# TARGET T0285 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.067 0.198 0.078 0.015 0.203 0.019 0.070 0.185 0.088 0.053 0.026 2 Y 0.131 0.179 0.082 0.011 0.232 0.014 0.050 0.086 0.060 0.102 0.054 3 L 0.067 0.394 0.249 0.009 0.199 0.003 0.010 0.032 0.010 0.008 0.018 4 P 0.028 0.397 0.184 0.018 0.127 0.016 0.018 0.108 0.062 0.028 0.012 5 D 0.045 0.138 0.057 0.012 0.111 0.035 0.113 0.224 0.147 0.090 0.027 6 D 0.067 0.062 0.049 0.013 0.096 0.010 0.031 0.078 0.090 0.410 0.094 7 S 0.065 0.323 0.188 0.007 0.216 0.003 0.017 0.105 0.034 0.026 0.015 8 P 0.012 0.056 0.029 0.003 0.025 0.004 0.013 0.544 0.248 0.055 0.010 9 A 0.009 0.036 0.011 0.003 0.019 0.006 0.021 0.733 0.132 0.025 0.006 10 K 0.007 0.017 0.004 0.003 0.019 0.007 0.017 0.785 0.102 0.034 0.005 11 R 0.021 0.027 0.008 0.003 0.046 0.005 0.017 0.782 0.057 0.027 0.009 12 L 0.028 0.023 0.006 0.002 0.041 0.003 0.010 0.782 0.062 0.034 0.009 13 L 0.021 0.016 0.003 0.002 0.029 0.003 0.009 0.823 0.063 0.022 0.008 14 F 0.022 0.025 0.004 0.003 0.047 0.004 0.015 0.768 0.087 0.019 0.008 15 Q 0.015 0.022 0.010 0.004 0.030 0.010 0.069 0.762 0.063 0.010 0.005 16 M 0.037 0.026 0.020 0.009 0.034 0.014 0.081 0.659 0.060 0.045 0.015 17 V 0.037 0.098 0.058 0.045 0.054 0.046 0.073 0.402 0.081 0.087 0.020 18 G 0.022 0.118 0.071 0.103 0.041 0.075 0.048 0.299 0.096 0.102 0.024 19 N 0.043 0.058 0.051 0.037 0.058 0.027 0.037 0.386 0.128 0.130 0.045 20 A 0.041 0.039 0.017 0.012 0.055 0.019 0.051 0.541 0.120 0.083 0.022 21 I 0.050 0.141 0.031 0.016 0.105 0.027 0.047 0.401 0.090 0.069 0.024 22 N 0.100 0.109 0.065 0.023 0.158 0.019 0.030 0.281 0.065 0.098 0.051 23 R 0.023 0.075 0.041 0.013 0.053 0.021 0.039 0.550 0.117 0.055 0.014 24 N 0.060 0.089 0.046 0.011 0.071 0.010 0.029 0.435 0.081 0.128 0.038 25 T 0.041 0.064 0.016 0.006 0.075 0.005 0.013 0.539 0.122 0.102 0.018 26 Q 0.025 0.050 0.016 0.005 0.057 0.008 0.017 0.672 0.096 0.040 0.014 27 Q 0.046 0.044 0.016 0.004 0.074 0.005 0.019 0.687 0.056 0.036 0.013 28 L 0.046 0.036 0.011 0.005 0.061 0.006 0.012 0.725 0.054 0.034 0.011 29 T 0.031 0.051 0.016 0.009 0.070 0.008 0.016 0.652 0.088 0.046 0.012 30 Q 0.017 0.044 0.023 0.006 0.038 0.011 0.028 0.726 0.084 0.018 0.005 31 D 0.038 0.044 0.016 0.004 0.076 0.003 0.021 0.640 0.072 0.064 0.019 32 L 0.048 0.021 0.004 0.002 0.046 0.005 0.015 0.449 0.281 0.104 0.025 33 R 0.022 0.038 0.013 0.006 0.043 0.015 0.061 0.568 0.183 0.041 0.009 34 A 0.049 0.093 0.047 0.008 0.096 0.008 0.038 0.184 0.158 0.287 0.032 35 M 0.135 0.298 0.173 0.014 0.248 0.004 0.008 0.046 0.021 0.019 0.035 36 P 0.010 0.088 0.053 0.033 0.031 0.111 0.191 0.274 0.175 0.027 0.007 37 N 0.109 0.047 0.015 0.009 0.088 0.009 0.036 0.078 0.141 0.333 0.135 38 W 0.167 0.196 0.036 0.003 0.267 0.003 0.006 0.041 0.089 0.126 0.067 39 S 0.115 0.196 0.033 0.006 0.394 0.012 0.049 0.070 0.051 0.049 0.023 40 L 0.492 0.048 0.006 0.001 0.365 0.001 0.002 0.004 0.005 0.014 0.060 41 R 0.144 0.131 0.028 0.034 0.442 0.058 0.071 0.037 0.012 0.018 0.025 42 F 0.380 0.048 0.005 0.001 0.534 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.024 