# TARGET T0285 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.004 0.001 0.001 0.033 0.103 0.118 0.104 0.001 0.001 0.020 0.614 2 Y 0.005 0.004 0.001 0.043 0.029 0.048 0.110 0.001 0.001 0.020 0.739 3 L 0.129 0.008 0.001 0.024 0.067 0.050 0.127 0.032 0.001 0.089 0.472 4 P 0.271 0.018 0.001 0.014 0.004 0.005 0.089 0.002 0.001 0.062 0.533 5 D 0.008 0.009 0.001 0.009 0.006 0.014 0.119 0.002 0.001 0.022 0.809 6 D 0.058 0.133 0.002 0.010 0.006 0.010 0.084 0.004 0.001 0.028 0.664 7 S 0.145 0.454 0.004 0.007 0.011 0.010 0.057 0.019 0.001 0.072 0.220 8 P 0.099 0.630 0.003 0.004 0.003 0.004 0.030 0.004 0.001 0.035 0.187 9 A 0.070 0.759 0.003 0.004 0.005 0.008 0.022 0.006 0.001 0.016 0.108 10 K 0.059 0.733 0.001 0.005 0.010 0.015 0.027 0.006 0.001 0.027 0.116 11 R 0.028 0.765 0.003 0.010 0.013 0.020 0.027 0.005 0.001 0.021 0.109 12 L 0.046 0.659 0.006 0.017 0.027 0.033 0.038 0.010 0.001 0.029 0.134 13 L 0.063 0.578 0.008 0.021 0.030 0.041 0.043 0.013 0.003 0.046 0.153 14 F 0.143 0.317 0.015 0.034 0.034 0.054 0.071 0.011 0.006 0.076 0.240 15 Q 0.079 0.156 0.013 0.050 0.036 0.062 0.088 0.007 0.005 0.099 0.406 16 M 0.070 0.279 0.012 0.028 0.032 0.049 0.091 0.010 0.005 0.053 0.372 17 V 0.146 0.353 0.010 0.026 0.022 0.033 0.068 0.017 0.004 0.035 0.284 18 G 0.109 0.211 0.007 0.028 0.026 0.048 0.084 0.013 0.003 0.071 0.400 19 N 0.075 0.196 0.005 0.035 0.041 0.089 0.098 0.012 0.002 0.076 0.371 20 A 0.112 0.095 0.014 0.062 0.025 0.052 0.102 0.009 0.005 0.080 0.445 21 I 0.093 0.046 0.006 0.067 0.054 0.065 0.108 0.006 0.002 0.097 0.456 22 N 0.066 0.114 0.003 0.040 0.030 0.056 0.113 0.005 0.002 0.054 0.518 23 R 0.084 0.130 0.010 0.026 0.019 0.031 0.091 0.011 0.004 0.032 0.561 24 N 0.127 0.224 0.004 0.017 0.019 0.031 0.090 0.031 0.002 0.060 0.395 25 T 0.146 0.118 0.004 0.014 0.015 0.028 0.079 0.008 0.002 0.189 0.398 26 Q 0.050 0.280 0.012 0.029 0.021 0.039 0.080 0.008 0.003 0.092 0.386 27 Q 0.109 0.216 0.012 0.015 0.033 0.046 0.073 0.011 0.004 0.042 0.440 28 L 0.071 0.295 0.007 0.018 0.027 0.031 0.064 0.014 0.003 0.034 0.436 29 T 0.183 0.252 0.004 0.008 0.017 0.027 0.063 0.011 0.002 0.036 0.397 30 Q 0.108 0.164 0.013 0.020 0.013 0.028 0.079 0.024 0.005 0.069 0.475 31 D 0.121 0.192 0.007 0.017 0.015 0.037 0.093 0.017 0.003 0.060 0.439 32 L 0.179 0.034 0.005 0.027 0.020 0.031 0.084 0.003 0.002 0.063 0.551 33 R 0.019 0.011 0.002 0.035 0.049 0.061 0.130 0.002 0.001 0.047 0.644 34 A 0.018 0.013 0.002 0.023 0.015 0.024 0.113 0.002 0.001 0.027 0.761 35 M 0.236 0.024 0.003 0.019 0.028 0.023 0.134 0.017 0.002 0.096 0.417 36 P 0.090 0.022 0.002 0.014 0.008 0.015 0.131 0.007 0.001 0.073 0.636 37 N 0.083 0.020 0.003 0.018 0.013 0.036 0.116 0.004 0.001 0.049 0.657 38 W 0.042 0.005 0.004 0.044 0.072 0.135 0.132 0.004 0.001 0.073 0.489 39 S 0.011 0.005 0.001 0.046 0.102 0.257 0.116 0.002 0.001 0.062 0.397 40 L 0.005 0.003 0.001 0.087 0.179 0.319 0.072 0.001 0.001 0.068 0.266 41 R 0.001 0.002 0.001 0.107 0.238 0.403 0.047 0.001 0.001 0.040 0.160 42 F 0.001 0.001 