# TARGET T0286 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1461 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.254 0.189 0.037 0.168 0.019 0.021 0.078 0.053 0.061 0.038 2 A 0.042 0.309 0.213 0.037 0.128 0.021 0.048 0.097 0.057 0.031 0.017 3 S 0.073 0.180 0.126 0.036 0.110 0.029 0.054 0.117 0.127 0.101 0.048 4 K 0.073 0.193 0.135 0.016 0.176 0.017 0.045 0.096 0.124 0.089 0.035 5 T 0.214 0.171 0.053 0.004 0.351 0.007 0.028 0.022 0.029 0.060 0.061 6 I 0.219 0.199 0.013 0.001 0.513 0.001 0.003 0.002 0.002 0.009 0.037 7 K 0.228 0.084 0.010 0.002 0.638 0.003 0.006 0.002 0.002 0.005 0.020 8 I 0.207 0.063 0.003 0.001 0.718 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 9 M 0.153 0.101 0.005 0.003 0.716 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 10 P 0.369 0.050 0.014 0.002 0.437 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.116 11 V 0.043 0.041 0.019 0.088 0.050 0.143 0.242 0.094 0.058 0.156 0.065 12 G 0.072 0.180 0.160 0.146 0.121 0.044 0.015 0.028 0.036 0.122 0.075 13 D 0.062 0.109 0.071 0.042 0.150 0.023 0.017 0.092 0.155 0.208 0.070 14 S 0.109 0.085 0.047 0.019 0.184 0.022 0.097 0.187 0.128 0.074 0.048 15 C 0.080 0.071 0.020 0.011 0.088 0.014 0.040 0.207 0.212 0.188 0.070 16 T 0.075 0.106 0.054 0.033 0.142 0.029 0.046 0.166 0.134 0.162 0.054 17 E 0.020 0.080 0.063 0.069 0.038 0.094 0.191 0.213 0.139 0.063 0.029 18 G 0.055 0.061 0.087 0.097 0.066 0.042 0.065 0.124 0.096 0.226 0.080 19 M 0.063 0.148 0.093 0.059 0.104 0.063 0.133 0.109 0.091 0.096 0.042 20 G 0.039 0.096 0.109 0.177 0.055 0.065 0.048 0.072 0.059 0.201 0.079 21 G 0.040 0.175 0.123 0.116 0.086 0.066 0.073 0.072 0.076 0.131 0.042 22 G 0.027 0.101 0.201 0.169 0.046 0.064 0.041 0.082 0.073 0.147 0.049 23 E 0.054 0.086 0.064 0.038 0.070 0.046 0.078 0.225 0.159 0.127 0.054 24 M 0.023 0.101 0.049 0.059 0.044 0.084 0.150 0.270 0.115 0.081 0.024 25 G 0.013 0.049 0.053 0.088 0.024 0.060 0.040 0.148 0.111 0.353 0.059 26 S 0.040 0.119 0.092 0.024 0.075 0.026 0.048 0.334 0.110 0.104 0.029 27 Y 0.030 0.082 0.041 0.005 0.037 0.003 0.004 0.573 0.111 0.087 0.026 28 R 0.003 0.012 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 0.858 0.100 0.009 0.002 29 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.948 0.040 0.002 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.029 0.005 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.039 0.007 0.001 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.041 0.001 0.001 33 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.968 0.024 0.002 0.001 34 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.948 0.034 0.008 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.903 0.078 0.013 0.001 36 T 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.025 0.784 0.167 0.010 0.001 37 Q 0.002 0.003 0.004 0.004 0.003 0.009 0.139 0.694 0.104 0.036 0.002 38 A 0.007 0.537 0.292 0.021 0.067 0.008 0.029 0.018 0.007 0.011 0.004 39 G 0.077 0.018 0.021 0.036 0.019 0.009 0.004 0.010 0.016 0.443 0.348 40 L 0.067 0.382 0.083 0.013 0.263 0.012 0.023 0.055 