# TARGET T0284 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0284.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 437 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.011 0.010 0.065 0.176 0.698 2 H 0.069 0.022 0.012 0.106 0.190 0.602 3 R 0.052 0.016 0.016 0.160 0.218 0.538 4 A 0.029 0.014 0.023 0.242 0.212 0.480 5 S 0.016 0.007 0.036 0.346 0.237 0.358 6 H 0.007 0.003 0.033 0.599 0.176 0.181 7 H 0.005 0.002 0.023 0.692 0.163 0.115 8 E 0.003 0.002 0.014 0.777 0.113 0.091 9 L 0.002 0.002 0.008 0.888 0.036 0.064 10 R 0.001 0.001 0.002 0.969 0.010 0.017 11 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.006 12 M 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.003 13 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 14 R 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 15 A 0.001 0.001 0.003 0.982 0.010 0.005 16 L 0.001 0.001 0.006 0.967 0.015 0.012 17 L 0.001 0.002 0.011 0.945 0.022 0.019 18 D 0.003 0.002 0.032 0.779 0.123 0.060 19 S 0.010 0.002 0.026 0.213 0.449 0.300 20 S 0.007 0.001 0.006 0.004 0.488 0.495 21 R 0.046 0.002 0.005 0.001 0.404 0.542 22 C 0.532 0.008 0.004 0.001 0.181 0.275 23 Y 0.902 0.008 0.001 0.001 0.028 0.061 24 H 0.958 0.006 0.001 0.001 0.010 0.025 25 T 0.881 0.008 0.003 0.001 0.036 0.071 26 A 0.521 0.008 0.009 0.003 0.162 0.297 27 S 0.129 0.007 0.021 0.007 0.485 0.351 28 V 0.078 0.030 0.057 0.024 0.543 0.269 29 F 0.039 0.046 0.034 0.032 0.443 0.406 30 D 0.016 0.037 0.020 0.076 0.383 0.468 31 P 0.001 0.001 0.018 0.870 0.076 0.033 32 M 0.001 0.001 0.006 0.964 0.019 0.010 33 S 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 36 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 39 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 40 L 0.001 0.001 0.002 0.975 0.007 0.017 41 G 0.002 0.001 0.001 0.105 0.064 0.827 42 F 0.030 0.001 0.002 0.075 0.106 0.785 43 E 0.410 0.016 0.009 0.138 0.101 0.326 44 C 0.839 0.008 0.008 0.091 0.019 0.036 45 G 0.871 0.001 0.009 0.092 0.008 0.019 46 I 0.815 0.004 0.009 0.132 0.011 0.029 47 L 0.536 0.005 0.012 0.343 0.023 0.081 48 G 0.230 0.005 0.010 0.415 0.057 0.283 49 G 0.016 0.001 0.012 0.885 0.028 0.057 50 S 0.010 0.002 0.016 0.925 0.028 0.018 51 V 0.005 0.001 0.011 0.953 0.021 0.009 52 A 0.005 0.001 0.012 0.962 0.016 0.004 53 S 0.006 0.001 0.020 0.937 0.030 0.006 54 L 0.005 0.001 0.026 0.913 0.044 0.012 55 Q 0.005 0.002 0.021 0.892 0.057 0.022 56 V 0.006 0.010 0.029 0.731 0.156 0.068 57 L 0.011 0.004 0.012 0.210 0.349 0.414 58 A 0.010 0.011 0.011 0.027 0.292 0.648 59 A 0.032 0.037 0.009 0.020 0.313 0.589 60 P 0.038 0.017 0.030 0.041 0.293 0.582 61 D 0.038 0.028 0.085 0.048 0.466 0.334 62 F 0.035 0.013 0.341 0.052 0.447 0.111 63 A 0.034 0.006 0.305 0.068 0.415 0.171 64 L 0.065 0.014 0.259 0.107 0.373 0.182 65 I 0.104 0.097 0.039 0.069 0.342 0.349 66 T 0.048 0.028 0.013 0.055 0.228 0.628 67 L 0.005 0.002 0.160 0.628 0.132 0.073 68 S 0.001 0.001 0.195 0.702 0.075 0.025 69 E 0.001 0.001 0.149 0.796 0.041 0.013 70 F 0.001 0.001 0.018 0.955 0.012 0.014 71 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 72 