0.001 0.072 0.262 0.527 0.017 0.001 0.001 0.039 0.080 43 V 0.001 0.001 0.001 0.071 0.364 0.437 0.012 0.001 0.001 0.028 0.086 44 Y 0.001 0.001 0.001 0.065 0.373 0.459 0.010 0.001 0.001 0.039 0.052 45 I 0.007 0.002 0.001 0.069 0.328 0.402 0.022 0.001 0.001 0.080 0.088 46 V 0.016 0.003 0.001 0.112 0.238 0.307 0.054 0.001 0.001 0.061 0.205 47 D 0.068 0.011 0.003 0.049 0.121 0.182 0.096 0.002 0.004 0.054 0.408 48 R 0.051 0.011 0.005 0.024 0.030 0.045 0.090 0.003 0.004 0.030 0.708 49 N 0.134 0.071 0.003 0.008 0.017 0.023 0.073 0.011 0.002 0.037 0.621 50 N 0.194 0.232 0.005 0.006 0.010 0.015 0.060 0.011 0.002 0.044 0.420 51 Q 0.138 0.135 0.014 0.010 0.025 0.041 0.086 0.011 0.004 0.043 0.493 52 D 0.108 0.044 0.005 0.013 0.098 0.170 0.065 0.012 0.001 0.054 0.430 53 L 0.129 0.008 0.002 0.020 0.049 0.096 0.084 0.004 0.001 0.062 0.544 54 L 0.031 0.009 0.001 0.039 0.090 0.152 0.098 0.003 0.001 0.029 0.546 55 K 0.015 0.003 0.001 0.019 0.039 0.062 0.090 0.001 0.001 0.016 0.755 56 R 0.007 0.001 0.001 0.008 0.190 0.131 0.096 0.004 0.001 0.030 0.534 57 P 0.003 0.001 0.001 0.023 0.031 0.046 0.115 0.001 0.001 0.017 0.762 58 L 0.111 0.005 0.002 0.033 0.057 0.066 0.111 0.013 0.002 0.059 0.540 59 P 0.360 0.023 0.003 0.023 0.007 0.008 0.091 0.006 0.001 0.063 0.415 60 P 0.017 0.009 0.001 0.029 0.015 0.028 0.141 0.006 0.001 0.030 0.723 61 G 0.021 0.022 0.001 0.140 0.052 0.126 0.124 0.004 0.001 0.065 0.445 62 I 0.015 0.016 0.001 0.210 0.112 0.174 0.090 0.003 0.001 0.062 0.318 63 M 0.020 0.007 0.001 0.203 0.173 0.222 0.057 0.001 0.001 0.055 0.259 64 V 0.005 0.004 0.002 0.144 0.166 0.235 0.074 0.001 0.001 0.031 0.338 65 L 0.032 0.026 0.003 0.109 0.069 0.102 0.106 0.006 0.003 0.043 0.500 66 A 0.449 0.041 0.006 0.028 0.023 0.027 0.069 0.018 0.004 0.129 0.205 67 P 0.087 0.053 0.007 0.029 0.018 0.045 0.100 0.007 0.003 0.094 0.556 68 R 0.101 0.026 0.009 0.020 0.024 0.070 0.094 0.004 0.004 0.035 0.613 69 L 0.088 0.018 0.003 0.029 0.103 0.107 0.076 0.015 0.001 0.049 0.510 70 T 0.178 0.013 0.001 0.010 0.029 0.037 0.083 0.003 0.001 0.035 0.610 71 A 0.008 0.002 0.001 0.013 0.048 0.066 0.108 0.004 0.001 0.015 0.734 72 K 0.015 0.015 0.001 0.009 0.014 0.022 0.096 0.001 0.001 0.009 0.817 73 H 0.109 0.061 0.003 0.013 0.070 0.052 0.111 0.030 0.002 0.057 0.492 74 P 0.151 0.268 0.003 0.008 0.007 0.009 0.060 0.007 0.002 0.024 0.459 75 Y 0.134 0.342 0.004 0.008 0.012 0.016 0.041 0.011 0.001 0.024 0.406 76 D 0.066 0.416 0.002 0.008 0.016 0.022 0.050 0.008 0.001 0.029 0.383 77 K 0.049 0.519 0.007 0.008 0.012 0.018 0.044 0.006 0.003 0.032 0.302 78 V 0.187 0.287 0.021 0.009 0.028 0.023 0.047 0.011 0.007 0.063 0.316 79 Q 0.108 0.393 0.003 0.005 0.015 0.017 0.052 0.012 0.002 0.023 0.371 80 D 0.201 0.258 0.007 0.006 0.008 0.013 0.047 0.007 0.003 0.021 0.428 81 R 0.066 0.319 0.005 0.015 0.014 0.023 0.066 0.011 0.001 0.025 0.456 82 N 0.064 0.260 0.003 0.007 0.022 0.041 0.065 0.007 0.002 0.034 0.496 83 R 0.112 0.114 0.022 0.028 0.054 0.057 0.085 0.010 0.006 0.067 0.446 84 K 0.083 0.037 0.004 