0.043 0.038 0.021 41 S 0.215 0.123 0.035 0.005 0.331 0.006 0.011 0.030 0.047 0.093 0.102 42 I 0.229 0.211 0.035 0.003 0.439 0.003 0.005 0.013 0.017 0.014 0.032 43 D 0.207 0.152 0.033 0.003 0.514 0.004 0.011 0.021 0.009 0.011 0.034 44 F 0.413 0.073 0.017 0.005 0.310 0.006 0.009 0.022 0.017 0.039 0.089 45 V 0.067 0.114 0.052 0.126 0.138 0.149 0.134 0.083 0.041 0.057 0.039 46 G 0.098 0.124 0.148 0.105 0.147 0.025 0.014 0.035 0.040 0.188 0.076 47 S 0.091 0.162 0.084 0.031 0.191 0.022 0.039 0.109 0.118 0.110 0.042 48 Q 0.068 0.179 0.083 0.037 0.144 0.036 0.064 0.128 0.118 0.103 0.041 49 R 0.106 0.137 0.089 0.046 0.153 0.042 0.081 0.092 0.068 0.120 0.067 50 S 0.057 0.189 0.176 0.082 0.116 0.045 0.060 0.066 0.058 0.114 0.038 51 G 0.048 0.196 0.284 0.102 0.099 0.033 0.026 0.058 0.049 0.067 0.038 52 P 0.075 0.172 0.091 0.024 0.151 0.023 0.041 0.136 0.151 0.093 0.043 53 S 0.078 0.154 0.074 0.017 0.167 0.018 0.050 0.144 0.138 0.116 0.046 54 S 0.110 0.189 0.108 0.016 0.212 0.016 0.043 0.090 0.067 0.102 0.047 55 L 0.092 0.306 0.166 0.023 0.176 0.012 0.023 0.088 0.041 0.039 0.033 56 P 0.069 0.185 0.127 0.040 0.127 0.036 0.045 0.141 0.106 0.081 0.042 57 D 0.087 0.152 0.058 0.027 0.157 0.031 0.065 0.193 0.120 0.071 0.038 58 K 0.076 0.095 0.045 0.028 0.096 0.020 0.029 0.145 0.140 0.248 0.078 59 D 0.085 0.140 0.067 0.043 0.168 0.045 0.063 0.176 0.079 0.103 0.031 60 H 0.210 0.076 0.027 0.020 0.166 0.021 0.033 0.131 0.094 0.132 0.090 61 E 0.066 0.143 0.084 0.082 0.114 0.048 0.067 0.132 0.082 0.125 0.057 62 G 0.114 0.148 0.081 0.056 0.143 0.037 0.028 0.095 0.074 0.157 0.069 63 H 0.097 0.172 0.142 0.046 0.183 0.037 0.044 0.107 0.073 0.065 0.035 64 S 0.042 0.187 0.113 0.089 0.078 0.067 0.107 0.161 0.061 0.065 0.030 65 G 0.031 0.072 0.093 0.104 0.049 0.046 0.024 0.077 0.107 0.325 0.071 66 W 0.091 0.193 0.068 0.009 0.204 0.011 0.034 0.145 0.101 0.092 0.051 67 T 0.069 0.284 0.120 0.008 0.128 0.004 0.012 0.124 0.083 0.124 0.043 68 I 0.039 0.224 0.108 0.013 0.114 0.005 0.010 0.344 0.099 0.026 0.018 69 P 0.003 0.027 0.009 0.003 0.012 0.009 0.025 0.705 0.189 0.014 0.003 70 Q 0.009 0.013 0.006 0.002 0.011 0.003 0.023 0.736 0.121 0.067 0.010 71 I 0.005 0.008 0.004 0.002 0.004 0.002 0.005 0.742 0.149 0.075 0.005 72 A 0.002 0.011 0.003 0.001 0.006 0.002 0.006 0.834 0.122 0.010 0.002 73 S 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.005 0.028 0.863 0.087 0.006 0.001 74 N 0.003 0.005 0.005 0.002 0.003 0.002 0.016 0.793 0.079 0.088 0.005 75 I 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.807 0.126 0.049 0.002 76 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.892 0.094 0.001 0.001 77 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.930 0.053 0.005 0.001 78 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.849 0.103 0.023 0.001 79 L 0.005 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.692 0.225 0.053 0.005 80 N 0.003 0.008 0.004 0.003 0.007 0.011 0.068 0.553 0.310 0.031 0.002 81 T 0.005 0.010 0.005 0.003 0.009 0.006 0.099 0.423 0.189 0.245 0.007 82 H 0.056 0.151 0.203 0.033 