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 73 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 75 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 76 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.002 77 I 0.001 0.001 0.004 0.982 0.009 0.004 78 G 0.001 0.001 0.019 0.951 0.021 0.008 79 R 0.002 0.001 0.044 0.888 0.044 0.022 80 V 0.005 0.001 0.089 0.772 0.080 0.052 81 A 0.028 0.003 0.030 0.302 0.260 0.378 82 R 0.032 0.005 0.007 0.012 0.207 0.737 83 L 0.087 0.007 0.002 0.004 0.203 0.697 84 P 0.206 0.003 0.007 0.003 0.153 0.628 85 V 0.805 0.007 0.004 0.002 0.039 0.143 86 I 0.939 0.005 0.002 0.001 0.015 0.038 87 A 0.928 0.011 0.002 0.001 0.015 0.043 88 D 0.734 0.010 0.011 0.004 0.110 0.131 89 A 0.205 0.011 0.115 0.022 0.524 0.123 90 D 0.027 0.006 0.229 0.033 0.620 0.085 91 H 0.023 0.012 0.148 0.018 0.740 0.058 92 G 0.022 0.011 0.037 0.009 0.808 0.113 93 Y 0.027 0.014 0.014 0.015 0.617 0.314 94 G 0.032 0.023 0.013 0.016 0.561 0.355 95 N 0.034 0.023 0.013 0.057 0.385 0.487 96 A 0.003 0.001 0.062 0.788 0.104 0.042 97 L 0.001 0.001 0.069 0.812 0.084 0.033 98 N 0.001 0.001 0.083 0.872 0.034 0.009 99 V 0.001 0.001 0.020 0.967 0.007 0.004 100 M 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 101 R 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 102 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.006 103 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 107 E 0.001 0.001 0.004 0.985 0.009 0.002 108 R 0.001 0.001 0.005 0.968 0.020 0.007 109 A 0.001 0.001 0.004 0.892 0.044 0.059 110 G 0.003 0.002 0.001 0.019 0.099 0.876 111 I 0.044 0.005 0.003 0.004 0.181 0.763 112 A 0.324 0.009 0.013 0.007 0.217 0.431 113 A 0.738 0.009 0.026 0.008 0.102 0.117 114 L 0.859 0.005 0.007 0.004 0.037 0.088 115 T 0.856 0.005 0.004 0.007 0.039 0.088 116 I 0.799 0.017 0.007 0.026 0.055 0.095 117 E 0.664 0.009 0.016 0.046 0.112 0.154 118 D 0.420 0.007 0.044 0.069 0.259 0.201 119 T 0.294 0.021 0.053 0.102 0.305 0.225 120 L 0.121 0.037 0.040 0.073 0.354 0.375 121 L 0.054 0.017 0.020 0.028 0.393 0.487 122 P 0.039 0.015 0.038 0.013 0.405 0.490 123 A 0.037 0.017 0.082 0.036 0.579 0.250 124 Q 0.042 0.022 0.095 0.042 0.590 0.209 125 F 0.061 0.021 0.064 0.056 0.545 0.253 126 G 0.135 0.033 0.057 0.037 0.485 0.253 127 R 0.150 0.077 0.036 0.041 0.484 0.212 128 K 0.076 0.022 0.033 0.035 0.751 0.083 129 S 0.032 0.005 0.021 0.017 0.859 0.066 130 T 0.031 0.005 0.015 0.006 0.879 0.063 131 D 0.228 0.022 0.012 0.011 0.546 0.180 132 L 0.516 0.070 0.004 0.009 0.107 0.293 133 I 0.464 0.174 0.002 0.008 0.067 0.284 134 C 0.110 0.018 0.002 0.029 0.091 0.750 135 V 0.001 0.001 0.016 0.940 0.021 0.022 136 E 0.001 0.001 0.014 0.955 0.020 0.011 137 E 0.001 0.001 0.013 0.975 0.010 0.002 138 G 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.004 139 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 140 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 141 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.004 142 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 143 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 144 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 