0.027 0.059 0.092 0.106 0.007 0.002 0.056 0.526 85 L 0.096 0.011 0.004 0.038 0.048 0.086 0.114 0.004 0.002 0.069 0.527 86 Y 0.044 0.015 0.002 0.098 0.047 0.094 0.143 0.005 0.001 0.056 0.494 87 G 0.021 0.007 0.001 0.056 0.046 0.112 0.135 0.003 0.001 0.063 0.555 88 R 0.004 0.004 0.001 0.094 0.164 0.294 0.070 0.003 0.001 0.059 0.308 89 H 0.006 0.004 0.001 0.078 0.147 0.305 0.062 0.001 0.001 0.060 0.337 90 I 0.002 0.001 0.001 0.091 0.330 0.360 0.030 0.001 0.001 0.032 0.151 91 T 0.017 0.004 0.004 0.097 0.175 0.282 0.063 0.001 0.003 0.103 0.250 92 L 0.089 0.002 0.005 0.057 0.090 0.130 0.069 0.007 0.004 0.074 0.474 93 N 0.393 0.002 0.002 0.017 0.015 0.030 0.061 0.004 0.003 0.070 0.404 94 D 0.033 0.001 0.001 0.009 0.005 0.013 0.094 0.002 0.001 0.024 0.817 95 G 0.010 0.001 0.001 0.008 0.013 0.021 0.104 0.001 0.001 0.017 0.823 96 N 0.004 0.001 0.001 0.032 0.259 0.196 0.092 0.001 0.001 0.043 0.372 97 S 0.003 0.001 0.001 0.052 0.102 0.236 0.087 0.001 0.001 0.069 0.449 98 V 0.002 0.001 0.001 0.092 0.248 0.184 0.054 0.001 0.001 0.049 0.369 99 K 0.001 0.001 0.001 0.226 0.247 0.383 0.021 0.001 0.001 0.039 0.082 100 V 0.002 0.001 0.001 0.127 0.217 0.297 0.026 0.001 0.001 0.076 0.254 101 V 0.001 0.001 0.001 0.291 0.343 0.265 0.015 0.001 0.001 0.020 0.065 102 T 0.033 0.003 0.002 0.143 0.194 0.276 0.046 0.002 0.002 0.080 0.220 103 I 0.029 0.001 0.001 0.119 0.228 0.204 0.049 0.006 0.001 0.053 0.309 104 S 0.053 0.009 0.001 0.067 0.041 0.097 0.107 0.002 0.001 0.041 0.581 105 A 0.026 0.007 0.005 0.061 0.066 0.123 0.124 0.005 0.002 0.043 0.538 106 G 0.078 0.018 0.002 0.029 0.061 0.088 0.113 0.011 0.001 0.053 0.547 107 R 0.177 0.009 0.001 0.018 0.042 0.045 0.080 0.004 0.001 0.066 0.556 108 D 0.013 0.007 0.001 0.020 0.021 0.037 0.141 0.001 0.001 0.035 0.723 109 E 0.010 0.008 0.002 0.011 0.015 0.023 0.104 0.002 0.001 0.017 0.805 110 G 0.344 0.075 0.002 0.007 0.015 0.012 0.088 0.017 0.001 0.070 0.370 111 P 0.089 0.263 0.001 0.007 0.003 0.003 0.071 0.005 0.001 0.041 0.517 112 D 0.038 0.692 0.001 0.003 0.001 0.002 0.027 0.004 0.001 0.006 0.224 113 R 0.035 0.650 0.001 0.010 0.015 0.011 0.034 0.006 0.001 0.044 0.193 114 D 0.013 0.736 0.003 0.010 0.011 0.014 0.026 0.003 0.001 0.067 0.117 115 I 0.030 0.844 0.002 0.010 0.011 0.010 0.012 0.005 0.001 0.026 0.049 116 I 0.015 0.854 0.005 0.015 0.010 0.008 0.013 0.004 0.001 0.014 0.060 117 W 0.033 0.849 0.002 0.009 0.008 0.015 0.015 0.007 0.001 0.009 0.053 118 E 0.038 0.627 0.006 0.031 0.013 0.025 0.023 0.009 0.003 0.085 0.140 119 M 0.065 0.270 0.057 0.021 0.024 0.033 0.075 0.011 0.018 0.225 0.199 120 F 0.160 0.223 0.021 0.030 0.023 0.042 0.084 0.018 0.011 0.121 0.268 121 L 0.203 0.056 0.016 0.021 0.016 0.027 0.085 0.007 0.009 0.065 0.495 122 E 0.060 0.022 0.003 0.025 0.019 0.039 0.117 0.004 0.002 0.035 0.675 123 N 0.055 0.030 0.003 0.016 0.009 0.028 0.097 0.004 0.002 0.036 0.720 124 L 0.130 0.026 0.006 0.013 0.013 0.021 0.114 0.010 0.002 0.058 0.606 125 E 0.097 0.025 0.003 0.016 0.011 0.022 0.102 0.006 0.001 0.041 0.675