0.148 0.024 0.097 0.072 0.073 0.108 0.035 83 N 0.425 0.043 0.011 0.007 0.241 0.008 0.024 0.018 0.011 0.023 0.188 84 P 0.153 0.181 0.032 0.001 0.439 0.001 0.001 0.015 0.053 0.059 0.064 85 D 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.069 0.723 0.123 0.055 0.018 0.002 86 V 0.175 0.078 0.003 0.001 0.735 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 87 V 0.135 0.021 0.001 0.001 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 88 F 0.254 0.011 0.001 0.001 0.711 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 89 L 0.310 0.042 0.002 0.003 0.503 0.008 0.005 0.002 0.001 0.006 0.118 90 W 0.391 0.053 0.007 0.003 0.416 0.002 0.004 0.003 0.001 0.014 0.105 91 I 0.132 0.081 0.034 0.045 0.156 0.066 0.046 0.094 0.054 0.145 0.146 92 G 0.111 0.132 0.069 0.067 0.159 0.034 0.036 0.039 0.050 0.222 0.082 93 G 0.109 0.136 0.073 0.063 0.176 0.050 0.033 0.090 0.084 0.119 0.067 94 N 0.082 0.086 0.052 0.032 0.128 0.023 0.035 0.180 0.161 0.159 0.062 95 D 0.119 0.050 0.015 0.006 0.161 0.008 0.038 0.279 0.204 0.065 0.056 96 L 0.026 0.038 0.011 0.006 0.040 0.015 0.056 0.438 0.288 0.068 0.015 97 L 0.046 0.040 0.024 0.015 0.055 0.025 0.140 0.358 0.147 0.122 0.029 98 L 0.068 0.117 0.079 0.049 0.102 0.055 0.105 0.178 0.087 0.115 0.044 99 N 0.055 0.107 0.078 0.113 0.072 0.068 0.075 0.107 0.075 0.176 0.074 100 G 0.027 0.112 0.122 0.147 0.053 0.065 0.045 0.087 0.075 0.214 0.053 101 N 0.093 0.137 0.075 0.032 0.151 0.024 0.042 0.120 0.084 0.149 0.092 102 L 0.045 0.114 0.044 0.013 0.089 0.015 0.044 0.267 0.220 0.110 0.040 103 N 0.075 0.198 0.115 0.015 0.098 0.010 0.023 0.216 0.084 0.097 0.068 104 A 0.027 0.044 0.011 0.004 0.051 0.005 0.013 0.543 0.228 0.056 0.018 105 T 0.003 0.035 0.034 0.013 0.012 0.068 0.066 0.660 0.088 0.016 0.004 106 G 0.031 0.033 0.026 0.004 0.016 0.001 0.003 0.588 0.055 0.208 0.035 107 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.840 0.132 0.022 0.001 108 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.040 0.001 0.001 109 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.028 0.005 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.944 0.041 0.009 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.810 0.168 0.018 0.001 115 F 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.034 0.644 0.301 0.007 0.001 116 T 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.122 0.625 0.131 0.104 0.003 117 V 0.027 0.052 0.036 0.012 0.068 0.064 0.358 0.153 0.075 0.131 0.024 118 K 0.468 0.042 0.021 0.003 0.281 0.001 0.002 0.009 0.011 0.024 0.139 119 P 0.002 0.014 0.013 0.008 0.008 0.037 0.105 0.433 0.365 0.014 0.001 120 N 0.022 0.006 0.003 0.002 0.014 0.004 0.028 0.034 0.085 0.713 0.091 121 V 0.080 0.426 0.023 0.001 0.446 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.011 122 T 0.101 0.094 0.005 0.001 0.785 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 123 L 0.339 0.026 0.002 0.001 0.623 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 124 F 0.161 0.060 0.003 0.003 0.748 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 125 V 0.364 