# TARGET T0285 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.380 0.159 0.225 0.106 0.063 0.015 0.022 0.012 0.010 0.007 0.001 2 Y 0.245 0.224 0.276 0.128 0.029 0.049 0.017 0.003 0.026 0.002 0.002 3 L 0.041 0.225 0.493 0.003 0.013 0.029 0.010 0.001 0.184 0.001 0.001 4 P 0.335 0.007 0.580 0.021 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 5 D 0.314 0.075 0.227 0.234 0.041 0.048 0.032 0.011 0.013 0.005 0.001 6 D 0.140 0.067 0.155 0.456 0.030 0.059 0.047 0.020 0.022 0.004 0.001 7 S 0.100 0.144 0.552 0.013 0.054 0.019 0.009 0.002 0.096 0.011 0.001 8 P 0.793 0.002 0.144 0.032 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 9 A 0.822 0.012 0.053 0.077 0.005 0.007 0.009 0.008 0.003 0.003 0.001 10 K 0.814 0.026 0.050 0.087 0.006 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 11 R 0.881 0.025 0.041 0.029 0.004 0.006 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 12 L 0.884 0.036 0.041 0.024 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 L 0.931 0.023 0.015 0.020 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 F 0.937 0.020 0.014 0.016 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 Q 0.912 0.027 0.018 0.026 0.004 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 16 M 0.865 0.031 0.025 0.059 0.003 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 17 V 0.629 0.089 0.063 0.181 0.006 0.012 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 18 G 0.567 0.018 0.045 0.035 0.056 0.003 0.049 0.113 0.002 0.111 0.001 19 N 0.500 0.043 0.067 0.255 0.028 0.031 0.050 0.008 0.015 0.002 0.001 20 A 0.638 0.073 0.112 0.111 0.020 0.017 0.012 0.006 0.007 0.002 0.001 21 I 0.492 0.188 0.127 0.145 0.015 0.018 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 22 N 0.206 0.130 0.270 0.135 0.031 0.116 0.050 0.007 0.050 0.004 0.001 23 R 0.592 0.084 0.105 0.142 0.020 0.016 0.024 0.004 0.010 0.002 0.001 24 N 0.276 0.049 0.121 0.266 0.015 0.089 0.122 0.013 0.045 0.003 0.001 25 T 0.600 0.058 0.086 0.211 0.012 0.013 0.010 0.003 0.006 0.001 0.001 26 Q 0.742 0.047 0.086 0.077 0.008 0.014 0.013 0.003 0.007 0.002 0.001 27 Q 0.685 0.061 0.130 0.067 0.008 0.022 0.008 0.002 0.017 0.001 0.001 28 L 0.714 0.043 0.114 0.075 0.005 0.033 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 29 T 0.635 0.106 0.099 0.111 0.017 0.018 0.003 0.002 0.008 0.002 0.001 30 Q 0.718 0.070 0.085 0.052 0.037 0.008 0.017 0.005 0.005 0.004 0.001 31 D 0.593 0.043 0.148 0.110 0.011 0.050 0.018 0.003 0.023 0.001 0.001 32 L 0.769 0.051 0.054 0.097 0.005 0.013 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 33 R 0.822 0.043 0.055 0.063 0.005 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 34 A 0.492 0.039 0.099 0.323 0.011 0.013 0.008 0.007 0.007 0.001 0.001 35 M 0.050 0.172 0.351 0.003 0.010 0.013 0.016 0.001 0.383 0.001 0.001 36 P 0.460 0.001 0.457 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 37 N 0.186 0.050 0.091 0.437 0.026 0.051 0.085 0.047 0.023 0.003 0.001 38 W 0.114 0.287 0.341 0.096 0.082 0.028 0.023 0.006 0.021 0.003 0.001 39 S 0.148 0.329 0.298 0.085 0.058 0.045 0.014 0.004 0.016 0.003 0.001 40 L 0.058 0.574 0.198 0.037 0.099 0.017 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 41 R 0.060 0.639 0.168 0.026 0.063 0.021 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 42 F 0.020 0.645 0.238 0.004 0.048 0.032 