; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (July 15, 2005) compiled 05/31/06_11:54:01 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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.-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .A.....V.....T.....F.....D.....L.....T.....A.....T.....T.....T.. 1kyyA .W.....E.....L.....P.....Q.....G.....I.....R.....A.....S.....I.. 1kyyA .W.....E.....L.....P.....Q.....G.....I.....R.....A.....S.....I.. 1kyyA .E.....L.....R.....I.....L.....I.....V.....H.....A.....R.....W.. 1kyyA .R.....I.....L.....Iv11ieP.....L.....V.....K.....G.....A.....V.. 1kyyA .W.....E.....L.....P.....Q.....G.....I.....R.....A.....S.....I.. 1kyyA .W.....E.....L.....P.....Q.....G.....I.....R.....A.....S.....I.. 1kyyA .E.....L.....R.....I.....L.....I.....V.....H.....A.....R.....W.. 1kyyA .R.....I.....L.....Iv11ieP.....L.....V.....K.....G.....A.....V.. 1kyyA .W.....E.....L.....P.....Q.....G.....I.....R.....A.....S.....I.. 1kyyA .W.....E.....L.....P.....Q.....G.....I.....R.....A.....S.....I.. 1kyyA .E.....L.....R.....I.....L.....I.....V.....H.....A.....R.....W.. 1kyyA .R.....I.....L.....Iv11ieP.....L.....V.....K.....G.....A.....V.. 1kyyA 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.R.....A.....L.....I.....Q.....A.....M.....Q.....I.....S.....A.. 1p0zA .R.....A.....L.....I.....Qam8mpE.....L.....V.....E.....A.....V.. 1p0zA .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1p0zA .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1p0zA .R.....A.....L.....I.....Q.....A.....M.....Q.....I.....S.....A.. 1p0zA .R.....A.....L.....I.....Qam8mpE.....L.....V.....E.....A.....V.. 1p0zA .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1p0zA .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1p0zA .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1p0zA .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1p0zA .R.....A.....L.....I.....Qam9peL.....V.....E.....A.....V.....Q.. 1p0zA .R.....A.....L.....I.....Qam9peL.....V.....E.....A.....V.....Q.. 1p0zA .R.....A.....L.....I.....Qam9peL.....V.....E.....A.....V.....Q.. 1p0zA .R.....A.....L.....I.....Qam9peL.....V.....E.....A.....V.....Q.. 1p0zA 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...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1ivtA ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1ivtA ...F.....V.....R.....L.....R.....N.....K.....S.....N.....E.....D 1ivtA ...F.....V.....R.....L.....R.....N.....K.....S.....N.....E.....D 1ivtA ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1ivtA ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1ivtA ...F.....V.....R.....L.....R.....N.....K.....S.....N.....E.....D 1ivtA ...F.....V.....R.....L.....R.....N.....K.....S.....N.....E.....D 1ivtA ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1ivtA ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1ivtA ...F.....V.....R.....L.....R.....N.....K.....S.....N.....E.....D 1ivtA ...F.....V.....R.....L.....R.....N.....K.....S.....N.....E.....D 1ivtA ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1ivtA ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1j3wA 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...Y.....G.....E.....N.....I.....Y.....L.....V.....G.....S.....I 1kum ...Y.....G.....E.....N.....I.....Y.....L.....V.....G.....S.....I 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....A.....V.....T.....F.....D.....L 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....T.....F.....D.....L 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1kum ...Y.....G.....E.....N.....I.....Y.....L.....V.....G.....S.....I 1kum ...Y.....G.....E.....N.....I.....Y.....L.....V.....G.....S.....I 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....A.....V.....T.....F.....D.....L 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....D.....L 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1kum ...Y.....G.....E.....N.....I.....Y.....L.....V.....G.....S.....I 1kyyA ...A.....R.....N.....T.....Y.....D.....A.....V.....I.....G.....I 1kyyA ...A.....R.....N.....T.....Y.....D.....A.....V.....I.....G.....I 1kyyA ...Nl31svP.....G.....S.....W.....E.....L.....P.....Q.....G.....I 1kyyA ...Etmie.K.....H.....D.....V.....K.....Le....N.....I.....D.....I 1kyyA ...A.....R.....N.....T.....Y.....D.....A.....V.....I.....G.....I 1kyyA ...A.....R.....N.....T.....Y.....D.....A.....V.....I.....G.....I 1kyyA ...Nl31svP.....G.....S.....W.....E.....L.....P.....Q.....G.....I 1kyyA ...Etmie.K.....H.....D.....V.....K.....Le....N.....I.....D.....I 1kyyA ...A.....R.....N.....T.....Y.....D.....A.....V.....I.....G.....I 1kyyA ...A.....R.....N.....T.....Y.....D.....A.....V.....I.....G.....I 1kyyA ...Nl31svP.....G.....S.....W.....E.....L.....P.....Q.....G.....I 1kyyA 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.