# TARGET T0284 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0284.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 694.638 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 H 0.012 0.013 0.009 0.057 0.006 0.034 0.868 3 R 0.016 0.010 0.036 0.167 0.162 0.139 0.470 4 A 0.013 0.006 0.037 0.153 0.130 0.094 0.567 5 S 0.013 0.008 0.037 0.271 0.089 0.080 0.501 6 H 0.005 0.002 0.026 0.629 0.046 0.061 0.231 7 H 0.003 0.001 0.020 0.810 0.040 0.033 0.092 8 E 0.003 0.005 0.015 0.879 0.021 0.019 0.058 9 L 0.003 0.002 0.007 0.935 0.008 0.015 0.030 10 R 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.005 0.006 11 A 0.001 0.001 0.004 0.986 0.002 0.006 0.002 12 M 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.009 0.003 13 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 14 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 15 A 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.012 0.001 16 L 0.001 0.001 0.004 0.973 0.001 0.018 0.003 17 L 0.001 0.002 0.010 0.917 0.009 0.045 0.017 18 D 0.001 0.001 0.013 0.663 0.016 0.289 0.018 19 S 0.001 0.001 0.010 0.128 0.052 0.777 0.032 20 S 0.004 0.001 0.012 0.008 0.183 0.614 0.178 21 R 0.033 0.003 0.008 0.002 0.307 0.046 0.602 22 C 0.366 0.019 0.005 0.002 0.108 0.013 0.487 23 Y 0.842 0.010 0.002 0.001 0.009 0.002 0.134 24 H 0.927 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.061 25 T 0.912 0.003 0.002 0.002 0.013 0.003 0.064 26 A 0.698 0.006 0.006 0.005 0.055 0.010 0.220 27 S 0.529 0.011 0.014 0.005 0.099 0.031 0.310 28 V 0.176 0.018 0.029 0.011 0.136 0.143 0.486 29 F 0.061 0.039 0.016 0.023 0.428 0.113 0.319 30 D 0.010 0.008 0.001 0.009 0.528 0.004 0.441 31 P 0.001 0.001 0.009 0.936 0.005 0.045 0.005 32 M 0.001 0.001 0.010 0.963 0.001 0.024 0.001 33 S 0.001 0.001 0.011 0.980 0.001 0.004 0.003 34 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 36 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 39 D 0.001 0.001 0.002 0.968 0.001 0.028 0.001 40 L 0.001 0.001 0.002 0.507 0.004 0.484 0.002 41 G 0.001 0.001 0.002 0.011 0.028 0.922 0.037 42 F 0.066 0.002 0.001 0.001 0.068 0.008 0.854 43 E 0.297 0.001 0.002 0.001 0.400 0.008 0.291 44 C 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 45 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 46 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 47 L 0.869 0.001 0.002 0.005 0.008 0.004 0.112 48 G 0.167 0.002 0.010 0.007 0.102 0.030 0.682 49 G 0.044 0.002 0.027 0.037 0.518 0.070 0.302 50 S 0.045 0.020 0.079 0.239 0.219 0.158 0.240 51 V 0.032 0.006 0.089 0.676 0.029 0.109 0.058 52 A 0.018 0.004 0.040 0.827 0.019 0.057 0.033 53 S 0.026 0.002 0.035 0.827 0.021 0.056 0.033 54 L 0.028 0.002 0.047 0.828 0.016 0.052 0.027 55 Q 0.045 0.003 0.046 0.767 0.019 0.078 0.041 56 V 0.053 0.006 0.055 0.683 0.027 0.136 0.039 57 L 0.061 0.010 0.034 0.404 0.053 0.346 0.093 58 A 0.049 0.018 0.019 0.124 0.180 0.341 0.269 59 A 0.031 0.013 0.008 0.016 0.195 0.030 0.707 60 P 0.024 0.012 0.063 0.032 0.158 0.451 0.258 61 D 0.024 0.012 0.065 0.022 0.161 0.519 0.198 62 F 0.068 0.025 0.114 0.031 0.277 0.130 0.354 63 A 0.166 0.033 0.066 0.031 0.190 0.127 0.387 64 L 0.216 0.055 0.040 0.016 0.151 0.123 0.399 65 I 0.178 0.085 0.004 0.007 0.141 0.010 0.576 66 T 0.066 0.051 0.002 0.005 0.030 0.004 0.843 67 L 0.001 0.001 0.044 0.935 0.001 0.015 0.004 68 S 0.001 0.001 0.019 0.974 0.001 0.006 0.001 69 E 0.001 0.001 0.017 0.978 0.001 0.003 0.001 70 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 72 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 