# TARGET T0285 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.043 0.004 0.007 0.010 0.026 0.023 0.887 2 Y 0.067 0.092 0.012 0.025 0.032 0.054 0.718 3 L 0.038 0.051 0.006 0.009 0.136 0.025 0.735 4 P 0.016 0.010 0.019 0.007 0.109 0.177 0.663 5 D 0.009 0.011 0.032 0.019 0.207 0.469 0.254 6 D 0.006 0.005 0.020 0.043 0.464 0.166 0.296 7 S 0.004 0.005 0.004 0.043 0.558 0.015 0.371 8 P 0.004 0.010 0.020 0.707 0.062 0.115 0.082 9 A 0.009 0.005 0.030 0.807 0.017 0.087 0.045 10 K 0.027 0.005 0.025 0.836 0.015 0.025 0.067 11 R 0.063 0.003 0.018 0.846 0.019 0.015 0.036 12 L 0.094 0.004 0.010 0.838 0.011 0.021 0.022 13 L 0.089 0.003 0.008 0.851 0.007 0.024 0.018 14 F 0.123 0.002 0.008 0.819 0.010 0.018 0.020 15 Q 0.122 0.002 0.008 0.820 0.010 0.021 0.017 16 M 0.066 0.003 0.012 0.841 0.014 0.033 0.031 17 V 0.049 0.006 0.012 0.780 0.024 0.078 0.052 18 G 0.047 0.003 0.034 0.523 0.092 0.188 0.112 19 N 0.081 0.005 0.051 0.426 0.142 0.149 0.147 20 A 0.082 0.010 0.058 0.530 0.076 0.119 0.125 21 I 0.109 0.026 0.036 0.450 0.099 0.111 0.169 22 N 0.088 0.014 0.024 0.351 0.075 0.118 0.330 23 R 0.021 0.004 0.037 0.520 0.083 0.241 0.093 24 N 0.026 0.006 0.031 0.431 0.089 0.266 0.150 25 T 0.030 0.006 0.040 0.552 0.073 0.114 0.184 26 Q 0.045 0.006 0.023 0.689 0.072 0.057 0.109 27 Q 0.093 0.012 0.023 0.682 0.030 0.037 0.124 28 L 0.095 0.010 0.019 0.690 0.024 0.032 0.132 29 T 0.112 0.008 0.020 0.653 0.038 0.032 0.138 30 Q 0.107 0.005 0.036 0.652 0.074 0.058 0.068 31 D 0.090 0.005 0.056 0.592 0.046 0.094 0.117 32 L 0.053 0.008 0.131 0.579 0.036 0.136 0.057 33 R 0.069 0.009 0.132 0.379 0.081 0.237 0.094 34 A 0.090 0.020 0.104 0.302 0.105 0.240 0.140 35 M 0.063 0.011 0.020 0.048 0.318 0.030 0.508 36 P 0.043 0.009 0.068 0.059 0.136 0.321 0.364 37 N 0.070 0.011 0.071 0.019 0.204 0.395 0.230 38 W 0.223 0.015 0.033 0.013 0.196 0.064 0.457 39 S 0.449 0.011 0.011 0.006 0.121 0.044 0.358 40 L 0.733 0.008 0.004 0.003 0.035 0.007 0.211 41 R 0.859 0.002 0.001 0.003 0.029 0.004 0.101 42 F 0.962 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.026 43 V 0.970 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.022 44 Y 0.978 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.013 45 I 0.963 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.025 46 V 0.879 0.008 0.001 0.006 0.023 0.007 0.076 47 D 0.596 0.011 0.002 0.005 0.052 0.013 0.322 48 R 0.057 0.006 0.056 0.060 0.170 0.532 0.119 49 N 0.021 0.009 0.062 0.055 0.137 0.609 0.106 50 N 0.022 0.011 0.140 0.155 0.143 0.270 0.259 51 Q 0.025 0.008 0.196 0.280 0.105 0.168 0.217 52 D 0.053 0.009 0.271 0.300 0.076 0.149 0.142 53 L 0.060 0.016 0.435 0.271 0.032 0.140 0.046 54 L 0.101 0.029 0.202 0.298 0.063 0.194 0.113 55 K 0.110 0.013 0.155 0.197 0.109 0.256 0.160 56 R 0.082 0.007 0.008 0.016 0.540 0.022 0.323 57 P 0.105 0.029 0.006 0.007 0.141 0.068 0.645 58 L 0.052 0.036 0.002 0.003 0.133 0.013 0.762 59 P 0.032 0.007 0.003 0.002 0.052 0.008 0.897 60 P 0.023 0.002 0.075 0.022 0.225 0.438 0.215 61 G 0.079 0.004 0.089 0.037 0.165 0.558 0.068 62 I 0.615 0.013 0.041 0.046 0.037 0.023 0.225 63 M 0.897 