# TARGET T0284 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0284.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 682.55 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.009 0.009 0.026 0.127 0.807 2 H 0.050 0.015 0.017 0.065 0.165 0.689 3 R 0.032 0.015 0.028 0.074 0.217 0.635 4 A 0.026 0.025 0.031 0.115 0.244 0.559 5 S 0.022 0.011 0.021 0.195 0.182 0.569 6 H 0.006 0.002 0.027 0.788 0.061 0.116 7 H 0.004 0.001 0.020 0.922 0.029 0.024 8 E 0.006 0.002 0.020 0.908 0.036 0.027 9 L 0.004 0.001 0.006 0.923 0.021 0.044 10 R 0.002 0.001 0.002 0.980 0.005 0.011 11 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 12 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 13 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 14 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 16 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.006 0.006 17 L 0.001 0.001 0.004 0.976 0.011 0.007 18 D 0.001 0.001 0.010 0.919 0.041 0.029 19 S 0.001 0.001 0.025 0.604 0.160 0.208 20 S 0.002 0.002 0.013 0.027 0.236 0.720 21 R 0.013 0.003 0.003 0.001 0.162 0.818 22 C 0.204 0.008 0.005 0.001 0.150 0.632 23 Y 0.740 0.013 0.002 0.001 0.042 0.203 24 H 0.921 0.011 0.001 0.001 0.012 0.055 25 T 0.870 0.008 0.001 0.001 0.022 0.098 26 A 0.715 0.014 0.005 0.001 0.058 0.207 27 S 0.428 0.016 0.009 0.002 0.200 0.344 28 V 0.175 0.021 0.019 0.004 0.368 0.413 29 F 0.057 0.053 0.012 0.009 0.360 0.508 30 D 0.017 0.011 0.006 0.028 0.379 0.560 31 P 0.001 0.001 0.016 0.943 0.031 0.009 32 M 0.001 0.001 0.009 0.979 0.010 0.002 33 S 0.001 0.001 0.011 0.981 0.005 0.002 34 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 36 I 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 37 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 38 A 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 39 D 0.001 0.001 0.006 0.990 0.002 0.001 40 L 0.001 0.001 0.010 0.942 0.009 0.038 41 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.982 42 F 0.021 0.004 0.001 0.002 0.064 0.908 43 E 0.291 0.002 0.001 0.002 0.122 0.582 44 C 0.966 0.002 0.001 0.001 0.009 0.020 45 G 0.992 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 46 I 0.991 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 47 L 0.864 0.002 0.001 0.029 0.036 0.068 48 G 0.081 0.002 0.001 0.011 0.152 0.752 49 G 0.023 0.005 0.009 0.078 0.265 0.621 50 S 0.028 0.010 0.043 0.541 0.196 0.182 51 V 0.020 0.005 0.026 0.870 0.051 0.028 52 A 0.033 0.003 0.029 0.874 0.041 0.020 53 S 0.032 0.003 0.022 0.888 0.037 0.018 54 L 0.034 0.003 0.037 0.858 0.048 0.020 55 Q 0.037 0.004 0.046 0.807 0.064 0.042 56 V 0.034 0.004 0.058 0.755 0.108 0.040 57 L 0.029 0.007 0.039 0.727 0.109 0.090 58 A 0.018 0.010 0.023 0.362 0.170 0.417 59 A 0.020 0.030 0.009 0.038 0.429 0.474 60 P 0.013 0.009 0.045 0.037 0.598 0.297 61 D 0.024 0.008 0.064 0.022 0.681 0.201 62 F 0.141 0.043 0.117 0.015 0.577 0.108 63 A 0.281 0.013 0.071 0.009 0.346 0.280 64 L 0.518 0.029 0.032 0.004 0.160 0.256 65 I 0.376 0.070 0.006 0.005 0.125 0.419 66 T 0.113 0.014 0.002 0.006 0.045 0.820 67 L 0.001 0.001 0.084 0.903 0.006 0.006 68 S 0.001 0.001 0.077 0.918 0.003 0.001 69 E 0.001 0.001 0.024 0.974 0.001 0.001 70 F 