# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5344 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.006 0.033 0.028 0.030 0.006 0.058 0.401 0.007 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.034 0.012 0.208 0.037 0.070 0.053 0.001 2 S 0.004 0.005 0.015 0.016 0.021 0.009 0.040 0.660 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.007 0.136 0.015 0.022 0.028 0.001 3 F 0.002 0.003 0.004 0.007 0.015 0.006 0.039 0.798 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 0.069 0.014 0.009 0.011 0.001 4 I 0.001 0.002 0.004 0.005 0.004 0.003 0.013 0.872 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.069 0.005 0.004 0.004 0.001 5 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.025 0.899 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 0.002 0.002 0.003 0.001 6 K 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.040 0.868 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.046 0.004 0.003 0.003 0.001 7 M 0.002 0.002 0.004 0.007 0.007 0.006 0.055 0.759 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 0.084 0.015 0.013 0.010 0.001 8 I 0.002 0.002 0.005 0.008 0.009 0.009 0.064 0.608 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 0.204 0.017 0.015 0.016 0.001 9 G 0.001 0.001 0.004 0.007 0.011 0.031 0.132 0.580 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.108 0.038 0.011 0.034 0.001 10 S 0.001 0.001 0.005 0.009 0.018 0.010 0.087 0.476 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.158 0.063 0.047 0.085 0.001 11 L 0.001 0.001 0.009 0.009 0.014 0.005 0.048 0.344 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.293 0.060 0.073 0.104 0.001 12 N 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.014 0.188 0.403 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.190 0.037 0.047 0.081 0.001 13 D 0.001 0.001 0.004 0.007 0.007 0.008 0.184 0.454 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.104 0.076 0.088 0.051 0.001 14 K 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.002 0.028 0.645 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.135 0.025 0.104 0.031 0.001 15 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.010 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.061 0.004 0.016 0.012 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.062 0.002 0.003 0.003 0.001 17 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 20 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.002 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.903 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.002 0.003 0.001 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.029 0.788 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.123 0.008 0.009 0.005 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.092 0.255 0.403 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.188 0.008 0.004 0.017 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.574 0.081 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.214 0.063 0.018 0.013 0.001 27 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.032 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.070 0.077 0.318 0.446 0.001 28 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.012 0.074 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.262 0.098 0.102 0.426 0.001 29 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.017 0.191 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.719 0.020 0.019 0.023 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.143 0.787 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 0.006 0.005 0.010 0.001 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 0.005 0.007 0.003 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 33 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.935 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 40 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.076 0.805 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.004 0.002 0.001 0.001 41 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.137 0.622 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.004 0.146 0.021 0.009 0.010 0.001 42 M 0.003 0.003 0.006 0.010 0.009 0.007 0.081 0.480 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.008 0.154 0.090 0.060 0.026 0.001 43 W 0.006 0.006 0.015 0.017 0.028 0.029 0.114 0.260 0.063 0.013 0.001 0.002 0.004 0.020 0.034 0.026 0.187 0.072 0.048 0.054 0.001 44 T 0.007 0.008 0.022 0.043 0.029 0.026 0.222 0.069 0.049 0.020 0.002 0.003 0.007 0.029 0.066 0.022 0.183 0.050 0.051 0.092 0.002 45 S 0.005 0.005 0.019 0.025 0.066 0.007 0.098 0.020 0.012 0.003 0.003 0.003 0.005 0.014 0.040 0.041 0.219 0.096 0.162 0.152 0.002 46 G 0.002 0.002 0.022 0.014 0.032 0.003 0.056 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.042 0.035 0.100 0.162 0.219 0.291 0.001 47 G 0.001 0.001 0.016 0.010 0.024 0.002 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.026 0.093 0.064 0.186 0.529 0.001 48 P 0.001 0.001 0.011 0.009 0.033 0.004 0.027 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.023 0.258 0.083 0.198 0.304 0.001 49 T 0.001 0.001 0.021 0.011 0.011 0.012 0.089 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.012 0.446 0.068 0.069 0.178 0.001 50 D 0.001 0.001 0.006 0.005 0.054 0.014 0.287 0.131 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.113 0.099 0.087 0.165 0.001 51 W 0.001 0.001 0.026 0.007 0.010 0.002 0.044 0.174 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.008 0.505 0.095 0.048 0.044 0.001 52 Q 0.001 0.002 0.008 0.006 0.012 0.018 0.142 0.543 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.190 0.015 0.015 0.027 0.001 53 D 0.001 0.002 0.006 0.008 0.015 0.013 0.204 0.566 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 0.072 0.033 0.026 0.029 0.001 54 T 0.002 0.002 0.007 0.005 0.013 0.002 0.052 0.623 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.007 0.167 0.053 0.026 0.021 0.001 55 K 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.004 0.033 0.818 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.097 0.005 0.008 0.005 0.001 56 R 0.001 0.002 0.004 0.004 0.007 0.024 0.057 0.809 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.005 0.045 0.007 0.007 0.006 0.001 57 I 0.003 0.004 0.006 0.010 0.014 0.011 0.088 0.572 0.020 0.008 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 0.006 0.196 0.016 0.014 0.010 0.001 58 F 0.001 0.003 0.005 0.009 0.006 0.009 0.059 0.602 0.018 0.011 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.010 0.159 0.026 0.014 0.035 0.001 59 G 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.011 0.082 0.635 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.181 0.017 0.005 0.034 0.001 60 G 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.012 0.092 0.687 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.078 0.044 0.011 0.028 0.001 61 