145 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 146 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 147 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.007 0.003 148 A 0.001 0.001 0.003 0.983 0.008 0.005 149 R 0.001 0.001 0.010 0.944 0.027 0.017 150 V 0.001 0.002 0.014 0.734 0.084 0.166 151 D 0.001 0.001 0.004 0.023 0.216 0.755 152 P 0.008 0.003 0.007 0.008 0.395 0.579 153 A 0.061 0.003 0.012 0.007 0.379 0.539 154 L 0.768 0.010 0.009 0.009 0.105 0.099 155 T 0.959 0.004 0.001 0.004 0.009 0.023 156 I 0.972 0.002 0.001 0.005 0.006 0.015 157 I 0.948 0.002 0.002 0.009 0.012 0.028 158 A 0.843 0.005 0.004 0.016 0.034 0.098 159 R 0.564 0.008 0.006 0.028 0.110 0.283 160 T 0.161 0.012 0.016 0.035 0.167 0.609 161 N 0.054 0.015 0.196 0.136 0.316 0.284 162 A 0.005 0.002 0.610 0.135 0.210 0.038 163 E 0.003 0.002 0.601 0.161 0.204 0.030 164 L 0.003 0.003 0.206 0.276 0.416 0.095 165 I 0.002 0.002 0.050 0.241 0.365 0.340 166 D 0.003 0.011 0.025 0.144 0.286 0.531 167 V 0.004 0.007 0.056 0.654 0.160 0.119 168 D 0.007 0.005 0.075 0.768 0.098 0.048 169 A 0.002 0.001 0.055 0.858 0.056 0.027 170 V 0.001 0.001 0.017 0.959 0.015 0.008 171 I 0.001 0.001 0.005 0.972 0.014 0.008 172 Q 0.001 0.001 0.003 0.974 0.013 0.010 173 R 0.001 0.001 0.002 0.975 0.009 0.012 174 T 0.001 0.001 0.003 0.956 0.018 0.021 175 L 0.001 0.001 0.003 0.961 0.018 0.017 176 A 0.002 0.001 0.004 0.965 0.016 0.013 177 Y 0.003 0.001 0.011 0.947 0.026 0.012 178 Q 0.002 0.001 0.019 0.948 0.021 0.011 179 E 0.002 0.001 0.024 0.927 0.029 0.018 180 A 0.001 0.001 0.014 0.897 0.032 0.055 181 G 0.004 0.004 0.005 0.052 0.317 0.618 182 A 0.017 0.004 0.007 0.013 0.495 0.464 183 D 0.054 0.012 0.018 0.013 0.594 0.310 184 G 0.250 0.028 0.042 0.021 0.509 0.150 185 I 0.423 0.030 0.043 0.030 0.206 0.268 186 C 0.338 0.025 0.055 0.041 0.228 0.313 187 L 0.160 0.021 0.110 0.065 0.357 0.287 188 V 0.057 0.013 0.124 0.056 0.373 0.377 189 G 0.028 0.007 0.119 0.057 0.504 0.286 190 V 0.016 0.013 0.075 0.063 0.470 0.364 191 R 0.006 0.010 0.021 0.037 0.380 0.546 192 D 0.003 0.004 0.006 0.053 0.148 0.786 193 F 0.001 0.001 0.008 0.930 0.028 0.033 194 A 0.001 0.001 0.004 0.971 0.016 0.008 195 H 0.001 0.001 0.005 0.984 0.007 0.004 196 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 197 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 198 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 199 I 0.001 0.001 0.003 0.982 0.009 0.005 200 A 0.001 0.001 0.022 0.955 0.017 0.005 201 E 0.001 0.001 0.040 0.877 0.054 0.028 202 H 0.002 0.001 0.060 0.747 0.098 0.093 203 L 0.011 0.008 0.043 0.306 0.261 0.370 204 H 0.013 0.005 0.022 0.048 0.302 0.609 205 I 0.039 0.006 0.015 0.026 0.289 0.625 206 P 0.085 0.005 0.019 0.014 0.255 0.622 207 L 0.288 0.021 0.034 0.023 0.229 0.406 208 M 0.448 0.006 0.045 0.023 0.169 0.309 209 L 0.749 0.008 0.021 0.022 0.078 0.123 210 V 0.767 0.016 0.014 0.024 0.064 0.114 211 T 0.753 0.017 0.008 0.023 0.085 0.113 212 Y 0.337 0.011 0.038 0.033 0.300 0.281 213 G 0.126 0.009 0.029 0.019 0.442 0.375 214 N 0.084 0.020 0.037 0.016 0.461 0.382 215 P 0.053 0.028 