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 71 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 72 E 0.001 0.001 0.006 0.982 0.007 0.003 73 Q 0.002 0.001 0.006 0.970 0.013 0.008 74 A 0.003 0.001 0.009 0.954 0.022 0.010 75 T 0.007 0.001 0.024 0.908 0.044 0.017 76 R 0.021 0.001 0.031 0.882 0.038 0.026 77 I 0.056 0.003 0.031 0.827 0.041 0.042 78 G 0.121 0.007 0.040 0.689 0.050 0.093 79 R 0.140 0.006 0.050 0.525 0.104 0.175 80 V 0.195 0.014 0.070 0.192 0.226 0.303 81 A 0.162 0.010 0.042 0.112 0.269 0.406 82 R 0.154 0.012 0.027 0.032 0.259 0.516 83 L 0.152 0.008 0.003 0.004 0.156 0.677 84 P 0.391 0.004 0.004 0.003 0.097 0.501 85 V 0.866 0.009 0.003 0.001 0.028 0.092 86 I 0.945 0.009 0.002 0.002 0.014 0.028 87 A 0.918 0.010 0.002 0.004 0.019 0.047 88 D 0.657 0.012 0.004 0.008 0.169 0.150 89 A 0.141 0.011 0.040 0.015 0.579 0.214 90 D 0.047 0.007 0.101 0.015 0.671 0.159 91 H 0.017 0.015 0.163 0.019 0.658 0.128 92 G 0.019 0.013 0.044 0.011 0.590 0.322 93 Y 0.034 0.061 0.016 0.034 0.347 0.508 94 G 0.026 0.046 0.003 0.023 0.276 0.626 95 N 0.012 0.008 0.002 0.080 0.131 0.767 96 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 97 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 98 N 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 102 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 107 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 108 R 0.001 0.001 0.008 0.976 0.009 0.006 109 A 0.003 0.001 0.018 0.866 0.041 0.071 110 G 0.006 0.002 0.003 0.012 0.062 0.915 111 I 0.135 0.009 0.018 0.010 0.163 0.664 112 A 0.656 0.003 0.011 0.010 0.096 0.224 113 A 0.961 0.002 0.002 0.004 0.008 0.023 114 L 0.984 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 115 T 0.984 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 116 I 0.936 0.004 0.001 0.008 0.029 0.022 117 E 0.634 0.008 0.005 0.013 0.207 0.133 118 D 0.125 0.009 0.014 0.020 0.649 0.183 119 T 0.096 0.030 0.016 0.023 0.685 0.150 120 L 0.088 0.041 0.022 0.042 0.442 0.364 121 L 0.052 0.036 0.031 0.040 0.539 0.303 122 P 0.024 0.008 0.176 0.094 0.474 0.225 123 A 0.037 0.017 0.364 0.125 0.315 0.144 124 Q 0.045 0.015 0.388 0.116 0.344 0.091 125 F 0.045 0.022 0.197 0.151 0.367 0.217 126 G 0.058 0.019 0.073 0.061 0.410 0.379 127 R 0.079 0.021 0.048 0.050 0.457 0.344 128 K 0.080 0.014 0.039 0.044 0.444 0.379 129 S 0.078 0.016 0.050 0.040 0.455 0.361 130 T 0.137 0.011 0.043 0.026 0.390 0.392 131 D 0.390 0.019 0.040 0.025 0.202 0.324 132 L 0.644 0.034 0.019 0.028 0.088 0.187 133 I 0.655 0.040 0.009 0.029 0.061 0.207 134 C 0.544 0.016 0.010 0.035 0.123 0.271 135 V 0.220 0.007 0.061 0.192 0.236 0.285 136 E 0.128 0.007 0.101 0.250 0.298 0.215 137 E 0.078 0.017 0.113 0.402 0.256 0.134 138 G 0.052 0.014 0.069 0.423 0.180 0.262 139 V 0.033 0.006 0.039 0.746 0.085 0.090 140 G 0.023 0.003 0.033 0.855 0.048 0.039 141 K 0.030 0.002 0.030 0.882 0.031 0.024 142 I 0.026 0.001 0.022 0.913 0.021 0.015 143 R 0.024 0.001 0.015 0.934 0.013 0.012 144 A 0.023 0.001 0.017 0.935 0.013 0.011 145 A 0.020 0.001 0.022 0.913 0.022 0.022 146 L 0.011 0.001 0.038 0.909 0.024 0.017 147 E 0.014 0.002 0.059 0.867 0.038 0.020 148 A 0.021 0.002 0.059 0.804 0.062 0.051 149 