# TARGET T0285 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.014 0.004 0.003 0.013 0.077 0.889 2 Y 0.044 0.050 0.010 0.035 0.131 0.731 3 L 0.032 0.041 0.016 0.041 0.349 0.521 4 P 0.022 0.015 0.042 0.052 0.556 0.312 5 D 0.009 0.008 0.030 0.055 0.595 0.303 6 D 0.007 0.011 0.024 0.076 0.564 0.318 7 S 0.009 0.015 0.020 0.187 0.391 0.377 8 P 0.007 0.007 0.040 0.601 0.204 0.141 9 A 0.009 0.007 0.062 0.747 0.120 0.055 10 K 0.013 0.004 0.062 0.783 0.086 0.052 11 R 0.021 0.003 0.051 0.831 0.050 0.044 12 L 0.028 0.004 0.038 0.870 0.030 0.030 13 L 0.050 0.004 0.027 0.879 0.021 0.019 14 F 0.096 0.002 0.036 0.820 0.024 0.021 15 Q 0.106 0.002 0.030 0.800 0.032 0.030 16 M 0.098 0.004 0.025 0.774 0.047 0.052 17 V 0.103 0.006 0.020 0.689 0.084 0.098 18 G 0.077 0.005 0.045 0.586 0.159 0.129 19 N 0.050 0.005 0.066 0.583 0.170 0.124 20 A 0.072 0.010 0.081 0.527 0.193 0.117 21 I 0.085 0.011 0.049 0.503 0.196 0.156 22 N 0.071 0.008 0.034 0.462 0.232 0.193 23 R 0.037 0.005 0.033 0.583 0.203 0.139 24 N 0.040 0.005 0.030 0.515 0.217 0.194 25 T 0.058 0.008 0.042 0.607 0.172 0.114 26 Q 0.077 0.008 0.041 0.648 0.114 0.111 27 Q 0.098 0.009 0.047 0.620 0.105 0.120 28 L 0.112 0.010 0.039 0.606 0.098 0.136 29 T 0.112 0.006 0.053 0.580 0.120 0.128 30 Q 0.077 0.004 0.071 0.636 0.112 0.099 31 D 0.066 0.006 0.085 0.607 0.117 0.120 32 L 0.056 0.006 0.148 0.514 0.172 0.105 33 R 0.067 0.008 0.110 0.475 0.196 0.144 34 A 0.048 0.013 0.080 0.447 0.217 0.196 35 M 0.047 0.012 0.036 0.138 0.531 0.236 36 P 0.032 0.006 0.035 0.085 0.605 0.237 37 N 0.058 0.008 0.033 0.044 0.644 0.213 38 W 0.184 0.013 0.032 0.047 0.523 0.200 39 S 0.485 0.020 0.018 0.022 0.175 0.280 40 L 0.796 0.007 0.013 0.016 0.063 0.104 41 R 0.887 0.005 0.009 0.011 0.033 0.056 42 F 0.934 0.002 0.005 0.010 0.015 0.035 43 V 0.957 0.001 0.002 0.008 0.010 0.021 44 Y 0.963 0.001 0.001 0.007 0.007 0.020 45 I 0.928 0.002 0.002 0.010 0.023 0.035 46 V 0.866 0.011 0.002 0.010 0.040 0.070 47 D 0.494 0.013 0.008 0.020 0.314 0.151 48 R 0.096 0.009 0.035 0.054 0.659 0.147 49 N 0.028 0.007 0.036 0.049 0.711 0.169 50 N 0.030 0.015 0.052 0.061 0.716 0.125 51 Q 0.047 0.010 0.118 0.141 0.492 0.192 52 D 0.106 0.028 0.174 0.143 0.376 0.174 53 L 0.128 0.014 0.255 0.154 0.315 0.135 54 L 0.165 0.017 0.136 0.160 0.286 0.237 55 K 0.168 0.019 0.083 0.126 0.281 0.323 56 R 0.131 0.019 0.031 0.099 0.239 0.481 57 P 0.074 0.020 0.012 0.038 0.183 0.673 58 L 0.029 0.016 0.006 0.032 0.189 0.727 59 P 0.035 0.014 0.014 0.028 0.403 0.507 60 P 0.069 0.009 0.040 0.055 0.524 0.304 61 G 0.187 0.007 0.060 0.052 0.475 0.219 62 I 0.636 0.025 0.035 0.038 0.170 0.096 63 M 0.786 0.014 