# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5344 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.805 0.002 0.006 0.009 0.008 0.014 0.008 0.001 0.014 0.100 2 S 0.012 0.871 0.002 0.003 0.005 0.007 0.013 0.003 0.001 0.015 0.067 3 F 0.028 0.884 0.006 0.002 0.003 0.004 0.008 0.009 0.002 0.012 0.041 4 I 0.105 0.751 0.009 0.004 0.005 0.006 0.013 0.023 0.003 0.020 0.060 5 E 0.097 0.489 0.009 0.010 0.008 0.014 0.046 0.006 0.005 0.057 0.258 6 K 0.062 0.240 0.034 0.020 0.008 0.016 0.079 0.008 0.011 0.080 0.441 7 M 0.153 0.266 0.012 0.013 0.011 0.016 0.078 0.023 0.004 0.067 0.356 8 I 0.172 0.121 0.006 0.010 0.011 0.017 0.073 0.005 0.003 0.046 0.536 9 G 0.031 0.133 0.004 0.016 0.011 0.023 0.092 0.004 0.002 0.028 0.658 10 S 0.089 0.362 0.005 0.007 0.008 0.016 0.059 0.010 0.002 0.028 0.414 11 L 0.181 0.515 0.003 0.008 0.007 0.007 0.033 0.010 0.001 0.027 0.207 12 N 0.034 0.627 0.002 0.007 0.004 0.006 0.037 0.003 0.001 0.025 0.253 13 D 0.012 0.887 0.001 0.003 0.001 0.003 0.010 0.002 0.001 0.010 0.071 14 K 0.006 0.951 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.025 15 R 0.003 0.967 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.015 16 E 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 17 W 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 18 K 0.007 0.864 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.111 0.009 19 A 0.003 0.891 0.008 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.064 0.023 20 M 0.014 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.007 0.015 21 E 0.011 0.873 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.052 0.049 22 A 0.017 0.702 0.035 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.019 0.073 0.123 23 R 0.261 0.472 0.025 0.002 0.001 0.002 0.019 0.053 0.013 0.058 0.095 24 A 0.501 0.091 0.005 0.004 0.001 0.003 0.037 0.022 0.005 0.066 0.264 25 K 0.041 0.025 0.001 0.008 0.002 0.005 0.070 0.001 0.001 0.011 0.836 26 A 0.002 0.038 0.003 0.011 0.002 0.004 0.085 0.001 0.001 0.010 0.844 27 L 0.031 0.137 0.004 0.004 0.013 0.007 0.137 0.038 0.002 0.072 0.553 28 P 0.187 0.740 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.014 0.047 29 K 0.070 0.706 0.002 0.003 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.056 0.144 30 E 0.006 0.868 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.042 0.066 31 Y 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.011 32 H 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 33 H 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.009 34 A 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 35 Y 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 36 K 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.007 37 A 0.004 0.947 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 0.018 38 I 0.011 0.953 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.010 0.012 39 Q 0.038 0.798 0.004 0.005 0.001 0.002 0.012 0.005 0.001 0.078 0.056 40 K 0.033 0.220 0.004 0.008 0.003 0.007 0.043 0.002 0.001 0.529 0.151 41 Y 0.032 0.186 0.028 0.033 0.005 0.012 0.081 0.007 0.007 0.418 0.190 42 M 0.151 0.036 0.060 0.074 0.009 0.014 0.112 0.015 0.019 0.252 0.259 43 W 0.145 0.023 0.004 0.110 0.015 0.034 0.106 0.009 0.003 0.105 0.445 44 T 0.078 0.005 0.001 0.021 0.006 0.020 0.113 0.001 0.001 0.043 0.713 45 S 0.015 0.001 0.001 0.030 0.009 0.026 0.146 0.001 0.001 0.036 0.734 46 G 0.007 0.003 0.001 0.026 0.006 0.018 0.176 0.001 0.001 0.023 0.739 47 G 0.119 0.090 0.002 0.019 0.010 0.010 0.108 0.006 0.001 0.025 0.611 48 P 0.235 0.263 0.002 0.007 0.004 0.005 0.070 0.014 0.001 0.025 0.375 49 T 0.061 0.201 0.001 0.007 0.002 0.005 0.088 0.016 0.001 0.074 0.545 50 D 0.047 0.131 0.003 0.003 0.001 0.002 0.034 0.002 0.001 0.662 0.112 51 W 0.046 0.630 0.005 0.003 0.002 0.002 0.024 0.007 0.001 0.163 0.117 52 Q 0.057 0.603 0.004 0.003 0.002 0.005 0.026 0.008 0.001 0.101 0.191 53 D 0.011 0.672 0.003 0.004 0.003 0.004 0.022 0.003 0.001 0.125 0.152 54 T 0.016 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.007 0.040 55 K 0.049 0.575 0.006 0.002 0.001 0.001 0.009 0.013 0.001 0.274 0.068 56 R 0.031 0.403 0.020 0.002 