# TARGET T0284 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0284.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 694.638 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.851 0.102 0.029 0.012 0.004 0.001 0.001 2 H 0.794 0.133 0.049 0.017 0.005 0.001 0.001 3 R 0.768 0.161 0.048 0.017 0.005 0.001 0.001 4 A 0.629 0.207 0.091 0.047 0.019 0.006 0.001 5 S 0.500 0.235 0.145 0.080 0.031 0.009 0.001 6 H 0.470 0.255 0.160 0.082 0.027 0.006 0.001 7 H 0.615 0.242 0.092 0.036 0.011 0.003 0.001 8 E 0.483 0.315 0.136 0.050 0.013 0.003 0.001 9 L 0.144 0.213 0.241 0.244 0.129 0.029 0.001 10 R 0.098 0.210 0.301 0.261 0.108 0.021 0.001 11 A 0.381 0.441 0.136 0.033 0.007 0.001 0.001 12 M 0.028 0.144 0.351 0.344 0.116 0.017 0.001 13 F 0.006 0.008 0.020 0.120 0.461 0.371 0.015 14 R 0.031 0.189 0.375 0.311 0.085 0.008 0.001 15 A 0.145 0.511 0.242 0.083 0.016 0.003 0.001 16 L 0.003 0.027 0.128 0.388 0.345 0.106 0.003 17 L 0.012 0.080 0.264 0.419 0.197 0.028 0.001 18 D 0.589 0.336 0.061 0.012 0.002 0.001 0.001 19 S 0.716 0.199 0.058 0.021 0.005 0.001 0.001 20 S 0.435 0.394 0.127 0.034 0.009 0.002 0.001 21 R 0.093 0.313 0.313 0.211 0.063 0.006 0.001 22 C 0.011 0.037 0.108 0.275 0.412 0.145 0.013 23 Y 0.003 0.012 0.027 0.069 0.236 0.536 0.117 24 H 0.004 0.010 0.038 0.113 0.228 0.350 0.257 25 T 0.001 0.003 0.006 0.013 0.047 0.256 0.673 26 A 0.001 0.002 0.003 0.008 0.032 0.184 0.771 27 S 0.001 0.003 0.009 0.028 0.069 0.235 0.657 28 V 0.001 0.002 0.004 0.012 0.053 0.253 0.675 29 F 0.001 0.002 0.008 0.034 0.107 0.341 0.507 30 D 0.001 0.007 0.019 0.046 0.112 0.320 0.495 31 P 0.001 0.005 0.016 0.053 0.156 0.364 0.406 32 M 0.001 0.006 0.019 0.064 0.158 0.377 0.375 33 S 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.250 0.703 34 A 0.001 0.003 0.008 0.029 0.118 0.479 0.361 35 R 0.002 0.029 0.110 0.241 0.288 0.245 0.087 36 I 0.001 0.007 0.022 0.073 0.214 0.491 0.193 37 A 0.001 0.003 0.008 0.049 0.252 0.568 0.121 38 A 0.019 0.135 0.251 0.320 0.204 0.060 0.011 39 D 0.055 0.323 0.335 0.190 0.075 0.020 0.002 40 L 0.003 0.040 0.152 0.340 0.324 0.134 0.008 41 G 0.022 0.162 0.283 0.292 0.165 0.063 0.012 42 F 0.001 0.003 0.009 0.052 0.284 0.569 0.083 43 E 0.001 0.004 0.031 0.176 0.418 0.284 0.086 44 C 0.001 0.001 0.002 0.006 0.038 0.353 0.600 45 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.091 0.902 46 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.092 0.897 47 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.092 0.894 48 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.157 0.822 49 G 0.001 0.001 0.003 0.011 0.042 0.248 0.695 50 S 0.001 0.001 0.002 0.012 0.061 0.241 0.683 51 V 0.001 0.001 0.004 0.010 0.036 0.225 0.723 52 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.028 0.174 0.788 53 S 0.001 0.002 0.004 0.012 0.035 0.180 0.767 54 L 0.002 0.004 0.006 0.012 0.039 0.206 0.732 55 Q 0.004 