0.010 0.005 0.018 0.006 0.004 0.060 64 V 0.931 0.005 0.005 0.012 0.010 0.004 0.033 65 L 0.824 0.010 0.005 0.011 0.020 0.006 0.124 66 A 0.283 0.004 0.012 0.009 0.070 0.006 0.616 67 P 0.167 0.007 0.085 0.040 0.103 0.144 0.455 68 R 0.147 0.023 0.123 0.080 0.118 0.199 0.310 69 L 0.160 0.029 0.066 0.069 0.106 0.077 0.493 70 T 0.149 0.018 0.042 0.087 0.111 0.114 0.479 71 A 0.145 0.014 0.030 0.077 0.189 0.163 0.382 72 K 0.095 0.020 0.020 0.067 0.284 0.150 0.364 73 H 0.036 0.012 0.003 0.009 0.281 0.010 0.649 74 P 0.024 0.012 0.025 0.073 0.117 0.319 0.429 75 Y 0.026 0.017 0.053 0.160 0.122 0.380 0.241 76 D 0.050 0.014 0.072 0.276 0.179 0.124 0.285 77 K 0.096 0.023 0.052 0.407 0.095 0.085 0.243 78 V 0.178 0.036 0.038 0.436 0.054 0.049 0.209 79 Q 0.171 0.020 0.039 0.461 0.058 0.074 0.177 80 D 0.087 0.007 0.037 0.533 0.079 0.095 0.163 81 R 0.071 0.012 0.042 0.394 0.104 0.238 0.138 82 N 0.070 0.008 0.054 0.259 0.107 0.297 0.204 83 R 0.140 0.013 0.068 0.277 0.151 0.146 0.206 84 K 0.211 0.016 0.091 0.266 0.075 0.096 0.245 85 L 0.375 0.043 0.071 0.179 0.077 0.108 0.148 86 Y 0.311 0.027 0.044 0.064 0.102 0.255 0.198 87 G 0.239 0.007 0.044 0.022 0.176 0.313 0.198 88 R 0.373 0.006 0.039 0.016 0.158 0.121 0.288 89 H 0.622 0.025 0.026 0.015 0.077 0.047 0.189 90 I 0.794 0.016 0.005 0.008 0.024 0.009 0.145 91 T 0.811 0.030 0.002 0.005 0.010 0.007 0.135 92 L 0.549 0.031 0.011 0.011 0.031 0.046 0.322 93 N 0.233 0.011 0.024 0.008 0.111 0.351 0.262 94 D 0.040 0.005 0.032 0.004 0.195 0.649 0.076 95 G 0.036 0.002 0.028 0.003 0.298 0.489 0.145 96 N 0.089 0.009 0.015 0.002 0.403 0.131 0.351 97 S 0.459 0.050 0.008 0.002 0.139 0.053 0.289 98 V 0.753 0.010 0.002 0.001 0.036 0.004 0.194 99 K 0.902 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.080 100 V 0.972 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.021 101 V 0.975 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.018 102 T 0.970 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.022 103 I 0.860 0.004 0.002 0.008 0.011 0.007 0.108 104 S 0.687 0.011 0.005 0.012 0.038 0.026 0.222 105 A 0.282 0.016 0.027 0.021 0.162 0.286 0.206 106 G 0.118 0.014 0.024 0.010 0.240 0.340 0.254 107 R 0.114 0.035 0.036 0.011 0.285 0.100 0.418 108 D 0.093 0.041 0.023 0.008 0.256 0.137 0.442 109 E 0.045 0.029 0.019 0.009 0.328 0.268 0.302 110 G 0.018 0.014 0.005 0.006 0.450 0.047 0.459 111 P 0.016 0.013 0.014 0.046 0.232 0.214 0.465 112 D 0.023 0.025 0.027 0.193 0.132 0.206 0.393 113 R 0.027 0.008 0.024 0.639 0.064 0.055 0.182 114 D 0.025 0.002 0.009 0.837 0.036 0.021 0.069 115 I 0.039 0.005 0.004 0.915 0.009 0.007 0.021 116 I 0.033 0.002 0.003 0.943 0.002 0.005 0.012 117 W 0.027 0.001 0.003 0.954 0.002 0.005 0.008 118 E 0.019 0.001 0.003 0.965 0.003 0.006 0.004 119 M 0.025 0.001 0.009 0.941 0.003 0.014 0.007 120 F 0.035 0.003 0.012 0.901 0.004 0.033 0.011 121 L 0.022 0.001 0.029 0.899 0.007 0.031 0.011 122 E 0.022 0.002 0.051 0.786 0.024 0.098 0.016 123 N 0.014 0.003 0.046 0.578 0.034 0.252 0.073 124 L 0.012 0.015 0.053 0.468 0.024 0.109 0.320 125 E 0.005 0.002 0.023 0.058 0.008 0.017 0.886