005 0.259 0.001 23 E 0.445 0.066 0.211 0.161 0.028 0.038 0.017 0.007 0.012 0.008 0.008 24 M 0.220 0.065 0.165 0.378 0.032 0.018 0.083 0.014 0.017 0.007 0.001 25 G 0.111 0.009 0.045 0.047 0.065 0.003 0.087 0.377 0.001 0.255 0.001 26 S 0.337 0.112 0.280 0.139 0.067 0.027 0.013 0.007 0.010 0.006 0.002 27 Y 0.347 0.107 0.240 0.101 0.045 0.075 0.022 0.007 0.043 0.013 0.001 28 R 0.939 0.006 0.021 0.022 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 T 0.970 0.002 0.005 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.982 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.982 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Q 0.935 0.007 0.011 0.040 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.255 0.004 0.013 0.724 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 G 0.030 0.002 0.016 0.016 0.011 0.003 0.246 0.613 0.006 0.058 0.001 40 L 0.107 0.154 0.565 0.096 0.033 0.028 0.005 0.001 0.006 0.005 0.001 41 S 0.081 0.165 0.373 0.155 0.044 0.092 0.044 0.015 0.026 0.003 0.002 42 I 0.023 0.620 0.236 0.014 0.063 0.021 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 43 D 0.047 0.561 0.275 0.014 0.025 0.050 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 44 F 0.055 0.552 0.247 0.021 0.040 0.048 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 45 V 0.145 0.522 0.126 0.091 0.044 0.023 0.005 0.001 0.042 0.001 0.001 46 G 0.070 0.079 0.148 0.085 0.184 0.063 0.248 0.053 0.027 0.040 0.002 47 S 0.292 0.186 0.207 0.210 0.041 0.022 0.015 0.006 0.018 0.003 0.002 48 Q 0.275 0.166 0.286 0.125 0.059 0.024 0.021 0.013 0.019 0.011 0.001 49 R 0.241 0.201 0.269 0.154 0.049 0.028 0.025 0.005 0.019 0.006 0.002 50 S 0.162 0.152 0.308 0.225 0.070 0.027 0.016 0.010 0.018 0.008 0.003 51 G 0.049 0.067 0.249 0.006 0.219 0.003 0.013 0.031 0.024 0.338 0.001 52 P 0.371 0.016 0.392 0.092 0.003 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.093 53 S 0.252 0.162 0.205 0.207 0.084 0.024 0.020 0.023 0.010 0.012 0.001 54 S 0.151 0.183 0.191 0.282 0.051 0.055 0.027 0.010 0.042 0.006 0.001 55 L 0.049 0.244 0.419 0.012 0.022 0.032 0.013 0.001 0.207 0.002 0.001 56 P 0.330 0.013 0.552 0.033 0.001 0.038 0.002 0.001 0.003 0.001 0.027 57 D 0.224 0.095 0.221 0.263 0.038 0.055 0.056 0.019 0.022 0.005 0.001 58 K 0.184 0.127 0.185 0.150 0.097 0.023 0.104 0.072 0.025 0.032 0.001 59 D 0.258 0.164 0.253 0.228 0.025 0.037 0.012 0.003 0.018 0.002 0.001 60 H 0.072 0.163 0.163 0.213 0.043 0.176 0.086 0.008 0.074 0.002 0.001 61 E 0.168 0.217 0.157 0.335 0.037 0.034 0.022 0.004 0.024 0.002 0.001 62 G 0.127 0.155 0.262 0.085 0.180 0.018 0.015 0.081 0.008 0.069 0.001 63 H 0.087 0.473 0.218 0.072 0.070 0.020 0.009 0.002 0.043 0.004 0.001 64 S 0.101 0.063 0.683 0.055 0.028 0.017 0.028 0.006 0.007 0.011 0.002 65 G 0.047 0.008 0.049 0.025 0.056 0.002 0.029 0.554 0.001 0.228 0.001 66 W 0.200 0.134 0.438 0.121 0.045 0.032 0.011 0.004 0.008 0.004 0.001 67 T 0.102 0.292 0.341 0.092 0.076 0.042 0.018 0.006 0.022 0.006 0.002 68 I 0.341 0.153 0.331 0.011 0.025 0.023 0.005 0.001 0.102 0.007 0.001 69 P 0.899 0.001 0.073 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 70 Q 0.805 0.007 0.017 0.107 0.006 0.016 0.020 0.012 0.010 0.001 0.001 71 I 0.889 0.009 0.012 0.078 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 A 0.944 0.006 0.012 0.030 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.916 0.003 0.011 0.057 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 74 N 0.666 0.006 0.017 0.223 0.005 0.030 0.023 0.006 0.022 0.001 0.001 75 I 0.922 0.004 0.004 0.061 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 76 N 0.978 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.955 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 78 W 0.961 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.912 0.008 0.012 0.061 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 80 N 0.893 0.009 0.016 0.066 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 81 T 0.836 0.018 0.017 0.116 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 82 H 0.272 0.119 