# TARGET T0285 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.135 0.027 0.150 0.078 0.265 0.346 2 Y 0.138 0.066 0.068 0.051 0.242 0.434 3 L 0.065 0.040 0.018 0.014 0.412 0.451 4 P 0.029 0.023 0.037 0.019 0.621 0.270 5 D 0.013 0.015 0.035 0.018 0.643 0.277 6 D 0.008 0.016 0.021 0.027 0.598 0.329 7 S 0.005 0.012 0.010 0.061 0.366 0.546 8 P 0.004 0.008 0.028 0.659 0.156 0.145 9 A 0.004 0.004 0.029 0.847 0.076 0.040 10 K 0.010 0.003 0.038 0.857 0.056 0.036 11 R 0.020 0.002 0.023 0.900 0.030 0.026 12 L 0.033 0.003 0.014 0.905 0.023 0.023 13 L 0.032 0.002 0.011 0.924 0.017 0.015 14 F 0.040 0.001 0.014 0.909 0.019 0.017 15 Q 0.035 0.001 0.018 0.904 0.024 0.018 16 M 0.047 0.004 0.019 0.853 0.041 0.036 17 V 0.036 0.005 0.015 0.781 0.062 0.101 18 G 0.023 0.003 0.031 0.672 0.101 0.170 19 N 0.024 0.003 0.051 0.651 0.146 0.125 20 A 0.044 0.005 0.089 0.627 0.150 0.085 21 I 0.056 0.009 0.063 0.639 0.131 0.102 22 N 0.048 0.007 0.032 0.533 0.227 0.153 23 R 0.030 0.005 0.030 0.522 0.241 0.170 24 N 0.038 0.008 0.018 0.434 0.251 0.252 25 T 0.027 0.005 0.027 0.654 0.162 0.125 26 Q 0.049 0.004 0.026 0.736 0.096 0.089 27 Q 0.092 0.009 0.026 0.756 0.055 0.062 28 L 0.099 0.006 0.024 0.743 0.058 0.072 29 T 0.070 0.005 0.021 0.780 0.057 0.066 30 Q 0.041 0.004 0.041 0.792 0.067 0.055 31 D 0.029 0.006 0.072 0.716 0.089 0.087 32 L 0.023 0.004 0.180 0.617 0.126 0.049 33 R 0.049 0.009 0.179 0.451 0.200 0.112 34 A 0.037 0.015 0.119 0.379 0.248 0.202 35 M 0.027 0.016 0.025 0.041 0.804 0.086 36 P 0.012 0.003 0.049 0.032 0.814 0.090 37 N 0.014 0.003 0.063 0.014 0.833 0.072 38 W 0.149 0.024 0.050 0.008 0.679 0.091 39 S 0.434 0.023 0.018 0.008 0.140 0.377 40 L 0.783 0.012 0.011 0.004 0.068 0.122 41 R 0.872 0.002 0.004 0.002 0.040 0.080 42 F 0.974 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 43 V 0.979 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 44 Y 0.982 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 45 I 0.978 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 46 V 0.927 0.004 0.001 0.007 0.013 0.049 47 D 0.676 0.010 0.002 0.014 0.173 0.125 48 R 0.132 0.008 0.023 0.030 0.599 0.208 49 N 0.033 0.005 0.053 0.027 0.697 0.185 50 N 0.041 0.017 0.092 0.063 0.659 0.128 51 Q 0.048 0.013 0.131 0.169 0.393 0.246 52 D 0.089 0.013 0.204 0.188 0.312 0.193 53 L 0.102 0.017 0.224 0.395 0.164 0.098 54 L 0.166 0.015 0.094 0.474 0.126 0.124 55 K 0.192 0.020 0.069 0.346 0.125 0.248 56 R 0.086 0.013 0.018 0.174 0.136 0.573 57 P 0.035 0.009 0.010 0.055 0.114 0.778 58 L 0.013 0.006 0.002 0.003 0.067 0.908 59 P 0.023 0.013 0.003 0.006 0.196 0.758 60 P 0.031 0.010 0.021 0.038 0.394 0.508 61 G 0.089 0.007 0.033 0.035 0.422 0.414 62 I 0.610 0.017 0.049 