0.049 0.009 0.002 0.504 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.065 126 A 0.177 0.151 0.041 0.024 0.289 0.029 0.037 0.026 0.014 0.096 0.116 127 D 0.123 0.260 0.154 0.035 0.258 0.010 0.011 0.019 0.016 0.062 0.053 128 Y 0.053 0.177 0.143 0.105 0.124 0.045 0.031 0.087 0.092 0.105 0.038 129 Y 0.020 0.274 0.311 0.076 0.097 0.034 0.052 0.073 0.038 0.018 0.007 130 P 0.057 0.292 0.192 0.018 0.129 0.015 0.043 0.085 0.051 0.078 0.041 131 W 0.029 0.468 0.240 0.011 0.120 0.005 0.014 0.055 0.024 0.021 0.014 132 P 0.016 0.193 0.081 0.007 0.054 0.009 0.016 0.443 0.149 0.023 0.010 133 E 0.003 0.011 0.005 0.002 0.007 0.007 0.021 0.654 0.247 0.037 0.005 134 A 0.008 0.015 0.007 0.002 0.008 0.003 0.011 0.759 0.099 0.081 0.006 135 I 0.004 0.011 0.003 0.001 0.006 0.001 0.003 0.815 0.105 0.048 0.003 136 K 0.001 0.006 0.002 0.002 0.004 0.004 0.012 0.846 0.111 0.011 0.002 137 Q 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.002 0.023 0.879 0.067 0.013 0.002 138 Y 0.002 0.006 0.004 0.002 0.004 0.004 0.016 0.821 0.095 0.045 0.002 139 N 0.008 0.012 0.003 0.002 0.011 0.002 0.008 0.797 0.127 0.026 0.005 140 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.005 0.030 0.811 0.122 0.018 0.002 141 V 0.003 0.013 0.009 0.002 0.004 0.003 0.029 0.731 0.113 0.090 0.004 142 I 0.006 0.010 0.004 0.001 0.007 0.001 0.002 0.815 0.116 0.032 0.005 143 P 0.001 0.009 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.908 0.065 0.002 0.001 144 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.953 0.035 0.003 0.001 145 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.033 0.006 0.001 146 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.049 0.006 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.051 0.001 0.001 148 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.962 0.026 0.001 0.001 149 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.896 0.065 0.021 0.001 150 A 0.005 0.026 0.005 0.001 0.008 0.003 0.022 0.774 0.137 0.018 0.002 151 N 0.006 0.009 0.008 0.006 0.005 0.012 0.067 0.618 0.186 0.076 0.008 152 A 0.007 0.264 0.143 0.032 0.042 0.031 0.179 0.171 0.067 0.056 0.007 153 G 0.094 0.061 0.034 0.013 0.054 0.004 0.004 0.015 0.037 0.369 0.315 154 K 0.015 0.287 0.091 0.038 0.085 0.069 0.125 0.153 0.090 0.039 0.009 155 K 0.223 0.030 0.012 0.005 0.143 0.003 0.007 0.018 0.048 0.281 0.230 156 V 0.144 0.291 0.035 0.002 0.506 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 157 Y 0.134 0.124 0.010 0.001 0.701 0.001 0.003 0.003 0.002 0.004 0.018 158 F 0.381 0.071 0.011 0.001 0.492 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.035 159 V 0.074 0.376 0.071 0.011 0.418 0.007 0.008 0.005 0.002 0.006 0.021 160 K 0.315 0.149 0.022 0.001 0.464 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.045 161 L 0.058 0.040 0.007 0.005 0.059 0.009 0.008 0.142 0.420 0.190 0.063 162 S 0.024 0.079 0.054 0.040 0.047 0.035 0.060 0.246 0.297 0.106 0.012 163 E 0.038 0.082 0.042 0.011 0.076 0.008 0.040 0.403 0.212 0.076 0.012 164 I 0.086 0.081 0.029 0.013 0.121 0.024 0.108 0.280 0.139 0.083 