75 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 76 R 0.001 0.001 0.002 0.964 0.001 0.030 0.002 77 I 0.002 0.001 0.011 0.895 0.006 0.072 0.013 78 G 0.003 0.002 0.025 0.785 0.024 0.145 0.015 79 R 0.008 0.003 0.059 0.516 0.039 0.310 0.065 80 V 0.020 0.007 0.177 0.208 0.123 0.190 0.275 81 A 0.046 0.007 0.107 0.054 0.195 0.265 0.326 82 R 0.060 0.007 0.049 0.005 0.369 0.287 0.222 83 L 0.137 0.004 0.002 0.001 0.455 0.009 0.393 84 P 0.333 0.002 0.002 0.001 0.083 0.009 0.570 85 V 0.954 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.034 86 I 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 87 A 0.962 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 88 D 0.547 0.010 0.001 0.001 0.005 0.002 0.436 89 A 0.062 0.004 0.014 0.001 0.159 0.497 0.264 90 D 0.017 0.008 0.026 0.003 0.154 0.696 0.096 91 H 0.019 0.016 0.062 0.007 0.343 0.390 0.162 92 G 0.031 0.026 0.025 0.009 0.263 0.215 0.431 93 Y 0.060 0.101 0.021 0.019 0.243 0.183 0.372 94 G 0.043 0.053 0.007 0.028 0.356 0.076 0.438 95 N 0.030 0.031 0.004 0.053 0.164 0.019 0.699 96 A 0.001 0.001 0.008 0.969 0.003 0.013 0.005 97 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.001 98 N 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.004 0.003 99 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 102 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 107 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 108 R 0.001 0.001 0.002 0.898 0.002 0.097 0.001 109 A 0.001 0.001 0.002 0.244 0.004 0.749 0.002 110 G 0.001 0.001 0.003 0.010 0.022 0.930 0.034 111 I 0.028 0.004 0.008 0.001 0.062 0.016 0.880 112 A 0.239 0.004 0.017 0.003 0.464 0.012 0.262 113 A 0.920 0.002 0.006 0.002 0.024 0.004 0.042 114 L 0.967 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.026 115 T 0.985 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 116 I 0.918 0.001 0.001 0.007 0.002 0.003 0.067 117 E 0.669 0.004 0.004 0.008 0.054 0.059 0.203 118 D 0.315 0.004 0.012 0.008 0.215 0.178 0.269 119 T 0.146 0.018 0.013 0.004 0.302 0.107 0.409 120 L 0.143 0.039 0.015 0.008 0.310 0.097 0.389 121 L 0.077 0.023 0.015 0.013 0.189 0.046 0.636 122 P 0.079 0.012 0.095 0.058 0.092 0.099 0.565 123 A 0.063 0.008 0.330 0.164 0.105 0.136 0.194 124 Q 0.085 0.015 0.355 0.175 0.072 0.169 0.130 125 F 0.111 0.034 0.178 0.190 0.075 0.233 0.179 126 G 0.111 0.026 0.059 0.077 0.163 0.235 0.328 127 R 0.096 0.012 0.050 0.053 0.216 0.244 0.328 128 K 0.102 0.018 0.040 0.026 0.200 0.360 0.252 129 S 0.145 0.014 0.043 0.021 0.189 0.171 0.417 130 T 0.246 0.009 0.026 0.022 0.245 0.046 0.405 131 D 0.610 0.014 0.021 0.027 0.084 0.029 0.216 132 L 0.805 0.017 0.006 0.025 0.023 0.012 0.111 133 I 0.806 0.039 0.003 0.025 0.020 0.006 0.102 134 C 0.616 0.012 0.003 0.015 0.023 0.008 0.323 135 V 0.175 0.005 0.120 0.186 0.066 0.299 0.148 136 E 0.071 0.006 0.213 0.244 0.093 0.269 0.103 137 E 0.066 0.008 0.251 0.237 0.092 0.190 0.156 138 G 0.069 0.013 0.111 0.332 0.074 0.184 0.217 139 V 0.100 0.009 0.066 0.484 0.058 0.086 0.197 140 G 0.099 0.003 0.036 0.614 0.078 0.096 0.075 141 K 0.161 0.004 0.010 0.747 0.020 0.032 0.026 142 I 0.246 0.007 0.003 0.701 0.006 0.009 0.029 143 R 0.179 0.001 0.003 0.773 0.010 0.012 0.022 144 A 0.131 0.002 0.004 0.781 0.016 0.015 0.051 145 A 0.077 0.003 0.007 0.786 0.018 0.014 0.094 146 L 0.045 0.001 0.026 0.840 0.018 0.021 0.049 147 E 0.048 0.003 0.047 0.815 0.018 0.037 0.031 148 A 0.023 0.002 0.060 0.776 0.022 0.075 0.041 149 R 0.036 0.008 0.035 0.533 0.058 0.281 0.051 150 V 0.041 0.018 0.016 0.211 0.193 0.342 0.179 151 D 