0.022 0.011 0.511 0.374 216 Q 0.036 0.010 0.026 0.014 0.497 0.419 217 L 0.020 0.013 0.022 0.016 0.378 0.550 218 R 0.025 0.034 0.006 0.022 0.303 0.610 219 D 0.005 0.004 0.001 0.021 0.074 0.895 220 D 0.001 0.001 0.011 0.952 0.023 0.014 221 A 0.001 0.001 0.007 0.961 0.026 0.005 222 R 0.001 0.001 0.011 0.972 0.015 0.001 223 L 0.001 0.001 0.010 0.971 0.015 0.002 224 A 0.001 0.001 0.010 0.971 0.016 0.003 225 R 0.001 0.001 0.010 0.941 0.036 0.012 226 L 0.002 0.001 0.004 0.874 0.046 0.074 227 G 0.011 0.006 0.004 0.207 0.153 0.619 228 V 0.170 0.005 0.009 0.129 0.161 0.527 229 R 0.736 0.004 0.014 0.069 0.066 0.110 230 V 0.953 0.003 0.005 0.017 0.009 0.013 231 V 0.965 0.001 0.003 0.013 0.006 0.012 232 V 0.912 0.004 0.004 0.021 0.016 0.043 233 N 0.370 0.014 0.010 0.064 0.126 0.415 234 G 0.022 0.003 0.051 0.166 0.334 0.424 235 H 0.002 0.001 0.187 0.460 0.256 0.095 236 A 0.001 0.002 0.213 0.644 0.121 0.020 237 A 0.001 0.001 0.104 0.821 0.060 0.014 238 Y 0.001 0.001 0.031 0.920 0.031 0.017 239 F 0.001 0.001 0.027 0.931 0.026 0.014 240 A 0.001 0.001 0.035 0.937 0.019 0.006 241 A 0.001 0.001 0.030 0.932 0.025 0.011 242 I 0.001 0.001 0.012 0.955 0.018 0.014 243 K 0.001 0.001 0.009 0.942 0.021 0.027 244 A 0.001 0.001 0.011 0.944 0.017 0.027 245 T 0.001 0.001 0.007 0.961 0.014 0.017 246 Y 0.001 0.001 0.002 0.978 0.009 0.010 247 D 0.001 0.001 0.002 0.980 0.007 0.011 248 C 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 249 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 250 R 0.001 0.001 0.004 0.985 0.008 0.002 251 E 0.001 0.001 0.005 0.978 0.012 0.005 252 E 0.001 0.001 0.006 0.966 0.017 0.010 253 R 0.001 0.001 0.017 0.933 0.033 0.016 254 G 0.001 0.001 0.009 0.917 0.045 0.028 255 A 0.002 0.001 0.004 0.856 0.055 0.083 256 V 0.006 0.002 0.004 0.280 0.149 0.560 257 A 0.044 0.018 0.011 0.377 0.138 0.412 258 S 0.065 0.009 0.028 0.692 0.088 0.118 259 D 0.031 0.003 0.068 0.759 0.075 0.064 260 L 0.036 0.003 0.087 0.736 0.069 0.068 261 T 0.023 0.002 0.053 0.810 0.057 0.055 262 A 0.013 0.001 0.071 0.807 0.062 0.045 263 S 0.012 0.002 0.152 0.666 0.113 0.056 264 E 0.006 0.001 0.150 0.664 0.117 0.062 265 L 0.009 0.003 0.057 0.606 0.173 0.153 266 S 0.008 0.005 0.030 0.386 0.241 0.331 267 K 0.013 0.005 0.009 0.208 0.168 0.598 268 K 0.014 0.002 0.019 0.755 0.093 0.116 269 Y 0.025 0.002 0.025 0.775 0.101 0.072 270 T 0.033 0.002 0.037 0.813 0.073 0.041 271 F 0.034 0.006 0.044 0.825 0.060 0.032 272 P 0.019 0.001 0.084 0.797 0.060 0.038 273 E 0.032 0.001 0.074 0.753 0.069 0.071 274 E 0.065 0.004 0.047 0.661 0.081 0.141 275 Y 0.129 0.049 0.018 0.473 0.086 0.245 276 Q 0.057 0.008 0.007 0.189 0.108 0.630 277 A 0.006 0.001 0.075 0.679 0.127 0.112 278 W 0.005 0.002 0.146 0.644 0.159 0.044 279 A 0.008 0.001 0.135 0.600 0.203 0.053 280 R 0.017 0.007 0.139 0.591 0.166 0.080 281 D 0.030 0.008 0.112 0.571 0.170 0.110 282 Y 0.037 0.007 0.170 0.524 0.171 0.090 283 M 0.045 0.007 0.080 0.505 0.166 0.197 284 E 0.065 0.015 0.050 0.166 0.235 0.470 285 V 0.076 0.014 0.024 0.175 0.188 0.523 286 K 0.076 0.029 0.010 0.129 0.124 0.632 287 E 0.014 0.008 0.004 0.047 0.082 0.845