0.036 165 Q 0.115 0.066 0.026 0.017 0.118 0.036 0.072 0.188 0.112 0.154 0.095 166 F 0.080 0.206 0.089 0.035 0.170 0.037 0.030 0.127 0.075 0.099 0.051 167 D 0.123 0.137 0.090 0.028 0.209 0.018 0.036 0.101 0.062 0.131 0.065 168 R 0.053 0.151 0.129 0.031 0.097 0.022 0.055 0.181 0.138 0.113 0.031 169 N 0.090 0.115 0.051 0.022 0.160 0.015 0.048 0.193 0.147 0.107 0.052 170 T 0.036 0.135 0.054 0.020 0.083 0.027 0.061 0.222 0.215 0.121 0.026 171 D 0.141 0.077 0.031 0.011 0.164 0.012 0.043 0.131 0.096 0.187 0.106 172 I 0.167 0.105 0.021 0.008 0.190 0.011 0.020 0.104 0.139 0.158 0.077 173 S 0.093 0.142 0.124 0.041 0.149 0.028 0.049 0.120 0.100 0.107 0.047 174 W 0.098 0.101 0.062 0.045 0.115 0.039 0.059 0.155 0.127 0.149 0.049 175 D 0.063 0.178 0.121 0.087 0.132 0.051 0.069 0.090 0.075 0.094 0.041 176 G 0.070 0.096 0.083 0.050 0.106 0.030 0.031 0.126 0.119 0.223 0.065 177 L 0.089 0.198 0.098 0.025 0.207 0.025 0.056 0.089 0.066 0.092 0.055 178 H 0.159 0.240 0.128 0.010 0.296 0.007 0.013 0.035 0.013 0.027 0.073 179 L 0.054 0.212 0.070 0.014 0.099 0.024 0.034 0.086 0.099 0.242 0.066 180 S 0.019 0.414 0.426 0.011 0.080 0.001 0.001 0.011 0.006 0.024 0.005 181 E 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.821 0.153 0.009 0.001 182 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.067 0.002 0.001 183 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.003 0.001 184 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.045 0.002 0.001 185 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 186 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.013 0.001 0.001 187 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.038 0.006 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.058 0.001 0.001 189 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.963 0.031 0.001 0.001 190 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.962 0.025 0.002 0.001 191 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.887 0.085 0.025 0.001 192 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.085 0.001 0.001 193 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.969 0.024 0.001 0.001 194 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.938 0.039 0.011 0.001 195 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.894 0.078 0.024 0.001 196 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.909 0.083 0.002 0.001 197 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.950 0.038 0.003 0.001 198 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.909 0.063 0.010 0.001 199 L 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.761 0.179 0.036 0.002 200 R 0.002 0.009 0.004 0.002 0.005 0.007 0.027 0.672 0.234 0.036 0.002 201 A 0.007 0.027 0.017 0.004 0.018 0.013 0.175 0.559 0.113 0.061 0.006 202 L 0.039 0.050 0.034 0.017 0.049 0.024 0.115 0.287 0.131 0.215 0.039 203 A 0.054 0.162 0.080 0.074 0.084 0.055 0.134 0.174 0.082 0.068 0.032 204 G 0.012 0.065 0.105 0.162 0.024 0.068 0.027 0.120 0.136 0.253 0.027 205 E 0.049 0.200 0.095 0.020 0.139 0.022 0.071 0.189 0.111 0.080 0.025