0.001 0.001 0.032 0.004 0.009 0.370 0.127 57 I 0.031 0.761 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 0.008 0.001 0.057 0.113 58 F 0.019 0.898 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.022 0.039 59 G 0.020 0.845 0.002 0.002 0.001 0.001 0.022 0.002 0.001 0.032 0.075 60 G 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 0.024 61 I 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.009 62 L 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.010 63 D 0.006 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.013 64 L 0.014 0.839 0.013 0.002 0.001 0.001 0.008 0.008 0.003 0.086 0.026 65 F 0.016 0.899 0.009 0.002 0.001 0.001 0.008 0.009 0.003 0.021 0.033 66 E 0.042 0.841 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 0.001 0.017 0.080 67 E 0.011 0.755 0.008 0.002 0.001 0.002 0.017 0.002 0.005 0.058 0.140 68 G 0.055 0.195 0.270 0.001 0.001 0.003 0.039 0.011 0.168 0.121 0.136 69 A 0.720 0.053 0.013 0.001 0.001 0.001 0.013 0.030 0.010 0.037 0.121 70 A 0.336 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.003 0.001 0.028 0.584 71 E 0.009 0.006 0.001 0.007 0.001 0.003 0.056 0.001 0.001 0.007 0.910 72 G 0.007 0.005 0.002 0.008 0.003 0.006 0.067 0.001 0.001 0.017 0.884 73 K 0.018 0.010 0.001 0.014 0.078 0.032 0.132 0.010 0.001 0.058 0.647 74 K 0.098 0.066 0.001 0.051 0.009 0.016 0.099 0.005 0.001 0.047 0.606 75 V 0.066 0.100 0.003 0.112 0.021 0.022 0.103 0.010 0.001 0.073 0.490 76 T 0.059 0.085 0.002 0.174 0.029 0.043 0.135 0.007 0.001 0.066 0.398 77 D 0.043 0.042 0.002 0.239 0.038 0.056 0.093 0.004 0.001 0.078 0.405 78 L 0.023 0.088 0.003 0.265 0.040 0.050 0.111 0.004 0.001 0.058 0.355 79 T 0.052 0.409 0.003 0.047 0.023 0.027 0.074 0.009 0.001 0.046 0.308 80 G 0.057 0.636 0.002 0.020 0.007 0.011 0.034 0.006 0.001 0.045 0.181 81 E 0.017 0.454 0.003 0.024 0.007 0.010 0.056 0.003 0.001 0.208 0.217 82 D 0.007 0.871 0.003 0.003 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.068 0.032 83 V 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.014 0.017 84 A 0.004 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.015 85 A 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.011 86 F 0.001 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 87 C 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 88 D 0.013 0.802 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.116 0.057 89 E 0.024 0.517 0.031 0.002 0.001 0.001 0.033 0.005 0.012 0.275 0.101 90 L 0.195 0.120 0.101 0.005 0.001 0.001 0.037 0.041 0.037 0.364 0.099 91 M 0.295 0.088 0.023 0.009 0.001 0.002 0.073 0.010 0.024 0.097 0.379 92 K 0.060 0.012 0.001 0.003 0.001 0.002 0.058 0.001 0.001 0.018 0.843 93 D 0.022 0.077 0.002 0.006 0.001 0.004 0.086 0.004 0.001 0.027 0.772 94 T 0.163 0.174 0.003 0.003 0.003 0.005 0.083 0.021 0.001 0.026 0.517 95 K 0.165 0.288 0.005 0.011 0.003 0.008 0.047 0.008 0.001 0.026 0.438 96 T 0.057 0.484 0.001 0.006 0.007 0.015 0.053 0.005 0.001 0.020 0.352 97 W 0.109 0.624 0.008 0.011 0.008 0.012 0.034 0.008 0.002 0.020 0.163 98 M 0.072 0.720 0.004 0.009 0.007 0.008 0.026 0.013 0.001 0.009 0.132 99 D 0.111 0.286 0.002 0.015 0.023 0.030 0.056 0.007 0.001 0.115 0.354 100 K 0.013 0.574 0.011 0.020 0.011 0.017 0.047 0.005 0.002 0.052 0.249 101 Y 0.062 0.662 0.012 0.006 0.011 0.017 0.030 0.016 0.003 0.018 0.163 102 R 0.139 0.363 0.014 0.012 0.034 0.035 0.033 0.016 0.005 0.096 0.252 103 T 0.051 0.243 0.004 0.010 0.015 0.029 0.072 0.006 0.002 0.057 0.510 104 K 0.182 0.160 0.041 0.020 0.012 0.025 0.061 0.013 0.015 0.105 0.366 105 L 0.139 0.203 0.013 0.018 0.013 0.016 0.085 0.015 0.005 0.048 0.447 106 N 0.103 0.086 0.002 0.007 0.010 0.016 0.075 0.005 0.001 0.023 0.671 107 D 0.051 0.055 0.004 0.029 0.019 0.032 0.111 0.015 0.001 0.059 0.624 108 S 0.093 0.041 0.003 0.028 0.027 0.060 0.135 0.011 0.002 0.074 0.527 109 I 0.096 0.023 0.005 0.055 0.038 0.063 0.094 0.004 0.002 0.052 0.570 110 G 0.055 0.015 0.002 0.035 0.036 0.047 0.107 0.002 0.001 0.033 0.668 111 R 0.029 0.009 0.001 0.022 0.028 0.040 0.121 0.005 0.001 0.028 0.715 112 D 0.081 0.022 0.002 0.024 0.019 0.026 0.132 0.010 0.001 0.040 0.642