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 43 V 0.042 0.812 0.058 0.020 0.038 0.009 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 44 Y 0.009 0.753 0.148 0.002 0.049 0.018 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 45 I 0.029 0.566 0.286 0.006 0.009 0.063 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 46 V 0.068 0.593 0.170 0.038 0.043 0.045 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 47 D 0.043 0.252 0.437 0.028 0.088 0.101 0.012 0.002 0.030 0.006 0.001 48 R 0.555 0.098 0.073 0.190 0.034 0.019 0.012 0.003 0.013 0.003 0.001 49 N 0.192 0.069 0.164 0.292 0.033 0.060 0.124 0.014 0.043 0.008 0.001 50 N 0.257 0.031 0.056 0.323 0.011 0.075 0.172 0.024 0.048 0.003 0.001 51 Q 0.662 0.057 0.095 0.130 0.011 0.012 0.022 0.005 0.005 0.003 0.001 52 D 0.491 0.031 0.170 0.105 0.010 0.065 0.091 0.006 0.029 0.001 0.001 53 L 0.811 0.023 0.030 0.123 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 54 L 0.630 0.070 0.125 0.146 0.011 0.008 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 55 K 0.398 0.072 0.143 0.305 0.011 0.019 0.025 0.006 0.020 0.001 0.001 56 R 0.046 0.357 0.487 0.003 0.026 0.008 0.007 0.001 0.064 0.001 0.001 57 P 0.112 0.007 0.767 0.010 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 58 L 0.018 0.225 0.637 0.001 0.012 0.012 0.004 0.001 0.090 0.001 0.001 59 P 0.031 0.003 0.902 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.052 60 P 0.168 0.002 0.766 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 61 G 0.073 0.023 0.052 0.028 0.137 0.003 0.049 0.556 0.002 0.077 0.001 62 I 0.096 0.443 0.322 0.039 0.041 0.037 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 63 M 0.036 0.610 0.250 0.010 0.022 0.046 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 64 V 0.058 0.677 0.150 0.015 0.021 0.044 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 65 L 0.084 0.402 0.318 0.029 0.025 0.085 0.004 0.001 0.050 0.001 0.002 66 A 0.052 0.238 0.452 0.002 0.050 0.028 0.018 0.001 0.150 0.007 0.001 67 P 0.364 0.006 0.527 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 68 R 0.437 0.142 0.169 0.129 0.030 0.034 0.022 0.009 0.025 0.002 0.001 69 L 0.329 0.168 0.345 0.069 0.017 0.049 0.007 0.002 0.013 0.001 0.001 70 T 0.414 0.172 0.104 0.212 0.036 0.024 0.013 0.004 0.020 0.002 0.001 71 A 0.357 0.193 0.226 0.085 0.093 0.014 0.012 0.006 0.006 0.008 0.001 72 K 0.333 0.159 0.195 0.222 0.014 0.042 0.007 0.002 0.023 0.001 0.001 73 H 0.021 0.220 0.346 0.003 0.030 0.025 0.013 0.001 0.340 0.001 0.001 74 P 0.427 0.005 0.431 0.026 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 75 Y 0.489 0.078 0.158 0.170 0.032 0.023 0.016 0.014 0.011 0.009 0.001 76 D 0.391 0.072 0.143 0.188 0.040 0.057 0.071 0.012 0.021 0.003 0.001 77 K 0.535 0.143 0.107 0.138 0.026 0.020 0.009 0.004 0.016 0.001 0.001 78 V 0.403 0.234 0.168 0.115 0.015 0.040 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 79 Q 0.466 0.197 0.169 0.071 0.032 0.029 0.012 0.002 0.018 0.003 0.001 80 D 0.320 0.086 0.250 0.104 0.043 0.096 0.036 0.006 0.054 0.004 0.002 81 R 0.800 0.024 0.041 0.110 0.004 0.005 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 82 N 0.399 0.029 0.060 0.297 0.008 0.034 0.138 0.016 0.018 0.002 0.001 83 R 0.490 0.145 0.157 0.119 0.016 0.023 0.026 0.005 0.017 0.002 0.001 84 K 0.426 0.181 0.281 0.042 0.011 