# TARGET T0285 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.005 0.017 0.622 0.007 0.034 0.045 0.003 0.001 0.017 0.101 0.063 0.033 0.052 2 Y 0.004 0.077 0.564 0.001 0.038 0.049 0.004 0.001 0.026 0.083 0.060 0.016 0.075 3 L 0.001 0.025 0.670 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.016 0.204 0.013 0.045 0.010 4 P 0.001 0.014 0.674 0.001 0.013 0.010 0.001 0.001 0.005 0.124 0.136 0.001 0.021 5 D 0.001 0.008 0.148 0.001 0.041 0.014 0.001 0.001 0.001 0.163 0.622 0.001 0.001 6 D 0.001 0.009 0.295 0.001 0.036 0.016 0.001 0.001 0.001 0.328 0.312 0.001 0.002 7 S 0.001 0.009 0.601 0.001 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.343 0.014 0.002 0.002 8 P 0.001 0.013 0.250 0.001 0.043 0.434 0.001 0.001 0.001 0.066 0.189 0.001 0.004 9 A 0.001 0.007 0.068 0.001 0.055 0.696 0.001 0.001 0.001 0.033 0.132 0.003 0.003 10 K 0.002 0.003 0.066 0.004 0.041 0.786 0.001 0.001 0.002 0.050 0.037 0.003 0.005 11 R 0.006 0.003 0.056 0.002 0.017 0.834 0.003 0.002 0.010 0.018 0.028 0.010 0.011 12 L 0.016 0.005 0.042 0.002 0.008 0.837 0.007 0.003 0.010 0.012 0.025 0.014 0.019 13 L 0.027 0.004 0.039 0.003 0.008 0.831 0.007 0.004 0.011 0.009 0.019 0.016 0.022 14 F 0.033 0.003 0.028 0.006 0.011 0.826 0.008 0.002 0.007 0.011 0.014 0.023 0.029 15 Q 0.031 0.002 0.025 0.003 0.014 0.798 0.007 0.003 0.009 0.014 0.025 0.043 0.026 16 M 0.058 0.004 0.035 0.001 0.017 0.711 0.010 0.003 0.010 0.018 0.043 0.026 0.064 17 V 0.033 0.008 0.078 0.009 0.014 0.636 0.007 0.003 0.013 0.043 0.087 0.030 0.040 18 G 0.017 0.005 0.110 0.014 0.027 0.490 0.002 0.001 0.005 0.105 0.169 0.024 0.031 19 N 0.009 0.004 0.128 0.006 0.041 0.505 0.002 0.001 0.006 0.116 0.143 0.017 0.023 20 A 0.018 0.013 0.156 0.001 0.060 0.509 0.003 0.001 0.009 0.047 0.111 0.021 0.050 21 I 0.025 0.029 0.169 0.004 0.033 0.421 0.006 0.002 0.010 0.089 0.128 0.030 0.055 22 N 0.015 0.013 0.308 0.006 0.030 0.280 0.003 0.002 0.008 0.104 0.152 0.037 0.043 23 R 0.004 0.004 0.110 0.002 0.039 0.380 0.001 0.001 0.002 0.130 0.301 0.010 0.015 24 N 0.003 0.005 0.169 0.002 0.036 0.281 0.001 0.001 0.002 0.124 0.351 0.010 0.014 25 T 0.006 0.007 0.231 0.004 0.048 0.427 0.001 0.001 0.004 0.110 0.124 0.008 0.031 26 Q 0.009 0.009 0.127 0.003 0.039 0.595 0.002 0.001 0.006 0.085 0.065 0.043 0.017 27 Q 0.019 0.013 0.157 0.003 0.041 0.530 0.005 0.001 0.012 0.035 0.046 0.022 0.117 28 L 0.029 0.022 0.160 0.017 0.031 0.529 0.007 0.002 0.017 0.029 0.047 0.056 0.055 29 T 0.019 0.018 0.239 0.014 0.040 0.455 0.004 0.001 0.010 0.051 0.060 0.019 0.070 30 Q 0.010 0.006 0.131 0.005 0.077 0.482 0.002 0.001 0.005 0.108 0.107 0.038 0.028 31 D 0.007 0.009 0.171 0.003 0.133 0.457 0.001 0.001 0.004 0.047 0.112 