43 V 0.293 0.060 0.004 0.002 0.609 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.021 44 Y 0.230 0.096 0.008 0.001 0.632 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.026 45 I 0.440 0.063 0.010 0.002 0.340 0.002 0.005 0.007 0.003 0.022 0.105 46 V 0.094 0.366 0.064 0.021 0.314 0.029 0.027 0.027 0.013 0.022 0.023 47 D 0.163 0.225 0.193 0.015 0.269 0.006 0.008 0.037 0.017 0.025 0.043 48 R 0.017 0.039 0.023 0.036 0.022 0.061 0.086 0.479 0.182 0.041 0.012 49 N 0.015 0.165 0.103 0.116 0.042 0.094 0.127 0.171 0.065 0.085 0.016 50 N 0.138 0.092 0.034 0.011 0.198 0.004 0.008 0.039 0.039 0.268 0.170 51 Q 0.026 0.070 0.029 0.004 0.053 0.006 0.016 0.409 0.263 0.103 0.022 52 D 0.082 0.042 0.015 0.005 0.111 0.006 0.036 0.420 0.150 0.090 0.043 53 L 0.055 0.059 0.027 0.008 0.088 0.012 0.028 0.451 0.195 0.065 0.012 54 L 0.060 0.130 0.057 0.010 0.184 0.012 0.038 0.389 0.064 0.034 0.022 55 K 0.078 0.086 0.056 0.022 0.106 0.017 0.037 0.223 0.101 0.221 0.053 56 R 0.025 0.435 0.312 0.006 0.165 0.003 0.011 0.029 0.005 0.004 0.005 57 P 0.097 0.315 0.177 0.013 0.206 0.014 0.025 0.051 0.026 0.043 0.033 58 L 0.031 0.395 0.398 0.018 0.104 0.004 0.017 0.014 0.004 0.006 0.009 59 P 0.005 0.342 0.546 0.043 0.038 0.011 0.002 0.006 0.002 0.003 0.002 60 P 0.007 0.030 0.022 0.024 0.017 0.096 0.387 0.248 0.142 0.021 0.006 61 G 0.032 0.072 0.084 0.063 0.057 0.038 0.019 0.078 0.099 0.379 0.079 62 I 0.143 0.243 0.023 0.003 0.459 0.003 0.009 0.030 0.020 0.039 0.027 63 M 0.138 0.185 0.034 0.003 0.550 0.003 0.008 0.022 0.011 0.018 0.027 64 V 0.241 0.174 0.036 0.002 0.450 0.003 0.015 0.025 0.009 0.010 0.034 65 L 0.103 0.224 0.125 0.051 0.210 0.022 0.039 0.055 0.034 0.074 0.064 66 A 0.052 0.393 0.208 0.030 0.187 0.007 0.010 0.057 0.026 0.011 0.019 67 P 0.026 0.163 0.052 0.010 0.073 0.037 0.083 0.295 0.216 0.033 0.012 68 R 0.076 0.103 0.036 0.009 0.119 0.010 0.057 0.194 0.137 0.212 0.047 69 L 0.199 0.124 0.024 0.008 0.197 0.017 0.044 0.124 0.083 0.100 0.081 70 T 0.095 0.192 0.081 0.038 0.202 0.037 0.046 0.094 0.083 0.087 0.046 71 A 0.078 0.171 0.079 0.015 0.215 0.014 0.041 0.204 0.106 0.054 0.024 72 K 0.092 0.115 0.070 0.025 0.143 0.031 0.094 0.111 0.093 0.155 0.070 73 H 0.076 0.339 0.251 0.013 0.231 0.004 0.011 0.035 0.010 0.008 0.022 74 P 0.043 0.343 0.081 0.006 0.145 0.007 0.019 0.208 0.086 0.042 0.019 75 Y 0.063 0.136 0.054 0.011 0.099 0.010 0.025 0.226 0.179 0.161 0.035 76 D 0.036 0.089 0.037 0.010 0.095 0.013 0.024 0.499 0.140 0.042 0.016 77 K 0.060 0.079 0.027 0.003 0.089 0.004 0.016 0.529 0.097 0.075 0.020 78 V 0.064 0.050 0.014 0.004 0.077 0.007 0.021 0.559 0.094 0.085 0.024 79 Q 0.030 0.132 0.051 0.014 0.089 0.021 0.029 0.517 0.061 0.043 0.014 80 D 0.064 0.065 0.048 0.009 0.110 0.005 0.018 0.529 0.072 0.050 0.031 81 R 0.007 0.024 0.015 0.006 0.015 0.013 0.032 0.777 0.086 0.020 0.004 82 N 0.047 0.086 0.032 0.014 0.077 0.007 0.025 0.453 0.097 0.135 0.026 83 R 0.053 0.112 0.029 0.008 0.112 0.008 0.016 0.417 0.118 0.101 0.026 84 K 0.090 0.103 0.044 0.007 0.135 0.012 0.056 0.404 