0.028 0.014 0.001 0.015 0.001 0.001 85 L 0.466 0.147 0.222 0.096 0.006 0.038 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 86 Y 0.207 0.173 0.185 0.247 0.049 0.021 0.072 0.005 0.035 0.005 0.001 87 G 0.077 0.016 0.069 0.030 0.111 0.002 0.050 0.300 0.001 0.343 0.001 88 R 0.168 0.300 0.310 0.119 0.060 0.020 0.007 0.003 0.010 0.002 0.001 89 H 0.063 0.379 0.346 0.046 0.040 0.061 0.022 0.002 0.038 0.001 0.001 90 I 0.025 0.678 0.189 0.016 0.046 0.023 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 91 T 0.018 0.617 0.260 0.008 0.036 0.038 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 92 L 0.104 0.499 0.236 0.039 0.039 0.048 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 93 N 0.146 0.380 0.122 0.085 0.078 0.050 0.032 0.005 0.094 0.009 0.001 94 D 0.135 0.053 0.118 0.331 0.027 0.033 0.242 0.008 0.042 0.009 0.002 95 G 0.037 0.005 0.036 0.032 0.036 0.001 0.049 0.664 0.001 0.138 0.001 96 N 0.074 0.161 0.343 0.221 0.059 0.043 0.063 0.008 0.023 0.004 0.001 97 S 0.037 0.406 0.314 0.042 0.135 0.026 0.017 0.007 0.008 0.006 0.001 98 V 0.007 0.824 0.072 0.010 0.072 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 99 K 0.004 0.555 0.388 0.002 0.019 0.021 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 100 V 0.003 0.721 0.230 0.001 0.011 0.025 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 101 V 0.011 0.841 0.061 0.009 0.035 0.014 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 102 T 0.003 0.714 0.218 0.001 0.042 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 103 I 0.027 0.734 0.126 0.014 0.050 0.024 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 104 S 0.073 0.482 0.239 0.027 0.113 0.024 0.006 0.003 0.024 0.007 0.001 105 A 0.130 0.252 0.268 0.154 0.127 0.013 0.025 0.006 0.019 0.006 0.001 106 G 0.054 0.018 0.090 0.029 0.071 0.005 0.065 0.370 0.004 0.294 0.001 107 R 0.177 0.234 0.381 0.100 0.051 0.027 0.008 0.002 0.015 0.005 0.001 108 D 0.215 0.104 0.301 0.140 0.047 0.073 0.078 0.010 0.020 0.008 0.003 109 E 0.272 0.120 0.191 0.367 0.018 0.016 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 110 G 0.073 0.024 0.184 0.006 0.127 0.002 0.010 0.036 0.019 0.520 0.001 111 P 0.466 0.004 0.355 0.053 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.103 112 D 0.254 0.059 0.215 0.292 0.019 0.079 0.033 0.017 0.023 0.008 0.001 113 R 0.600 0.102 0.123 0.119 0.023 0.007 0.010 0.007 0.006 0.004 0.001 114 D 0.728 0.024 0.088 0.083 0.005 0.034 0.022 0.007 0.007 0.001 0.001 115 I 0.840 0.073 0.040 0.026 0.006 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 116 I 0.890 0.052 0.020 0.023 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 117 W 0.949 0.022 0.017 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 E 0.975 0.008 0.005 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 M 0.969 0.006 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 F 0.941 0.012 0.009 0.026 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 121 L 0.896 0.018 0.016 0.060 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 E 0.894 0.010 0.037 0.049 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 123 N 0.287 0.006 0.026 0.530 0.004 0.036 0.066 0.008 0.036 0.001 0.001 124 L 0.423 0.068 0.266 0.155 0.004 0.047 0.010 0.002 0.025 0.001 0.001 125 E 0.626 0.050 0.111 0.142 0.015 0.016 0.019 0.007 0.003 0.011 0.001