0.017 0.037 32 L 0.006 0.012 0.138 0.002 0.283 0.357 0.001 0.001 0.004 0.043 0.108 0.008 0.037 33 R 0.006 0.009 0.134 0.004 0.160 0.262 0.001 0.001 0.004 0.063 0.312 0.028 0.016 34 A 0.006 0.017 0.166 0.003 0.128 0.170 0.002 0.001 0.004 0.098 0.370 0.004 0.031 35 M 0.001 0.007 0.600 0.002 0.007 0.012 0.001 0.001 0.002 0.327 0.017 0.019 0.006 36 P 0.001 0.008 0.342 0.006 0.038 0.024 0.001 0.001 0.001 0.161 0.406 0.002 0.012 37 N 0.001 0.008 0.157 0.006 0.062 0.020 0.001 0.001 0.002 0.155 0.572 0.007 0.010 38 W 0.011 0.020 0.375 0.011 0.077 0.036 0.002 0.001 0.007 0.208 0.143 0.043 0.065 39 S 0.045 0.024 0.369 0.015 0.040 0.024 0.013 0.002 0.026 0.100 0.068 0.094 0.178 40 L 0.157 0.010 0.162 0.013 0.030 0.020 0.033 0.006 0.057 0.066 0.023 0.154 0.270 41 R 0.253 0.003 0.122 0.092 0.011 0.009 0.042 0.007 0.046 0.038 0.010 0.184 0.181 42 F 0.348 0.002 0.043 0.018 0.005 0.007 0.069 0.008 0.050 0.010 0.002 0.137 0.302 43 V 0.555 0.001 0.018 0.063 0.002 0.006 0.069 0.011 0.023 0.004 0.001 0.082 0.165 44 Y 0.599 0.001 0.012 0.009 0.001 0.004 0.070 0.008 0.025 0.002 0.001 0.168 0.099 45 I 0.494 0.002 0.020 0.006 0.001 0.005 0.063 0.005 0.026 0.002 0.001 0.075 0.298 46 V 0.482 0.008 0.066 0.048 0.001 0.004 0.038 0.002 0.021 0.011 0.006 0.148 0.165 47 D 0.103 0.010 0.301 0.003 0.002 0.005 0.006 0.001 0.019 0.057 0.021 0.075 0.399 48 R 0.022 0.003 0.094 0.002 0.039 0.064 0.002 0.001 0.002 0.147 0.539 0.039 0.046 49 N 0.005 0.006 0.096 0.003 0.035 0.039 0.001 0.001 0.001 0.138 0.632 0.030 0.016 50 N 0.003 0.004 0.248 0.003 0.046 0.048 0.001 0.001 0.001 0.291 0.323 0.008 0.026 51 Q 0.011 0.016 0.225 0.004 0.079 0.169 0.001 0.001 0.001 0.210 0.219 0.030 0.036 52 D 0.032 0.058 0.155 0.007 0.098 0.176 0.004 0.001 0.004 0.115 0.092 0.067 0.192 53 L 0.054 0.028 0.161 0.050 0.169 0.177 0.006 0.001 0.004 0.039 0.083 0.030 0.199 54 L 0.106 0.038 0.189 0.019 0.067 0.102 0.013 0.001 0.005 0.036 0.081 0.228 0.115 55 K 0.059 0.039 0.249 0.015 0.048 0.068 0.009 0.001 0.007 0.109 0.078 0.034 0.285 56 R 0.003 0.008 0.445 0.012 0.007 0.013 0.001 0.001 0.005 0.287 0.018 0.170 0.029 57 P 0.001 0.015 0.629 0.004 0.010 0.012 0.001 0.001 0.003 0.130 0.072 0.003 0.120 58 L 0.001 0.029 0.621 0.005 0.006 0.008 0.001 0.001 0.004 0.255 0.034 0.031 0.005 59 P 0.001 0.011 0.760 0.004 0.008 0.007 0.001 0.001 0.003 0.163 0.028 0.003 0.012 60 P 0.001 0.009 0.224 0.016 0.073 0.038 0.001 0.001 0.005 0.168 0.456 0.002 0.009 61 G 0.007 0.015 0.226 0.015 0.070 0.035 0.003 0.003 0.024 0.161 0.369 0.056 0.018 62 I 0.051 0.021 0.266 0.004 0.039 0.041 0.027 0.019 0.122 0.079 0.025 0.038 0.269 63 M 0.146 0.016 0.096 0.012 0.008 0.027 0.090 0.029 0.148 0.022 0.008 