0.052 0.464 0.024 0.024 0.013 0.006 0.026 0.001 0.001 83 N 0.018 0.054 0.050 0.020 0.009 0.049 0.355 0.002 0.440 0.002 0.001 84 P 0.059 0.012 0.867 0.005 0.009 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 85 D 0.359 0.002 0.008 0.626 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 V 0.001 0.789 0.018 0.001 0.188 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 87 V 0.001 0.931 0.029 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 88 F 0.001 0.727 0.214 0.001 0.006 0.028 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 89 L 0.002 0.725 0.103 0.001 0.014 0.099 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 90 W 0.007 0.504 0.237 0.004 0.017 0.162 0.002 0.001 0.066 0.001 0.001 91 I 0.034 0.442 0.209 0.046 0.068 0.084 0.044 0.001 0.069 0.002 0.002 92 G 0.059 0.102 0.259 0.018 0.288 0.018 0.031 0.062 0.006 0.153 0.003 93 G 0.338 0.165 0.139 0.074 0.128 0.028 0.025 0.031 0.020 0.050 0.002 94 N 0.462 0.085 0.122 0.125 0.033 0.080 0.042 0.008 0.031 0.010 0.002 95 D 0.503 0.076 0.087 0.159 0.021 0.070 0.046 0.006 0.028 0.002 0.002 96 L 0.668 0.065 0.067 0.141 0.012 0.020 0.013 0.004 0.007 0.001 0.001 97 L 0.498 0.114 0.122 0.149 0.032 0.027 0.031 0.006 0.018 0.003 0.001 98 L 0.455 0.139 0.123 0.176 0.021 0.029 0.027 0.004 0.024 0.002 0.001 99 N 0.213 0.045 0.102 0.356 0.023 0.035 0.175 0.018 0.024 0.006 0.001 100 G 0.218 0.024 0.079 0.074 0.068 0.006 0.065 0.250 0.004 0.213 0.001 101 N 0.294 0.078 0.159 0.263 0.017 0.078 0.059 0.004 0.043 0.003 0.004 102 L 0.413 0.062 0.209 0.193 0.019 0.038 0.040 0.008 0.013 0.004 0.002 103 N 0.254 0.099 0.194 0.211 0.035 0.089 0.057 0.014 0.034 0.012 0.001 104 A 0.605 0.066 0.087 0.153 0.028 0.012 0.017 0.011 0.006 0.015 0.001 105 T 0.724 0.032 0.069 0.119 0.019 0.008 0.016 0.008 0.003 0.003 0.001 106 G 0.608 0.020 0.120 0.070 0.031 0.064 0.017 0.011 0.040 0.018 0.001 107 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 I 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 F 0.977 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 T 0.908 0.007 0.004 0.076 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 V 0.483 0.032 0.059 0.400 0.005 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 118 K 0.027 0.099 0.064 0.002 0.009 0.007 0.019 0.001 0.770 0.002 0.001 119 P 0.610 0.001 0.258 0.021 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 120 N 0.025 0.003 0.009 0.657 0.003 0.012 0.131 0.151 0.007 0.001 0.001 121 V 0.001 0.203 0.733 0.001 0.010 0.028 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 122 T 0.042 0.202 0.649 0.016 0.001 0.074 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 123 L 0.001 0.896 0.064 0.001 0.025 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 124 F 0.003 0.836 0.087 0.001 0.006 0.034 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 125 V 0.007 0.530 0.239 0.007 0.009 0.128 0.001 0.001 0.079 0.001 0.001 126 A 0.056 0.402 0.167 0.055 0.194 0.059 0.010 0.002 0.049 0.004 0.001 127 D 0.057 0.210 0.326 0.059 0.165 0.089 0.027 0.005 0.042 0.015 0.005 128 Y 0.218 0.130 0.199 0.333 0.017 0.050 0.016 0.003 0.028 0.003 0.005 129 Y 0.087 0.202 0.439 0.017 0.057 0.052 0.041 0.004 0.093 0.007 0.002 130 P 0.152 0.022 0.572 0.069 0.001 0.115 0.010 0.003 0.011 0.001 0.043 131 W 0.078 0.148 0.586 0.012 0.030 0.033 0.012 0.003 0.084 0.013 0.002 132 P 0.574 0.006 0.353 0.013 0.002 0.022 0.002 0.003 0.001 0.003 0.022 133 E 0.897 0.005 0.022 0.042 0.004 0.004 0.010 0.013 0.001 0.002 0.001 134 A 0.912 0.007 0.012 0.057 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 135 I 0.945 0.006 0.014 0.027 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 136 K 0.974 0.003 0.008 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 137 Q 0.956 0.004 0.006 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Y 0.945 0.004 0.007 0.039 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 139 N 0.909 0.011 0.015 0.048 0.002 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 140 A 0.943 0.007 0.015 0.026 