0.007 0.012 0.035 0.089 0.274 0.577 56 V 0.009 0.019 0.032 0.066 0.143 0.348 0.383 57 L 0.027 0.048 0.071 0.140 0.214 0.296 0.203 58 A 0.063 0.089 0.101 0.166 0.220 0.246 0.115 59 A 0.090 0.110 0.130 0.183 0.199 0.203 0.086 60 P 0.107 0.134 0.140 0.171 0.168 0.178 0.102 61 D 0.130 0.137 0.142 0.166 0.166 0.172 0.086 62 F 0.102 0.097 0.107 0.144 0.175 0.227 0.148 63 A 0.060 0.082 0.095 0.136 0.177 0.269 0.182 64 L 0.054 0.082 0.111 0.153 0.190 0.255 0.155 65 I 0.039 0.043 0.060 0.118 0.206 0.313 0.220 66 T 0.051 0.111 0.143 0.172 0.174 0.215 0.133 67 L 0.027 0.052 0.086 0.162 0.225 0.295 0.152 68 S 0.093 0.203 0.203 0.207 0.154 0.103 0.037 69 E 0.041 0.132 0.189 0.240 0.208 0.146 0.043 70 F 0.005 0.011 0.024 0.079 0.212 0.474 0.194 71 V 0.012 0.045 0.108 0.237 0.324 0.240 0.035 72 E 0.032 0.230 0.331 0.243 0.114 0.043 0.007 73 Q 0.003 0.015 0.062 0.206 0.356 0.311 0.048 74 A 0.002 0.005 0.008 0.031 0.171 0.559 0.225 75 T 0.021 0.113 0.253 0.327 0.199 0.078 0.009 76 R 0.011 0.083 0.264 0.345 0.205 0.084 0.008 77 I 0.003 0.006 0.014 0.063 0.231 0.505 0.179 78 G 0.006 0.038 0.123 0.288 0.328 0.189 0.028 79 R 0.045 0.221 0.259 0.241 0.154 0.070 0.011 80 V 0.012 0.045 0.106 0.262 0.347 0.193 0.035 81 A 0.041 0.196 0.273 0.266 0.148 0.064 0.011 82 R 0.028 0.211 0.292 0.264 0.145 0.050 0.011 83 L 0.001 0.009 0.042 0.160 0.347 0.359 0.082 84 P 0.001 0.001 0.006 0.030 0.141 0.499 0.324 85 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.265 0.698 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.103 0.892 87 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.070 0.926 88 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.110 0.874 89 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.170 0.802 90 D 0.001 0.006 0.015 0.048 0.125 0.336 0.470 91 H 0.003 0.013 0.030 0.078 0.179 0.371 0.326 92 G 0.011 0.029 0.055 0.121 0.219 0.357 0.207 93 Y 0.029 0.084 0.129 0.210 0.232 0.230 0.086 94 G 0.047 0.103 0.144 0.203 0.219 0.190 0.094 95 N 0.039 0.138 0.184 0.221 0.191 0.164 0.064 96 A 0.008 0.027 0.055 0.135 0.245 0.354 0.175 97 L 0.013 0.071 0.164 0.259 0.265 0.193 0.035 98 N 0.004 0.033 0.114 0.251 0.328 0.227 0.044 99 V 0.001 0.001 0.003 0.013 0.088 0.490 0.405 100 M 0.001 0.003 0.017 0.105 0.327 0.474 0.073 101 R 0.001 0.039 0.222 0.365 0.252 0.106 0.014 102 T 0.001 0.001 0.004 0.034 0.209 0.588 0.165 103 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.468 0.486 104 V 0.004 0.037 0.185 0.386 0.266 0.112 0.010 105 E 0.002 0.033 0.209 0.397 0.275 0.079 0.006 106 L 0.001 0.001 0.003 0.035 0.249 0.563 0.148 107 E 0.003 0.033 0.109 0.281 0.347 0.199 0.028 108 R 0.043 0.247 0.288 0.223 0.129 0.058 0.013 109 A 0.005 0.050 0.160 0.347 0.299 0.114 0.024 110 G 0.004 0.035 0.110 0.212 0.237 0.259 0.143 111 I 0.001 0.003 0.008 0.032 0.152 0.481 0.323 112 A 0.001 0.002 0.014 0.077 0.222 0.387 0.298 113 A 0.001 