0.316 0.083 64 V 0.175 0.022 0.075 0.012 0.005 0.019 0.109 0.025 0.109 0.016 0.008 0.092 0.333 65 L 0.114 0.026 0.203 0.060 0.009 0.037 0.047 0.014 0.079 0.038 0.020 0.165 0.189 66 A 0.017 0.009 0.453 0.043 0.017 0.047 0.006 0.002 0.033 0.112 0.038 0.098 0.125 67 P 0.011 0.006 0.303 0.038 0.085 0.140 0.002 0.001 0.011 0.144 0.172 0.015 0.073 68 R 0.018 0.017 0.260 0.018 0.137 0.159 0.004 0.002 0.013 0.102 0.154 0.065 0.051 69 L 0.017 0.025 0.289 0.006 0.151 0.158 0.005 0.003 0.021 0.093 0.084 0.035 0.115 70 T 0.026 0.021 0.295 0.015 0.109 0.159 0.006 0.003 0.016 0.089 0.125 0.053 0.083 71 A 0.020 0.017 0.261 0.008 0.079 0.117 0.005 0.002 0.010 0.139 0.218 0.050 0.074 72 K 0.012 0.017 0.340 0.004 0.035 0.087 0.004 0.002 0.009 0.220 0.178 0.034 0.057 73 H 0.001 0.014 0.578 0.004 0.004 0.015 0.001 0.001 0.005 0.306 0.019 0.034 0.020 74 P 0.001 0.017 0.457 0.004 0.037 0.071 0.001 0.001 0.003 0.141 0.226 0.006 0.038 75 Y 0.004 0.015 0.235 0.007 0.110 0.156 0.001 0.001 0.004 0.157 0.274 0.013 0.024 76 D 0.005 0.008 0.299 0.014 0.129 0.204 0.001 0.001 0.005 0.190 0.093 0.029 0.023 77 K 0.010 0.020 0.289 0.003 0.093 0.312 0.003 0.001 0.013 0.073 0.070 0.025 0.088 78 V 0.032 0.030 0.214 0.011 0.052 0.369 0.007 0.001 0.011 0.047 0.054 0.052 0.119 79 Q 0.059 0.034 0.191 0.018 0.028 0.301 0.007 0.002 0.010 0.056 0.086 0.117 0.092 80 D 0.027 0.009 0.228 0.003 0.026 0.338 0.004 0.001 0.004 0.074 0.135 0.027 0.123 81 R 0.017 0.006 0.187 0.004 0.026 0.310 0.002 0.001 0.002 0.103 0.241 0.071 0.031 82 N 0.008 0.005 0.265 0.006 0.029 0.212 0.001 0.001 0.001 0.127 0.286 0.019 0.040 83 R 0.013 0.006 0.279 0.008 0.026 0.204 0.001 0.001 0.001 0.241 0.131 0.048 0.042 84 K 0.054 0.022 0.247 0.006 0.025 0.193 0.007 0.001 0.005 0.094 0.100 0.090 0.156 85 L 0.085 0.050 0.164 0.006 0.035 0.166 0.015 0.003 0.012 0.076 0.099 0.059 0.230 86 Y 0.075 0.021 0.224 0.085 0.032 0.070 0.012 0.002 0.010 0.089 0.157 0.151 0.072 87 G 0.056 0.007 0.291 0.041 0.029 0.019 0.006 0.001 0.011 0.136 0.146 0.073 0.184 88 R 0.106 0.008 0.244 0.030 0.015 0.013 0.011 0.002 0.024 0.157 0.042 0.206 0.142 89 H 0.196 0.013 0.158 0.025 0.005 0.005 0.024 0.003 0.034 0.045 0.010 0.124 0.358 90 I 0.225 0.012 0.160 0.017 0.003 0.004 0.034 0.004 0.036 0.022 0.004 0.253 0.225 91 T 0.170 0.026 0.176 0.013 0.003 0.004 0.034 0.005 0.050 0.011 0.006 0.199 0.304 92 L 0.108 0.029 0.238 0.025 0.018 0.011 0.025 0.003 0.027 0.041 0.055 0.081 0.338 93 N 0.035 0.010 0.275 0.016 0.027 0.010 0.006 0.002 0.012 0.163 0.241 0.109 0.094 94 D 0.005 0.008 0.173 0.009 0.036 0.005 0.001 0.001 0.003 0.277 0.413 0.028 0.043 95 G 0.002 0.003 0.127 0.005 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.329 