0.018 0.002 0.003 0.003 0.138 0.016 0.821 152 P 0.012 0.001 0.043 0.009 0.240 0.564 0.132 153 A 0.030 0.001 0.019 0.005 0.214 0.677 0.054 154 L 0.727 0.006 0.007 0.006 0.027 0.013 0.214 155 T 0.951 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.040 156 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 157 I 0.979 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 158 A 0.897 0.001 0.001 0.003 0.013 0.002 0.083 159 R 0.429 0.008 0.002 0.009 0.170 0.015 0.367 160 T 0.144 0.032 0.003 0.021 0.263 0.021 0.516 161 N 0.035 0.006 0.066 0.316 0.119 0.059 0.400 162 A 0.006 0.002 0.371 0.412 0.047 0.124 0.038 163 E 0.006 0.002 0.415 0.328 0.025 0.199 0.026 164 L 0.008 0.011 0.291 0.269 0.054 0.326 0.041 165 I 0.009 0.020 0.016 0.168 0.388 0.238 0.161 166 D 0.007 0.020 0.004 0.055 0.137 0.076 0.700 167 V 0.001 0.001 0.010 0.962 0.003 0.012 0.013 168 D 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.003 0.003 169 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.002 0.001 170 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 171 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 172 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 173 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 174 T 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.001 175 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.011 0.001 176 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.015 0.003 177 Y 0.001 0.001 0.005 0.973 0.003 0.016 0.003 178 Q 0.001 0.001 0.012 0.963 0.004 0.018 0.003 179 E 0.001 0.001 0.033 0.842 0.011 0.104 0.007 180 A 0.001 0.001 0.020 0.384 0.015 0.572 0.007 181 G 0.004 0.003 0.011 0.011 0.038 0.872 0.062 182 A 0.026 0.002 0.002 0.001 0.078 0.010 0.882 183 D 0.079 0.001 0.001 0.001 0.761 0.013 0.145 184 G 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.018 185 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 186 C 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 188 V 0.838 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 0.126 189 G 0.508 0.005 0.002 0.001 0.200 0.015 0.270 190 V 0.113 0.021 0.004 0.002 0.182 0.024 0.655 191 R 0.041 0.022 0.002 0.002 0.363 0.025 0.544 192 D 0.007 0.020 0.001 0.006 0.163 0.006 0.797 193 F 0.001 0.001 0.014 0.977 0.001 0.007 0.002 194 A 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.004 0.001 195 H 0.001 0.001 0.010 0.987 0.001 0.002 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 197 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 198 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 199 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 200 A 0.001 0.001 0.010 0.976 0.001 0.012 0.001 201 E 0.001 0.001 0.016 0.887 0.001 0.096 0.001 202 H 0.001 0.001 0.050 0.595 0.005 0.344 0.006 203 L 0.005 0.006 0.015 0.206 0.367 0.123 0.278 204 H 0.017 0.006 0.014 0.039 0.209 0.174 0.542 205 I 0.178 0.007 0.009 0.029 0.555 0.050 0.173 206 P 0.557 0.007 0.006 0.036 0.070 0.021 0.303 207 L 0.914 0.004 0.004 0.017 0.013 0.005 0.044 208 M 0.938 0.003 0.003 0.018 0.006 0.002 0.030 209 L 0.901 0.003 0.007 0.029 0.007 0.006 0.047 210 V 0.776 0.005 0.013 0.065 0.015 0.030 0.096 211 T 0.497 0.016 0.022 0.042 0.058 0.115 0.250 212 Y 0.230 0.026 0.025 0.028 0.149 0.251 0.291 213 G 0.061 0.015 0.009 0.008 0.477 0.122 0.308 214 N 0.033 0.014 0.012 0.011 0.372 0.053 0.504 215 P 0.029 0.025 0.057 0.044 0.213 0.118 0.514 216 Q 0.028 0.014 0.101 0.081 0.170 0.228 0.379 217 L 0.032 0.018 0.085 0.211 0.144 0.225 0.285 218 R 0.024 0.009 0.046 0.396 0.138 0.113 0.273 