0.002 0.005 0.009 0.034 0.272 0.677 114 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.186 0.793 115 T 0.001 0.001 0.005 0.022 0.075 0.257 0.640 116 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.043 0.277 0.671 117 E 0.003 0.015 0.041 0.116 0.211 0.368 0.244 118 D 0.006 0.046 0.111 0.211 0.275 0.258 0.094 119 T 0.028 0.099 0.158 0.237 0.247 0.172 0.058 120 L 0.053 0.115 0.162 0.230 0.214 0.182 0.044 121 L 0.092 0.138 0.184 0.230 0.205 0.126 0.025 122 P 0.240 0.282 0.205 0.151 0.077 0.037 0.008 123 A 0.180 0.204 0.197 0.182 0.133 0.083 0.021 124 Q 0.217 0.249 0.226 0.164 0.089 0.045 0.010 125 F 0.118 0.141 0.173 0.223 0.201 0.119 0.024 126 G 0.227 0.208 0.173 0.176 0.130 0.073 0.014 127 R 0.323 0.256 0.181 0.139 0.070 0.026 0.005 128 K 0.484 0.283 0.135 0.066 0.022 0.007 0.002 129 S 0.305 0.228 0.172 0.155 0.092 0.041 0.006 130 T 0.215 0.247 0.226 0.182 0.091 0.034 0.004 131 D 0.133 0.242 0.264 0.215 0.106 0.036 0.004 132 L 0.048 0.056 0.081 0.170 0.278 0.307 0.060 133 I 0.039 0.074 0.129 0.219 0.263 0.228 0.048 134 C 0.109 0.212 0.226 0.206 0.136 0.086 0.025 135 V 0.090 0.136 0.161 0.224 0.211 0.142 0.036 136 E 0.246 0.257 0.190 0.150 0.090 0.053 0.014 137 E 0.152 0.221 0.220 0.191 0.122 0.075 0.018 138 G 0.071 0.087 0.105 0.183 0.242 0.251 0.061 139 V 0.039 0.079 0.131 0.210 0.260 0.223 0.058 140 G 0.100 0.187 0.201 0.205 0.156 0.112 0.039 141 K 0.052 0.110 0.167 0.219 0.214 0.179 0.059 142 I 0.025 0.031 0.049 0.108 0.227 0.392 0.169 143 R 0.062 0.138 0.213 0.242 0.180 0.122 0.044 144 A 0.047 0.069 0.095 0.156 0.218 0.297 0.119 145 A 0.026 0.041 0.064 0.142 0.242 0.348 0.137 146 L 0.045 0.096 0.141 0.210 0.236 0.208 0.064 147 E 0.089 0.167 0.207 0.230 0.171 0.106 0.030 148 A 0.051 0.080 0.114 0.207 0.257 0.235 0.057 149 R 0.064 0.130 0.183 0.235 0.203 0.152 0.033 150 V 0.183 0.242 0.205 0.194 0.120 0.049 0.009 151 D 0.345 0.356 0.179 0.087 0.026 0.006 0.001 152 P 0.199 0.278 0.238 0.178 0.080 0.023 0.003 153 A 0.215 0.321 0.227 0.138 0.067 0.028 0.004 154 L 0.010 0.025 0.070 0.208 0.351 0.300 0.036 155 T 0.014 0.046 0.120 0.218 0.266 0.262 0.074 156 I 0.007 0.013 0.016 0.032 0.111 0.453 0.367 157 I 0.007 0.024 0.062 0.146 0.213 0.317 0.231 158 A 0.005 0.012 0.027 0.073 0.196 0.407 0.280 159 R 0.017 0.049 0.105 0.194 0.234 0.262 0.139 160 T 0.040 0.104 0.141 0.196 0.222 0.226 0.072 161 N 0.096 0.184 0.196 0.200 0.160 0.121 0.043 162 A 0.121 0.157 0.167 0.208 0.190 0.127 0.030 163 E 0.199 0.236 0.203 0.174 0.115 0.063 0.011 164 L 0.094 0.147 0.171 0.218 0.203 0.144 0.023 165 I 0.148 0.171 0.192 0.201 0.167 0.100 0.021 166 D 0.193 0.368 0.243 0.131 0.049 0.014 0.002 167 V 0.026 0.050 0.115 0.277 0.327 0.185 0.021 168 D 0.263 0.342 0.210 0.115 0.047 0.019 0.004 169 A 0.120 0.300 0.287 0.187 0.074 0.027 0.004 170 V 0.009 0.013 0.027 0.117 0.328 0.427 0.079 171 I 0.010 0.036 0.110 0.276 