0.077 0.043 0.028 85 L 0.126 0.050 0.031 0.043 0.104 0.065 0.120 0.317 0.058 0.050 0.036 86 Y 0.046 0.186 0.108 0.181 0.097 0.061 0.081 0.093 0.036 0.086 0.025 87 G 0.058 0.086 0.087 0.157 0.068 0.057 0.018 0.058 0.054 0.290 0.067 88 R 0.109 0.232 0.090 0.024 0.280 0.022 0.033 0.069 0.048 0.056 0.035 89 H 0.283 0.118 0.036 0.006 0.374 0.006 0.016 0.021 0.018 0.046 0.074 90 I 0.206 0.230 0.029 0.003 0.459 0.004 0.007 0.010 0.007 0.011 0.034 91 T 0.187 0.218 0.073 0.004 0.446 0.003 0.004 0.009 0.005 0.015 0.037 92 L 0.183 0.166 0.070 0.032 0.172 0.042 0.039 0.096 0.070 0.066 0.065 93 N 0.067 0.109 0.142 0.179 0.088 0.120 0.075 0.067 0.050 0.070 0.033 94 D 0.043 0.165 0.155 0.186 0.088 0.048 0.057 0.060 0.056 0.101 0.041 95 G 0.022 0.056 0.069 0.146 0.026 0.072 0.062 0.086 0.136 0.270 0.056 96 N 0.046 0.159 0.082 0.034 0.112 0.024 0.046 0.068 0.120 0.264 0.045 97 S 0.244 0.143 0.032 0.006 0.355 0.007 0.021 0.022 0.028 0.074 0.068 98 V 0.279 0.160 0.019 0.002 0.493 0.002 0.002 0.002 0.002 0.007 0.032 99 K 0.153 0.151 0.020 0.004 0.651 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.008 100 V 0.470 0.031 0.003 0.001 0.467 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 101 V 0.169 0.134 0.013 0.005 0.643 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.021 102 T 0.349 0.078 0.009 0.001 0.510 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 103 I 0.271 0.142 0.025 0.015 0.343 0.016 0.013 0.018 0.014 0.040 0.104 104 S 0.119 0.240 0.185 0.066 0.228 0.028 0.023 0.029 0.022 0.030 0.030 105 A 0.046 0.129 0.064 0.107 0.090 0.088 0.129 0.151 0.104 0.060 0.032 106 G 0.043 0.110 0.095 0.172 0.070 0.056 0.030 0.060 0.079 0.232 0.054 107 R 0.091 0.219 0.109 0.029 0.206 0.029 0.056 0.094 0.073 0.061 0.033 108 D 0.102 0.122 0.074 0.042 0.154 0.052 0.085 0.154 0.081 0.092 0.041 109 E 0.061 0.131 0.128 0.113 0.073 0.047 0.099 0.077 0.075 0.140 0.057 110 G 0.013 0.087 0.252 0.376 0.025 0.088 0.015 0.031 0.020 0.070 0.023 111 P 0.030 0.283 0.143 0.035 0.102 0.030 0.060 0.164 0.086 0.050 0.017 112 D 0.113 0.160 0.066 0.007 0.147 0.011 0.023 0.188 0.096 0.114 0.074 113 R 0.053 0.108 0.028 0.006 0.106 0.007 0.011 0.422 0.168 0.067 0.025 114 D 0.071 0.055 0.015 0.005 0.133 0.011 0.028 0.522 0.069 0.060 0.032 115 I 0.061 0.059 0.010 0.001 0.097 0.001 0.004 0.640 0.077 0.038 0.013 116 I 0.017 0.011 0.003 0.001 0.021 0.001 0.003 0.884 0.043 0.010 0.005 117 W 0.007 0.008 0.001 0.001 0.017 0.001 0.004 0.908 0.044 0.006 0.002 118 E 0.006 0.005 0.001 0.001 0.012 0.002 0.016 0.925 0.027 0.003 0.002 119 M 0.005 0.007 0.005 0.002 0.009 0.005 0.020 0.894 0.042 0.010 0.002 120 F 0.008 0.004 0.002 0.002 0.006 0.002 0.009 0.857 0.074 0.030 0.005 121 L 0.012 0.022 0.004 0.003 0.015 0.006 0.023 0.715 0.167 0.027 0.007 122 E 0.003 0.030 0.011 0.008 0.011 0.028 0.121 0.661 0.109 0.014 0.003 123 N 0.063 0.027 0.016 0.006 0.050 0.006 0.047 0.328 0.137 0.264 0.055 124 L 0.084 0.113 0.036 0.005 0.106 0.008 0.021 0.330 0.175 0.089 0.035 125 E 0.032 0.088 0.029 0.018 0.062 0.035 0.072 0.423 0.163 0.060 0.019