# TARGET T0285 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.042 0.009 0.041 0.269 0.128 0.511 2 Y 0.037 0.030 0.021 0.112 0.118 0.682 3 L 0.016 0.013 0.004 0.009 0.205 0.752 4 P 0.013 0.009 0.032 0.020 0.440 0.486 5 D 0.011 0.008 0.057 0.029 0.514 0.381 6 D 0.011 0.011 0.051 0.050 0.547 0.329 7 S 0.008 0.008 0.019 0.102 0.403 0.460 8 P 0.004 0.005 0.039 0.667 0.168 0.117 9 A 0.005 0.002 0.040 0.816 0.092 0.045 10 K 0.013 0.002 0.059 0.834 0.062 0.031 11 R 0.023 0.001 0.040 0.870 0.035 0.030 12 L 0.044 0.002 0.019 0.889 0.022 0.023 13 L 0.060 0.001 0.011 0.890 0.017 0.019 14 F 0.079 0.001 0.013 0.868 0.019 0.020 15 Q 0.080 0.001 0.014 0.856 0.029 0.021 16 M 0.074 0.003 0.016 0.834 0.043 0.029 17 V 0.053 0.003 0.011 0.819 0.056 0.057 18 G 0.036 0.003 0.030 0.729 0.104 0.098 19 N 0.033 0.003 0.049 0.612 0.174 0.128 20 A 0.059 0.009 0.068 0.576 0.172 0.116 21 I 0.049 0.013 0.050 0.563 0.182 0.142 22 N 0.044 0.009 0.028 0.411 0.317 0.190 23 R 0.024 0.003 0.042 0.447 0.329 0.156 24 N 0.027 0.005 0.030 0.397 0.335 0.206 25 T 0.031 0.004 0.037 0.433 0.284 0.211 26 Q 0.061 0.005 0.048 0.587 0.152 0.147 27 Q 0.077 0.014 0.032 0.721 0.065 0.089 28 L 0.075 0.009 0.038 0.734 0.059 0.085 29 T 0.078 0.006 0.036 0.722 0.071 0.087 30 Q 0.043 0.004 0.062 0.752 0.079 0.060 31 D 0.036 0.008 0.074 0.691 0.098 0.093 32 L 0.031 0.004 0.164 0.580 0.157 0.064 33 R 0.047 0.011 0.119 0.456 0.226 0.141 34 A 0.044 0.021 0.078 0.368 0.235 0.254 35 M 0.039 0.014 0.023 0.042 0.664 0.218 36 P 0.019 0.004 0.056 0.052 0.667 0.203 37 N 0.029 0.006 0.095 0.040 0.676 0.154 38 W 0.187 0.018 0.078 0.035 0.551 0.130 39 S 0.444 0.020 0.022 0.018 0.148 0.347 40 L 0.789 0.006 0.010 0.010 0.068 0.116 41 R 0.884 0.001 0.004 0.006 0.035 0.070 42 F 0.975 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 43 V 0.980 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 44 Y 0.983 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 45 I 0.971 0.001 0.001 0.007 0.006 0.014 46 V 0.892 0.005 0.001 0.009 0.020 0.073 47 D 0.608 0.007 0.004 0.015 0.224 0.142 48 R 0.103 0.006 0.067 0.057 0.589 0.180 49 N 0.042 0.005 0.094 0.063 0.630 0.167 50 N 0.026 0.008 0.155 0.117 0.578 0.115 51 Q 0.025 0.007 0.179 0.254 0.312 0.222 52 D 0.048 0.020 0.229 0.290 0.253 0.159 53 L 0.046 0.020 0.299 0.386 0.159 0.091 54 L 0.107 0.024 0.106 0.358 0.234 0.171 55 K 0.092 0.025 0.076 0.268 0.273 0.265 56 R 0.050 0.015 0.016 0.100 0.269 0.552 57 P 0.032 0.021 0.010 0.046 0.263 0.628 58 L 0.024 0.023 0.004 0.011 0.193 0.745 59 P 0.028 0.016 0.007 0.011 0.369 0.569 60 P 0.035 0.006 0.028 0.058 0.514 0.359 61 G 0.109 0.006 0.038 0.095 0.465 0.287 62 I 0.599 0.024 0.024 0.104 0.141 0.107 