# TARGET T0285 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.635 0.217 0.097 0.040 0.009 0.002 0.001 2 Y 0.533 0.258 0.117 0.064 0.023 0.004 0.001 3 L 0.415 0.225 0.152 0.123 0.065 0.018 0.001 4 P 0.611 0.196 0.091 0.063 0.029 0.009 0.001 5 D 0.693 0.185 0.071 0.036 0.012 0.003 0.001 6 D 0.664 0.215 0.071 0.035 0.011 0.003 0.001 7 S 0.534 0.244 0.129 0.065 0.022 0.004 0.001 8 P 0.493 0.255 0.126 0.077 0.036 0.011 0.001 9 A 0.318 0.216 0.192 0.166 0.081 0.024 0.002 10 K 0.314 0.269 0.187 0.142 0.067 0.020 0.002 11 R 0.284 0.265 0.193 0.149 0.080 0.026 0.003 12 L 0.124 0.116 0.149 0.238 0.223 0.130 0.019 13 L 0.108 0.096 0.120 0.198 0.242 0.198 0.038 14 F 0.166 0.127 0.130 0.185 0.198 0.158 0.037 15 Q 0.127 0.177 0.199 0.206 0.161 0.105 0.025 16 M 0.090 0.096 0.123 0.197 0.235 0.200 0.059 17 V 0.092 0.094 0.113 0.177 0.221 0.231 0.072 18 G 0.214 0.180 0.161 0.175 0.150 0.098 0.023 19 N 0.298 0.266 0.175 0.122 0.080 0.047 0.012 20 A 0.235 0.188 0.170 0.178 0.133 0.081 0.015 21 I 0.177 0.142 0.151 0.202 0.189 0.120 0.020 22 N 0.383 0.254 0.161 0.110 0.061 0.027 0.004 23 R 0.387 0.256 0.162 0.111 0.057 0.023 0.004 24 N 0.399 0.250 0.152 0.112 0.060 0.024 0.004 25 T 0.236 0.219 0.205 0.180 0.109 0.044 0.007 26 Q 0.424 0.272 0.147 0.092 0.044 0.018 0.003 27 Q 0.308 0.293 0.189 0.122 0.060 0.024 0.004 28 L 0.105 0.105 0.158 0.252 0.249 0.119 0.012 29 T 0.197 0.229 0.218 0.193 0.114 0.044 0.005 30 Q 0.377 0.295 0.158 0.098 0.049 0.020 0.003 31 D 0.261 0.268 0.207 0.152 0.076 0.031 0.005 32 L 0.108 0.098 0.141 0.247 0.253 0.136 0.017 33 R 0.299 0.285 0.195 0.125 0.064 0.027 0.005 34 A 0.337 0.224 0.161 0.144 0.090 0.040 0.005 35 M 0.209 0.167 0.168 0.203 0.161 0.081 0.012 36 P 0.423 0.245 0.144 0.102 0.056 0.026 0.005 37 N 0.357 0.268 0.169 0.114 0.059 0.027 0.007 38 W 0.173 0.136 0.142 0.202 0.195 0.126 0.026 39 S 0.141 0.170 0.182 0.196 0.163 0.117 0.031 40 L 0.077 0.067 0.090 0.163 0.242 0.274 0.087 41 R 0.076 0.116 0.157 0.222 0.220 0.160 0.049 42 F 0.051 0.057 0.073 0.132 0.212 0.334 0.142 43 V 0.044 0.046 0.075 0.144 0.231 0.326 0.134 44 Y 0.056 0.069 0.096 0.159 0.218 0.300 0.100 45 I 0.059 0.066 0.093 0.159 0.250 0.293 0.080 46 V 0.097 0.116 0.138 0.217 0.234 0.169 0.030 47 D 0.213 0.258 0.208 0.172 0.099 0.044 0.006 48 R 0.308 0.280 0.184 0.130 0.070 0.025 0.003 49 N 0.480 0.268 0.126 0.077 0.034 0.013 0.002 50 N 0.354 0.240 0.169 0.136 0.073 0.025 0.003 51 Q 0.459 0.270 0.146 0.079 0.034 0.012 0.001 52 D 0.411 0.293 0.154 0.088 0.038 0.014 0.002 53 L 0.138 0.137 0.190 0.246 0.199 0.082 0.008 54 L 0.135 0.148 0.186 0.236 0.199 0.087 0.010 55 K 0.308 0.286 0.185 0.128 0.063 0.026 0.005 56 R 0.219 0.233 0.206 0.184 0.106 0.045 0.007 57 P 0.225 0.212 0.181 0.177 0.126 0.067 0.011 58 L 0.084 0.095 0.140 0.227 0.266 0.162 0.025 59 P 0.215 0.205 0.194 0.190 0.123 0.062 0.011 60 P 0.274 0.198 0.160 0.158 0.117 0.076 0.017 61 G 0.171 0.156 0.144 0.176 0.172 0.139 0.041 62 I 0.118 0.102 0.113 0.165 0.208 0.218 0.076 63 M 0.152 