0.467 0.012 0.023 96 N 0.010 0.008 0.272 0.019 0.018 0.003 0.002 0.001 0.004 0.351 0.199 0.065 0.048 97 S 0.077 0.012 0.256 0.007 0.011 0.002 0.018 0.001 0.021 0.151 0.053 0.083 0.308 98 V 0.192 0.008 0.154 0.015 0.002 0.001 0.053 0.002 0.042 0.033 0.002 0.159 0.336 99 K 0.195 0.003 0.068 0.010 0.001 0.001 0.072 0.002 0.061 0.008 0.001 0.445 0.135 100 V 0.126 0.003 0.058 0.020 0.001 0.001 0.078 0.004 0.085 0.002 0.001 0.025 0.598 101 V 0.156 0.002 0.052 0.122 0.001 0.001 0.103 0.009 0.090 0.004 0.001 0.409 0.052 102 T 0.171 0.004 0.068 0.009 0.001 0.001 0.103 0.013 0.135 0.005 0.001 0.055 0.433 103 I 0.118 0.011 0.149 0.027 0.003 0.004 0.068 0.022 0.202 0.012 0.005 0.206 0.172 104 S 0.051 0.016 0.379 0.041 0.010 0.007 0.020 0.009 0.142 0.045 0.022 0.083 0.174 105 A 0.018 0.022 0.298 0.023 0.052 0.013 0.006 0.003 0.035 0.171 0.196 0.062 0.100 106 G 0.005 0.011 0.369 0.008 0.054 0.010 0.002 0.001 0.010 0.197 0.268 0.031 0.035 107 R 0.003 0.022 0.425 0.004 0.051 0.011 0.001 0.001 0.004 0.276 0.141 0.025 0.035 108 D 0.003 0.019 0.307 0.002 0.068 0.024 0.001 0.001 0.002 0.213 0.316 0.013 0.032 109 E 0.003 0.035 0.283 0.002 0.046 0.022 0.001 0.001 0.002 0.347 0.226 0.014 0.018 110 G 0.001 0.013 0.627 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.298 0.033 0.005 0.009 111 P 0.001 0.010 0.382 0.001 0.025 0.043 0.001 0.001 0.001 0.178 0.353 0.002 0.006 112 D 0.001 0.011 0.323 0.001 0.045 0.126 0.001 0.001 0.001 0.136 0.351 0.003 0.004 113 R 0.001 0.004 0.129 0.001 0.053 0.553 0.001 0.001 0.001 0.171 0.082 0.003 0.003 114 D 0.001 0.003 0.075 0.001 0.012 0.834 0.001 0.001 0.002 0.029 0.033 0.002 0.006 115 I 0.003 0.006 0.015 0.001 0.005 0.940 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.004 0.005 116 I 0.004 0.002 0.011 0.001 0.003 0.960 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.003 0.004 117 W 0.005 0.001 0.008 0.001 0.003 0.968 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 118 E 0.008 0.001 0.005 0.001 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 119 M 0.007 0.001 0.008 0.001 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.005 120 F 0.005 0.001 0.008 0.001 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.002 0.004 121 L 0.005 0.001 0.011 0.001 0.007 0.936 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.002 0.005 122 E 0.003 0.001 0.015 0.001 0.017 0.843 0.001 0.001 0.001 0.013 0.100 0.003 0.003 123 N 0.001 0.001 0.034 0.001 0.024 0.621 0.001 0.001 0.001 0.024 0.293 0.001 0.002 124 L 0.001 0.003 0.307 0.001 0.024 0.378 0.001 0.001 0.001 0.049 0.233 0.001 0.004 125 E 0.001 0.002 0.890 0.001 0.009 0.046 0.001 0.001 0.001 0.026 0.021 0.002 0.003