63 M 0.783 0.014 0.012 0.077 0.043 0.072 64 V 0.760 0.017 0.010 0.075 0.050 0.087 65 L 0.597 0.020 0.014 0.096 0.087 0.187 66 A 0.295 0.009 0.032 0.065 0.277 0.322 67 P 0.137 0.007 0.154 0.104 0.363 0.236 68 R 0.140 0.021 0.246 0.123 0.297 0.173 69 L 0.212 0.048 0.163 0.174 0.255 0.148 70 T 0.187 0.029 0.084 0.155 0.327 0.218 71 A 0.131 0.017 0.045 0.137 0.377 0.293 72 K 0.094 0.022 0.027 0.130 0.334 0.392 73 H 0.041 0.011 0.010 0.037 0.400 0.501 74 P 0.021 0.008 0.039 0.094 0.397 0.440 75 Y 0.027 0.010 0.174 0.203 0.371 0.215 76 D 0.040 0.007 0.215 0.245 0.356 0.137 77 K 0.071 0.007 0.183 0.346 0.275 0.118 78 V 0.154 0.026 0.097 0.388 0.188 0.147 79 Q 0.169 0.014 0.070 0.371 0.200 0.174 80 D 0.115 0.009 0.079 0.286 0.331 0.179 81 R 0.081 0.011 0.090 0.354 0.319 0.146 82 N 0.099 0.009 0.063 0.269 0.342 0.219 83 R 0.177 0.008 0.059 0.174 0.320 0.261 84 K 0.409 0.018 0.045 0.106 0.183 0.239 85 L 0.493 0.032 0.041 0.085 0.194 0.156 86 Y 0.436 0.017 0.034 0.055 0.268 0.190 87 G 0.366 0.005 0.026 0.025 0.320 0.258 88 R 0.555 0.006 0.017 0.017 0.207 0.198 89 H 0.740 0.012 0.009 0.012 0.085 0.142 90 I 0.838 0.012 0.004 0.007 0.042 0.097 91 T 0.781 0.016 0.004 0.008 0.070 0.121 92 L 0.588 0.024 0.010 0.009 0.198 0.171 93 N 0.340 0.013 0.016 0.008 0.450 0.173 94 D 0.156 0.010 0.034 0.008 0.624 0.167 95 G 0.130 0.011 0.031 0.003 0.646 0.179 96 N 0.241 0.009 0.020 0.002 0.420 0.308 97 S 0.571 0.020 0.008 0.001 0.175 0.225 98 V 0.840 0.006 0.001 0.001 0.047 0.105 99 K 0.942 0.001 0.001 0.001 0.013 0.043 100 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 101 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 102 T 0.966 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 103 I 0.863 0.005 0.001 0.003 0.018 0.109 104 S 0.622 0.010 0.004 0.005 0.148 0.211 105 A 0.315 0.011 0.023 0.018 0.296 0.335 106 G 0.115 0.023 0.036 0.019 0.468 0.340 107 R 0.093 0.022 0.084 0.027 0.568 0.205 108 D 0.050 0.020 0.061 0.036 0.514 0.318 109 E 0.034 0.021 0.059 0.067 0.506 0.313 110 G 0.020 0.013 0.016 0.031 0.498 0.420 111 P 0.020 0.015 0.021 0.096 0.390 0.457 112 D 0.018 0.017 0.044 0.296 0.309 0.316 113 R 0.018 0.004 0.039 0.688 0.134 0.116 114 D 0.013 0.002 0.023 0.851 0.054 0.057 115 I 0.015 0.001 0.010 0.943 0.016 0.014 116 I 0.022 0.001 0.006 0.951 0.009 0.010 117 W 0.027 0.001 0.008 0.945 0.010 0.009 118 E 0.022 0.001 0.013 0.942 0.013 0.010 119 M 0.021 0.001 0.015 0.938 0.016 0.009 120 F 0.019 0.001 0.014 0.920 0.022 0.024 121 L 0.012 0.001 0.038 0.906 0.024 0.018 122 E 0.011 0.001 0.036 0.882 0.032 0.038 123 N 0.015 0.003 0.046 0.659 0.069 0.209 124 L 0.011 0.005 0.017 0.349 0.096 0.522 125 E 0.006 0.001 0.002 0.063 0.045 0.883