0.117 0.122 0.160 0.173 0.194 0.081 64 V 0.141 0.103 0.109 0.148 0.181 0.232 0.086 65 L 0.094 0.089 0.099 0.156 0.219 0.259 0.083 66 A 0.114 0.134 0.156 0.208 0.201 0.145 0.041 67 P 0.220 0.212 0.174 0.167 0.128 0.081 0.018 68 R 0.239 0.238 0.202 0.166 0.100 0.048 0.008 69 L 0.174 0.148 0.156 0.207 0.194 0.109 0.012 70 T 0.319 0.260 0.191 0.133 0.069 0.026 0.003 71 A 0.296 0.192 0.160 0.171 0.122 0.053 0.005 72 K 0.395 0.301 0.161 0.091 0.038 0.013 0.001 73 H 0.309 0.241 0.195 0.147 0.079 0.027 0.002 74 P 0.345 0.261 0.175 0.125 0.066 0.026 0.003 75 Y 0.224 0.174 0.191 0.217 0.141 0.048 0.004 76 D 0.475 0.277 0.136 0.071 0.030 0.010 0.001 77 K 0.413 0.314 0.156 0.081 0.028 0.007 0.001 78 V 0.188 0.173 0.185 0.241 0.160 0.049 0.004 79 Q 0.419 0.277 0.164 0.093 0.036 0.010 0.001 80 D 0.537 0.257 0.111 0.062 0.025 0.008 0.001 81 R 0.409 0.253 0.160 0.107 0.051 0.018 0.002 82 N 0.363 0.240 0.164 0.134 0.071 0.024 0.003 83 R 0.305 0.265 0.180 0.140 0.078 0.029 0.003 84 K 0.316 0.299 0.190 0.123 0.052 0.018 0.002 85 L 0.123 0.117 0.154 0.238 0.238 0.117 0.014 86 Y 0.160 0.179 0.201 0.224 0.160 0.070 0.007 87 G 0.253 0.199 0.171 0.174 0.129 0.065 0.010 88 R 0.197 0.236 0.199 0.181 0.120 0.058 0.008 89 H 0.119 0.180 0.205 0.218 0.171 0.096 0.012 90 I 0.047 0.063 0.104 0.216 0.296 0.238 0.036 91 T 0.134 0.224 0.230 0.204 0.135 0.065 0.007 92 L 0.084 0.112 0.162 0.258 0.251 0.121 0.013 93 N 0.268 0.276 0.191 0.157 0.078 0.027 0.003 94 D 0.389 0.285 0.168 0.100 0.042 0.013 0.002 95 G 0.404 0.271 0.156 0.104 0.047 0.016 0.002 96 N 0.382 0.277 0.166 0.107 0.049 0.017 0.002 97 S 0.264 0.282 0.216 0.147 0.067 0.022 0.002 98 V 0.088 0.115 0.157 0.251 0.249 0.126 0.014 99 K 0.109 0.221 0.250 0.224 0.133 0.057 0.007 100 V 0.050 0.077 0.130 0.231 0.275 0.205 0.032 101 V 0.053 0.080 0.115 0.214 0.284 0.221 0.033 102 T 0.085 0.152 0.196 0.225 0.190 0.129 0.023 103 I 0.077 0.091 0.127 0.220 0.263 0.190 0.032 104 S 0.176 0.238 0.209 0.180 0.121 0.065 0.011 105 A 0.210 0.203 0.195 0.191 0.130 0.062 0.009 106 G 0.351 0.264 0.158 0.123 0.071 0.029 0.004 107 R 0.367 0.252 0.174 0.123 0.060 0.021 0.003 108 D 0.516 0.255 0.124 0.068 0.026 0.009 0.001 109 E 0.494 0.247 0.130 0.082 0.035 0.011 0.001 110 G 0.432 0.243 0.148 0.106 0.053 0.016 0.002 111 P 0.386 0.243 0.170 0.125 0.058 0.016 0.002 112 D 0.426 0.270 0.145 0.096 0.045 0.016 0.003 113 R 0.229 0.232 0.199 0.182 0.110 0.042 0.006 114 D 0.352 0.292 0.181 0.109 0.049 0.016 0.002 115 I 0.145 0.154 0.176 0.220 0.190 0.099 0.015 116 I 0.111 0.097 0.116 0.191 0.244 0.209 0.033 117 W 0.142 0.145 0.162 0.222 0.198 0.116 0.016 118 E 0.302 0.261 0.202 0.141 0.067 0.025 0.003 119 M 0.178 0.170 0.199 0.214 0.164 0.069 0.007 120 F 0.184 0.154 0.148 0.190 0.199 0.116 0.010 121 L 0.218 0.222 0.238 0.203 0.095 0.023 0.001 122 E 0.485 0.335 0.124 0.043 0.010 0.002 0.001 123 N 0.474 0.254 0.148 0.090 0.030 0.004 0.001 124 L 0.514 0.226 0.142 0.085 0.028 0.005 0.001 125 E 0.753 0.180 0.047 0.015 0.004 0.001 0.001