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.001 0.017 0.695 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.212 0.019 0.016 0.008 0.001 62 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.012 0.902 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.001 0.002 0.001 0.001 63 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.033 0.907 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.001 0.003 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.884 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 0.004 0.003 0.003 0.001 65 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.941 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.004 0.001 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.023 0.884 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.002 0.001 0.002 0.001 68 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.917 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 0.005 0.002 0.004 0.001 69 A 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.008 0.023 0.876 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.059 0.005 0.003 0.002 0.001 70 A 0.002 0.001 0.004 0.006 0.002 0.013 0.112 0.047 0.495 0.175 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.099 0.014 0.009 0.006 0.001 71 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.726 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.120 0.006 0.028 0.077 0.001 72 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.096 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.834 0.036 0.008 0.001 73 K 0.001 0.001 0.052 0.011 0.009 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.080 0.056 0.054 0.261 0.422 0.001 74 K 0.001 0.003 0.022 0.008 0.196 0.005 0.013 0.025 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.012 0.083 0.066 0.065 0.061 0.182 0.238 0.004 75 V 0.001 0.001 0.101 0.009 0.024 0.002 0.010 0.061 0.002 0.001 0.012 0.002 0.002 0.009 0.198 0.070 0.366 0.030 0.046 0.046 0.006 76 T 0.005 0.009 0.035 0.024 0.030 0.041 0.158 0.252 0.003 0.001 0.004 0.006 0.018 0.084 0.158 0.030 0.088 0.011 0.016 0.025 0.002 77 D 0.008 0.010 0.021 0.046 0.021 0.021 0.143 0.112 0.006 0.002 0.011 0.016 0.020 0.290 0.096 0.080 0.046 0.013 0.021 0.012 0.004 78 L 0.017 0.014 0.024 0.032 0.040 0.006 0.070 0.070 0.010 0.004 0.009 0.015 0.042 0.216 0.126 0.083 0.103 0.031 0.047 0.034 0.004 79 T 0.009 0.008 0.029 0.038 0.039 0.006 0.082 0.073 0.005 0.001 0.009 0.010 0.010 0.083 0.099 0.087 0.131 0.044 0.083 0.151 0.004 80 G 0.002 0.004 0.011 0.012 0.044 0.007 0.064 0.123 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.025 0.089 0.121 0.170 0.129 0.072 0.110 0.001 81 E 0.002 0.002 0.022 0.013 0.011 0.006 0.037 0.220 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.009 0.063 0.026 0.386 0.036 0.054 0.101 0.001 82 D 0.001 0.001 0.003 0.003 0.023 0.007 0.067 0.525 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.043 0.122 0.033 0.056 0.095 0.001 83 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.016 0.407 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.522 0.014 0.006 0.005 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.033 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.049 0.002 0.001 0.002 0.001 85 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 86 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.001 0.003 0.001 87 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.002 0.002 0.001 0.001 88 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.965 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.029 0.912 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.869 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.007 0.002 0.002 0.001 91 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.839 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.096 0.011 0.006 0.004 0.001 92 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.115 0.649 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.150 0.005 0.002 0.008 0.001 93 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.337 0.265 0.039 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.236 0.039 0.018 0.021 0.001 94 T 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.005 0.121 0.145 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.159 0.141 0.226 0.158 0.001 95 K 0.001 0.001 0.007 0.004 0.011 0.006 0.112 0.157 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.360 0.122 0.075 0.110 0.001 96 T 0.001 0.001 0.013 0.013 0.023 0.020 0.154 0.271 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.155 0.071 0.088 0.132 0.001 97 W 0.001 0.001 0.018 0.019 0.027 0.010 0.082 0.337 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.019 0.149 0.093 0.095 0.105 0.001 98 M 0.002 0.003 0.016 0.025 0.046 0.006 0.067 0.425 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.026 0.021 0.165 0.039 0.081 0.066 0.001 99 D 0.002 0.002 0.018 0.032 0.032 0.008 0.073 0.518 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.043 0.016 0.077 0.029 0.066 0.069 0.001 100 K 0.003 0.002 0.010 0.014 0.075 0.004 0.047 0.468 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.266 0.017 0.029 0.027 0.001 101 Y 0.002 0.003 0.013 0.019 0.033 0.005 0.076 0.692 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.055 0.021 0.030 0.023 0.001 102 R 0.003 0.004 0.011 0.022 0.046 0.004 0.045 0.647 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.110 0.028 0.028 0.021 0.001 103 T 0.002 0.003 0.012 0.019 0.035 0.007 0.039 0.722 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.091 0.010 0.013 0.021 0.001 104 K 0.002 0.003 0.009 0.018 0.058 0.008 0.072 0.633 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.086 0.025 0.020 0.033 0.001 105 L 0.005 0.003 0.019 0.029 0.068 0.004 0.068 0.313 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 0.336 0.028 0.038 0.039 0.001 106 N 0.002 0.003 0.015 0.022 0.043 0.008 0.313 0.253 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.138 0.039 0.051 0.071 0.001 107 D 0.002 0.003 0.020 0.032 0.048 0.017 0.229 0.190 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.161 0.110 0.068 0.078 0.001 108 S 0.003 0.003 0.035 0.028 0.061 0.011 0.114 0.174 0.011 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.015 0.240 0.089 0.106 0.082 0.001 109 I 0.004 0.005 0.028 0.036 0.083 0.009 0.129 0.117 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.021 0.175 0.079 0.123 0.146 0.001 110 G 0.004 0.006 0.046 0.055 0.065 0.013 0.113 0.107 0.008 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.044 0.024 0.132 0.077 0.103 0.191 0.001 111 R 0.004 0.005 0.037 0.041 0.094 0.008 0.097 0.070 0.006 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.035 0.028 0.231 0.070 0.103 0.159 0.001 112 D 0.004 0.006 0.047 0.042 0.092 0.008 0.131 0.081 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.040 0.029 0.103 0.074 0.150 0.172 0.002