R 0.033 0.010 0.039 0.462 0.167 0.288 150 V 0.021 0.023 0.022 0.159 0.222 0.553 151 D 0.009 0.005 0.004 0.003 0.926 0.052 152 P 0.002 0.001 0.028 0.002 0.952 0.016 153 A 0.004 0.001 0.022 0.002 0.951 0.022 154 L 0.426 0.016 0.012 0.003 0.521 0.022 155 T 0.902 0.003 0.001 0.005 0.022 0.068 156 I 0.985 0.002 0.001 0.004 0.003 0.006 157 I 0.982 0.001 0.001 0.009 0.003 0.006 158 A 0.976 0.001 0.001 0.007 0.004 0.013 159 R 0.919 0.001 0.001 0.010 0.018 0.052 160 T 0.622 0.009 0.004 0.021 0.092 0.251 161 N 0.117 0.006 0.028 0.069 0.471 0.309 162 A 0.010 0.002 0.375 0.209 0.350 0.054 163 E 0.010 0.003 0.440 0.208 0.295 0.044 164 L 0.010 0.005 0.450 0.200 0.288 0.046 165 I 0.015 0.012 0.077 0.336 0.278 0.281 166 D 0.013 0.008 0.026 0.362 0.126 0.465 167 V 0.002 0.001 0.011 0.949 0.016 0.022 168 D 0.002 0.001 0.012 0.958 0.013 0.015 169 A 0.001 0.001 0.007 0.982 0.006 0.004 170 V 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.004 171 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 172 Q 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 173 R 0.001 0.001 0.005 0.987 0.003 0.004 174 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 175 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 176 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 177 Y 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 178 Q 0.001 0.001 0.012 0.981 0.005 0.002 179 E 0.001 0.001 0.011 0.974 0.010 0.004 180 A 0.001 0.001 0.015 0.922 0.020 0.042 181 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.961 182 A 0.012 0.005 0.003 0.001 0.145 0.834 183 D 0.183 0.003 0.003 0.001 0.225 0.587 184 G 0.934 0.003 0.001 0.001 0.017 0.046 185 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 186 C 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 188 V 0.618 0.002 0.002 0.001 0.062 0.314 189 G 0.131 0.005 0.006 0.001 0.182 0.675 190 V 0.045 0.017 0.016 0.003 0.271 0.649 191 R 0.020 0.030 0.008 0.011 0.258 0.674 192 D 0.008 0.009 0.003 0.035 0.159 0.785 193 F 0.001 0.001 0.013 0.972 0.010 0.005 194 A 0.001 0.001 0.014 0.978 0.006 0.002 195 H 0.001 0.001 0.012 0.982 0.004 0.001 196 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.003 197 E 0.001 0.001 0.006 0.985 0.005 0.003 198 A 0.002 0.001 0.010 0.967 0.013 0.007 199 I 0.002 0.001 0.012 0.951 0.019 0.015 200 A 0.005 0.003 0.035 0.879 0.052 0.026 201 E 0.004 0.001 0.052 0.803 0.083 0.057 202 H 0.015 0.003 0.063 0.590 0.119 0.209 203 L 0.043 0.015 0.028 0.311 0.201 0.401 204 H 0.094 0.013 0.013 0.071 0.188 0.621 205 I 0.096 0.005 0.009 0.019 0.221 0.651 206 P 0.168 0.006 0.012 0.010 0.269 0.536 207 L 0.521 0.018 0.017 0.016 0.166 0.261 208 M 0.682 0.011 0.010 0.011 0.105 0.181 209 L 0.832 0.005 0.007 0.015 0.053 0.089 210 V 0.822 0.010 0.006 0.019 0.037 0.106 211 T 0.674 0.014 0.007 0.023 0.104 0.179 212 Y 0.448 0.019 0.009 0.024 0.195 0.304 213 G 0.191 0.019 0.015 0.014 0.358 0.404 214 N 0.113 0.033 0.024 0.021 0.382 0.427 215 P 0.065 0.034 0.060 0.018 0.472 0.351 216 Q 0.042 0.018 0.074 0.023 0.590 0.253 217 L 0.028 0.025 0.059 0.020 0.546 0.322 218 R 0.037 0.066 0.013 0.019 0.413 0.452 219 D 0.019 0.020 0.002 0.021 0.102 0.837 220 D 