0.330 0.208 0.030 172 Q 0.036 0.225 0.318 0.233 0.116 0.060 0.013 173 R 0.005 0.013 0.038 0.136 0.309 0.405 0.094 174 T 0.003 0.005 0.008 0.026 0.130 0.527 0.302 175 L 0.016 0.082 0.220 0.301 0.215 0.136 0.031 176 A 0.012 0.043 0.127 0.269 0.307 0.213 0.031 177 Y 0.005 0.006 0.009 0.041 0.194 0.511 0.234 178 Q 0.016 0.059 0.132 0.262 0.305 0.178 0.047 179 E 0.074 0.193 0.225 0.199 0.163 0.112 0.033 180 A 0.016 0.083 0.141 0.261 0.269 0.166 0.064 181 G 0.004 0.027 0.107 0.231 0.237 0.220 0.174 182 A 0.001 0.004 0.011 0.037 0.156 0.476 0.315 183 D 0.001 0.001 0.010 0.086 0.275 0.323 0.304 184 G 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.202 0.776 185 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.083 0.913 186 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.127 0.857 187 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.183 0.800 188 V 0.001 0.001 0.003 0.022 0.111 0.463 0.400 189 G 0.001 0.003 0.017 0.086 0.281 0.501 0.113 190 V 0.002 0.030 0.100 0.250 0.379 0.218 0.021 191 R 0.023 0.139 0.278 0.320 0.182 0.052 0.006 192 D 0.102 0.335 0.281 0.171 0.079 0.029 0.003 193 F 0.040 0.153 0.311 0.328 0.139 0.028 0.001 194 A 0.301 0.515 0.140 0.031 0.010 0.003 0.001 195 H 0.010 0.099 0.264 0.361 0.215 0.049 0.002 196 L 0.001 0.003 0.013 0.111 0.469 0.380 0.023 197 E 0.014 0.283 0.481 0.193 0.027 0.002 0.001 198 A 0.021 0.276 0.452 0.213 0.034 0.004 0.001 199 I 0.001 0.005 0.011 0.084 0.414 0.470 0.014 200 A 0.001 0.011 0.103 0.424 0.390 0.071 0.001 201 E 0.178 0.588 0.188 0.039 0.006 0.001 0.001 202 H 0.074 0.250 0.361 0.253 0.055 0.007 0.001 203 L 0.004 0.018 0.069 0.247 0.403 0.244 0.015 204 H 0.074 0.306 0.297 0.188 0.098 0.033 0.004 205 I 0.020 0.062 0.125 0.262 0.302 0.199 0.030 206 P 0.020 0.071 0.150 0.239 0.233 0.214 0.073 207 L 0.027 0.058 0.091 0.149 0.223 0.314 0.138 208 M 0.040 0.056 0.086 0.150 0.205 0.278 0.185 209 L 0.036 0.044 0.057 0.107 0.194 0.323 0.239 210 V 0.029 0.029 0.038 0.070 0.138 0.331 0.364 211 T 0.053 0.067 0.086 0.140 0.189 0.267 0.197 212 Y 0.053 0.062 0.077 0.138 0.210 0.278 0.181 213 G 0.112 0.153 0.162 0.200 0.174 0.141 0.058 214 N 0.134 0.218 0.218 0.198 0.128 0.078 0.025 215 P 0.161 0.154 0.153 0.174 0.164 0.136 0.059 216 Q 0.106 0.160 0.168 0.182 0.163 0.155 0.065 217 L 0.078 0.106 0.122 0.171 0.211 0.226 0.085 218 R 0.082 0.172 0.188 0.209 0.178 0.126 0.046 219 D 0.044 0.105 0.153 0.213 0.220 0.202 0.062 220 D 0.064 0.126 0.183 0.241 0.221 0.141 0.025 221 A 0.132 0.317 0.256 0.168 0.084 0.036 0.007 222 R 0.035 0.125 0.233 0.281 0.208 0.103 0.014 223 L 0.017 0.019 0.029 0.101 0.302 0.444 0.089 224 A 0.057 0.180 0.272 0.280 0.152 0.052 0.007 225 R 0.160 0.321 0.255 0.148 0.070 0.037 0.007 226 L 0.046 0.072 0.105 0.193 0.276 0.257 0.051 227 G 0.040 0.089 0.172 0.249 0.219 0.177 0.054 228 V 0.035 0.052 0.066 0.123 0.228 0.356 0.141 229 R 0.047 0.096 