0.067 0.156 0.100 63 M 0.801 0.009 0.019 0.047 0.053 0.071 64 V 0.797 0.014 0.011 0.040 0.061 0.076 65 L 0.606 0.020 0.010 0.060 0.106 0.197 66 A 0.307 0.009 0.028 0.046 0.258 0.353 67 P 0.148 0.007 0.127 0.105 0.355 0.257 68 R 0.158 0.019 0.228 0.120 0.274 0.201 69 L 0.200 0.044 0.138 0.172 0.243 0.202 70 T 0.166 0.029 0.074 0.146 0.297 0.288 71 A 0.097 0.014 0.050 0.109 0.382 0.347 72 K 0.074 0.018 0.030 0.081 0.389 0.409 73 H 0.032 0.014 0.009 0.017 0.476 0.453 74 P 0.011 0.008 0.066 0.048 0.469 0.397 75 Y 0.014 0.009 0.295 0.137 0.372 0.174 76 D 0.022 0.006 0.317 0.142 0.391 0.121 77 K 0.030 0.009 0.293 0.274 0.271 0.122 78 V 0.073 0.025 0.120 0.392 0.212 0.178 79 Q 0.100 0.018 0.086 0.381 0.238 0.177 80 D 0.080 0.010 0.106 0.323 0.317 0.165 81 R 0.064 0.010 0.138 0.345 0.296 0.146 82 N 0.083 0.011 0.117 0.251 0.320 0.218 83 R 0.147 0.011 0.118 0.191 0.291 0.240 84 K 0.329 0.015 0.075 0.148 0.198 0.235 85 L 0.425 0.031 0.075 0.091 0.216 0.162 86 Y 0.388 0.021 0.040 0.056 0.284 0.211 87 G 0.352 0.005 0.030 0.021 0.304 0.289 88 R 0.520 0.005 0.021 0.018 0.207 0.229 89 H 0.724 0.011 0.010 0.013 0.087 0.156 90 I 0.842 0.014 0.004 0.006 0.040 0.094 91 T 0.819 0.022 0.002 0.004 0.057 0.095 92 L 0.647 0.036 0.008 0.005 0.203 0.102 93 N 0.334 0.014 0.016 0.004 0.545 0.088 94 D 0.114 0.005 0.033 0.004 0.755 0.089 95 G 0.101 0.009 0.026 0.002 0.731 0.131 96 N 0.263 0.013 0.013 0.001 0.349 0.362 97 S 0.596 0.017 0.003 0.001 0.110 0.273 98 V 0.821 0.005 0.001 0.001 0.038 0.135 99 K 0.943 0.001 0.001 0.001 0.012 0.043 100 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 101 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 102 T 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 103 I 0.906 0.003 0.001 0.003 0.011 0.077 104 S 0.662 0.006 0.003 0.009 0.093 0.227 105 A 0.367 0.018 0.015 0.033 0.254 0.313 106 G 0.149 0.020 0.045 0.027 0.451 0.308 107 R 0.146 0.023 0.106 0.042 0.473 0.209 108 D 0.071 0.016 0.084 0.046 0.496 0.286 109 E 0.038 0.016 0.066 0.090 0.461 0.329 110 G 0.018 0.012 0.010 0.017 0.466 0.478 111 P 0.012 0.011 0.042 0.122 0.444 0.369 112 D 0.012 0.015 0.065 0.280 0.326 0.303 113 R 0.011 0.005 0.049 0.728 0.123 0.084 114 D 0.006 0.001 0.016 0.909 0.033 0.035 115 I 0.010 0.002 0.011 0.952 0.015 0.011 116 I 0.014 0.002 0.006 0.962 0.009 0.008 117 W 0.016 0.001 0.008 0.964 0.006 0.005 118 E 0.012 0.001 0.011 0.963 0.008 0.005 119 M 0.009 0.001 0.014 0.959 0.010 0.007 120 F 0.008 0.001 0.016 0.939 0.016 0.020 121 L 0.010 0.001 0.054 0.881 0.033 0.021 122 E 0.010 0.001 0.048 0.861 0.045 0.035 123 N 0.011 0.003 0.041 0.655 0.095 0.194 124 L 0.013 0.009 0.025 0.282 0.166 0.506 125 E 0.023 0.005 0.025 0.202 0.170 0.576