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.005 221 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 222 R 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 223 L 0.002 0.001 0.002 0.993 0.002 0.001 224 A 0.002 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 225 R 0.002 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 226 L 0.002 0.001 0.005 0.970 0.006 0.017 227 G 0.015 0.002 0.004 0.098 0.087 0.794 228 V 0.270 0.009 0.005 0.061 0.131 0.524 229 R 0.731 0.003 0.003 0.033 0.055 0.174 230 V 0.930 0.003 0.002 0.013 0.018 0.034 231 V 0.947 0.004 0.002 0.011 0.015 0.021 232 V 0.858 0.009 0.003 0.028 0.056 0.046 233 N 0.289 0.008 0.005 0.076 0.383 0.239 234 G 0.054 0.005 0.013 0.080 0.521 0.327 235 H 0.032 0.022 0.014 0.211 0.340 0.381 236 A 0.013 0.012 0.010 0.739 0.086 0.140 237 A 0.002 0.001 0.005 0.969 0.009 0.014 238 Y 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 239 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 240 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 241 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 242 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 243 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 244 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 245 T 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 246 Y 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.003 247 D 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 248 C 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.004 249 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.004 250 R 0.001 0.001 0.007 0.984 0.005 0.003 251 E 0.001 0.001 0.007 0.979 0.008 0.005 252 E 0.001 0.001 0.009 0.965 0.012 0.013 253 R 0.001 0.001 0.013 0.944 0.020 0.022 254 G 0.001 0.001 0.036 0.788 0.081 0.092 255 A 0.004 0.003 0.068 0.663 0.142 0.121 256 V 0.008 0.004 0.057 0.655 0.145 0.132 257 A 0.008 0.003 0.075 0.648 0.152 0.114 258 S 0.006 0.002 0.058 0.737 0.103 0.095 259 D 0.007 0.002 0.048 0.717 0.095 0.131 260 L 0.009 0.003 0.020 0.821 0.061 0.086 261 T 0.019 0.003 0.014 0.833 0.047 0.084 262 A 0.024 0.002 0.013 0.861 0.040 0.060 263 S 0.033 0.002 0.020 0.873 0.035 0.037 264 E 0.043 0.002 0.022 0.862 0.042 0.028 265 L 0.039 0.003 0.022 0.849 0.044 0.044 266 S 0.031 0.004 0.022 0.795 0.053 0.095 267 K 0.042 0.007 0.031 0.645 0.075 0.201 268 K 0.036 0.009 0.042 0.480 0.156 0.277 269 Y 0.020 0.010 0.039 0.333 0.196 0.401 270 T 0.012 0.012 0.015 0.124 0.216 0.621 271 F 0.010 0.007 0.008 0.063 0.223 0.689 272 P 0.012 0.006 0.048 0.294 0.219 0.421 273 E 0.024 0.009 0.073 0.474 0.219 0.201 274 E 0.044 0.010 0.062 0.647 0.133 0.103 275 Y 0.063 0.007 0.024 0.719 0.077 0.110 276 Q 0.068 0.005 0.021 0.738 0.069 0.099 277 A 0.030 0.003 0.022 0.858 0.046 0.042 278 W 0.032 0.004 0.020 0.853 0.045 0.046 279 A 0.015 0.001 0.025 0.893 0.034 0.031 280 R 0.021 0.002 0.037 0.840 0.049 0.051 281 D 0.033 0.003 0.037 0.779 0.067 0.081 282 Y 0.039 0.004 0.038 0.738 0.074 0.107 283 M 0.053 0.004 0.045 0.634 0.109 0.154 284 E 0.076 0.005 0.038 0.579 0.112 0.191 285 V 0.054 0.010 0.021 0.474 0.111 0.330 286 K 0.042 0.017 0.007 0.221 0.085 0.628 287 E 0.013 0.003 0.001 0.029 0.043 0.912