219 D 0.038 0.008 0.016 0.556 0.062 0.039 0.283 220 D 0.010 0.001 0.007 0.914 0.013 0.016 0.040 221 A 0.003 0.001 0.002 0.967 0.007 0.008 0.013 222 R 0.003 0.001 0.001 0.984 0.002 0.003 0.007 223 L 0.006 0.001 0.003 0.978 0.004 0.005 0.004 224 A 0.008 0.001 0.008 0.958 0.004 0.017 0.005 225 R 0.006 0.001 0.013 0.897 0.011 0.068 0.004 226 L 0.004 0.001 0.006 0.392 0.017 0.569 0.010 227 G 0.009 0.001 0.002 0.021 0.046 0.852 0.069 228 V 0.144 0.007 0.003 0.010 0.049 0.013 0.774 229 R 0.700 0.015 0.007 0.020 0.039 0.006 0.215 230 V 0.832 0.004 0.010 0.034 0.027 0.006 0.087 231 V 0.861 0.004 0.006 0.032 0.019 0.006 0.072 232 V 0.786 0.013 0.005 0.058 0.035 0.012 0.091 233 N 0.288 0.010 0.006 0.105 0.100 0.041 0.450 234 G 0.037 0.004 0.014 0.283 0.147 0.121 0.394 235 H 0.007 0.002 0.013 0.744 0.068 0.101 0.064 236 A 0.003 0.001 0.008 0.943 0.013 0.018 0.014 237 A 0.002 0.001 0.005 0.974 0.003 0.007 0.009 238 Y 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.004 0.003 239 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 240 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 241 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 242 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 243 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 244 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 245 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 246 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 247 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 248 C 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 249 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 250 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 251 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 252 E 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.018 0.005 253 R 0.001 0.001 0.007 0.935 0.005 0.045 0.007 254 G 0.001 0.001 0.018 0.702 0.013 0.250 0.015 255 A 0.002 0.001 0.028 0.487 0.050 0.353 0.079 256 V 0.009 0.010 0.030 0.317 0.181 0.206 0.246 257 A 0.017 0.011 0.068 0.155 0.157 0.145 0.448 258 S 0.034 0.006 0.100 0.129 0.181 0.242 0.308 259 D 0.037 0.011 0.054 0.073 0.162 0.205 0.458 260 L 0.051 0.046 0.003 0.018 0.268 0.011 0.603 261 T 0.023 0.020 0.001 0.008 0.020 0.003 0.924 262 A 0.002 0.001 0.076 0.879 0.003 0.031 0.009 263 S 0.001 0.001 0.098 0.873 0.003 0.021 0.004 264 E 0.003 0.001 0.159 0.806 0.002 0.020 0.010 265 L 0.009 0.005 0.045 0.887 0.004 0.034 0.015 266 S 0.015 0.004 0.052 0.809 0.018 0.072 0.030 267 K 0.009 0.001 0.039 0.699 0.023 0.206 0.023 268 K 0.014 0.002 0.025 0.630 0.039 0.227 0.063 269 Y 0.041 0.020 0.007 0.306 0.153 0.105 0.367 270 T 0.023 0.008 0.004 0.128 0.161 0.097 0.580 271 F 0.009 0.003 0.006 0.509 0.177 0.037 0.259 272 P 0.003 0.001 0.006 0.838 0.020 0.035 0.096 273 E 0.002 0.002 0.005 0.915 0.018 0.018 0.039 274 E 0.005 0.003 0.009 0.925 0.012 0.012 0.034 275 Y 0.006 0.002 0.009 0.931 0.011 0.015 0.026 276 Q 0.009 0.002 0.007 0.922 0.010 0.024 0.026 277 A 0.012 0.003 0.013 0.857 0.027 0.046 0.042 278 W 0.011 0.003 0.017 0.793 0.019 0.086 0.070 279 A 0.012 0.004 0.022 0.761 0.029 0.083 0.090 280 R 0.007 0.001 0.031 0.801 0.029 0.075 0.056 281 D 0.009 0.003 0.034 0.731 0.030 0.107 0.086 282 Y 0.008 0.003 0.040 0.761 0.022 0.081 0.085 283 M 0.016 0.004 0.038 0.704 0.044 0.084 0.108 284 E 0.027 0.006 0.060 0.558 0.072 0.107 0.170 285 V 0.023 0.006 0.047 0.430 0.104 0.128 0.264 286 K 0.017 0.014 0.016 0.161 0.032 0.093 0.666 287 E 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.002 0.985