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 141 V 0.787 0.012 0.026 0.160 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 142 I 0.644 0.050 0.149 0.018 0.003 0.022 0.004 0.001 0.108 0.001 0.001 143 P 0.914 0.001 0.075 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 G 0.979 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 145 I 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 V 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 Q 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 A 0.926 0.007 0.020 0.035 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 151 N 0.908 0.005 0.009 0.064 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 152 A 0.421 0.012 0.020 0.532 0.004 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 153 G 0.174 0.028 0.111 0.108 0.033 0.013 0.179 0.286 0.022 0.044 0.001 154 K 0.311 0.063 0.246 0.265 0.021 0.019 0.060 0.004 0.004 0.006 0.001 155 K 0.020 0.021 0.036 0.284 0.021 0.034 0.450 0.115 0.017 0.003 0.001 156 V 0.004 0.467 0.468 0.003 0.013 0.023 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 157 Y 0.029 0.587 0.298 0.010 0.006 0.052 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 158 F 0.006 0.695 0.227 0.004 0.019 0.026 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 159 V 0.011 0.748 0.131 0.003 0.041 0.026 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 160 K 0.007 0.148 0.490 0.004 0.017 0.267 0.002 0.001 0.062 0.001 0.001 161 L 0.536 0.079 0.095 0.194 0.013 0.051 0.009 0.002 0.017 0.001 0.003 162 S 0.442 0.118 0.167 0.148 0.061 0.018 0.015 0.010 0.012 0.010 0.001 163 E 0.537 0.099 0.150 0.083 0.061 0.014 0.028 0.007 0.016 0.004 0.002 164 I 0.558 0.085 0.185 0.119 0.017 0.018 0.006 0.002 0.007 0.001 0.002 165 Q 0.395 0.188 0.115 0.205 0.029 0.032 0.008 0.003 0.023 0.002 0.001 166 F 0.246 0.228 0.198 0.154 0.053 0.041 0.024 0.005 0.044 0.007 0.001 167 D 0.198 0.104 0.243 0.166 0.021 0.121 0.059 0.006 0.075 0.004 0.003 168 R 0.331 0.132 0.174 0.187 0.034 0.033 0.068 0.012 0.022 0.007 0.001 169 N 0.311 0.074 0.148 0.244 0.025 0.050 0.092 0.029 0.019 0.007 0.002 170 T 0.339 0.232 0.153 0.158 0.052 0.017 0.019 0.007 0.019 0.004 0.001 171 D 0.182 0.154 0.255 0.115 0.049 0.107 0.065 0.011 0.056 0.004 0.002 172 I 0.203 0.363 0.211 0.122 0.029 0.036 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 173 S 0.160 0.303 0.272 0.064 0.124 0.026 0.010 0.005 0.020 0.016 0.001 174 W 0.300 0.168 0.225 0.145 0.057 0.039 0.015 0.009 0.028 0.011 0.003 175 D 0.114 0.113 0.161 0.306 0.041 0.053 0.147 0.010 0.050 0.003 0.001 176 G 0.070 0.027 0.053 0.125 0.073 0.015 0.337 0.248 0.009 0.042 0.002 177 L 0.060 0.406 0.359 0.061 0.047 0.034 0.008 0.003 0.018 0.003 0.001 178 H 0.014 0.362 0.362 0.009 0.066 0.069 0.022 0.001 0.088 0.006 0.001 179 L 0.296 0.037 0.421 0.102 0.004 0.119 0.005 0.001 0.007 0.001 0.006 180 S 0.105 0.099 0.545 0.023 0.119 0.059 0.002 0.002 0.034 0.011 0.001 181 E 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 I 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 W 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 193 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 Y 0.946 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 195 T 0.977 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 196 I 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 197 D 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 198 I 0.958 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 199 L 0.846 0.007 0.014 0.124 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 200 R 0.916 0.006 0.029 0.031 0.002 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 201 A 0.843 0.010 0.059 0.072 0.004 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 202 L 0.649 0.025 0.139 0.152 0.002 0.017 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 203 A 0.398 0.049 0.271 0.230 0.010 0.018 0.009 0.003 0.010 0.002 0.001 204 G 0.143 0.025 0.127 0.088 0.063 0.007 0.046 0.269 0.006 0.226 0.001 205 E 0.388 0.091 0.281 0.143 0.029 0.018 0.015 0.012 0.011 0.011 0.001