-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .G.....I.....A.....L.....S.....A.....D.....K.....-.....Y.....T.. 1kum .G.....I.....A.....L.....S.....A.....D.....K.....-.....Y.....T.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-c1 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .I.....Y.....L.....V.....G.....S.....I.....-.....S.....Q.....L.. 1kum .Y.....L.....V.....G.....-.....-.....S.....I.....S.....Q.....L.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .I.....Y.....L.....V.....G.....S.....I.....S.....-.....Q.....L.. 1kum .I.....Y.....L.....V.....G.....-.....S.....I.....S.....Q.....L.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .I.....Y.....L.....V.....G.....S.....I.....-.....S.....Q.....L.. 1kum .Y.....L.....V.....G.....S.....-.....-.....I.....S.....Q.....L.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .I.....Y.....L.....V.....G.....S.....I.....S.....-.....Q.....L.. 1kum .I.....Y.....L.....V.....G.....-.....S.....I.....S.....Q.....L.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .I.....Y.....L.....V.....G.....S.....I.....-.....S.....Q.....L.. 1kum .Y.....L.....V.....G.....-.....-.....S.....I.....S.....Q.....L.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1kum .I.....Y.....L.....V.....G.....S.....I.....-.....S.....Q.....L.. 1kum .I.....Y.....L.....V.....G.....-.....S.....I.....S.....Q.....L.. 1kum .G.....I.....A.....L.....S.....A.....-.....D.....K.....Y.....T.. 1kyyA .E.....Y.....I.....S.....E.....A.....V.....V.....H.....G.....L.. 1kyyA .E.....Y.....I.....S.....E.....A.....V.....V.....H.....G.....L.. 1kyyA .E.....Y.....I.....S.....E.....A.....V.....V.....H.....G.....L.. 1kyyA .R.....A.....S.....I.....A.....R.....N.....T.....Y.....D.....A.. 1kyyA .E.....Y.....I.....S.....E.....A.....V.....V.....H.....G.....L.. 1kyyA .E.....Y.....I.....S.....E.....A.....V.....V.....H.....G.....L.. 1kyyA .E.....Y.....I.....S.....E.....A.....V.....V.....H.....G.....L.. 1kyyA .R.....A.....S.....I.....A.....R.....N.....T.....Y.....D.....A.. 1kyyA .E.....Y.....I.....S.....E.....A.....V.....V.....H.....G.....L.. 1kyyA 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...-.....-.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...G.....D.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...G.....D.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...-.....-.....-.....-.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...-.....D.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...G.....D.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...G.....D.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1kum ...-.....-.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...G.....D.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...G.....D.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...-.....-.....-.....-.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...-.....D.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...G.....D.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...G.....D.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1kum ...-.....-.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...G.....D.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...G.....D.....W.....E.....T.....S.....D.....G.....I.....A.....L 1kum ...S.....S.....D.....P.....L.....W.....Y.....V.....T.....V.....T 1kyyA ...M.....R.....V.....G.....L.....D.....S.....G.....V.....P.....V 1kyyA ...M.....R.....V.....G.....L.....D.....S.....G.....V.....P.....V 1kyyA ...M.....R.....V.....G.....L.....D.....S.....G.....V.....P.....V 1kyyA ...V.....-.....-.....-.....-.....-.....I.....G.....I.....G.....V 1kyyA ...M.....R.....V.....G.....L.....D.....S.....G.....V.....P.....V 1kyyA ...M.....R.....V.....G.....L.....D.....S.....G.....V.....P.....V 1kyyA ...M.....R.....V.....G.....L.....D.....S.....G.....V.....P.....V 1kyyA ...V.....-.....-.....-.....-.....-.....I.....G.....I.....G.....V 1kyyA 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