0.158 0.231 0.223 0.183 0.061 230 V 0.039 0.066 0.093 0.149 0.212 0.290 0.150 231 V 0.015 0.034 0.074 0.148 0.210 0.317 0.203 232 V 0.015 0.036 0.057 0.106 0.181 0.340 0.264 233 N 0.036 0.074 0.108 0.176 0.220 0.231 0.154 234 G 0.018 0.030 0.037 0.080 0.218 0.355 0.263 235 H 0.017 0.043 0.092 0.174 0.235 0.266 0.174 236 A 0.012 0.027 0.062 0.118 0.152 0.269 0.360 237 A 0.003 0.006 0.008 0.018 0.049 0.245 0.670 238 Y 0.001 0.001 0.004 0.024 0.114 0.356 0.501 239 F 0.001 0.003 0.016 0.073 0.221 0.369 0.317 240 A 0.001 0.002 0.004 0.012 0.049 0.332 0.600 241 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.139 0.851 242 I 0.001 0.001 0.003 0.025 0.143 0.440 0.390 243 K 0.001 0.003 0.030 0.180 0.382 0.323 0.082 244 A 0.001 0.001 0.002 0.019 0.131 0.543 0.305 245 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.232 0.757 246 Y 0.001 0.005 0.049 0.252 0.401 0.255 0.037 247 D 0.003 0.046 0.203 0.388 0.267 0.085 0.008 248 C 0.001 0.004 0.017 0.096 0.304 0.474 0.105 249 L 0.002 0.004 0.014 0.080 0.316 0.512 0.073 250 R 0.046 0.271 0.379 0.235 0.062 0.006 0.001 251 E 0.138 0.403 0.283 0.143 0.030 0.003 0.001 252 E 0.034 0.137 0.247 0.353 0.181 0.046 0.002 253 R 0.188 0.273 0.275 0.189 0.063 0.012 0.001 254 G 0.708 0.215 0.055 0.017 0.004 0.001 0.001 255 A 0.653 0.217 0.081 0.035 0.011 0.003 0.001 256 V 0.406 0.273 0.170 0.103 0.039 0.009 0.001 257 A 0.609 0.235 0.100 0.042 0.012 0.002 0.001 258 S 0.674 0.197 0.078 0.035 0.012 0.003 0.001 259 D 0.544 0.268 0.124 0.046 0.014 0.003 0.001 260 L 0.265 0.156 0.201 0.218 0.124 0.033 0.002 261 T 0.362 0.334 0.190 0.083 0.025 0.006 0.001 262 A 0.268 0.266 0.220 0.160 0.069 0.016 0.001 263 S 0.565 0.281 0.103 0.039 0.010 0.002 0.001 264 E 0.317 0.345 0.204 0.100 0.029 0.005 0.001 265 L 0.077 0.109 0.189 0.310 0.235 0.077 0.004 266 S 0.174 0.265 0.262 0.206 0.078 0.014 0.001 267 K 0.470 0.333 0.133 0.050 0.012 0.002 0.001 268 K 0.259 0.320 0.226 0.138 0.046 0.009 0.001 269 Y 0.051 0.069 0.177 0.330 0.275 0.094 0.005 270 T 0.379 0.380 0.164 0.057 0.015 0.004 0.001 271 F 0.163 0.217 0.254 0.229 0.104 0.030 0.002 272 P 0.601 0.235 0.087 0.046 0.022 0.008 0.001 273 E 0.442 0.330 0.144 0.061 0.018 0.004 0.001 274 E 0.200 0.149 0.198 0.258 0.149 0.042 0.003 275 Y 0.266 0.304 0.237 0.141 0.044 0.007 0.001 276 Q 0.385 0.378 0.160 0.057 0.016 0.004 0.001 277 A 0.178 0.186 0.213 0.237 0.140 0.043 0.003 278 W 0.149 0.158 0.193 0.245 0.176 0.074 0.005 279 A 0.376 0.279 0.168 0.107 0.049 0.019 0.002 280 R 0.435 0.266 0.162 0.094 0.033 0.009 0.001 281 D 0.380 0.270 0.181 0.108 0.045 0.014 0.001 282 Y 0.250 0.193 0.189 0.190 0.123 0.052 0.004 283 M 0.318 0.206 0.189 0.171 0.087 0.026 0.002 284 E 0.625 0.246 0.087 0.032 0.008 0.002 0.001 285 V 0.640 0.213 0.089 0.043 0.012 0.002 0.001 286 K 0.713 0.177 0.069 0.030 0.009 0.002 0.001 287 E 0.815 0.134 0.036 0.012 0.003 0.001 0.001