0.014 0.034 0.054 0.098 64 V 0.805 0.012 0.009 0.041 0.038 0.095 65 L 0.687 0.014 0.010 0.054 0.064 0.172 66 A 0.432 0.009 0.020 0.064 0.159 0.315 67 P 0.240 0.006 0.063 0.106 0.271 0.313 68 R 0.238 0.013 0.098 0.123 0.295 0.232 69 L 0.242 0.024 0.100 0.130 0.305 0.199 70 T 0.186 0.015 0.075 0.125 0.321 0.277 71 A 0.160 0.014 0.049 0.167 0.310 0.300 72 K 0.087 0.016 0.022 0.164 0.303 0.407 73 H 0.063 0.017 0.017 0.128 0.345 0.430 74 P 0.051 0.011 0.047 0.244 0.330 0.318 75 Y 0.036 0.009 0.107 0.296 0.345 0.206 76 D 0.042 0.010 0.147 0.336 0.314 0.151 77 K 0.049 0.013 0.108 0.407 0.234 0.190 78 V 0.077 0.015 0.088 0.352 0.236 0.233 79 Q 0.090 0.012 0.081 0.334 0.261 0.223 80 D 0.113 0.011 0.074 0.284 0.299 0.219 81 R 0.091 0.011 0.066 0.314 0.296 0.222 82 N 0.096 0.012 0.057 0.202 0.341 0.293 83 R 0.161 0.012 0.071 0.215 0.311 0.230 84 K 0.244 0.021 0.058 0.189 0.248 0.240 85 L 0.256 0.019 0.067 0.169 0.312 0.178 86 Y 0.266 0.015 0.042 0.085 0.354 0.237 87 G 0.238 0.007 0.032 0.043 0.404 0.277 88 R 0.429 0.007 0.019 0.025 0.271 0.248 89 H 0.731 0.015 0.008 0.016 0.087 0.142 90 I 0.844 0.011 0.004 0.011 0.049 0.081 91 T 0.837 0.009 0.005 0.009 0.054 0.087 92 L 0.732 0.017 0.009 0.010 0.113 0.119 93 N 0.357 0.012 0.020 0.013 0.466 0.131 94 D 0.111 0.006 0.034 0.014 0.728 0.106 95 G 0.063 0.006 0.032 0.007 0.795 0.097 96 N 0.174 0.015 0.020 0.005 0.603 0.184 97 S 0.531 0.016 0.005 0.002 0.156 0.291 98 V 0.813 0.008 0.002 0.002 0.050 0.126 99 K 0.919 0.002 0.001 0.001 0.021 0.056 100 V 0.963 0.003 0.001 0.001 0.009 0.023 101 V 0.955 0.001 0.001 0.002 0.013 0.029 102 T 0.949 0.003 0.001 0.002 0.014 0.032 103 I 0.841 0.006 0.002 0.004 0.043 0.104 104 S 0.609 0.020 0.005 0.009 0.168 0.190 105 A 0.243 0.023 0.017 0.019 0.358 0.340 106 G 0.115 0.025 0.019 0.012 0.565 0.263 107 R 0.083 0.028 0.038 0.016 0.615 0.221 108 D 0.067 0.025 0.035 0.020 0.590 0.263 109 E 0.061 0.047 0.038 0.037 0.540 0.276 110 G 0.024 0.016 0.020 0.042 0.593 0.305 111 P 0.017 0.011 0.040 0.108 0.557 0.267 112 D 0.020 0.018 0.055 0.218 0.444 0.246 113 R 0.019 0.007 0.050 0.597 0.232 0.095 114 D 0.028 0.005 0.033 0.748 0.099 0.088 115 I 0.024 0.006 0.026 0.883 0.033 0.029 116 I 0.032 0.005 0.022 0.909 0.016 0.016 117 W 0.039 0.001 0.030 0.895 0.018 0.017 118 E 0.029 0.001 0.031 0.900 0.022 0.018 119 M 0.016 0.001 0.024 0.910 0.024 0.025 120 F 0.017 0.002 0.017 0.881 0.040 0.043 121 L 0.023 0.001 0.046 0.825 0.065 0.040 122 E 0.014 0.003 0.071 0.706 0.119 0.088 123 N 0.011 0.003 0.047 0.443 0.159 0.337 124 L 0.010 0.007 0.013 0.159 0.127 0.685 125 E 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.961